임시투자세액 공제에 앞서 외국인투자 법인세 감면을 먼저 적용하여야 함

사 건 2011구합1506 법인세등부과처분취소 원 고 XX코리아 주식회사 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2011. 6. 3. 판 결 선 고

2011. 7. 13.

1. 피고가 2009. 3. 19. 원고에게 한 2003년 귀속 농어촌특별세 135,606,300원의 부과 처분 및 2009. 9. 10. 원고에게 한 2004년 귀속 농어촌특별세 286,540,100원, 2005 년 귀속 법인세 942,063,990원, 2006년 귀속 법인세 982,132,690원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 1999. 6. 14. 모터류 및 발전기 등 자동차 부품의 제조·판매를 주된 사업목적으로 설립된 외국인투자법인이다.
• 나. 원고는 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조특법’이라 한다) 제121조의2 제1항에 따라 Start- Motor와 Alternator 제품 판매사업 으로 인한 소득에 대한 법인세 중 설립연도 개시일부터 7년간은 그 전액을, 이후 3년간은 그 50%를 각 감면하는 ’외국인투자법인세감면’(이하 줄여서 ’외투감면’이라 한다) 을 받게 되었으나, 2000 내지 2001 사업연도에는 결손금이 발생하여 2002 사업연도까지 감면받지 못하다가, 2003 사업연도부터는 구 조특법 제26조 등에 따른 ‘임시투자세액공제’과 동시에 적용받게 되었다.
• 다. 원고는 2003 내지 2006 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 아래와 같이 원고 법인의 산출세액에서 먼저 외투감면을 한 후 구 조특법 제26조 등에 따른 임시투자세액공제를 적용하였다.
• 라. 피고는, 원고와 달리 산출세액에서 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제를 먼 저 한 후 최저한세가 적용되지 아니하는 외투감면을 하여 세액을 산출하여, ① 2009. 3. 19. 원고에게 2003년도 귀속 농어촌특별세 149,166,930원을 경정·고지하였는데, 원고가 2009. 6. 16. 이의신청을 하자 위 세액 중 선고불성실가산세 13,560,630원 부분이 취소되어 세액은 135,606,300원으로 감액되었고, ② 2009. 9. 10. 원고에게 2004년 귀속 농어촌특별세 286,540,100원, 2005년 귀속 법인세 942,063,990원, 2006년 귀속 법인세 982,132,690원을 각 경정·고지하였다(이하 위 ①, ② 처분을 통틀어 ’이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2009. 10. 22. 조세심판원에 심판청구하였으나 2010. 12 31. 모두 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제 4 내지 7호증, 갑 제12, 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장은 다음과 같다. (1) 법인세법 제59조 에 의하면 공제감면은 ① 세액감면, ② 세액공제의 순서로 하여야 함에도 불구하고, 피고가 이와 달리 ① 세액공제, ② 세액감면의 순서로 한 것은 위법하다.

(2) 피고는 경정청구에 대한 결과통지, 심판청구에 대한 직권경정 및 세무조사결과 통지 등에서 공적인 견해표명을 한 후 이와 모순되는 이 사건 처분을 하였으므로 세법상 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다.

• 나. 피고의 주장은 다음과 같다.

(1) 구 조특법 제132조의 최저한세 규정은 공제감면의 순서를 정한 법인세법 제59조 의 특별규정이므로 위 제132조에 따라 ① 세액공제, ② 세액감면의 순서로 공제감면 한 것은 적법하다.

(2) 경정청구에 대한 결과통지나 임시투자세액공제의 요건에 해당하는 설비자산의 적정 여부 등을 검토하고 그 결과를 통보한 것은 세액공제감면의 적용순서에 대한 공적인 표명이 아니고, 설사 견해표명에 해당하더라도 합법성의 원칙을 희생하면서 신뢰를 보호하여야만 할 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

별지 ’관계법령’ 기재와 같다.

• 가. 이 사건의 쟁점은 구 조특법 제132조의 최저한세 규정이 적용되는 임시투자세액공제와 위 최저한세 규정이 적용되지 아니하는 외투감면이 동시에 적용되는 경우 어느 것을 먼저 공제감면할 것인지이다. 구 법인세법 제59조 (2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 ① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면, ② 이윌공제가 인정되지 아니하는 세액공제, ③ 이윌공제가 인정되는 세액공제 순서로 적용하여야 한다. 구 조특법 제132조 제1항, 구 조특법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개 정되기 전의 것, 이하 ’구 조특법 시행령’이라 한다) 제126조 제2항에 의하면, 내국법인 의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의2 의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세·가산세 및 대통령령이 정하는 추정세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 구 조특법 제132조 제1항 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 같은 항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100 분의 15를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니하고, 여기서 본문의 ’대통령령이 정하는 세액공제 등’이 라 함은 법인세 감면 중 구 조특법 제132조 제1항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제·세액면제 및 감면을 말하는데, 이 사건 외투감면은 이에 해당한다. 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제3호 [별지 제3호 서식] ’법인세 과세표준 및 세액 조정계산서’는 구 조특법 제132조의 최저한세가 적용되는 감면세액을 위 최저한세가 적용되지 않는 감면세액에 앞서 감면하는 것처럼 규정하고 있다. 이 사건 처분 후인 2010. 1. 1.부터 시행된 구 조특법(2010. 3. 12 법률 제10068호로 개정되기 전의 것, 이하 ’개정 조특법’이라 한다) 제132조 제3항은, 조특법을 적용할 때 조특법 제132조의 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용한다고 규정하고 있다.
• 나. 살피건대, 다음과 같은 사정을 종합하면 법인세법 제59조 에 따라 임시투자세액 공제에 앞서 외투감면을 먼저 하여야 한다고 봄이 상당하다. (1) 법인세법 제59조 제1항 에 의하면, 외투감면은 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면에 해당하고, 임시투자세액공제 등은 이윌공제가 인정되는 세액공제에 해당하여 특별한 규정이 없으면 외투감면을 먼저 하여야 한다.

(2) 구 조특법 제132조 제1항, 구 조특법 시행령 제126조 제2항의 규정은 각 사업연 도의 소득에 대한 법인세를 산출함에 있어 ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 하지 아니한 법인세를 먼저 산출하고(구 조특법 제132조 제1항은 ’최저한세 적용대상인 감 면 등’을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에서 다시 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 하는 것은 ’최저한세 적용대상인 감면 등’을 이중으로 하는 셈이 되므로 ’최저한세 적용대상인 감면 등’은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서 그 취지를 별도로 규정하지 않았고, ’최저한세 적용대상이 아닌 감면 등’을 할 것 인지 여부만 규정한 것으로 보인다), 여기서 ’최저한세가 적용되는 감면 등’을 한 후에 남는 세액을 산출하여 그 세액이 최저한세에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당 하는 부분은 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있어 ’최저한세가 적용되는 감면 등의 한도’를 정하였을 뿐 ’최저한세가 적용되지 않는 감면 등의 한도 또는 적용순서’를 정한 것은 아니므로 이를 법인세 제59조 제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 특별한 규정으로 보기 어렵다. (3) 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제3호 [별지 제3호 서식] ’법인세 과세표준 및 세액조정계산서’는 법인세의 신고·납부에 필요한 행정절차를 규정한 것이므로 상위법령인 법인세법 제59조 가 정한 공제감면의 적용순서의 예외를 정한 특별한 규정으로 볼 수 없다.

(4) 개정 조특법 제132조 제3항은 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 등 이 동시에 적용되는 경우 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 한다고 규정하였으므로 이에 따르면 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제가 최저한세가 적용되지 않는 외투감면에 앞서 적용되어야 하고, 따라서 위 규정은 법인세법 제59조 와 달리 감면순서를 정한 것인데, 헌법 제59조가 정한 조세법률주의의 원칙에 비추어 볼 때 위 신설 규정은 법인세법 제59조 와 구 조특법 제132조 제1항의 해석상 위 규정이 당연히 도출됨을 전제로 하여 감면순서를 확인하는 의미에서 규정한 것으로 볼 수는 없고 법인세법 제59조 가 정한 감면순서의 예외를 새로 정한 것으로 보아야 한다. 위 규정은 이 사건 법인세의 사업연도 및 이 사건 처분 후에 신설되었으므로 이 사건 처분에는 적용되지 아니한다. 따라서 피고가 외투감면에 앞서 임시투자세액공제를 먼저 한 것은 위법하므로 원고의 주장은 이유 있다(위와 같은 하자는 이 사건 처분을 취소하기에 충분하므로 원고의 나머지 주장에 대한 판단은 하지 않기로 한다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.