취득시기가 다른 토지를 일괄하여 양도한 경우 실지거래가액의 산정

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2007. 8. 6. 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 189,219,250원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 12. 19. ○○시 ○○읍 ○○리 116-234 전274㎡(이하 ’제1토지’라고 한다) 및 같은 리 158-2 전 809㎡(이하 ’제2토지’라고 하고, 제1토지와 합하여 ’이 사건 토지’라고 한다)를 소외 이○순에게 양도가액의 구분 없이 일괄하여 654,000,000원에 양도한 후, 제1토지는 기준시가로 신고하고, 제2토지는 1년 이내의 단기양도에 해당하여 실지거래가액 신고대상으로서 양도가액 97,000,000원 및 취득가액 87,000,000원으로 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.
• 나. 이 사건 토지의 매수자인 이○순은 2006. 4. 19. 제l토지 및 제2토지를 합필한 다음, 2006. 5. 15. 이 사건 토지(합필 면적 1,083㎡)를 같은 리 158-4 전 422㎡(이하 ’제 3토지’라고 한다) 및 같은 리 158-2 전 661㎡로 각 분필하고, 제3토지를 소외 서○열 에게 양도하면서 양도가액은 357,400,000원, 취득가액은 이 사건 토지의 실지 취득가액인 654,000,000원을 취득당시 기준시가로 안분하여 계산한 취득가액 254,835,000원 (654,000,000원 x 422㎡/1,083㎡)을 적용하여 실지거래가액에 의해 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.
• 다. 대구지방국세청은 피고에 대한 정기업무감사시 원고가 신고한 이 사건 토지의 양도가액과 매수자 이○순이 신고한 취득가액이 서로 상이한 사실을 발견하여 실지 양도 가액 및 취득가액을 확인하게 되었고, 그 결과 원고가 이 사건 토지를 필지별 양도가 액의 구분 없이 이○순에게 654,000,000원에 일괄 양도한 사실과 제2토지는 전 소유자 인 김○우로부터 171,500,000원에 취득한 사실을 알게 되었다.
• 라. 이에 대구지방국세청은 피고에게 원고가 양도한 이 사건 토지는 필지별 양도가액이 불분명하므로 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의거하여 제2토지의 양도가액은 이 사건 토지의 실지 양도가액인 654,000,000원을 기준시가(2필지의 개별공시지가 동 일)에 비례하여 안분계산 한 금액인 488,537,000원(654,000,000원 x 809㎡/1,083㎡)으로, 취득가액은 171,500,000원으로 적용하여 양도소득세를 경정할 것을 요구하였다.
• 마. 피고는 이에 따라 2007. 8. 6. 원고에게 2004년 귀속 양도소득세 189,219,250원을 경정 ∙ 고지하였다(이하 ’이 사건 처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2007. 11. 27. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 6. 12. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1,3, 4, 5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

(1) 토지와 건물 등의 가액이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 안분계산하도록 한 소득세법 제100조 제2항 규정은 강행규정이 아니라 임의 규정이므로 양도 당시 취득금액, 입지조건 등을 감안하여 취득 당시 실지거래가액 비율로 안분계산하여야 함에도 피고가 각 필지별 실지거래가액 계산시 양도 당시 개별공시지가를 기준으로 안분계산 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 제2토지는 취득시인 2004. 10. 12.과 양도시인 2004. 12. 19. 개별공시지가가 없었는데, 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 에 의하면 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때 양도차익을 산정함에 있어서 토지와 건물 등의 기준시가가 없는 경우에는 감정평가액을 기준으로 안분계산하고, 감정평가액이 없으면 장부가액을 기준으로, 장부가액이 없으면 취득가액 을 기준으로 안분계산하도록 규정하고 있으므로, 피고가 제2토지의 양도가액을 안분계산함에 있어서 그 기준시가가 없었음에도 감정평가액, 장부가액, 취득가액을 순차적으로 적용하여 안분계산을 하지 않고 제2토지의 분할 전 모지번 토지의 공시지가를 적용하여 안분계산한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 가사, 제2토지에 분할 전 토지의 공시지가를 적용하여 기준시가가 있는 경우에 해당한다고 하더라도 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제4항, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 에 의하면 감정평가액이 있는 경우에는 그 가액을 기준으로 안분계산하고, 감정평가액이 없을 경우에 기준시가를 기준으로 안분계산한다고 규정하고 있으므로, 피고가 적법한 절차에 따라 제2토지를 평가한다거나 감정평가를 의뢰하는 등의 어떠한 노력도 없이 제2토지의 모지번 개별공시지가를 적용하여 안분계산한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계법령
• 다. 인정사실

(1) 원고는 1995. 10. 24. 소외 채○오로부터 제1토지를 매매대금 207,500,000원에 매수하였고, 2004. 10. 12. 김○우로부터 제2토지를 매매대금 171,500,000원에 매수하였다가 2004. 12. 19. 제1토지 및 제2토지를 김○순에게 매매대금 654,000,000원에 일괄하여 매도하였다.

(2) 김○우 소유의 ○○시 ○○읍 ○○리 158 전 1,613㎡는 2004. 9. 7. 같은 리 158 전 252㎡, 같은 리 158-1 천 552㎡ 및 제2토지로 분할되었다.

(3) 제1토지의 2004. 5. 31. 고시된 개별공시지가는 97,700원이고, 제2토지가 분할되기 전 모지번 토지인 ○○시 ○○읍 ○○리 158 토지의 2004. 5. 31. 고시된 개별공시지가는 97,700원이다.

(4) 토지의 개별공시지가는 매년 1월 1일을 기준으로 토지특성을 조사하여 5월 31일 고시하는 정기분과 토지이동(분할, 합병 등)에 따라 7월 1일 기준으로 10월 31일 고시 하는 수시분으로 구분되는데, 제2토지는 2004. 9. 7.자 토지분할에 의해 생겨난 토지로 서 2004. 1. 1.과 7. 1.을 기준으로 하는 2004년 개별공시지가는 고시되지 않았다. [인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제2, 6, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 (1) 소득세법 제96조 제1항 은 양도가액은 양도 당시의 기준시가에 의하되, 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우는 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제4항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의 하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 토지와 건물 등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약을 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산하고, 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있으므로, 제1, 2토지의 양도가 실지거래가액에 의해 산정하여야 할 경우로서 일괄 양도하여 그 가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다면 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정이 정한 기준에 따라야 할 것이다. 앞서 본 바에 의하면, 제2토지는 취득 후 1년 이내에 양도된 부동산에 해당하여 실지거래가액에 의해 양도가액을 산정하여야 할 경우이고, 제1, 2토지는 각 필지별 가치 의 우열을 구분 ∙ 특정함이 없이 전체로서의 거래가액을 정해 일괄 양도되어 제1, 2토지의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당함을 인정할 수 있으므로, 위 규정에 따라 취 득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 규정이 정한 기준에 의해 안분계산하여야 하는 것이지, 취득 당시 실지거래가액 비율로 안분계산 할 것은 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다. (2) 소득세법 제99조 제1항 에 의하면 토지의 기준시가는 개별공시지가에 의한다고 규정하고 있고, 토지 중 일부를 분할하여 양도한 경우 분할 당시 모지번 토지에 관하여 개별공시지가가 고시되어 있었던 이상 분할된 토지의 기준시가는 모지번 토지의 개별 공시지가를 적용하여 평가하여야 할 것인데(대법원 2001. 2. 23. 선고 2000두8165 판 결 참조), 제1토지의 2004년 개별공시지가가 97,700원이고, 제2토지는 ○○시 ○○읍 ○○리 158번지 토지에서 2004. 9. 7. 분할된 토지로서 분할 당시 모지번인 위 158번 지 토지에 관하여 개별공시지가(97,700원)가 고시되어 있었음은 앞서 본 바와 같으므로, 제2토지의 기준시가는 모지번 토지의 개별공시지가를 적용한 97,700원이 되고, 제1 토지의 기준시가는 97,700원이 되므로, 제2토지의 기준시가가 없음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호 규정에 의하면, 가액의 구분이 불분명한 토지 등에 대한 기준시가가 모두 있는 경우라도 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산을 하고, 감정평가가액이 없을 경우 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 하는데, 위 규정은 위 토지 등의 양도 당시 감정평가가액이 존재하는 경우 그 가액을 기준으로 한다는 것일 뿐 양도 당시 감정평가가액이 없는 경우에 적극적으로 과세관청이 감정평가를 의뢰하여 그 평가액을 기준으로 할 것까지 요구하는 것은 아니므로, 피고가 감정평가를 의뢰하는 등의 절차를 거치지 아니하였다는 것만으로 부당하다고 할 수 없고, 제1, 2토지의 양도 당시 각 토지에 대한 감정평가가액이 있었음을 인정할 증거도 없으므로, 피고가 제1, 2토지의 기준시가를 기준으로 한 이 사건 처분은 적법하여 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.