조세특례제한법상 중소기업의 실질적 독립성 여부를 판단기준에 해당하는 관계기업 판단시점이 직전 사업연도인지, 해당 사업연도인지 여부

사 건 대구지방법원-2015-구합-21546(2015.09.09) 원 고 주식회사 AA 피 고 구미세무서장 변 론 종 결 2015.07.15 판 결 선 고 2015.09.09

1. 피고가 2014. 7. 7. 원고에게 한 2012년 사업연도 법인세 942,608,530원의 부과처분 을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1996. 6. 20. 설립되어 자동화 설비 제작, 무역업 등을 영위하는 회사이
• 다. 나. 원고는 2009년 사업연도까지 조세특례제한법의 중소기업으로서 조세특례를 받다 가, 2010년 사업연도에 매출액이 100,000,000,000원을 초과하면서, 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2 항 본문, 제1항 단서에 따라 2010년 사업연도부터 2013년 사업연도까지 유예기간의 적 용을 받게 되었다.
• 다. 원고는 2012. 10.경 종속회사인 AAHNS 주식회사를 설립(지분 약 94% 투자)하 였다. 2012년 사업연도 기준 원고는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이고, 2012. 12. 31. 기준 AAHNS 주식회사의 매출액은 없으나, 원고의 매출액은 148,319,631,037원이며, 자기자본은 104,500,000,000원이다.
• 라. 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 2012년 사업연도 법인세를 신고하면서 구 조세특례 제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조에 따라 중 소기업에 대한 특별세액 감면을 적용한 세액을 신고하였다.
• 마. 피고는 2012. 12. 31. 기준으로 원고가 AAHNS 주식회사와 관계기업으로 매출 액 합계가 100,000,000,000원 이상이므로, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3 호, 구 중소기업기본법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다.목에 정한 기준을 충족하지 못하여, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 유예기간이 적용되지 않는다고 판단하고, 2014. 7. 7. 원고에게 2012년 사업연도 법인세 신고시에 원고가 적용한 중소기업특별세액감면을 배제한 법인세 942,608,530원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 원고는 2014. 9. 17. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하였으나, 2015. 3.

30. 기각결정을 받았다.

• 가. 원고의 주장 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호, 제1항 제3호에 의하면 중소기 업의 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합하지 않은 기업에 해당되는 경우 중소기업 유예기간이 적용되지 않는다. 그런데 원고가 구 중소 기업기본법 제3조 제1항 제2호 다.목의 관계기업에 해당하려면, 구 중소기업기본법 시 행령 제2조, 제3조의2 제1항에 따라 직전 사업연도 말일인 2011. 12. 31. 원고와 AA HNS 주식회사가 지배종속관계에 있어야 하는데, 당시 AA HNS 주식회사는 설립되어 있지도 않았으므로, 2012년 사업연도에 원고는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 기준을 충족하고 있었다. 그런데도 피고는 해당 사업연도 말일인 2012. 12. 31. 을 기준으로 원고와 AAHNS 주식회사의 지배종속관계 여부를 판단하고 이 사건 처분 을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하 고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있 는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것’을 요구하 고 있다. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1 호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 때에는 최초로 그 사유가 발 생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 유예기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판 정한다’고 규정하면서, 단서 제3호로 중소기업이 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외 의 기업에 해당되는 경우’에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제4항 은 ‘제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액, 발행 주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한 다’고 규정하고 있었으나, 같은 법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정 되기 전의 것) 제2조는 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계 기업에 속하는 기업인지’ 여부에 관한 판단의 기준시기를 규정하고 있지 않다가, 구 조 세특례제한법 시행규칙이 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제2조 제8 항으로 ‘영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따 른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.‘는 규정이 신설되었고 그 부칙 제1조로 위 규칙은 공포일부터 시행한다고 규정하였다.

2. 한편 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 은 중소기업은 다음 각 호의 기준 을 모두 갖춘 기업이라고 하면서 제2호에 ‘소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업’을 규정하고 있고, 다.목으로 ‘관계기업에 속 하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기 자본 또는 자산총액이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하 나에 해당하는 기업’을 들고 있다. 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 는 ‘"관계기 업"이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업 이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기 업의 집단을 말한다.’고 정의하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령 제3조의2 제1항 본 문은 ‘지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다 음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업과 그 다른 국내기업의 관계를 말 한다’고 규정하고 있다.

3. 헌법 제38조는 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다.” 고 규정하고, 제59조는 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”고 규정함으로써 조세법 률주의를 채택하고 있다. 이러한 조세법률주의의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기 관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격 하게 해석·적용하여야 하며 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미한다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 판결 참조). 위 규정과 같이 구 중소기업기본법 시행령 제2조 제3호 에 의하면, 외부감사의 대상이 되는 기업이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있게 되는 경우 그 기업 집단이 ‘관계기업’이 되는데, 제3조의2에 의하면, 지배 기업이 직전 사업연도 말일 현재 종속기업의 주식 등을 30% 이상 소유하면서 최다출 자자인 경우 상호간에 ‘지배 또는 종속의 관계’가 성립한다. 원고가 2012. 10. AA HNS 주식회사를 설립하여 주식 94%를 가진 최다출자자가 된 사실은 앞서 본 바와 같고, 원 고의 사업연도가 매년 1월 1일부터 12월 31일까지인 점은 당사자 사이에 다툼이 없으 므로, 원고와 AA HNS 주식회사는 2013. 1. 1.부터 관계기업이 될 수 있고, 2012.에는 관계기업이 될 수 없다. 중소기업기본법 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세 부 과를 위한 범위 결정에는 차이가 있어서 조세 부과를 위한 경우 해당 사업연도 말을 기준으로 하는 것이 합리적이라고 할 여지가 있기는 하지만, 위 각 규정을 문언에 따 라 해석·적용할 경우 원고와 AA HNS 주식회사가 2012.에는 관계기업으로 될 수 없음 이 명백하다. 원고로서는 2012. 10. AA HNS 주식회사를 설립하여 관계기업이 되더라 도 2012.에는 조세특례를 받는 중소기업으로 간주된다고 충분히 기대할 수 있었다. 이 와 달리 관계기업 해당 여부를 2012년 사업연도 말일을 기준으로 판단하는 것은 법률 해석의 한계를 벗어나는 확장·유추적용으로서 허용될 수 없다. 그런데도 피고는 2012. 13. 31.을 기준으로 관계기업 해당여부를 판단하여 원고 에 대한 중소기업특별세액감면을 배제하고 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.