분양계약의 해제는 후발적 경정청구 사유에 해당함.

사 건 2014구합20522 법인세경정거부처분취소 원 고 주식회사 ○○○○ 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2015. 10. 7. 판 결 선 고

2015. 11. 18.

1. 피고가 2013. 4. 3. 원고에게 한 2009 사업연도 귀속 법인세 4,510,552,000원의 경정거부처분 중 58,270,327원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2013. 4. 3. 원고에게 한 2009 사업연도 귀속 법인세 4,510,552,000원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2005.부터 2012.까지 ○○시 ○○구 ○○동 179-1 외 201필지에 □□□□□□□□아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다) 1,494세대를 신축·분양하였다.
• 나. 원고는 이 사건 아파트 신축·분양에 관하여 작업진행률과 분양률을 적용하여 각 사업연도 분양수입금액 등을 계산한 다음 이를 토대로 2005 사업연도부터 2012 사업연도까지 법인세를 신고·납부하였는데, 2005, 2006 사업연도에는 용지 취득을 위한 차입금 등 초기의 고정비 지출로 인해 결손이었고, 2007, 2008 사업연도에는 소득금액이 이월결손금으로 모두 공제되었으며, 2009 사업연도에는 법인세 10,557,000,000원을 신고·납부하였으나, 2010, 2011, 2012 사업연도에는 분양계약의 해제, 할인분양, 금융비용 지출 등으로 다시 결손상태가 되었다.
• 다. 원고는 이 사건 아파트의 수분양자들 중 2005. 12. 20.부터 2006. 4. 28.까지 분 양계약을 체결한 181세대(이하 ‘이 사건 해제분’이라 한다) 가 분양대금을 납부하지 않 자, 2011. 1. 6.경부터 2011. 9. 15.경까지 해당 분양계약을 해제하였다(이하 ‘이 사건 분양계약의 해제’라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 분양계약의 해제 효과를 소급하여 반영하면 원고의 2009 사업연도 귀속 법인세는 4,510,552,000원 감액되어야 한다며 2012. 10. 4. 피고에게 동액 상당의 법인세액을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2012. 11. 8. 분양계약의 해제에 따라 변동되는 분양수익과 분양원가는 분양계약 해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영하여야 한다는 이유로 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제3항에 근거하여 2012. 10. 4.자 경정청구를 각하하였고, 원고가 2012. 11. 30. 피고에게 동일한 내용으로 2009 사업연도 법인세의 경정을 청구하자, 2012. 12. 26. 같은 이유로 원고의 2012. 11. 30.자 경정청구를 각하하였다.
• 바. 원고는 2013. 4. 1. 다시 피고에게 동일한 내용으로 2009 사업연도 귀속 법인세의 경정을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)하였으나, 피고는 2013. 4. 3. 앞선 각하처분과 같은 사유를 들어 각하(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 사. 원고는 2013. 6. 10. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하였으나, 2013. 12. 5. 이 사건 처분이 기존 회신 내용을 반복하는 것으로 단순한 사실의 통지에 불과하여 처분성이 인정되지 않는다는 이유로 각하되었다. 【인정근거】갑 제1 내지 10, 15호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 이 법원의 ■■건설 주식회사에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

• 가. 피고의 주장

(1) 원고는 2012. 10. 4.자 경정청구에 대한 2012. 11. 8.자 거부처분을 통지받고 불복하지 않아 그 처분이 확정되었으므로, 동일한 사유로 경정청구를 할 수 없다. 이 사건 경정청구는 확정된 위 처분과 같은 사유에 의한 것이므로, 이 사건 처분은 원고에 대하여 새로운 권리 또는 이익을 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과하여 불복의 대상이 되는 처분이 아니다. 이 사건 소는 부적법하다.

(2) 이 사건 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에 따른 후발적 경정청구로서 분양계약 해제의 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2월 내에 경정청구를 하여야 하는데, 그 기간을 도과하여 이 사건 경정청구를 하였으므로 부적법하고, 이에 따른 이 사건 소도 부적법하다.

• 나. 판단

(1) 첫째 주장에 관한 판단 거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있은 것으로 보아야 하며, 이 경우 행정심판 및 행정 소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고 종전 처분에 대한 쟁송기간이 도과했더라도 그 이후의 새로운 거부 처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아니다(대법원1992. 12. 8. 선고 92누7542 판결, 1998. 3. 13. 선고 96누15251 판결, 2002. 3. 29. 선고 2000두6084 판결 등 참조). 원고는 구 국세기본법 제45조의2 에 따라 과세표준신고서의 법정신고기한 후 3년 이내에 경정을 청구할 권리가 있는데, 경정청구제도는 납세자가 과다신고 된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이며 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제를 받을 수 있으므로, 아래와 같이 이 사건 경정청구가 경정청구의 기간 내인 이상 다시 경정청구를 할 수 있다. 이 사건 처분은 이 사건 경정청구에 대한 거절의 의사표시를 명백히 한 것으로 이는 단순한 사실행위가 아닌 행정소송의 대상이 되는 처분으로 봄이 상당하고, 원고가 이 사건 처분을 송달받고 90일 이내인 2013. 6. 10. 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기한 한 이상, 이 사건 소는 적법하다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 둘째 주장에 관한 판단 구 국세기본법 제45조의2 제1항 은 납세자의 당초 신고가 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 법정신고기한으로부터 3년이 경과하기 전이라면 그 과다신고의 사유를 묻지 않고 경정청구 할 수 있도록 규정하는 한편, 제2항은 제1항에서 정한 3년의 경정청구기간을 경과하였다고 하더라도 그 각호에서 정한 후발적인 사유가 발생하면 납세자를 두텁게 보호하기 위하여 그 사유 발생일로부터 2월이내에 경정청구를 할 수 있도록 추가적이고 보충적인 경정청구제도를 규정하고 있다. 따라서 제2항에서 정한 후발적인 사유에 의한 경정청구는 그 사유 발생일로부터 2월을 경과하였다고 하더라도 제1항에서 규정하고 있는 경정청구기간(법정신고기한으로부터 3년) 내에는 언제든지 그 사유가 발생하였음을 이유로 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하다(서울고등법원 2004. 1. 8. 선고 2003누4043, 대법원 2005. 1. 27. 선고 2004두2332 판결 등 참조). 이 사건 경정청구는 이 사건 해제분에 대한 분양계약 해제를 이유로 2009 사업연도 귀속 법인세의 경정을 구하는 것이고 이는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에 따른 후발적 경정청구로서, 각 사유 발생일로부터 2월을 경과하였다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따라 법정신고기한 경과 후 3년 내에 이루어진 이상 적법하다. 피고의 위 주장도 이유 없다.

• 가. 원고의 주장 분양계약 해제의 효과는 계약 당시로 소급하여 처음부터 재화의 공급이 이루어지지 않은 것과 동일한 결과가 된다. 따라서 이 사건 분양계약 해제 역시 당초 계약일로 소급하여 처음부터 분양계약이 체결되지 않은 것과 마찬가지로 보아야 하고, 이는 구 국세기본법 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의2에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 피고는 이 사건 경정청구에 따라 원고에게 2009 사업연도 귀속 법인세 중 해당액을 환급하여야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 분양계약의 해제와 법인세법상 후발적 경정청구 사유 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호 의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때’를 들고 있다. 이러한 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 그 취지가 있는 것으로서(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), 개별 세법에 다른 규정이 없는 한 그 적용범위를 제한할 수 없다. 한편 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아니라 권리가 확정적으로 발생한 때에 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 그 수취가 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 않는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 등 참조). 따라서 법인세에서도 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 그러한 계약의 해제는 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611, 2013두12829판결 등 참조).

2. 이 사건 분양계약 해제로 인한 후발적 경정청구사유 발생 원고가 2005 사업연도부터 2012 사업연도까지 이 사건 아파트를 신축하여 분양한 사실, 2011. 1. 6.경부터 2011. 9. 15.경까지 이 사건 해제분에 대한 분양계약이 해제된 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 본 각 증거에 갑 제16 내지 19호증, 을 제12, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

① 공동주택을 신축·분양하는 경우 통상 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제69조, 같은 법 시행규칙 제34조 등에 따라 작업진행률(해당 사업연도말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비)과 분양률을 적용하여 익금에 산입 할 분양수익(총분양예정가액 × 분양률 × 작업진행률 - 전기말 누적분양수익)과 손금에 산입 할 분양원가(누적실제발생비용 × 분양률 - 전기말 누적분양원가)를 산정한다.

② 원고 역시 위와 같은 회계방법에 따라 2005 사업연도부터 2012 사업연도까지 이 사건 아파트의 분양예정금액, 공사예정금액, 작업진행률, 분양률 등을 토대로 [표 1] 기재와 같이 분양수익과 분양원가를 산정한 다음 이를 기준으로 법인세를 신고였다. 구분 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 1 분양예정금액 12,885 12,885 12,984 12,984 12,984 12,718 12,718 12,718 1-① 분양계약금액 10,583 10,583 10,497 10,539 10,544 10,777 10,796 10,946 2 계약해제금액 797 505 2-① 재분양금액 797 505

3. 분양금액(1X4) 10,583 10,583 10,497 10,539 10,544 10,777 10,796 10,946

4. 분양률(3÷1) 82.13% 82.13% 80.85% 81.17% 81.21% 84.74% 84.89% 86.07%

1.88% 10.30% 29.86% 57.14% 94.99% 98.15% 98.15% 98.53%

(1×4×5 또는 3×5) 199 1,090 3,134 6,022 10,016 10,578 10,596 10,785

199 1,090 3,134 6,022 10,016 10,578 10,596 8.당기분양수익(6-7) 199 891 2,044 2,888 3,994 562 19 189

① 총공사예정원가 10,562 10,562 10,562 10,562 10,562 10,562 10,562 10,562

② 분양률(=4) 82.13% 82.13% 80.85% 81.17% 81.21% 84.74% 84.89% 86.07%

③ 작업진행률(5) 1.88% 10.30% 29.86% 57.14% 94.99% 98.15% 98.15% 98.53%

④ 누적분양원가 (①×②×③) 163 894 2,550 4,899 8,147 8,784 8,800 8,957

⑤ 전기이전 기인식

• 163 894 2,550 4,899 8,147 8,784 8,800

⑥ 당기분양원가 (④ - ⑤) 163 730 1,656 2,349 3,249 637 15 157 [표1] (단위: 억원)

③ 이 사건 분양계약 해제의 효과를 소급·반영하여 그에 따라 분양률, 소득금액 등을 다시 산정할 경우 원고의 2007, 2008, 2009 각 사업연도 소득금액은 아래 [표 2]기재와 같이 감액되고, 이에 따라 원고의 2009 사업연도 귀속 법인세액을 재산정하면 아래 [표 3] 기재와 같이 10,476,009,852원에서 6,023,728,179원으로 경정되어 4,452,281,673원 이 감액된다. 사업연도 구분(단위: 원) 2007 2008 2009 분양예정가액 1,298,427,749,840 1,298,427,749,840 1,298,427,749,840 당초분양률 80.85% 81.17% 81.21% 분양계약금액 1,049,766,407,560 1,053,901,464,096 1,054,483,467,856 작업진행률 29.86% 57.14% 94.99% 당초신고수입금액 204,445,849,451 288,739,047,287 399,454,549,532 해약후계약금액 919,555,093,080 923,690,149,616 924,272,153,376 해약후분양률 70.82% 71.14% 71.18% 해약후수입금액 178,976,516,339 253,217,400,697 350,169,567,001 차액(익금불산입) 25,469,333,112 35,521,646,590 49,284,982,531 당초 매출원가 162,020,019,089 232,555,947,313 331,444,284,821 해약후 매출원가 141,827,210,677 203,948,385,447 290,549,773,064 차액(손금불산입) 20,271,376,702 28,607,561,872 40,894,511,751 소득금액감소액 5,197,956,410 6,914,084,719 8,390,470,779 [표 2] (단위: 원) 구분 최초 법인세 신고 이 사건 경정청구 정당세액 이 사건 경정청구와 정당세액의 차이 손익계산서 당기순이익 46,737,937,100 46,737,937,100 46,737,937,100 0 익금 37,730,004,384 74,624,516,136 74,624,516,136 0 손금 27,376,145,963 76,661,128,494 76,429,361,594 △231,766,900 차가감소소득금액 53,091,795,521 44,701,324,742 44,933,091,642 231,766,900 기부금이월공제 359,300,000 359,300,000 각 사업연도 소득금액 53,091,795,521 44,342,024,742 44,573,791,642 231,766,900 이월결손금 공제액 5,373,568,920 17,126,310,048 17,093,209,010 △33,101,038 과세표준 47,718,226,601 27,215,714,694 27,480,582,632 264,867,938 산출세액 10,476,009,852 5,965,457,232 6,023,728,179 58,270,946 환급예상세액 4,510,552,620 4,452,281,673 1) △58,270,946 [표 3] (단위: 원) 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 아파트를 분양하여 법인세를 납부할 의무가 성립하였으나, 이 사건 분양계약의 해제로 인하여 해당 부분에 관하여 소득이 실현되지 않은 것으로 확정되었으므로, 이는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에서 정한 후발적 경정청구사유가 된다. 따라서 특별한 사정이 없는 한 피고는 이 사건 경정청구에 따라 원고에게 2009 사업연도 귀속 법인세 4,452,281,673원을 환급하여야 하므로, 이를 거부한 이 사건 처분 중 58,270,327원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 피고의 주장에 대한 판단

• 가) 피고는, 이 사건 해제분 중 70세대는 2012년에 해제된 것이고, 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정된 법인세법 시행령 제69조 제3항 이 적용되어 분양해제로 인하여 실현되지 않은 소득금액을 해약일에 속하는 사업연도의 손익에 반영하여야 하므로, 이 사건 해제분 중 70세대에 대한 분양계약의 해제는 후발적 경정청구사유가 될 수 없다고 주장한다. 법인세법 시행령 제69조 제3항 이 2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 ‘제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다’고 개정되었고, 이는 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용된다(부칙 제2조). 을 제5 내지 11, 14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 해제분 중 일부 세대에 대하여 2012. 1. 1. 이후 위 각 세대가 금융기관으로부터 받은 중도금 대출을 대위변제하고, 위 각 대위변제일을 해제일로 하여 각 세대별 매출에 대하여 신고·납부한 부가가치세를 환급받은 사실, 원고는 2011, 2012 각 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 이 사건 해제분에 대한 재계약일자가 속한 사업연도에 각 세대에 대하여 몰취한 계약금을 잡이익으로 계상하고, 할인하여 재분양이 이루어진 세대에 대하여 그 차액을 잡손실로 계상하였는데, 2012 사업연도 귀속 법인세를 신고 하면서 2012. 1. 1. 이후 재계약이 이루어진 이 사건 해제분 중 70세대에 대하여 몰취 한 계약금 15,424,700,000원을 잡이익으로, 할인분양으로 인한 손실 28,668,358,341원을 잡손실로 각 계상한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 갑 제5 내지 14호증 의 각 기재, 이 법원의 ■■ 주식회사에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 해제분 181세대를 분양받은 사람들이 분양대금을 납입하지 않는 등 계약조건을 이행하지 않자, 원고가 위 각 세대에 대하여 해제일을 2011. 1. 6.부터 2011. 9. 15.까지로 특정하여 내용증명우편을 보낸 사실, 원고는 2014. 10. 15. 피고에게 이 사건 해제분에 대한 분양계약은 모두 2011 사업연도에 해제되었음을 전제로 2012 사업연도 귀속 법인세 신고 당시 잡이익으로 계상한 위 15,424,700,000원을 2011 사업연도 익금에 산입하고, 2012 사업연도 익금에 불산입하는 것으로 2011, 2012 각 사업연도 귀속 법인세를 수정신고한 사실을 인정할 수 있으므로, 앞서 인정한 사실만으로 이 사건 해제분 중 70세대의 해제일자가 위 각 내용증명우편에 명시된 해제일과 달리 2012. 1. 1. 이후라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 해제분에 대해서는 위 개정된 법인세법 시행령 제69조 제3항 이 적용되지 않는다. 피고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.
• 나) 피고는 원고가 이 사건 해제분에 대하여 2011, 2012 각 사업연도의 손익에 반영하여 법인세 신고를 마쳤으므로, 이는 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하여 온 특별한 사정에 해당하므로, 이 사건 분양계약의 해제는 당초 성립한 납세의무에 영향을 미칠 수 없어 후발적 경정청구사유가 될 수 없다고 주장한다. 원고가 2005 사업연도부터 2012 사업연도까지 작업진행률과 분양률을 적용하여 익금에 산입할 분양수익(총분양예정가액 × 분양률 × 작업진행률 - 전기말 누적분양수익)과 손금에 산입할 분양원가(누적실제발생비용 × 분양률 - 전기말 누적분양원가)를 산정하고 [표1] 기재와 같이 각 사업연도 귀속 법인세를 신고해온 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 방법으로 익금과 손금을 산정하여 법인세를 신고하면, 작업진행률이 지속적으로 증가하고, 당기 분양수익은 총 분양수익에서 전기말 누적분양수익을 빼는 방식으로 산정함에 따라, 분양계약의 해제가 있으면 그 해제일이 속한 사업연도의 분양률에 반영되어 그 해제일이 속한 당기 분양수익이 감소됨으로써, 해제된 계약의 체결일이 속한 사업연도에 과다 산정된 분양수익이 자동으로 차감되어 보정된다 {[표1] 2006 사업연도와 2007 사업연도를 예로 들어 본다. 2006 사업연도 분양률은 82.13%였으나, 2007 사업연도에 80.85%로 분양률이 감소되어 2007 사업연도에 분양계약의 해제가 있었다. 위와 같이 해제된 세대의 분양계약 체결일이 2006 사업연도에 속하는 것으로 가정하여 해제의 효과를 소급하여 계산하면, 2006 사업연도의 분양률은 80.85%가되고, 누적분양수익은 약 1,073억 원(= 12,885억 원 × 80.85% × 10.30%)이 되는데,원고는 2006 사업연도의 누적분양수익을 1,090억 원으로 산정하였으므로 당기 분양수익도 그 차액인 17억 원 만큼 더 신고한 셈이 된다. 그러나 작업진행률의 증가 및 분양률의 감소에 따라 이렇게 과다 신고된 17억 원은 2007 사업연도 귀속 법인세 신고시 차감되어 반영된다. 원고는 2007 사업연도의 누적분양수익 3,134억 원에서 전기이전 분양수익 1,073억 원을 뺀 나머지 2,061억 원을 당기 분양수익으로 신고하였어야하나, 2,044억 원을 신고하였으므로 결국 17억 원 만큼 더 적게 신고한 셈이 된다.}. 그러나 이러한 효과는 법인세법 제40조, 같은 법 시행령 제69조, 같은 법 시행규칙 제34조 등에 정해진 것과 같은 방식에 따라 작업진행률과 분양률을 적용하여 분양수익과 분양원가를 계산하면 당연히 발생하는 결과이고, 그럼에도 불구하고 아파트 신축·분양 사업에 관하여 위 방식에 따라 법인세를 신고한 경우에도 분양계약의 해제가 후발적 경정청구사유에 해당한다고 보는 이상, 위 소득금액 차감효과를 가지고 후발적경정청구의 예외 사유가 되는 특별한 사정에 해당한다고 할 수 없다. 나아가 이 사건 분양계약의 해제가 ‘경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제’에 해당한다고 보기도 어렵다. 공동주택을 신축·분양하는 사업은 통상 수년 이상의 장기간에 걸쳐 이루어지는데(예컨대 분양계약의 체결은 사업초기에 집중되고, 분양금 수익은 공동주택의 준공 무렵에 집중되며, 분양계약의 해제는 준공일 후에도 지속적으로 발생하는 등 각 사업연도의 사업여건이 일정하지 않다), 그 결과 사업초기에는 손실이 누적되다가 공동주택을 준공하여 분양을 마칠 무렵에 수익이 집중되는 경우가 흔히 발생할 수 있고, 이에 더하여 분양되는 공동주택의 각 세대는 가격형성 요인상 각기 다른 특성을 가지고 있는 점, 분양계약이 해제되는 시기나 사유 역시 일정치 아니한 점까지 고려하면, 이 사건과 같은 공동주택에 관한 분양계약의 해제가 경상적·반복적으로 이루어지는 것이라고 보기 어렵기 때문이다. 피고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ■ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전 것) 제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우 ■ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조(손익의 귀속사업연도)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. ■ 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설등의 계약기간(그 목적물의 건설등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설등의 경우 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제2항의 규정은 건설등의 계약기간이 1년 미만인 경우로서 법인이 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 하여 수익과 비용을 계상한 경우의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. ■ 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되어 2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도)

① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다)이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. ■ 구 법인세법 시행규칙(2011. 2. 28. 기획재정부령 제187호로 개정되기 전 것) 제34조(작업진행률의 계산 등)

① 영 제69조 제2항 본문에서 "건설 등을 완료한 정도"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간 등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간 등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 해당 사업연도 말까지 발생한 총공사비누적액 작업진행률 = ─────────────────────── 총공사예정비

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도 말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해 사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 단서에서 "기획재정부령이 정하는 경우"라 함은 법인이 비치·기장한 장부가 없거나 비치·기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다. 끝. 1) 원고는 이 사건 소제기 당시 2009 사업연도 귀속 법인세 중 4,510,552,000원의 환급을 구하였으나, 피고가 2015. 1. 21.자 준비서면으로 원고의 주장에 따라 이 사건 분양계약의 해제를 소급하여 반영하면 2007, 2008, 2009 각 사업연도 소득금액이 변동되고, 이에 따라 접대비, 대손충당금 각 한도 초과액 등도 재계산되어 2009 사업연도 손금불산입되는 금액이 이 사건 경정청구 보다 264,867,938원이 늘어나 결과적으로 정당세액은 6,023,728,179원, 환급되는 세액은 4,452,281,673원이 된다고 주장하자, 2015. 2. 27.자 준비서면으로 이를 다투지 않는다고 진술하였다.