중소기업유예중인 기업이 관계회사에 해당되는 경우 기존에 적용받던 중소기업유예기간을 계속 적용받을 수 있는지 여부

사 건 2014구합22870 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2015. 4. 8. 판 결 선 고

2015. 4. 22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 11. 5. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 206,817,180원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 5. 15. 설립되어 매년 12. 31. 결산하는 플라스틱 제조업체로서, 2010 사업연도 매출액이 처음으로 1,000억 원을 초과하여 중소기업에 해당하지 않게 되었으나, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어

2011. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제2항에 따라 중소기업 유예기간의 적용을 받아왔다.

• 나. 조특법 시행령의 중소기업 요건은 중소기업기본법 시행령을 준용하고 있는데, 중 소기업기본법 시행령은 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되면서(이하 ‘중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제2호에서 2011. 1. 1.부터 중소기업의 실질적 독립성의 요건 으로 다목을 추가하여 ‘관계기업’에 속하는 기업이 중소기업의 규모기준을 충족할 것을 규정하였다.
• 다. 이후 구 조특법 시행령은 2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되면서, 제2 조 제1항 제3호 전단에서 중기법 시행령 제3조 제2호 다목의 관계기업 기준을 도입하 여 관계기업의 매출액 합계 등이 중소기업 제외기준을 충족하는 경우에는 제외기준 충 족 당해 연도와 그 후 3년 동안 적용해주던 중소기업 유예기간을 적용하지 않도록 규 정하였으나, 부칙 제1조에서 제2조 제1항 제3호의 전단의 개정규정은 2012. 1. 1.부터 시행하도록 하였다.
• 라. 원고의 지배기업인 BBB홀딩스 유한회사(이하 ‘BBB홀딩스’라 한다)는 외부감 사대상기업으로 CCCC인베스트먼트 주식회사(이하 CCCC인베스트먼트‘라 한다)의 주식 70%를 소유하면서, CCCC인베스트먼트와 함께 원고의 전체 주식 중 76.8%를 보 유하고 있어, 원고는 중기법 시행령의 관계기업에 해당하는데, 원고와 위 각 회사의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과한다.
• 마. 원고는 2013. 4. 1. 피고에게 2012 사업연도 법인세를 신고하면서, 중소기업 유 예기간 중에 있음을 이유로 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조, 제10조에 따라 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제 를 적용한 세액을 신고하였다.
• 바. 피고는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 12. 28. 대통령령 제24271호로 개정되어

2013. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ‘개정 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3 호에 따라 원고는 관계기업 기준에 의해 중소기업에 해당하지 않고 유예기간의 적용도 받을 수 없다고 판단하고, 2013. 11. 5. 원고에 대하여 법인세 206,817,180원(가산세 포 함)을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

• 사. 원고는 2013. 11. 19. 위 고지서를 송달받고, 2014. 2. 13. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2014. 8. 14. 청구기각 결정을 하였다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2010 사업연도에 매출액이 1,000억 원을 넘어 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 이미 발생했고, 다만 중소기업 유예기간 적용을 받아 온 것일 뿐이므로, 중 기법 시행령 및 개정 조특법 시행령에 따른 관계기업 기준의 도입으로 비로소 중소기 업에 해당하지 않게 된 것이 아니다. 따라서 원고는 개정 조특법 시행령 제2조 제2항 단서에서 유예기간 적용제외 사유로 규정한 ‘다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기 업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해당하지 않는다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 중 소기업 유예기간을 적용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고가 중소기업에 해당하는지 구 조세특례제한법 제7조, 제10조는 ‘중소기업’에 대한 특례로 특별세액감면 및 연구·인력개발비 세액공제를 규정하고, 같은 법 제5조 제1항의 위임에 따라 개정 조특 법 시행령 제2조는 중소기업의 범위를 구체화하여 제1항에서 ‘제조업 등을 주된 사업 으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업’으로 규정하면서 제3 호로 ‘실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’을 들고 있다. 그리고 개정 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 단서, 중기법 시행령 제3조 제1항 제2 호 다목, 개정 조특법 시행령 제2조 제1항 단서에 의하면, 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 ‘관계기업의 연간 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하지 않을 것’을 중소기업 에 해당하기 위한 요건으로 규정하고 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 매년 12. 31. 결산법인으로 2012 사업연도 법인세 납부의무는 2012. 12. 31. 성립하고, 2012. 12. 31. 당시 원고, BBB홀딩스, CCCC 인베스트먼트는 중소기업법 시행령이 정한 관계기업에 해당하며, 원고, BBB홀딩스, CCCC인베스트먼트의 2012 사업연도 매출액 합계는 1,000억 원을 초과한다. 따라서 2012 사업연도 법인세 납부의무 성립 당시 원고는 개정 조특법 시행령 제2조 제1항이 정한 중소기업에 해당하지 않는다.

2. 원고가 중소기업 유예기간 적용 대상인지 개정 조특법 시행령 제2조 제2항은 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 제1항 단 서의 중소기업 제외요건에 해당하거나 제1호의 중소기업 규모기준에 해당하지 않게 된 경우에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 는 중소기업으로 보도록 규정하면서, 단서에서 제1항 제3호의 실질적 독립성의 요건을 충족하지 못하는 사유로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 않는다고 규정하고 있다. 원고가 위 시행령 제2조 제2항의 중소기업 유예기간 적용을 받을 수 있는지에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 관계법령에 의하여 알 수 있는 다음의 사정에 비추어 보면, 원고는 중기법 시행령 및 개정 조특법 시행령에서 중소기업 요건으로 관계회사 기준을 도입함에 따라 유예기간 적용대상이 되는 ‘중소기업’에 해당하지 않게 되었으므 로, 당초 ‘중소기업’에 해당하였다가 이후 일정한 사유가 발생한 경우임을 전제로 하는 위 시행령 제2조 제2항의 유예기간 규정은 적용될 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적 법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 가) 중기법 시행령은 2011. 1. 1.부터 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입 하고, 이에 따라 개정 조특법 시행령에서도 2012. 1. 1.부터 중기법 시행령 규정을 인 용하는 방법으로 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입하였다. 개정 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하는 기업에 대하여는, 기존에 중소기업이었던 경우는 물론 유예기간 중에 있어 중소기업으로 간주된 기업이었다고 하더라도 중소기업에 대하여만 적용되는 같은 조 제2항의 유예기간 규정이 적용될 수 없다.
• 나) 중기법 시행령 및 개정 조특법 시행령이 중소기업 요건으로 관계기업 기준 을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 것이다. 이러한 입법취지에 따라 중기법 시행령 부칙<대통 령령 제21368호, 2009. 3. 25> 제2조는 ‘이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업 에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는

2011. 12. 31.까지는 중소기업으로 본다’고 하면서, 단서에서 관계기업 기준에 따라 중 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외하고 있다. 또 한 개정 중기법 시행령 제2조 제2항도 본문에서 일정한 경우 중소기업 유예기간을 규 정하면서 단서(제3호)에서는 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우는 유예기간 적용대상에서 제외하고 있다.

• 다) 이처럼 종전에 중소기업이었던 기업이 개정 조특법 시행령의 관계기업 기준 에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련규정상 명백한 데, 원고처럼 이미 유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대하여 유예기간을 유지하여 더 보호한다면, 이는 형평에 어긋나는 결과가 된다.
• 라) 원고는 대법원 2013. 2. 14. 선고 2012두17520 판례를 들면서, 유예기간 중 에 있는 기업은 이미 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로 관계 기업 기준에 의해 비로소 중소기업에 해당하지 않게 된 것은 아니라고 주장한다. 그러 나 위 판례는 ‘유예기간 중의 중소기업이 다른 중소기업을 합병한 경우 이미 다른 사 유로 중소기업에 해당하지 않게 된 것이어서, 합병으로 비로소 중소기업에 해당하지 않게 된 경우라고 볼 수 없으므로, 유예기간 제외규정에 해당하지 않는다’는 내용으로, 개정 조특법 시행령 제2조 제2항 단서의 해석에 관한 사안이다. 따라서 법령 개정으로 중소기업 요건이 변경된 이 사건에 원용하기에 부적절하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.