과세처분에 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 외관상 명백하다고 볼 수 없으므로 당연무효가 아님

사 건 2011구합3229 법인세부과처분취소 원 고 XX 주식회사 피 고 동대구세무서장 변 론 종 결

2012. 4. 18. 판 결 선 고

2012. 5. 16.

1. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 예비적 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 주위적 청구취지: 피고가 2010. 12. 6. 원고에게 한 2005년 법인세 000원의 부과처분 및 2006년 법인세 000원의 부과처분을 각 취소한다. 예비적 청구취지: 피고가 2010. 12. 6. 원고에게 한 2005년 법인세 000원의 부과처분 및 2006년 법인세 000원의 부과처분이 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 2002. 8. 19. XX건설 주식회사(이하 ’XX건설’이라 한다)가 100% 출자하여 설립한 법인이다. 원고는 XX건설에게, ① 원고가 시행하는 대구 침산동 XX 아파트 개발사업의 공사(이하 ’이 사건 아파트공사’라 한다)를 2002. 9. 12. 000원에 도급주었다가 2003. 12. 1. 도급금액을 000원으로 변경하였고, ② 경기도 판교 OO빌라 개발사업의 공사(이하 ’이 사건 빌라공사’이라 한다)를 2004. 3. 30. 000원에 도급주었다가 2004. 12. 28. 도급금액을 000원으로 변경하였다.
• 나. 대구지방국세청장은 다음과 같이 원고가 공사도급금액을 증액시키는 방법으로 특수관계자인 XX건설에게 이 사건 아파트공사 및 빌라공사의 분양가 상승에 따른 이익을 분여한 것으로 보아, 증액된 도급금액의 일부를 부당행위계산으로 인정하여 익금산입하고 법인세 합계 000원의 세무조사결과통지를 하였다.

(1) 이 사건 아파트공사 도급금액 증가액 000원(= 000원 - 000원) 중 정당한 도급금액 증가액으로 인정되는 000원(건축연면적 증가분에 해당하는 금액)을 제외한 나머지 000원의 1/2인 000원을 원고가 XX건설에게 분여한 이익으로 보아 2005 사업연도에 000원을, 2006 사업연도에 000원을 각 익금산입하였다.

(2) 이 사건 빌라공사 도급금액 증가액 000원(= 000원 - 000원) 중 정당한 도급금액 증가액으로 인정되는 000원(건축연면적 증가분에 해당하는 금액)을 제외한 나머지 000원의 1/2인 000원을 원고가 XX건설에게 분여한 이익으로 보아 2005 사업연도에 000원을 익금 산입하였다.

• 다. 원고는 2010. 6. 28. 국세청에 이 사건 아파트공사에 대한 부당행위계산부인액에 대하여 과세전적부심사를 청구하였으나, 2010. 11. 22. 불채택되었다.
• 라. 피고는 위 조사결과에 따라 2010. 12. 3. 원고에게 2005 사업연도 법인세 000원과 2006 사업연도 법인세 000원을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2011. 3. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 5. 24. 청구기간 도과로 각하되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증 내지 제5호증의 2, 갑 제14호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1, 2, 을 제8, 9호증, 을 제13호증의 1 내지 제15호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고는 원고가 경유한 조세심판절차는 제기기간의 도과로 부적법하므로 주위적 청구의 소 역시 부적법하다고 주장한다.
• 나. 국세기본법 제56조 제2항, 제68조 제1항에 의하면 국세기본법 또는 세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없고, 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 국세기본법 제8조 제1항, 제10조 제1항, 제8항, 제12조 제1항, 동법 시행령 제6조의 4 제1항, 제2항에 의하면 납세자가 동의한 경우 국세청장은 납세고지서를 그 서류에 수신인으로 지정되어 있는 사람의 전자우편주소에 입력하는 방법 또는 국세정보통신망에 저장하는 방법으로 전자송달할 수 있는데, 이 때 해당 납세자로 하여금 국세정보통신망에 접속하여 해당 서류를 열람할 수 있게 하여야 하고, 전자송달의 경우 해당 서류가 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때 또는 국세정보통신망에 저장된 때에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다. 을 제2호증 내지 제5호증의 2의 각 기재에 의하면, 원고는 2003. 6. 13. 피고에게 납세고지서 등의 전자송달을 신청한 사실, 피고는 2010. 12. 3. 14:31경 이 사건 각 법인세의 납세고지서를 국세정보통신망에 저장하고 원고가 신청한 E-mail 주소로도 발송한 다음 문자메시지로 그 사실을 알림으로써 원고가 2010. 12. 3. 16:46경 위 E-mail을 확인한 사실이 인정되고, 피고가 그로부터 90일이 지난 후인 2011. 3. 5. 조세심판원에 심판청구를 제기한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실에 의하면 피고가 2010. 12. 3. 납세고지서를 원고에게 적법하게 송달하였으므로, 그때로부터 청구기간 90일을 도과하여 제기된 심판청구는 부적법하고, 따라서 이 사건 주위적 청구의 소는 적법한 심판절차를 거치지 아니하여 부적법하므로 피고의 주장은 이유 있다.

• 가. 이 사건 처분의 위법사유는 다음과 같다.

① 이 사건 아파트 개발사업은 사실상 XX건설이 주체가 되어 시행·시공한 것 인데 명목상 원고에게 시행대행을 맡긴 것에 불과하므로 분양가상승에 따른 이익은 전부 XX건설에 귀속시키는 것이 당연하고, 그 이익의 1/2만이 XX건설의 정당한 이익이라고 볼 근거가 없으며, ② 이 사건 빌라 개발사업은 설계변경의 고급화에 따라 공사비 추가분이 발생하여 정당하게 도급금액이 증액된 것이므로 부당행위계산 부인대상이 아니고, ③ XX건설이 법인세를 납부하였으므로 원고에게 동일한 수익에 대하여 다시 법인세를 부과하는 것은 이중과세에 해당한다.

• 나. 위와 같은 위법사유는 중대하고 명백하므로 이 사건 처분은 무효이다.

별지 ’관계법령’ 기재와 같다.

• 가. 원고의 위 3.가. ①, ② 주장에 대한 판단

(1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1, 2항, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 법률 제19891호로 개정되기 전의 것) 제88조 제1항 제7호에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자로부터 용역을 시가보다 높은 이율·요율로 제공받는 등으로 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(부당행위계산)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 부당행위계산에 해당하는지 여부는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 하는데, 구 법인세법 시행령(2007. 2. 28. 법률 제19891호로 개정되기 전의 것) 제89조 제4항 제2호에 의하면, 건설 기타 용역을 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(원가)과 원가에 당해 사업연도중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업 회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 시가로 한다. 여기서 용역을 시가보다 높은 이율·요율로 제공받았다는 점에 관한 주장·입증책임은 과세관청에 있다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95누3589 판결) 부당행위계산부인제도는 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감사켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정 되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수 관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결).

(2) 원고의 위 3.가.① 주장 부분 위 법리에 의하면 원고가 XX건설에게 지급한 이 사건 아파트공사의 도급금액 이 시가를 초과하였다는 점은 피고가 입증하여야 하는데, 을 제16호증의 1 내지 제18호증의 5의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 오히려 갑 제4, 6호증의 각 기재에 의하면, ① 원고가 2002. 9. 12. XX건설과 사이에 체결한 공사도급약정(갑 제4호증)에 의하면, 분양가격의 조정 등으로 인하여 추가매출액이 발생될 경우 분양가격 상승분은 XX건설의 도급공사비에 반영하여 정산하고, 원고의 업무범위는 ’사업 부지의 확보, 사업시행자로서의 업무협조 및 XX건설의 업무지원’인 사실, ② XX건설은 이 사건 아파트공사 도급계약이 체결되기도 전인 2002. 7. 29. 주식회사 YY 산업개발로부터 매수인의 지위를 양수한 다음 2002. 9. 11. 그 매수인 지위를 다시 원고에게 양도함으로써 원고를 대신하여 사업부지를 확보한 사실, ③ XX건설은 이 사건 아파트공사의 시공 및 분양 등 주요 업무도 스스로 한 사실이 인정되고, 위 인정 사실에 의하면 이 사건의 경우 XX건설이 이 사건 아파트사업에 기여한 정도가 원 고보다 훨씬 크다고 할 것이므로, 원고가 XX건설에게 지급한 도급금액이 시가를 초과하였음이 입증되었다고 할 수 없다.

(3) 원고의 위 3.가.② 주장 부분 위 법리에 의하면, 원고가 XX건설에게 지급한 이 사건 빌라공사의 도급금액이 시가를 초과하였다는 점은 피고가 입증하여야 하는데, 갑 제11호증 내지 제13호증의 2, 을 제16호증의 1 내지 제18호증의 5의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

• 나. 원고의 위 3.가.③ 주장에 대한 판단 이 사건 아파트공사와 빌라공사의 수급인이 원고로부터 지급받은 도급금액을 그의 수익으로 인정하여 법인세를 납부하였다고 하더라도, 원고가 자신의 수익으로 귀속되어야 할 도급금액을 수급인의 수익으로 귀속시킨 것이 부당행위계산에 해당한다면, 과세관청으로서는 원고가 누락한 도급금액을 원고의 익금에 산입하고 그에 대하여 법인세를 부과할 수 있고 그것이 실질과세의 원칙에 반한다거나 이중과세가 된다고 할 수는 없으므로(대법원 2005. 9. 29. 선고 2004두7085 판결 참조), 원고의 주장은 이유 없다.
• 다. 원고의 위 3.나. 주장에 대한 판단

(1) 일반적으로 과세대상이 되는 법률관계나 소득 또는 행위 등의 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이지만 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 참조).

(2) 살피건대, 원고와 XX건설이 특수관계에 있는 점, 이 사건 아파트공사 및 빌라공사의 도급금액이 당초의 계약보다 상당히 증액된 점, 을 제18호증의 1 내지 5의 기재에 의하면 소외인들의 경우 분양가가 상승되는 경우에 시행사와 시공사 사이에 그 상승이익의 1/2씩을 분배하기로 하는 약정이 체결된 사례가 있는 사실이 인정되는 점 등을 종합하면, 피고로서는 원고가 XX건설에게 시가보다 높은 도급금액을 지급한 것이라고 오인할 만한 객관적 사정이 있었다고 보이고, 원고가 이 법원에 제출한 증거를 종합하더라도 이 사건 아파트공사 및 빌라공사에 관하여 증액된 도급금액이 원가의 상승분을 얼마나 반영한 것인지 알 수 없는 점에 비추어 볼 때 그 증액분이 사가보다 높지 않다는 것도 입증되지 아니하였다고 할 것이므로 이 사건 처분에 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 외관상 명백하다고 볼 수 없으니, 이 사건 처분이 당연무효라고는 할 수 없고, 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 주위적 청구의 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하고, 원고의 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.