부동산을 의료재단에 출연하면서 인계한 채무액을 부담부증여로 과세한 처분 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. 원고는 1989. 8. 25. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 대 732.7㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하고, 위 토지의 지상에 지하 1층, 지상 7층 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 합쳐 ‘이 사건 각 부동산’ 이라 한다)을 건축하여 1997. 7. 13. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2000. 1. 31. 의료법인 ○○의료재단(이하 ‘○○의료재단’이라 한다)을 설립하고, 이 사건 각 부동산을 위 의료재단에 출연하였는데, ○○의료재단은 2000. 4. 19. 이 사건 각 부동산에 설정된 채무자가 원고 명의인 근저당권의 피담보채무 2,499,731,000원을 계약인수에 의하여 인수하였다.
• 다. 이에 피고는 2007. 1. 2. 원고의 이 사건 각 부동산의 출연을 부담부 증여로 판단하여 별지 세액계산표 기재와 같이 원고에게 양도소득세 230,991,620원(가산세 121,230,810원 포함)을 부과하였다.(이하 ‘이 사건 부과처분’ 이라 한다) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장

(1) 주위적 주장 원고는 ○○의료재단의 자산이 될 건물을 신축하기 위해서 ○○은행으로부터 2,499,000,000원을 대출받았고, 위 의료재단을 한방과 양방을 모두 포함시킬 목적으로 설립하다 보니 그 절차가 지연되어 어쩔 수 없이 그 대출 명의를 원고로 하였으므로, 위 대출금 채무는 실질적으로 ○○의료재단이 부담해야할 채무이다. 따라서 피고가 원고의 이 사건 각 부동산의 출연을 원고의 개인채무를 부담시키는 것을 조건으로 한 부담부 증여로 본 것은 위법하다.

(2) 예비적 주장 (가) 구 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제115조 제2항이 납부불성실가산세를 계산하면서 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 정하도록 규정하고 있고, 2002. 12. 30. 소득세법시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다)이 개정되면서 연체대출이자율을 1만분의 5에서 1만분의 3으로 인하하였는데, 이는 구 소득세법 제115조 제2항 의 입법취지에 따라 금융기관의 연체대출이자율을 조사한 결과에 따른 것임에도, 위 개정 시행령의 부칙에서 이 시행령 개정 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 규정한 것은 하위법규가 상위법규를 규제하는 것이어서 위법하다. 따라서 개정 시행령 이전에 양도하였더라도, 2003. 1. 1. 이후 납부불성실가산세를 계산할 때는 1만분의 3의 연체대출이자율을 적용하여야 한다. (나) 수증자가 증여자의 채무를 인수한 부담부 증여에 있어서 채무액은 당해 증여재산 전체 또는 증여재산 중 양도로 보는 부분에 대응되는 거래대금 그 자체나 급부의 대가라고 보기는 어려운 것이고, 이 경우 양도가액은 기준시가에 의할 수밖에 없는 것이므로 이 사건의 양도가액은 기준시가로 산정하여야 함에도, 피고가 이 사건 양도가액을 ○○의료재단이 인수한 피담보 채무액으로 산정한 것은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

(1) 원고는 1997. 11. 6. 이 사건 토지에 근저당권을 설정하면서 ○○은행으로부터 19억 원을 대출받아 이 사건 건물 신축공사를 완료하고, 이 사건 건물의 보존등기일인 1999. 7. 13. 이 사건 건물을 위 ○○은행에 대한 대출금채무에 관한 공동담보로 제공한 후, 1999. 10. 29. ○○은행으로부터 5억 원의 추가대출을 받았다.

(2) 원고는 위와 같이 이 사건 건물을 신축한 후, 1997. 9. 1. 이 사건 각 부동산의 소재지를 사업장으로 하고, 상호를 ‘○○빌딩’으로 하여 부동산임대업 사업자등록을 하였으며, 1997. 7. 9. 원고가 1990. 4. 1.부터 ○○ ○구 ○○동 ○○○-○에서 운영하던 ○○한방병원을 이 사건 건물로 이전하여 운영하다가 2000. 1. 28. 위 부동산임대업과 ○○한방병원을 모두 폐업하였다.

(3) 그 후, 원고는 2000. 1. 31. 의료기관의 설치․운영과 보건의료에 관한 연구개발 등을 목적으로 ○○의료재단을 설립한 다음, 이 사건 각 부동산을 위 ○○의료재단에 출연하고, 2000. 4. 19. 이 사건 각 부동산에 설정된 (1)항 기재의 각 근저당권의 채무자를 ○○의료재단으로 변경하였다.

(4) 이 사건 각 부동산의 기준시가는 아래 표와 같고, 원고가 ○○의료재 단을 설립할 당시 원고의 ○○은행에 대한 피담보채무는 2,499,731,000원이다. 이 사건 토지 이 사건 건물 합계 취득당시 791,155,538원 918,558,840원 1,709,714,378원 양도당시(출연당시) 1,289,552,000원 932,196,000원 2,221,748,000원

(5) 피고는 원고의 위 출연을 부담부 증여로 보고 이 사건 처분을 하였는데, 구 소득세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17456호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조에 따라, 이 사건 각 부동산의 취득가액 및 양도가액을 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율로 안분하여, 이 사건 토지의 양도가액을 1,450,899,523원(=양도 당시의 이 사건 기준시가 1,289,552,000원 × 피담보 채무액 2,499,731,000원/증여가액 2,221,748,000원)으로, 이 사건 건물의 양도가액을 1,048,831,477원(= 양도 당시의 이 사건 건물의 기준시가 932,196,000원 × 피담보 채무액 2,499,731,000원/증여가액 2,221,748,000원) 합계 2,499,731,000원으로, 이 사건 토지의 취득가액을 890,144,169원(= 취득 당시의 이 사건 토지의 기준시가 791,155,538원 × 피담보 채무액 2,499,731,000원/증여가액 2,221,748,000원), 이사건 건물의 취득가액을 1,033,488,048원(=취득 당시의 이 사건 건물의 기준시가 918,558,840원 × 피담보 채무액 2,499,731,000원/증여가액 2,221,748,000원) 합계 1,923,632,217원으로 산정하여 별지 세액계산표 기재와 같이 양도소득세를 산정하였다. [인정근거] 다춤 없는 사실, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 을 제1호증의 1, 2, 3, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

(1) 원고의 주위적 주장에 대한 판단 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 원고와

○○의료재단은 법률상 전혀 별개의 법인격으로서, 원고가 이 사건 건물을 신축하기 위해 ○○은행으로부터 대출을 받을 당시 ○○의료재단은 법인으로서의 그 실체를 갖추고 있지 못한 점, 또한 원고는 이 사건 건물을 신축한 후 2000. 1. 28.까지 약 2년 4개월가량 이 사건 건물을 사업장으로 하여 부동산 임대업을 한 점, 원고는 1997. 7. 9. 자신이 1990. 4. 1.부터 운영하던 ○○한방병원을 이 사건 건물로 이전하여 2000. 1. 28.까지 운영하여 온 점 등 제반사정에 비추어 원고가 이 사건 건물을 처음부터 ○○의료재단의 자산으로 하기 위하여 ○○은행으로부터 대출받아 건축하였다고 보기 어려우므로 원고가 이 사건 각 부동산을 ○○의료재단에 출연한 행위는 원고의 ○○은행에 대한 채무를 인수하는 것을 조건으로 하는 부담부 증여로 봄이 상당하므로 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 원고의 예비적 주장에 대한 판단 (가) 납부불성실 부분 구 소득세법은 제115조 제2항에서 양도소득세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액을 산출세액에 가산하도록 규정하고, 구 소득세법시행령 제178조 제3항 은 구 소득세법 제115조 제2항 에서 대통령령이 정하는 율이라 함은 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 5의 율을 말한다고 규정하며, 개정 시행령이 제178조 제3항에서 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 이율을 적용하여 납부불성실 가산세를 부과하도록 규정하면서, 그 부칙에서 위 개정 시행령은 2003. 1. 1.부터 시행하고(제1조), 양도소득세에 관한 위 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 (제4조) 규정하고 있다. 살피건대, 원고가 2000. 1. 31. ○○의료재단을 설립하면서 이 사건 각 부동산을 출연한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제1호증의 1의 기재에 의하면, 피고는 구 소득세법 제110조 제1항, 제111조 제1항에서 정한 납부기한의 다음날인 2001. 6. 1.부터 이 사건 부과처분일 이전인 2006. 11. 30.까지 2,009일 동안에 가산율 5/10,000을 적용하여 납부불성실 가산세 110,254,733원(= 결정세액 109,760,810원 × 2,009일 × 5/10,000)을 부과한 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실 및 관계법령에 의하면, 피고가 개정 시행령 시행 이전에 출연이 이루어진 이 사건 각 부동산에 관하여 구 소득세법시행령 제178조 제3항 에 따라 1일 1만분의 5에 해당하는 가산율을 적용하여 납부불성실가산세를 산정한 것은 적법하고, 구 소득세법이 가산율을 대통령령에 위임한 것은 시간과 거래 사정에 따라 변화하는 금융기관의 대출연체이율을 적절히 참작하여 가산율을 정하기 위함이며, 개정 시행령이 부칙에서 그 적용의 시기를 별도로 정한 것은 과세관청이 언제 부과처분을 하느냐에 따라 가산율이 달라지는 불합리함을 막고 조세부과의 명확성을 보장하기 위한 것이므로 개정 시행령의 부칙이 구 소득세법의 입법취지에 반한다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다. (나) 취득가액 및 양도가액 산정에 관한 부분 구 소득세법 제88조 제1항 은 부담부 증여에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보고, 구 소득세법 제100조 제1항 에 의하면 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다고 규정하며, 구 소득세법시행령 제159조 에서 부담부 증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액 및 양도가액은 구 소득세법 제96조 및 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다고 규정하고, 구 소득세법 제96조 제1항 및 제97조 제1항에서는 토지 및 건물의 양도에서의 양도가액 및 취득가액은 일정한 경우를 제외하고 원칙적으로 기준시가에 의하도록 하고 있다. 그런데 부담부 증여의 경우에는 실지거래가액의 개념을 생각할 수 없으므로 결국 양도가액은 양도시 기준시가에 위 증여가액 중 채무액이 차지하는 비율을 곱한 금액이 되고, 취득가액은 취득당시의 기준시가에 증여가액 중 채무액이 차지하는 비율을 곱한 금액이 된다. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실에 의하면, 피고는 이 사건 각 부동산의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액은 양도 당시의 이 사건 각 부동산의 기준시가에서 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여, 취득가액은 취득당시 이 사건 각 부동산의 기준시가에서 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 산정하였으므로, 피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 양도가액은 양도당시의 기준시가로, 취득가액은 취득당시의 기준시가로 보아야 한다는 취지의 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 세액계산표 (단위: 원) 토지 건물 합계 양도가액 1,450,899,523 1,048,831,477 2,499,731,000 취득가액 890,144,169 1,033,488,048 1,923,632,217 필요경비 23,734,666 91,855,884 115,590,550 양도차익 537,020,688 -76,512,455 460,508,233 장기보유특별공제 161,106,206 161,106,206 양도소득금액 375,914,482 -76,512,455 299,402,027 양도소득금액조정 299,402,027 299,402,027 양도소득기본공제 2,500,000 2,500,000 과세표준 296,906,027 296,902,027 세율 40% 산출세액 109,760,810 109,760,810 결정세액 109,760,810 109,760,810 신고불성실가산세 10,976,081 10,976,810 납부불성실가산세 110,254,733 110,254,733 총결정세액 230,991,624 230,991,624 음영부분: 10원 단위 미만 버림 관계법령 소득세법(2000. 12. 29. 법률 제6292호로 개정되기 전의 것) 제88조(양도의 정의)

① 제4조 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부 증여(상속세 및증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제96조(양도가액)

① 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다

1. ~ 7. 호 생략 제97조(양도소득의 필요경비계산)

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.
• 나. 제94조 제3호 내지 제5호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액・감정가액등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의한 가액 중 기준시가외의 매매사례가액・감정가액・환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다. 제110조(양도소득과세표준 확정신고)

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제111조(확정신고자진납부)

① 거주자는 당해연도의 과세표준에 대한 양도소득산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제110조 제1항(제118조의 규정에 의하여 준용되는 제74조 제1항 내지 제4항을 포함한다)의 규정에 의한 확정신고기한까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지관할세무서・한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제115조(양도소득세에 대한 가산세)

① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액” 이라 한다)을 산출세액에 가산한다. 소득세법시행령(2001. 12. 31. 대통령령 17456호로 개정되기 전의 것) 제159조(부담부 증여에 대한 양도차익의 계산) 법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부 증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다. 제178조(양도소득세에 대한 가산세의 계산)

③ 법 제115조 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 5의 율을 말한다. 소득세법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제178조(양도소득세에 대한 가산세의 계산)

③ 법 제115조 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 말한다. 부칙<제17825호, 2002.12.30> 제1조(시행일) 이 영은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조 제1항・제62조 제2항 제2호・제63조・제64조(제1항 제5호를 제외한다)・제143조 제3항 제1호・제146조의2 및 제208조의2 제4항의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제4조(양도소득세에 관한 일반적 적용례) 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 끝.