수입누락금액에 대응한 필요경비 인정여부

원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2005. 7. 1. 원고에 대하여 한 2000년 종합소득세 66,631,640원 부과처분을 취소한다.

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 9 내지 14, 19, 20, 을 제1, 2호증의 각 1, 2, 3, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

• 가. 원고는 1973. 1. 1.부터 ○○시 ○구 ○○동 103-6에서 ‘○○약국’ 또는 ‘○○연합약국’ 등이라는 상호로 약국을 운영하여 오다가 2003. 7. 31. 폐업하였는데, 2004. 2. 6. ○○시 ○구 ○○동 753에서 다시 ‘○○약국’이라는 상호로 약국을 개업하여 현재까지 이를 운영하여 오고 있다.
• 나. 원고는 간편장부 의무자로서 2001. 5. 31. 별지 세액계산표(이하 ‘세액계산표’라 한다.)의 신고세액란의 기재와 같이 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액 신고를 하고, 그 세액 4,537,059원을 납부하였는데, 그 당시 총 수입금액을 283,849,445원으로, 필요경비를 249,108,765원으로 신고하였다.
• 다. 피고는 그 후 원고의 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액 신고에 총수입금액, 필요경비 및 소득공제금액에 착오가 있다는 이유로 세액계산표의 당초결정세액란의 기재와 같이 경정결정(이하 ‘당초처분’이라 한다.)을 하였는데, 그 당시 피고가 인정한 총 수입금액은 285,944,651원이고, 필요경비는 249,810,660원이었다.
• 라. 피고는 2005. 4.경 원고에 대한 개인통합세무조사를 실시한 결과, 원고가 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액 신고를 함에 있어 2000. 8.경부터 그 해 12.까지 사이에 ○○○○○○의료공단 ○○○○병원(이하 ‘○○병원’이라고만 한다.)으로부터 수령한 조제비 및 약제비 99,428,223원(이하 ‘수입누락금액’이라 한다.)을 수입금액에서 누락한 사실을 적발하고, 2005. 7. 1. 원고의 2000년 귀속 총 수입금액에 수입누락금액 99,428,223원을 산입하여 세액계산표의 재결정세액란의 기재와 같이 원고의 2000년 귀속 종합소득세액을 산출한 다음, 원고에게 2000년 귀속 종합소득세 66,631,640원(총 결정세액 71,916,336원에서 기납부세액 5,284,696원을 공제한 금액임)을 부과하기로 하는 내용의 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.)을 하였다.

• 가. 당사자의 주장 피고는 이사건 처분이 관계법령에 따른 적법한 처분이라고 주장한다. 이에 대하여 원고는, “원고가 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액 신고를 함에 있어서 착오로 2000. 8.경부터 그해 12.경까지 사이에 ○○병원으로부터 수령한 조제비 및 약제비 상당의 수입누락금액 99,428,223원을 총 수입금액에서 누락한 사실은 인정한다. 그러나 다른 한편으로 원고는 수입누락금액 99,428,223원과 관련하여 지출한 약제비 90,283,585원(이하 ‘쟁점약제비’라 한다.)을 필요경비에서 누락하였다. 그렇다면 원고의 2000년 귀속 종합소득세를 산출함에 있어 수입누락금액 99,428,223원을 총 수입금액에 산입함과 동시에 쟁점약제비 90,283,585원을 필요경비에 산입하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 수입누락금액 99,428,223원만을 총 수입금액에 산입하고, 쟁점약제비 90,283,585원을 필요경비에 산입하지 아니하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”고 주장하고 있다.
• 나. 관계법령 별지와 같다.
• 다. 원고의 주장에 관한 판단

(1) 과세관청이 실지조사방법에 의하여 납세자의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 납세자의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 필요경비가 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총필요경비에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 총필요경비의 결정방법과는 달리 그 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 따로 산출 ․ 공제할 수는 없으며, 그 비용의 필요경비 산입을 구하는 납세의무자가 매출누락분에 대응하는 매입원가의 누락이 있다 하여 이의 공제를 받고자 한다면 신고한 필요비용 외에 다른 비용의 존재와 액수에 관하여는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 스스로 주장 ․ 입증할 필요가 있다고 보아야 한다(대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결, 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조).

(2) 그런데 원고는 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액을 신고함에 있어 수입금액을 283,849,445원으로, 필요경비를 249,108,765원으로 각 신고한 사실 및 원고가 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액 신고를 함에 있어 2000. 8.경부터 그 해 12.까지 사이에 ○○병원으로부터 수령한 조제비 및 약제비 상당의 수입누락금액 99,428,223원을 수입금액에서 누락한 사실은 앞서 처분의 경위에서 이미 본 바와 같으므로, 쟁점약제비 90,283,585원을 추가로 필요경비에 산입하려면, 원고가 쟁점약제비 90,283,585원이 신고필요경비 249,108,765원 속에 포함되어 있지 않다는 점, 즉 신고필요경비 249,108,765원 이외에 추가로 쟁점약제비 90,283,585원을 지출하였다는 점을 입증하여야 한다.

(3) 살피건대, 이 법원의 사실조회에 대한 ○○○○병원장의 2007. 7. 4.자 회보에 의하면, 원고가 2000. 8.부터 그 해 12.까지 사이에 ○○병원으로부터 조제비 및 약제비 99,428,223원을 지급받았는데, 그 속에 쟁점약제비 90,283,585원이 포함되어 있는 사실은 인정할 수 있다. 그런데 더 나아가 갑 제2호증의 1 내지 8, 15 내지 18, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5호증, 갑 제6, 7호증의 각 1, 2, 갑 제8 내지 18호증의 각 기재만으로는 원고가 쟁점약제비 90,283,585원을 전액 조제비 및 약제비 상당의 수입누락금액 99,428,223원에 대응한 필요경비로 지출하였다거나 원고가 신고필요경비 249,108,765원 이외에 추가로 쟁점약제비 90,283,585원을 지출하였다고 인정하기에 부족하고, 그 밖에 달리 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 따라서 원고의 2000년 귀속 종합소득세의 과세표준 및 그 세액을 산출함에 있어 쟁점약제비 90,283,585원을 추가로 필요경비에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.