폐업시 미 정리된 가지급금 처리 기준

1. 피고 ○○○세무서장이 2007. 7. 6. 원고에 대하여 한 종합소득세 90,892,400원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 피고 대한민국에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 ○○○세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○○세무서장의, 원고와 피고 대한민국 사이에 생긴 부분은 원고의 각 부담으로 한다. 청구취지

1. 주문 제1항 기재와 같다.

2. 피고 대한민국은 원고에게 돈 112,941,716원 및 그 중 12,960,076원에 대하여는 2007. 8. 1.부터 다 갚는 날까지 연 20%의, 돈 99,981,640원에 대하여는 2007. 8. 1.부터 이 사건 청구취지정정 및 청구원인보증서(2007. 8. 20. 접수) 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음날까지 다 갚는 날까지는 연 20%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

다음 사실을 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4 내지 10, 12, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

• 가. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라고만 한다.)은 1999. 12. 28.경 주택신축판매업, 주택임대사업 등을 목적으로 설립된 회사로서 2000. 11. 30. 사업부진으로 폐업하였는데, 2001. 12. 18. 다시 개업하였다가 2002. 12. 31. 또 다시 사업부진으로 폐업한 후 2003. 6. 20. 폐업신고를 하였다.
• 나. 원고는 ○○의 설립 당시부터 그 최종폐업 직전인 2002. 12. 3.까지 ○○의 대표이사로 재직하였는데, ○○의 전체 발행주식은 최대주주인 원고가 28.13%, 이○○가 25%, 정○○, 이○○ 및 주○○이 각 15.63%씩 보유하여 오고 있다.
• 다. 원고 등 ○○의 주주 5명은 1999. 12.경 서○○로부터 320,000,000원을 차용하여 ○○의 설립자본금 320,000,000원을 납입하였는데, 원고는 2000. 2. 17.과 그 해 5. 18. 및 그 해 12. 19. 가지급 명목으로 ○○의 설립자본금 중 합계 300,000,000원을 인출하여 그 돈 등으로 원고 등이 서○○로부터 ○○의 설립자본금조로 차용한 320,000,000원을 변제하였다.
• 라. ○○은 2000. 3. 31. ○○○세무서장에게 아래와 같은 내용의 1999사업연도(1999. 12. 28.부터 그 달 31.까지) 법인세 과세표준 및 그 세액 신고를 하였다.

① 매출액(수입금액): 0원, ② 매출원가: 0원, ③ 판매비 및 일반관리비: 722,500원, ④ 영업이익(영업손실): -722,500원{0원(매출액 - 0(매출원가) - 722,500원(판매비 및 관리비)}, ⑤ 영업외수익: 631,426원, ⑥ 영업외비용: 0원, ⑦ 경상이익(경상손실): - 91,174원{-722,500원(영업손실) + 631,426원(영업외수익) - 0원(영업외비용)}, ⑧ 당기순이익(당기순손실): - 91,174원{- 91,174원(경상손실) - 0원(법인세등)}, ⑨ 과세표준: -594,420원〔-91,174원(당기순손실) - 503,246원{소득조정금액(창업비 손금산입)} - 0원(이월결손금)〕, 󰊉󰊒 산출세액: 0원(결손금이월: 594,420원)

• 마. ○○은 2001. 3. 31. ○○○세무서장에게 아래와 같은 내용의 2000사업연도(2000. 1. 1.부터 그 해 12. 31.까지) 법인세 과세표준 및 그 세액 신고를 하였는데, 그 신고서에 첨부된 ‘가지급금 등의 인정이자 계산명세서’에 2000. 12. 31. 현재 원고에 대한 가지급금 잔액을 300,000,000원으로 기재하였다.

① 매출액(수입금액): 0원, ② 매출원가: 0원, ③ 판매비 및 일반관리비: 15,768,236원, ④ 영업이익(영업손실): -15,768,236원{0원(매출액 - 0(매출원가) - 15,768,236원(판매비 및 관리비)}, ⑤ 영업외수익: 25,581,078원, ⑥ 영업외비용: 0원, ⑦ 경상이익: 9,812,842원{-15,768,236원(영업손실) + 25,581,078원(영업외수익) - 0원(영업외비용)}, ⑧ 당기순이익: 8,208,892원{9,812,842원(경상이익) - 1,603,950원(법인세등)}, ⑨ 과세표준: 8,208,892원〔8,208,892원(당기순이익) + 0원{소득조정금액(익금산입)} - 0원(이월결손금), 단 ○○은 이월결손금 594,420원의 공제를 누락하였음〕, 󰊉󰊒 산출세액: 1,313,422원

• 바. ○○은 2002. 3. 30. ○○○세무서장에게 아래와 같은 내용의 2001사업연도(2001. 1. 1.부터 그 해 12. 31.까지) 법인세 과세표준 및 그 세액 신고를 하였는데, 그 신고서에 첨부된 ‘가지급금 등 인정이자조정명세서(을)’에 2001. 12. 31. 현재 원고에 대한 가지급금 잔액을 271,500,000원(이하 ‘이사건 가지급금’이라 한다.)으로 기재하였다.

① 매출액(수입금액): 0원, ② 매출원가: 0원, ③ 판매비 및 일반관리비: 31,738,116원, ④ 영업이익(영업손실): -31,738,116원{0원(매출액 - 0(매출원가) - 31,738,116원(판매비 및 관리비)}, ⑤ 영업외수익: 31,730,455원, ⑥ 영업외비용: 0원, ⑦ 경상이익(경상손실): -7,661원{-31,738,116원(영업손실) + 31,730,455원(영업외수익) - 0원(영업외비용)}, ⑧ 당기순이익(당기순손실): -9,721원{-7,661원(경상손실) - 2,060원(법인세등)}, ⑨ 과세표준: -9,721원〔-9,721원(당기순손실) + 0원{소득조정금액(익금산입)} - 0원(이월결손금)〕, 󰊉󰊒 산출세액: 0원(결손금이월: 9,721원)

• 사. ○○은 2002. 12. 31. 폐업한 후 2002사업연도 법인세의 과세표준 및 그 세액 신고를 하지 아니하였다.

○○○세무서장은 2004. 9. 15. ○○이 2002. 12. 31. 폐업함으로써 원고와의 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 원고로부터 이 사건 가지급금 271,500,000원을 회수하지 아니하였다는 이유로 국세청의 법인세법 기본통칙 4-0․․․6(가지급금 등의 처리기준, 이하 ‘기본통칙’이라 한다.) 제1항 제1호의 규정에 따라 이 사건 가지급금을 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 다음, 원고에게 그와 같은 내용의 소득금액변동통지(이하‘최초소득금액변동통지’라 한다.)를 하였다. 이에 따라 피고 ○○○세무서장(이하 ‘피고 서장’이라 한다.)은 2005. 1. 4. 원고에 대하여 2002년 귀속 종합소득세 104,105,600원 및 그에 대한 주민세 10,410,560원을 부과하는 처분(이하 ‘최초과세처분’이라 한다.)을 하고, 원고에게 2005. 1. 31.까지 위 종합소득세 및 주민세를 납부하라고 고지하였다.

• 아. 피고 서장은 원고가 납부기한까지 위 종합소득세와 주민세를 납부하지 아니하자 2005. 3. 16. 원고 소유의 아파트, 토지와 건물 등을 압류하고, 원고에게 그 압류사실을 통지하였다. 이에 원고는 2006. 7. 28. 위 종합소득세 104,105,600원 및 이에 대한 그 날까지의 가산금 24,360,580원 합계 128,466,180원을 모두 납부하였다.
• 자. 그런데 이 사건 소송의 진행 중에 이 사건 가지급금을 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 소득처분을 하기 위해서는 그 전체로 ○○의 2002사업연도 법인세의 과세표준 및 그 세액을 산정함에 있어서 이 사건 가지급금을 익금에 산입하는 내용의 법인세 결정결의 등이 있었어야 함에도 불구하고 그러한 결정결의가 없었다는 사실이 드러나자, ○○○세무서장은 2007. 5. 9. 이 사건 가지급금을 단기대여금으로 보아 익금에 산입하는 내용의 ○○의 2002사업연도 법인세의 과세표준 및 그 세액 결정결의를 한 다음, 그 날 이 사건 가지급금 271,500,000원을 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 다음, 원고에게 그와 같은 내용의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다.)를 하였다.
• 차. 피고 서장은 2007. 5. 21. 최초과세처분을 취소하고 원고에게 이 사건 소득금액변동통지에 따라 2002년 귀속 종합소득세 91,550,789원을 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 한 다음, 그 달 31. 원고에게 원고가 최초과세처분에 따라 납부한 종합소득세와 그 가산금 합계 128,466,180원 및 이에 대한 환급가산금 4,919,600원을 환급하였고, 그 해 7. 6. 이 사건 소득금액변동통지에 따라 다시 원고에 대하여 2002년 귀속 종합소득세 90,892,400원 및 그에 대한 주민세 9,089,240원을 부과하는 처분(이하 그 중 종합소득세 부분을 ‘이 사건 과세처분’이라 한다.)을 하였는데, 원고는 그 달 31. 위 종합소득세 및 주민세 합계 99,981,640원을 납부하였다.

• 가. 피고 서장의 주장 피고 서장은, “○○이 2002. 12. 31. 폐업함에 따라 원고와의 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 원고로부터 이 사건 가지급금 271,500,000원을 회수하지 아니함으로써 결과적으로 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하였다고 할 것이다. 이에 따라 ○○○세무서장이 기본통칙 제1항 제1호의 규정에 기하여 이 사건 가지급금을 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 다음, 원고에게 그와 같은 내용의 이 사건 소득금액변동통지를 하였고, 피고는 이 사건 소득금액변동통지에 따라 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 90,892,400원을 부과하는 내용의 이 사건 과세처분을 하였으므로, 이 사건 과세처분은 관련법령에 따른 처분으로서 적법하다.”고 주장하고 있다.
• 나. 원고의 주장

(1) 피고 서장에 대한 이 사건 과세처분의 취소청구 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 과세처분이 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다. (가) 소득처분에 관한 법인세법 제67조 및 그 시행령 제106조 제1항 제1호에 의하면, 법인세 과세표준을 결정함에 있어 익금에 산입한 금액은 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 하고, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 소득처분을 하도록 규정하고 있으므로, 당해사업연도의 법인세 과세표준을 결정함에 있어 익금에 산입한 금액에 한하여 소득처분을 할 수 있다고 할 것이다. 그런데 이 사건 가지급금 271,500,000원은 ○○의 2002사업연도 법인세 과세표준을 결정함에 있어 대표이사에 대한 전기(2001사업연도)로부터 이월된 가지급금에 불과하여 당해사업연도(2002사업연도)의 익금에 산입될 금액이 아니므로, 이 사건 가지급금을 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시킨 ○○○세무서장의 이 사건 소득금액변동통지 및 이를 토대로 하여 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 90,892,400원을 부과한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다. (나) ○○○세무서장은 법인세법 제52조 제1항 등의 규정에 따라 ○○의 원고에 대한 이 사건 가지급금 271,500,000원에 관한 채무면제행위의 효력을 ‘○○의 법인세 등 조세 부담을 부당히 감소시키는 부당행위’로서 부인하고 그 금액 상당을 ○○의 2002사업연도 익금에 산입함과 아울러 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 하고 원고에게 그와 같은 내용의 이 사건 소득금액변동통지를 하였다. 그런데 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위․계산부인제도는 법인이 특수관계자와의 거래로 인해 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 경우에 과세관청이 조세법의 관점에서 그 법인의 행위 또는 소득금액계산의 효력을 부인하고 이를 정상적인 행위․계산으로 바로잡아 법인의 당해사업연도의 소득금액을 계산함으로써 조세회피의 방지와 조세부담의 공평을 기하고자 하는 제도이다. ○○은 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제한 사실이 없어서 부당행위의 부인 대상이 되는 행위가 존재하지 아니할 뿐만 아니라 설사 위 채무를 면제하였다고 하더라도 설립 이후 사업실적 및 소득이 전혀 없어 위 채무의 면제로 인하여 ○○의 법인세 등 조세 부담을 부당하게 감소시켰다고 할 수 없으므로, ○○의 2002사업연도 법인세 과세표준을 결정함에 있어 ○○이 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제한 것을 전제로 하여 그 채무면제행위를 ○○의 법인세 등 조세 부담을 부당하게 감소시키는 부당행위로서 부인하고 그 채무 면제금액을 익금에 산입함과 아울러 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시킨 ○○○세무서장의 이 사건 소득금액변동통지 및 이를 토대로 한 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다. (다) ○○○세무서장은 ○○에 대한 2002사업연도의 법인세 과세표준을 결정하지 않았을 뿐만 아니라 이 사건 가지급금을 ○○의 2002사업연도의 익금에 산입하거나 이를 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 한 사실이 없으므로, 이를 전제로 한 ○○○세무서장의 최초소득금액변동통지와 이 사건 소득금액변동통지 및 피고 서장의 최초과세처분과 이 사건 과세처분은 당연 무효이다. (라) 기본통칙에 의하더라도 ○○은 사업실적이 없어서 폐업을 하였을 뿐 해산한 것은 아니므로, 원고는 여전히 ○○의 대표이사 또는 최대주주로서 ○○과 특수관계가 계속되고 있는 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 가지급금의 이자에 관하여 그 발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 미수이자를 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 하는 것은 별론으로 하고, 이 사건 가지급금 자체를 ○○의 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 내용의 소득처분을 할 수는 없다고 할 것이다. (마) 피고는 원고에게 최초과세처분의 취소통지를 하지 아니한 상태에서 이 사건 과세처분을 하였으므로, 이 사건 과세처분은 중복과세처분으로 무효이다. (바) ○○○세무서장은 원고에게 이 사건 소득금액변동통지를 송달하지 아니하였을 뿐만 아니라 ○○에 대한 법인세 세액결정만 하고 그 부과처분을 하지 아니하였으므로, 이를 전제로 하는 피고의 이 사건 과세처분은 과세원인이 존재하지 아니하여 무효이다.

(2) 피고 대한민국에 대한 금전지급청구 피고 서장의 최초과세처분 및 이 사건 과세처분은 전항에서 본 바와 같은 사유로 당연 무효이다. 그런데 피고 서장은 2007. 5. 21. 최초과세처분을 취소하고, 그 달 31. 원고에게 원고가 최초과세처분에 따라 납부한 종합소득세와 그 가산금 합계 128,466,180원 및 이에 대한 환급가산금 4,919,600원을 환급한다고 통지하였다. 따라서 피고 대한민국은 원고에게 위 종합소득세 등 128,466,180원 및 이에 대한 위 종합소득세 등의 납부일인 2006. 7. 28.부터 이 사건 소장 부본 송달일인 2006. 10. 4.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 환급통지일인 2007. 5. 31.까지는 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금 16,683,005원의 합계 146,345,856원 중 환급금액 합계 133,385,780원(128,466,180원 + 4,919,600원)을 공제한 차액인 12,960,076원(146,345,856원 - 133,385,780원) 및 그 지연손해금과 원고가 이 사건 과세처분에 따라 지급한 종합소득세 등 99,981,640원 및 그 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

3. 피고 서장의 이 사건 과세처분의 적법 여부

• 가. 관계법령 별지와 같다.
• 나. 기본통칙의 효력 유무와 이 사건 과세처분의 적법 여부 기본통칙은, 제1항 제1호에서 “특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자상당액이 ‘특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 가지급금 등과 미수이자’에 해당하는 경우에는 이를 법인세법 시행령 제106조 의 규정에 의하여 처분한 것으로 본다. 다만, 회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나 회수할 것이 객관적으로 입증되는 경우에는 그러하지 아니하다.”고, 제2항 제1호에서 ‘제1항의 규정에 의한 가지급금 등은 특수관계가 소멸하는 날이 속하는 사업연도에 처분한 것으로 본다.“고 각 규정하고 있다. 그런데 기본통칙에서 위와 같이 가지급 등에 관하여 소득처분을 하도록 규정하고 있는 것은 특수관계가 소멸하여 가지급금 및 그 이자 상당액이 특수관계에 있던 가지급금 수령인에게 분여된 것으로 보는 것이라 할 것이고, 또한 ‘소득처분’을 한 것으로 본다는 것은 소득처분이 법인세법상의 익금 산입을 전제로 하는 규정임을 감안하여 볼 때 그와 같은 채무의 면제 등을 경제적 합리성을 결한 부당행위계산에 해당한다고 보아 이를 부인한 다음 그 금액 상당을 가지급금 지급자인 법인의 법인세를 산출함에 있어 특수관계가 소멸한 사업연도의 익금에 산입하도록 함과 아울러 채무의 면제 등에 의하여 사외로 유출된 금액에 대하여 가지급금 수령인에게 소득처분을 한 것으로 본다는 취지이다. 그러나 특수관계가 소멸할 때까지 채권이 회수되지 아니한 상태에 있다는 사정만으로 채권이 포기되거나 채무가 면제되어 소멸하였다고 보기는 어렵다 할 것이고, 다른 한편으로 이와 같은 의제(擬制)를 정당화하는 법령상의 규정은 존재하지 않는바, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 것으로서 행정청 내부를 규율하는 행정규칙에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로, 기본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수 없음은 조세법률주의의 원칙상 당연하다(대법원 2007. 2. 8. 선고 2005도5611 판결, 대법원 2004. 10. 15. 서고 2003도7064 판결, 대법원 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결, 대법원 1992. 12. 22. 선고 92노7580 판결 등 참조). 따라서 기본통칙의 위와 같은 규정에 따라 ○○이 앞서 본 바와 같이 2002. 12. 31. 원고와의 사이에 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 바로 그 날 원고로부터 이 사건 가지급금을 회수하지 아니하였다는 이유만으로 ○○과 원고 사이에 법인세법 제52조 소정의 부당행위계산부인의 대상이 되는 이 사건 가지급금에 관한 채무의 면제 행위 등이 있었다고 보고, 이를 전제로 해서 ○○의 특수관계인인 원고에 대하여 한 ○○○세무서장의 이 사건 가지급금 상당의 채무면제금액에 관한 인정상여처분 및 이에 기한 피고 서장의 이 사건 과세처분은 위법하다.
• 다. 부당행위계산의 존부

(1) 관련 규정 등 (가) 법인세법은, 제52조(부당행위계산의 부인) 제1항에서 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 ”특수관계자“라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ”부당행위계산“이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고, 제67조(소득처분)에서 “제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법이세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.”고 각 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되어 2003. 1. 1 시행되기 전의 것. 이하 ‘시행령’이라 한다.)은, 제87조(특수관계자의 범위) 제1항 제2호, 제3호에서 “법 제52조제1항에서 ‘대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자’라 함은 법인과 ‘주주 등(소액주주를 제외한다.)과 그 친족(제2호)’ 또는 ‘법인의 임원․사용인 등(제3호)’의 관계에 있는 자(이하 ‘특수관계자’라 한다)를 말한다.”고 규정하고 있다. (나) 법인세법 및 시행령의 위 각 규정에 의하면, 법인세법상의 부당행위계산이 성립하기 위해서는 ① 법인과 특수관계가 있는 자와의 거래일 것, ② 부당한 행위․계산이 있을 것, ③ 법인소득에 대한 조세의 부담을 감소시켰을 것 등의 요건을 갖추어야 한다. (다) 앞서 처분의 경위에서 인정한 사실에 의하면, 원고는 ○○의 대표이사 겸 그 발행주식의 28.13%를 보유하고 있는 최대주주로서 ○○과의 사이에 특수관계에 있다고 할 것이므로, 이하에서 ○○과 원고 사이에 법인세법상의 부당행위계산에 해당하는 ○○과 원고 사이에 이 사건 가지급금에 관한 채무의 면제 행위가 있었는지의 여부와 ○○이 원고에 대하여 이 사건 가지급금에 관한 채무를 면제함으로써 ○○의 법인소득에 대한 조세의 부담을 감소시켰는지의 여부에 관하여 살펴보기로 한다.

(2) 채무면제행위의 존부 살피건대 처분의 경위에서 인정한 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① ○○은 설립자본금이 320,000,000원에 불과한 소규모의 주식회사로서 주주의 인원수가 원고를 포함하여 모두 5인으로서 소수이고, 또 원고가 보유하는 주식비율이 전체의 28.13%에 불과하기 때문에 ○○의 원고를 제외한 나머지 주주들의 의사에 반하여 원고의 ○○에 대한 이 사건 가지급금 반환채무를 면제하기는 매우 어려울 것으로 보이는 점, ② ○○이 2002. 12. 31. 폐업할 당시 원고에 대한 이 사건 가지급금이 ○○의 유일한 보유자산이었기 때문에 ○○이 자신의 유일한 자산인 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제함으로써 그에 관한 권리를 포기한다는 것은 쉽게 수긍하기 어려운 점, ③ ○○은 비록 2002사업연도 법인세의 과세표준과 그 세액 신고를 하지 않았지만 2000사업연도와 2001사업연도의 각 법인세의 과세표준과 그 각 세액 신고를 하면서 그 각 신고서에 첨부된 ‘가지급금 등의 인정이자조정명세서(을)에 이 사건 가지급금의 거래내역을 기재하고 그 잔액을 차기로 이월시켜 올 뿐 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제시켜 그 금액을 손금에 산입하는 등으로 소득금액을 누락한 적이 없는 점 등을 종합하여 볼 때, ○○이 피고의 주장과 같이 2002. 12. 31. 폐업함에 따라 원고와의 사이에 특수관계가 소멸하였음에도 불구하고 현재까지 원고로부터 이 사건 가지급금 271,500,000원을 회수하지 않았다고 하더라도 그러한 사정만으로는 ○○이 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하였다고 할 수 없고, 그 밖에 달리 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다.

(3) 법인소득에 대한 조세의 부담 감소 여부 살피건대 앞서 처분의 경위에서 인정한 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 가지급금 271,500,000원은 ○○의 2002사업연도 법인세 과세표준을 결정함에 있어 대표이사에 대한 전기사업연도(2001사업연도)로부터 이월된 가지급금에 불과하기 때문에 ○○이 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하여 그 금액 상당을 2002사업연도의 손금에 산입함으로써 2002사업연도의 소득금액을 감소시키지 않는 한 그 자체로는 당해사업연도(2002사업연도)의 익금에 산입될 금액이 아니라고 할 것인데, 앞서 처분의 경위에서 본 사실에 의하면, ○○은 2002사업연도 법인세 과세표준 및 그 세액 신고조차 하지 않았고, 그 결과 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하여 그에 상당하는 금액을 2002사업연도의 손금에 산입함으로써 2002사업연도의 소득금액을 감소시켰다고 할 수 없기 때문에 이 사건 가지급금에 상당하는 금액을 ○○의 2002사업연도 익금에 산입할 수 없는 점, ② 법인세법 제52조 제1항 소정의 부당행위계산부인제도는 법인이 특수관계자와의 거래로 인해 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시키는 경우에 과세관청이 조세법의 관점에서 그 법인의 행위 또는 소득금액계산의 효력을 부인하고 이를 정상적인 행위․계산으로 바로잡아 법인의 당해사업연도의 소득금액을 계산함으로써 조세회피의 방지와 조세부담의 공평을 기하고자 하는 제도인데, ○○은 앞서 본 바와 같이 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제한 사실이 없어서 부당행위의 부인 대상이 되는 행위가 존재하지 아니할 뿐만 아니라 설사 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하였다고 하더라도 2002사업연도에 사업실적 및 소득이 전혀 없기 때문에 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제함으로써 2002사업연도의 소득에 관한 법인세 등 조세부담을 부당하게 감소시켰다고 할 수 없고 또 다른 한편으로 ○○은 2002사업연도 종료일인 2002. 12. 31. 폐업하였기 때문에 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하였다고 하더라도 그 채무면제로 인한 결손금을 차기사업연도로 이월시킬 수 없어서 차기사업연도의 소득에 관한 법인세 등 조세 부담을 부당하게 감소시키게 된다고도 할 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, ○○과 원고 사이에 ○○의 소득에 관한 법인세 등 조세 부담을 부당하게 감소시키는 결과를 초래하는 행위 또는 소득금액의 계산이 있었다고 할 수 없다.

(4) 소결 따라서 ○○의 2002사업연도 법인세 과세표준에 관하여 ○○과 원고 사이에 법인세법상의 부당행위계산부인의 대상이 되는 이 사건 가지급금에 관한 원고의 채무를 면제하는 행위가 있었다고 할 수 없을 뿐만 아니라 설사 그러한 채무면제행위가 있었다고 하더라도 그 채무면제행위가 ○○의 소득에 관한 법인세 등 조세 부담을 부당하게 감소시키는 결과를 초래하는 행위 또는 소득금액의 계산에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 점에서도 피고의 이 사건 과세처분은 위법하다.

• 라. 이 사건 가지급금에 관한 인정이자에 관한 종합소득세 살피건대, 부당행위계산부인에 관한 법인세법 제52조 제1항 과 그 시행령 제88조 제1항 제6호 등의 각 규정 및 소득처분에 관한 제67조와 그 시행령 제106조 제1항 등의 각 규정에 의하면 ○○이 그 대표이사인 원고에게 이 사건 가지급금 271,500,000원을 지급하고 원고로부터 그 이자를 지급받지 아니한 행위는 법인세법상의 부당행위 계산에 해당하므로, 이를 부인하고 이 사건 가지급금에 관한 인정이자 상당액을 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 소득처분을 할 수 있다고 할 것이다. 그런데 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조, 소득세법 시행령 제192조 등의 규정에 의하면 이 사건 가지급금에 관한 인정이자 상당액을 대표이사에 대한 상여금으로서 원고의 2002년 귀속 소득에 귀속시키는 소득처분을 함으로써 원고에게 그에 관한 종합소득세를 부과하기 위해서는 이 사건 가지급금의 인정이자에 관한 소득금액변동통지를 하였다고 인정할 만한 아무런 증거가 없으므로, 원고에게 이 사건 가지급금의 인정이자에 관한 종합소득세를 부과할 수 없다.

4. 피고 대한민국에 대한 금전지급청구

• 가. 소의 적법 여부 피고 대한민국은, “피고의 최초과세처분 및 이 사건 과세처분은 행정행위로서 공정력이 있으므로, 별도의 행정쟁송절차에 의하여 취소되지 않는 한 효력을 유지함에도 불구하고, 이 사건 과세처분이 무효임을 전제로 원고가 피고 대한민국을 상대로 하여 그 납부세액 상당의 부당이득반환 또는 불법행위를 원인으로 한 손해배상을 청구하는 원고의 피고 대한민국에 대한 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다.”는 취지의 본안 정 항변을 하고 있다. 살피건대, 만일 이 사건 과세처분이 원고의 주장과 같이 중대하고 명백한 흠이 있어서 당연 무효이라면, 원고는 이 사건 과세처분이 취소되지 아니한 상태에서 바로 그 납부세액 상당의 부당이득반환 또는 불법행위를 원인으로 한 손해배상을 청구하는 소송을 제기할 수 있음은 행정행위의 효력에 관한 법리상 당연하다고 할 것이고, 또 그와 같은 소송은 행정상 법률관계에서 파생되는 민사상의 법률관계에 관할 것으로서 이는 민사소송에 해당한다고 할 것이나 행정소송법 제10조 제2항, 제1항에 의하면 항고소송인 취소소송에서 당해 처분과 관련되는 손해배상, 부당이득반환, 원상회복 등 청구소송 등 관련청구소송을 사실심 변론종결시까지 이를 병합할 수 있다. 따라서 원고가 피고 서장에 대하여 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 소송을 제기함과 동시에 행정소송법 제10조 제2항, 제1항의 규정에 따라 이 사건 과세처분이 중대하고 명백한 흠이 있어 당연 무효라는 이유로 피고 대한민국을 상대로 하여 이 사건 과세처분에 의하여 납부한 세액 상당의 부당이득반환 또는 불법행위를 원인으로 한 손해배상을 청구하는 소송을 병합하여 제기한 것이므로, 원고의 피고 대한민국에 대한 이 사건 소는 적법하고, 피고 대한민국의 본안 전 항변은 이를 받아들일 수 없다.
• 나. 본안에 관한 판단

(1) 살피건대, 최초과세처분 및 이 사건 과세처분이 중대하고 명백한 흠이 있어서 당연 무효라는 원고의 주장 사유들 중 “피고 서장이 원고에게 최초과세처분의 취소통지를 하지 아니한 상태에서 이 사건 과세처분을 하였으므로, 이 사건 과세처분은 중복 과세처분으로 당연 무효이다.”라는 점에 관하여는 앞서 처분의 경위에 관한 인정사실에서 본 바와 같이 피고 서장은 최초과세처분을 취소한 다음 원고에게 최초과세처분에 기한 납부세액의 환급통지까지 하였으므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없음이 명백하고, 다른 한편으로 앞서 본 처분의 경위 및 관련 법령의 각 규정에 비추어 볼 때, 그 나머지 부분에 관한 원고의 주장 사유만으로는 피고 서장의 최초과세처분 및 이 사건 과세처분이 중대하고 명백한 흠이 있어서 당연 무효이거나 피고 서장이 원고에 대하여 최초과세처분 및 이 사건 과세처분을 하고 원고로부터 그 세액을 수령한 행위가 고의, 과실에 의한 불법행위를 구성한다고 할 수도 없다.

(2) 먼저 최초과세처분과 관련한 12,960,076원의 지급청구에 관하여 살펴보건대, 피고 서장이 앞서 처분의 경위에서 본 바와 같이 최초과세처분을 취소하고 국세기본법 제52조 의 규정에 따라 원고에게 최초과세처분에 기한 납부세액 128,466,180원 및 그에 관한 환급가산금 4,919,600원을 환급하였으므로, 원고로서는 피고 서장으로부터 최초과세처분의 취소에 따른 납부세액 128,466,180원 및 그에 관한 환급가산금 4,919,600원을 환급받은 것 이외에 더 나아가 피고 서장의 최초과세처분이 중대하고 명백한 흠이 있어서 당연 무효이거나 피고 서장이 원고에 대하여 최초과세처분 및 이 사건 과세처분을 하고 원고로부터 그 세액을 수령한 행위가 고의, 과실에 의한 불법행위를 구성한다는 전제 아래 최초과세처분에 기한 납부세액에 대한 그 납부일부터 그 환급통지일까지의 이자 또는 지연손해금의 지급을 구할 수는 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분에 관한 청구는 이를 받아들일 수 없다.

(3) 그 다음으로 이 사건 과세처분과 관련한 99,981,640원 및 그 이자 또는 지연손해금의 지급청구에 관하여 살펴보건대, 이 사건 과세처분이 앞서 본 바와 같이 당연 무효라고 할 수 없어서 직권으로 취소되거나 그에 관한 취소 판결이 확정될 때까지는 여전히 효력을 유지한다고 할 것이므로, 피고 서장의 이 사건 과세처분이 중대하고 명백한 흠이 있어서 당연 무효이거나 피고 서장이 원고에 대하여 이 사건 과세처분을 하고 원고로부터 그 세액을 수령한 행위가 고의, 과실에 의한 불법행위를 구성하는 점을 전제로 한 원고의 이 부분에 관한 청구도 이를 받아들일 수 없다.

그렇다면 피고 서장의 이 사건 과세처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 피고 서장에 대한 이 사건 청구는 이유가 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 대한민국에 대한 청구는 이유가 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한 【관련법령】 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되어 2003. 1. 1 시행되기 전의 것) 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.

2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우

• 가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우
• 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
• 다. 법인의 감자에 있어서 주주등의 소유주식등의 비율에 의하지 아니하고 일부주주등의 주식등을 소각하는 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되어 2003. 1. 1 시행되기 전의 것) 제192조 【소득처분에 의한 배당·상여 및 기타소득의 지급시기 의제】

① 법인세법에 의하여 세무서장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당·상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

③ 법인의 소득금액을 신고함에 있어서 법인세법시행령 제106조 의 규정에 의하여 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 당해 법인이 법인세 과세표준 및 세액의 신고기일에 지급한 것으로 본다. ■ 법인세법 기본통칙 4-0…6 【 가지급금 등의 처리기준 】

① 특수관계자와의 자금거래에서 발생한 가지급금 등과 동 이자상당액이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 영 제106조의 규정에 의하여 처분한 것으로 본다. 다만, 회수하지 아니한 정당한 사유가 있거나, 회수할 것임이 객관적으로 입증되는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 특수관계가 소멸할 때까지 회수되지 아니한 가지급금 등과 미수이자

② 제1항의 규정에 의한 가지급금 등은 다음 각 호에 게기하는 날이 속하는 사업연도에 처분한 것으로 본다.

1. 가지급금 등: 특수관계가 소멸하는 날