부동산매매업을 하던 사업자가 자신의 의료법인에 출연한 부동산은 포괄적양수도에 해당하지 않음

사 건 2011구합4765 부가가치세등부과처분취소 원 고 AA산업 주식회사 피 고 경주세무서장 변 론 종 결

2013. 7. 17. 판 결 선 고

2013. 9. 6.

1. 피고가 2011. 9. 5. 원고에게 한 2008년 2기분 부가가치세 OOOO원(가산세 포함)의 부과처분 중 OOOO원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4는 원고가， 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2011. 9. 5. 원고에게 한 2008년 2기분 부가가치세 OOOO원， 가산세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1989. 11. 24. 주택건설업 부동산 매매 및 임대업 등을 사업목적으로 하 여 설립되었는데， 대표이사 임BB 소유이던 OO시 OO동 340-4 대 1，214.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 철근콘크리트조 스라브지붕 및 경량철골조 판넬지붕 지 하 2층， 지상 5층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 1990. 12. 28. 소유권 보존등기를 마쳤다
• 나. 임BB는 2008. 4. 1. 의료법인 CC의료재단(이하 ‘CC의료재단’이라 한다)을 설 립하고 법인설립등기를 마쳤으며， 자신의 소유인 OO시 OO동 339-33 대 224.8㎡ 및 위 지상 철근콘크리트조 스라브지붕 3층 건물(이하 ‘이 사건 종전 부동산’이라 한다)을 출연하였으나 소유권이전등기를 경료하지는 않았다.
• 다. CC의료재단은 2008. 4. 21. 이사회를 개최하여 이 사건 종전 부동산이 너무 협소하므로 의료법인의 목적사업을 수행하기 곤란하다는 이유로 이 사건 종전 부동산에 관한 출연계약을 해제하고， 원고로부터 이 사건 건물을， 임BB로부터 이 사건 토지를 각 출연받되(이하 ‘이 사건 출연’이라 한다)， 위 각 토지 및 건물을 담보로 한 채무(대출금채무 및 임대차보증금반환채무 이하 ‘이 사건 채무’라 한다)를 인수하기로 결의하였다.
• 라. CC의료재단은 2008. 5. 6. 위와 같은 내용의 정관 변경에 관하여 주무관청인 경상북도지사의 허가를 받았고， 이에 따라 원고와 임BB는 2008. 10. 28. 이 사건 토지 및 건물에 관하여 CC의료재단 앞으로 같은 날짜 출연을 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳤으며， 그 후 원고는 2009. 4. 1.부터 2010. 3. 31.까지 휴업을 하였다가 2010. 12. 31. 폐업 하였다.
• 마. 이 사건 토지 및 건물의 시가(2007. 4. 20. 기준)는 OOOO원， OOOO원이고， CC의료재단이 인수한 이 사건 토지 및 건물에 관한 근저당권의 피담보채무 등은 다음과 같이 합계 OOOO이다. 순번 근저당권자 실제 채무액 (단위: 원) 채권 최고액 (단위: 원) 1 신OOFFF OOOO OOOO 2 OOFFF OOOO OOOO 소계 OOOO 순번 임차인 임차보증금 (단위: 원) 비고 1 주식회사 DDD OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 5) 2 EE생명보험 주식회사 OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 23) 3 한화화재보험 주식회사 OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 24) 4 주식회사 GG화장품 OOOO 근저당권 미설정 5 주식회사 HHH OOOO 근저당권 미설정 6 III 주식회사 OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 20) 7 국민건강보험공단 OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 1-6) 8 주식회사 JJ은행 OOOO 근저당권 설정(등기부 순번 1-7) 9 국민건강보험공단 OOOO 채권최고액 OOOO 원으로 근저당권 설정(등기부 순번 5-2) 10 KK헬스클럽 OOOO 근저당권 미설정 소계 OOOO 합계 OOOO
• 바. 피고는 2011. 9. 5. 원고에게 ‘CC의료재단이 이 사건 건물에 대한 원고의 이 사 건 채무를 승계하였으므로 이 사건 출연은 부담부 증여이어서 재화의 공급에 해당한 다’는 이유로 2008년 2기분 부가가치세 OOOO원， 가산세 OOOO원을 경정 고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 사. 이에 불복하여 원고는 2011. 12. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나， 2012. 11. 20. 심판청구 기각 결정을 받았다. 【인정근거】다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 5， 7호증， 을 제1， 2， 4호증(각 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장

1. 원고의 주장

• 가) 원고는 CC의료재단에게 이 사건 건물 등이 포함된 사엽을 포괄적으로 양 도하였으므로， 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것， 이하 같다) 제6조 제6항 제2호에 따라 이 사건 건물의 양도는 재화의 공급에 해당되지 않는다.
• 나) 원고는 공익단체인 CC의료재단에게 무상으로 이 사건 건물을 공급하였으므로， 구 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 에 따라 이 사건 건물의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 또한 설사 CC의료재단이 이 사건 채무를 승계하였다고 하더라도 이 사건 토지의 시가만으로도 이 사건 건물에 설정된 이 사건 채무를 모두 충당 할 수 있으므로， 결국 CC의료재단은 무상으로 이 사건 건물을 양수받은 것과 다를 바가 없다.
• 다) 설사 그렇지 않더라도 이 사건 건물의 시가에서 이 사건 채무 중 위 건물의 피담보채무 안분액을 공제한 나머지 부분은 무상으로 공급한 것이므로， 이 부분에 대하여는 구 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 의 면세조항이 적용되어야 한다.

2. 피고의 주장

• 가) 이 사건 건물의 출연 전후의 사용현황이나 양도·양수자의 과세유형이 상이한 사정 등에 비추어 보면， 원고의 이 사건 출연은 구 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 소정의 포괄적인 사업의 양도로 볼 수 없다.
• 나) 원고의 이 사건 건물의 출연과 CC의료재단의 이 사건 토지 및 건물을 담보로 한 채무의 승계는 서로 경제적·실질적 대가관계에 있으므로， 이 사건 출연은 구 부가가치세법 제12조 제l항 제19호 소정의 공익단체에 무상으로 공급하는 재화에 해당하지 않는다.
• 다) 원고와 CC의료재단은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제4호 소정의 특수관 계자에 해당하고， 원고의 이 사건 출연은 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받고 재화를 공급한 경우에 해당하므로， 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 따라 이 사건 출연에 대한 과세표준은 이 사건 건물의 시가라고 할 것이다.
• 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 위 1) 가) 주장에 관한 판단 구 부가가치 세법 제6조 제6항 같은 법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것， 이하 같다) 제17조 제2항 소정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적， 인적 시설 및 권리의무를 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이고(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조)， 그 입증책임은 납세의무자에게 있다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결 참조) 그러므로 원고의 이 사건 출연이 사업의 양도에 해당하는지에 관하여 보건대， 갑 제 4 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고， 달리 이를 인정할 증거가 없고， 오히려 원고는 주택건설사업， 부동산 매매 빛 임대업 등을 사업목적으로 하는 회사인 반면， CC의료재단은 의료기관의 설치 운영， 지역 영세민 구료(救橫) 및 무의촌 순회 진료 기타 부대사업 등을 목적으로 하는 비영리의료법인으 로 그 사업 목적이 상이한 사실은 앞서 본 바와 같고， 갑 제4호증의 1， 갑 제6호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면， 이 사건 건물이 CC의료재단에게 출연 된 이후 이 사건 건물의 용도가 당초 휴게음식점， 업무시설， 학원에서 병원， 약국， 영유아 보육시설 등으로 대폭 변경된 사실을 인정할 수 있는바， 비영리의료법인인 CC의료 재단이 원고로부터 이 사건 건물을 출연 받은 것을 이 사건 건물을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양수하여 원고의 사업의 동일성을 유지하면서 경영 주체만을 교체시킨 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 출연을 부가가치세법상 비과세 대상인 사업의 양도임을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 원고의 위 1) 나), 다) 주장에 관한 판단

• 가) 무상 공급에 해당하는지 여부

(1) 구 부가가치세법 제1조 제l항 제l호는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과한다고 규정하고， 제12조 제1항 제19호는 국가， 지방자치단체， 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고， 구 부가가치세법 시행령 제39조 제1항 과 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 는 위와 같이 제19호에서 정하는 ‘공익단체’의 하나로 의료법에 의한 의료법인을 규정하였다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대， 임BB와 원고가 의료법에 의한 의료법인인 CC의료재단에게 이 사건 토지 및 건물을 출연하기로 하고， CC의료재단은 이 사건 토지 및 건물을 담보로 한 이 사건 채무를 인수하기로 약정한 사실은 앞서 본 바와 같으므로， 임BB와 원고는 CC의료재단이 이 사건 채무를 부담하는 것을 조건으로 이 사건 토지 및 건물을 CC의료재단에게 증여하였다고 할 것이다. 한편 증여는 무상·편무 계약이고， 부담부 증여에 있어서 그 부담은 증여에 대하여 대가관계에 서는 것이 아니므로， 부담부 증여는 쌍무계약이나 유상계약이 아니고， 부관 이 붙은 증여에 불과하다. 그런데 증여자의 증여와 수증자의 부담이 대가관계에 있지 않다고 하더라도， 수증자의 부담 범위에서는 대가관계에 있는 것으로 볼 수 있기 때문에 그러한 부담 범위에서는 유상·쌍무계약에 준하여 취급해야 한다. 이에 따라 민법 제559조 제2항 은 상대부담 있는 증여에 대하여 증여자가 그 부담의 한도에서 매도인과 같은 담보의 책임이 있다고 규정하고 제561조는 상대부담 있는 증여에 대하여는 쌍무계약에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 또한 소득세법 제88조 제1항 후문은 부담부 증여에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다고 규정하고， 상속세 및 증여세법 제47조 제1항 은 증여세 과세가액은 증여일 현재 증여재산가액을 합친 금액에서 그 증여재산에 담보된 채무로서 수증자가 인수한 금액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 원고가 이 사건 건물을 CC의료재단에게 증여한 것에 대하여 수증자인 CC의료재단이 인수하기로 한 채무 중 이 사건 토지 및 건물의 가액에 따라 안분한 범위에서는 유상·쌍무계약에 준하여 취급해야 하므로， 위 채무의 범위에서는 원고가 이 사건 건물을 CC의료재단에게 무상으로 공급하였다고 할 수 없다(서울고등법원 2013 6. 14. 선고 2012누20849 판결 참조).

• 나) 과세표준 및 정당한 세액의 계산

(1) 앞서 본 바와 같이 임BB와 원고는 CC의료재단이 이 사건 채무 OOOO원을 부담하는 것을 조건으로 이 사건 토지 및 건물을 CC의료재단에게 증여하였고， 이 사건 채무 범위에서는 임BB와 원고가 이 사건 토지 및 건물을 CC 의료재단에게 무상으로 공급하였다고 할 수 없으므로， 원고가 이 사건 건물을 CC의료재단에게 공급한 것에 대하여는， 무상으로 공급한 범위에서만 부가가치세법 제12조 제1항 제19호 에 따라 부가가치세가 면제되고， 이 사건 채무를 안분하여 무상으로 공급 하였다고 할 수 없는 범위에서는 부가가치세가 면제되지 않는다. 따라서 원고가 이 사건 건물을 CC의료재단에게 공급한 것에 대한 부가가치세 과세표준은 이 사건 채무를 이 사건 토지와 건물의 가액에 따라 안분하여 이 사건 건물에 해당하는 채무액으로 보아야 할 것이다.

(2) 이에 관하여 원고는， 이 사건 건물의 임차인 중 KK헬스클럽은 임차보증금 OOOO원을 지급하지 않은 채 입주하여 영업을 하다가 부도를 내고 도주하였으므로 CC의료재단이 승계할 채무가 없었다는 취지로 주장하나， 이를 인정할 아무런 증거가 없고， 오히려 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 CC의료재단은 2008. 5. 6. 경북도지사로부터 KK헬스클럽에 대한 임차보증금 반환채무 OOOO원을 포함한 이 사건 채무 OOOO원을 승계하는 내용의 정관변경 허가를 받은 사실을 인정할 수 있을 뿐이므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 이에 대하여 피고는 원고의 이 사건 출연은 특수관계자인 CC의료재단에게 부당하게 낮은 대가를 받고 재화를 공급한 경우에 해당하므로 구 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 따라 이 사건 건물의 시가를 과세표준으로 보아야 한다고 주장하므로 보건대， 부가가치세가 면제되는 공익단체에 무상으로 재화를 공급하는 경우에는 부당하게 낮은 대가라는 개념이 성립될 수 없고， 조세 부담의 부당한 감소 방지라는 취지와도 무관하므로， 부담부증여는 시가보다 저렴하게 재화를 공급한 경우에 해당하므로 그 시가를 과세표준으로 하여야 한다는 피고의 위 주장은 이유 없다.

(4) 나아가 정당한 세액에 관하여 보건대， 원고의 이 사건 출연 무렵의 이 사건 토지 및 건물의 시가는 OOOO원과 OOOO원이고， CC의료재단이 인수한 이 사건 채무액은 OOOO원인 사실은 앞서 본바와 같으므로， 이 사건 채무를 이 사건 토지 및 건물의 가액에 따라 안분하면， 이 사건 건물에 대한 채무액은 OOOO원{= OOOO원 x [OOOO원 / (OOOO원 + OOOO원)]， 원 미만 버림}이 된다. 따라서 원고가 이 사건 건물을 CC의료재단에 공급한 것에 대한 과세표준은 OOOO원(OOOO원 x 1.1) 1) 이고， 이러한 과세표준에 따라 원고가 납부해야 할 부가가치세를 계산하면 본세 OOOO원 및 가산세 OOOO원 2) 합계 OOOO원이 되므로， 결국 이 사건 처분 중 위와 같은 OOOO원을 초과하는 부분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 이 사건 건물의 공급대가, 즉 이 사건 건물에 해당하는 채무액인 OOOO원에서 세액을 공제하기 위하여 1.1로 나누어 산정한 공급가액이다. 2)

① 과소신고가산세: OOOO원 × 10/100 = OOOO원

② 납부불성실가산세: OOOO원 × 949(미납일) × 3/10,000 = OOOO원 [미납일수 949일 = 2009. 1. 25.(자진납부기간의 다음날) - 2011. 9. 1.(고지일)]

③ 세금계산서 가공·위장·미발급가산세: OOOO원 x 2/100 = OOOO원

④ 가산세 합계: OOOO원(= OOOO원 + OOOO원 + OOOO원)