양도당시 농지 해당 여부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 청구취지 피고가 2005.2.1 원고에 대하여 한 2004년 귀속 양도소득세 79,046,520원의 부과처분을 취소한다(소장 청구취지 기재 ‘2005.2.14.’은 ‘2005.2.1.’의 오기임이 기록상 명백하다.).

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1,2,3호증, 갑 제6호증의 1,2,3, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 1,2, 을 제1내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

• 가. 원고는 1978.4.27. ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 전 1,025㎡(이하 ‘합필전의 제1농지’라 한다.) 및 같은 리 1○○ 전 391㎡(이하 ‘제2농지’라 한다.)를 취득하고, 1999.9.28. 같은 리 1○○-4 전 80㎡(이하 ‘합필 전의 제2농지’라 한다.)를 취득하였는데, 합필 전의 제1,2농지는 그 해 11.25. 합필되어 같은 리 131-4 전 1,105㎡(이하 ‘제1농지’라 한다.)가 되었다.
• 나. 원고는 제1,2농지 외에도 ○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 대 304㎡(이하 ‘제1대지’라 한다.)와 그 지상의 단독주택 및 같은 리 1○○ 대 440㎡(이하 ‘제2대지’라 한다.)를 소유하고 있었는데, 1999.10.23. 경 제1농지 중 196㎡ 지상에 조립식 철골구조 패널지붕의 창고건물 1동을 건축하였고, 2000.8.16.경 제2대지 중 361.76㎡와 제2농지 중 198.03㎡ 지상에 조립식 철골구조 패널지붕의 공장건물 3개동을 건축하였다.
• 다. 원고는 2003.10.20. ○○건설 주식회사(이하 ‘○○건설’이라 한다.)에게 제1,2농지와 제1,2대지 및 그 지상 단독주택, 창고건물과 공장건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다.)을 대금 28억 7,000만원에 매도하면서 ○○건설과의 사이에 그 날 이후 제1,2농지에서 농작물을 경작하지 않기로 특약하고, 2004.9.24. 이 사건 각 부동산에 관하여 ○○건설 앞으로 그 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마침으로써 ○○건설에게 이 사건 각 부동산을 양도하였다.
• 라. 원고는 2004.11.16. 피고에게 아래와 같이 이 사건 각 부동산의 양도에 따른 2004년 귀속 양도소득세 과세표준 및 그 세액의 예정신고(이하 ‘이 사건 예정신고’라 한다.)를 하고, 그 무렵 그 세액 48,228,170원을 자진 납부하였는데, 제1,2농지 중 창고건물과 공장건물의 각 부지를 제외한 나머지 부분(이하 ‘감면신청대상토지’라 한다.)이 양도 당시 원고가 이를 취득한 후 8년 이상 계속하여 직접 경작하고 있던 농지라는 이유로 구 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘법’이라 한다.) 제69조 제1항, 제3항 및 그 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘영’이라 한다.) 제66조 제4항, 제5항 등의 관련 규정에 따라 감면신청대상농지의 양도소득에 관한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액 79,881,603원 상당의 감면신청을 하였다.

(1) 이 사건 각 부동산의 양도가액: 727,922,150원 {318,240,000원 (제1농지) + 127,075,000원(제2농지) + 26,928,000원(제1대지) + 143,000,000원(제2대지) + 112,679,150원(공장건물 3개동)}

(2) 취득가액: 143,625,529원{22,522,850원(제1농지) + 2,676,785원(제2농지) + 729,496원(제1대지) + 2,991,120원(제2대지) + 114,705,278원(공장건물 3개동)}

(3) 기타 필요경비: 4,308,762원

(4) 양도차익: 579,987,859원{727,922,150원(양도가액) - 143,625,529원(취득가액) - 4,308,762원(기타 필요경비)}

(5) 장기보유특별공제액: 174,242,141원

(6) 양도소득금액: 405,745,718원{579,987,859원(양도차익) - 174,242,141원(장기보유특별공제액)}

(7) 기본공제액: 2,500,000원

(8) 과세표준: 403,245,718원{405,745,718원(양도소득금액) - 2,500,000원(양도소득기본공제액)}

(9) 산출세액: 133,468,458원{17,100,000원 + (403,245,718원 - 80,000,000원) × 0.36}

(10) 감면세액: 79,881,603원

(11) 예정신고납부세액공제액: 5,385,685원

(12) 자진 납부할 세액: 48,228,170원

• 라. 피고는 2005.2.1. 감면신청대상토지가 양도 당시 농지에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 원고의 이 사건 예정신고에 오류가 있다는 이유로 이 사건 각 부동산의 양도가액을 728,977,430원으로, 취득가액을 146,902,173원으로, 기타 필요경비를 4,407,061원으로, 양도차익을 577,668,196원{728,977,430원(양도가액) - 146,902,173원(취득가액) - 4,407,061원(기타 필요경비)}으로, 장기보유특별공제액을 174,242,141원으로, 양도소득금액을 403,426,055원{577,668,196원(양도차익) - 174,242,141원(장기보유특별공제액)}으로, 기본공제액을 2,500,000원으로, 과세표준을 400,926,055원{403,426,055원(양도소득금액) - 2,500,000원(기본공제액)}으로, 산출세액을 132,633,379원{17,100,000원 + (400,926,055원 - 80,000,000원) × 0.36}으로, 감면세액을 0원으로 각 산출한 다음, 그 산출세액에서 예정신고납부세액공제액 5,358,685원 및 기납부세액 48,228,170원을 공제한 나머지 79,046,520원(132,633,379원 - 5,358,685원 - 48,228,170원: 10원 미만은 버림.)을 부과하기로 하는 결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.)을 하고, 그 달 14. 원고에게 이를 고지하였다.

• 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 처분이 관련 법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는 “감면신청대상토지는 원고가 1978.4.27.취득하여 2004.9.24. ○○건설에게 양도할 때까지 약 26년 동안 계속하여 채소 등을 재배하면서 직접 경작하던 농지이다. 그러므로 법 제69조 제1항, 제3항, 영 제66조 제4항, 제5항 등의 관련 규정에 따라 감면신청대상토지에 대한 원고의 양도소득에 관한 소득세는 전액 감면되어야 한다. 따라서 감면신청대상토지가 양도 당시 원고가 직접 경작하고 있던 농지에 해당하지 않는다는 이유로 감면신청대상토지에 대한 원고의 양도소득에 관하여 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.”고 주장한다.
• 나. 관계 법령 법 제69조는, 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 ․ 감면 및 소액부징수 대상을 포함한다.)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”고, 제3항에서 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.”고 각 규정하고 있다. 영 제66조는, 제4항에서 “법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 토지’라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.”고, 제5항에서 “제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다.”고 각 규정하고 있다,
• 다. 인정 사실 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제10호증의 1,2, 을 제4호증, 을 제6호증의 1,2, 을 제7.10호증, 을 제11호증의 1,2의 각 기재와 을 제8호증, 을 제12호증의 1,2,3의 각 영상 및 이 법원의 사실조회에 대한 ○○시장의 각 회보에 변론 전체의 취지를 모아 보면, 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 제4호증의 기재, 갑 제7호증의 1 내지 4의 각 영상 및 증인 ○○○의 증언은 이를 믿기 어려우며, 갑 제5,11호증의 각 기재와 갑 제8호증의 1 내지 4, 갑 제12호증의 각 영상, 이 법원의 사실조회에 대한 ○○읍장 및 ○○농업협동조합장의 각 회보만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고, 그 밖에 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 1999.10.23.경 제1농지 중 196㎡ 지상에 조립식 철골구조 패널지붕의 창고건물 1동을 건축하였고, 2000.8.16.경 제2대지 중 361.76㎡ 및 제2농지 중 198.03㎡ 지상에 조립식 철골구조 패널지붕의 공장건물 3개동을 건축하였는데, 2002.8.30. 사업장소재지를 제1농지의 소재지로, 업태 및 종목을 부동산임대업으로 한 사업자등록을 한 다음, 그 무렵부터 부동산임대업을 하면서 피고에게 부동산임대업에 관한 2002년 2기분 내지 2004년 1기분 부가가치세를 신고 ․ 납부하였다.

(2) 한편 ○○시 ○○군은 2001.1.1.부터 2004.1.1.까지 매년 지방세를 부과하기 위한 토지특성조사를 실시하였는데, 감면신청대상토지 중 제1농지 부분은 2003.1.1.과 2004.1.1. 각 토지특성조사 당시 주거 기타 용도로 사용되고 있는 것으로 확인되었고, 제2농지 부분은 2001.1.1.과 2002.1.1. 각 토지특성조사 당시 주거 기타 용도로, 2003.1.1. 과 2004.1.1. 각 토지특성조사 당시 공업용으로 각 사용되고 있는 것으로 각 확인되었다.

(3) 또한 ○○시 지적과에서는 2001.11.10.과 2002.10.30. 및 2003.10.18. 모두 3회에 걸쳐 감면신청대상토지를 포함한 제1,2농지 일대의 토지에 대하여 항공촬영을 하였는데, 그 각 사진을 판독한 결과 제1농지 중 일부에는 건축물이 건축되어 있었고, 그 나머지 부분은 공지상태였으며, 제2농지에도 건축물이 건축되어 있었을 뿐 제1,2농지에는 경작 중에 있던 주변 농지와는 달리 밭이랑이나 밭고랑 등의 경작흔적이 발견되지 않았다.

(4) ○○○, ○○○은 관할 ○○세무서 소속 세무공무원으로서 2005.1.10.경 감면신청대상토지의 현황을 조사하였는데, 그 당시 감면신청대상토지는 잡초가 우거져 있고, 곳곳에 깨어진 돌무더기가 있었을 뿐 경작의 흔적을 찾아 볼 수 없었다.

• 라. 판단

(1) 처분의 경위에서 인정한 사실에 의하면, 원고는 2003.10.23. ○○건설에게 감면신청대상토지를 포함한 이 사건 각 부동산을 매도하면서 ○○건설과의 사이에 그 매매계약일 이후 감면신청대상통지에서 경작하지 않기로 약정하였으므로, 감면신청대상 토지가 법 제69조 소정의 ‘8년 이상 직접 경작한 농지’에 해당되는지의 여부는 영 제66조 제5항 단서의 규정에 따라 원고와 ○○건설 사이의 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약채결일인 2003.10.23.을 기준으로 판단하여야 한다.

(2) 그런데 앞서 인정 사실에서 볼 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2002.8.30. 부동산임대업에 관한 사업자등록을 한 다음, 그 무렵부터 이사건 각 부동산 양도 무렵까지 감면신청대상토지를 포함한 이 사건 각 부동산을 이용하여 부동산임대업을 하면서 그에 따른 부가가치세를 신고 ․ 납부한 점, ② 감면신청대상토지는 ○○시 ○○군에서 2003.1.1. 및 2004.1.1. 각 실시한 토지특성조사에서도 주거용, 공업용 등으로 사용되고 있었던 것으로 확인되었을 뿐 경작흔적이 전혀 발견되지 않았던 점, ③ ○○시 지적과에서 2001.11.10.과 2002.10.30. 및 원고와 ○○건설 상이의 감면신청대상토지 등에 관한 매매계약체결 불과 5일 전인 2003.10.18. 각 촬영한 항공사진에 의하면, 감면신청대상토지는 건축물이 건축되어 있거나 공지상태로 남아 있을 뿐 경작흔적은 전혀 발견되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 감면신청대상토지는 원고와 ○○건설 사이의 감면신청대상토지 등에 관한 매매계약체결일인 2003.10.23. 현재 원고가 8년 이상 계속하여 직접 경작하던 농지에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서 원고와 ○○건설 사이의 감면신청대상토지 등에 관한 매매계액체결일인 2003.10.23. 현재 감면신청대상토지가 원고가 8년 이상 계속하여 직접 경작하는 농지에 해당하지 않는다는 이유로 감면신청대상토지의 양도소득에 관한 원고의 양도소득세감면신청을 받아들이지 않고 원고에게 감면신청대상토지의 양도소득에 관한 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이고, 이에 반대하는 입장에서 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

그렇다면 이 사건 처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.