전환전사업의 사업용자산양도가액이 전환사업취득가액에 포함 여부

【주 문】

1. 피고가 1995. 7. 1. 원고에 대하여 한 1992 사업연도 귀속 특별부가세 금721,110,710원의 부과처분 중 금287,657,650원을 초과하는 부분은 이를 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 4등분하여 그 1은 원고의, 그 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이 유】

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 6호증, 을 제1호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 모아 보면 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

• 가. 원고는 1978. 4. 17. 설립된 내국법인으로서 생사제조·판매업(이하 전환전사업이라 한다.)을 하다가 전환전사업이 사양화하여 중소기업의 경영안정 및 구조조정촉진에 관한 특별조치법(1989. 3. 25. 법률 제4092호 제정되어 1994. 12. 31.까지 한시적으로 시행되었음)의 규정에 따라 자동차부품 제조·판매업(이하 전환사업이라 한다.)으로 사업전환을 하기로 하고 1992. 1. 20. ○○ ○○군 ○○읍 ○○리 ○○ 외 3필지와 그 지상의 공장(이하 전환전사업자산이라 한다.)을 소외 ○○건설 주식회사에 금8,300,000,000원에 양도하였다.
• 나. 원고는 1993. 3. 30. 전환전사업자산의 양도에 따른 1992 사업연도(1992. 1. 1.부터 그 해 12. 31.까지. 법인세법 제5조 제1항 참조) 귀속 특별부가세의 과세표준과 산출세액을 금8,082,586,496원과 금2,020,646,624원으로 신고함과 동시에 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것. 이하 법이라 한다.) 제45조의 2 제1항, 그 시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것. 이하 영이라 한다.) 제38조의 2 제2, 3, 4항 소정의 중소기업사업전환에 대한 특별부가세 면제규정에 따라 위 특별부가세 금2,020,646,624원의 면제신청을 하였다.
• 다. 피고는, 원고가 전환전사업의 사업용자산양도가액 금8,300,000,000원(이하 양도가액이라 한다.) 전액을 전환사업의 사업용자산취득에 투자하지 않고 그 중 공장용지의 매수대금 금1,310,555,841원, 공장건물의 건축비 금1,713,013,799원, 기계장치의 구입비 금2,815,241,540원 등 합계 금5,838,811,180원만을 투자하였다는 이유로 법 제45조의 2 제2항, 영 제38조의 2 제2, 3항, 제7항 제2호의 규정에 따라 면제세액의 일부를 추징하기로 한 다음 1995. 7. 1. 원고에 대하여 전환전사업자산의 양도에 따른 1992 사업연도 귀속 특별부가세의 본세 및 가산세 금790,497,990원을 부과하는 처분을 하였다가 1996. 8. 16. 국세심판소의 심판에 따라 전환사업의 사업용자산취득가액(이하 취득가액이라 한다.)을 위 금5,838,811,180원에 구축물 설치비 금123,286,693원과 공기구 구입비 금92,748,124원을 추가한 금6,054,845,997원으로 증액함으로써 위 특별부가세의 본세 및 가산세를 금721,110,760원으로 감액하는 처분을 하였는데, 1997. 12. 2. 계산착오를 이유로 다시 위 특별부가세의 본세 및 가산세를 별지 세액계산서의 처분내역란의 기재와 같이 산출한 금721,110,710원으로 감액하는 처분(이하 이 사건 과세처분이라 한다.)을 하였다.

2. 이 사건 과세처분의 적법 여부

• 가. 당사자의 주장 피고는 과세처분의 경위 및 관련 법령의 규정에 비추어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는, 양도가액 금8,300,000,000원 중 원고가 전환전사업자산의 양도에 따른 특별부가세를 면제받기 위하여 전환사업의 사업용자산취득에 투자하여야 하는 금액은 법 제88조 제1항 제4호 의 최저한세 규정에 의하여 납부한 1992 사업연도 귀속 법인세 등 금930,846,640원을 공제한 금7,369,153,360원인데, 원고가 실제 전환사업의 사업용자산취득에 투자한 금액은 피고가 인정한 금6,054,845,997원과 사택 건축비 및 그 부지 구입비 합계 금1,453,083,515원, 1995. 1. 20. 이후 지출한 기계장치 구입비 금155,200,000원, 수입기계 대금 및 통관비 금1,636,173,964원 등을 합한 금9,390,000,000원으로서 위 금7,369,153,360원을 훨씬 초과하므로, 법 제45조의 2 제1항, 영 제38조의 2 제2항 의 각 규정에 의하여 전환전사업자산의 양도에 따른 1992 사업연도 귀속 특별부가세는 전액 면제되었고, 따라서 이 사건 과세처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.
• 나. 관련법령 법 제45조의 2 는, 제1항에서 제조업을 영위하는 중소기업이 사업전환을 하기 위하여 당해 사업용 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제한다고, 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받은 중소기업이 사업전환을 하지 아니하는 경우 … …에는 대통령이 정하는 바에 의하여 그 면제받은 세액을 추징한다고 각 규정하고 있다. 한편 영 제38조의 2 는, 제2항에서 법 제45조의 2 제1항 에 의하여 면제하는 세액은 당해 사업용자산의 양도차익에 상당하는 법인세·특별부가세 또는 양도소득세의 산출세액에 전환사업의 사업용자산 취득가액이 전환전사업의 사업용자산 양도가액에서 차지하는 비율(이하 사업용자산가액비율이라 하고, 그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 100의 100으로 한다.)을 곱하여 계산한 금액으로 하되, 이 경우 위 양도가액은 전환전사업의 기계장치·공장건물 및 그 부속토지의 양도가액과 사업전환과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 보조금 및 이전보상금의 합계액으로 하고, 위 취득가액은 전환사업에 투자한 기계장치·공장건물 및 그 부속토지 가액과 공장의 이전비용의 합계액으로 한다고, 제3항에서 제2항의 규정에 의하여 면제세액을 계산함에 있어 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 사업전환을 함으로써 위 취득가액을 알 수 없는 경우에는 제6항의 규정에 의한 공장의 준공일까지는 그 사업용자산가액비율은 100분의 100으로 한다고, 제6항에서 전환전사업의 사업용자산을 먼저 양도하고 공장을 신설하는 때에는 전환전사업의 사업용자산 양도일로부터 3년 이내에 준공하여 전환사업을 개시한 경우에 한하여 법 제45조의 2 의 규정을 적용한다고, 제7항에서 법 제45조의 2 제2항 규정에 의한 면제세액은 제6항의 규정에 의하여 공장을 준공하지 아니한 경우에는 그 면제받은 세액 전액을 추징하고(제1호), 제3항의 규정에 의하여 면제한 세액이 제2항의 규정에 의하여 계산한 면제세액을 초과하는 때에는 그 초과하는 세액을 추징한다(제2호)고 각 규정하고 있다.
• 다. 판 단

(1) 양도가액에서 법인세 등의 공제 여부 법 제88조 제1항 제4호 는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(특별부가세 제외)를 계산함에 있어 법 제45조의 2 의 규정에 의한 법인세의 면제 및 감면 등을 적용받은 후의 세액이 … … 45조 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 12를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 법 제45조의 2 제1항 의 규정에 의하여 중소기업의 사업전환에 따른 법인세를 면제하는 경우에도 법 제88조 제1항 제4호 의 최저한세 규정에 의한 세액은 이를 납부하여야 할뿐만 아니라 앞에서 본 법 제45조의 2 제1항, 영 제38조의 2 제2항 후단 에 의하면 사업용자산가액비율을 산정함에 있어 양도가액에서 위 최저한세 규정에 의한 세액의 공제 여부에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로, 사업용자산가액비율을 산정하여 감면세액을 산출함에 있어 양도가액에서 원고가 최저한세 규정에 의하여 납부한 법인세 등 금930,846,640원을 공제하여야 한다는 원고의 주장은 이유가 없다.

(2) 취득가액에 사택 건축비 및 그 부지 구입비의 포함 여부 갑 제6, 8, 9호증, 갑 제10호증의 1 내지 6의 각 기재와 갑 제11호증의 영상과 증인 이○순의 증언에 변론의 전취지를 모아 보면, 원고는 1993. 5. 25. ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 답 3,589㎡를 금733,125,320원에 매수하고, 1995. 3. 21. 그 지상에 공사비 금719,958,195원을 들여서 철근콘크리트조 칼라아스팔트슁글지붕 4층 공동주택(이하 이 사건 사택이라 한다)을 건축한 다음 사원용 주택으로 사용하여 온 사실, 그런데 이 사건 사택은 같은 면 북리 1의 35 소재 원고의 공장으로부터 약 1㎞ 정도의 거리에 위치하고 있을 뿐만 아니라 원고의 공장에는 사원용 기숙사가 건축되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 사택과 그 부지는 법 제45조의 2 제1항, 영 제38조의 2 제2항 후문 소정의 기계장치·공장건물 및 그 부속토지에 해당한다고 할 수 없으므로, 사업용자산가액비율을 산정하여 감면세액을 산출함에 있어 이 사건 사택 건축비 금719,958,195원과 그 부지 구입비 금733,125,320원 합계 금1,453,083,515원을 취득가액에 산입하여야 한다는 원고의 주장도 또한 이유가 없다.

(3) 취득가액에 기계장치 구입비의 포함 여부 앞에서 본 관련법령의 각 규정을 종합하여 보면, 중소기업의 사업전환의 경우 사업용자산가액비율을 산정하여 감면세액을 산출함에 있어 취득가액에 산입되는 기계장치의 구입비는 적어도 전환전사업자산 양도일로부터 3년이 경과하기 전에 투자되거나 투자될 것으로 미리 확정되어 있어야 할 것인데, 원고의 주장에 의하더라도 기계장치 구입비 금155,200,000원은 원고의 전환전사업자산 양도일인 1992. 1. 20.로부터 3년이 경과한 후에 투자된 것일 뿐만 아니라 원고가 기계장치 구입비 금155,200,000원을 투자하였다고 인정할 만한 증거도 없으므로, 이 부분에 관한 원고의 주장 역시 이유가 없다.

(4) 취득가액에 수입기계 대금의 포함 여부 갑 제6, 7호증의 각 기재와 증인 이○순의 증언에 변론의 전취지를 모아 보면, 원고는 1992. 1. 20. 전환전사업자산을 양도한 후 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○ 소재 자동차부품제조공장을 건축하기 시작하여 1993. 7.경 준공하고 자동차부품제조업을 개시한 사실, 원고는 위 공장 준공 후 독일연방공화국으로부터 자동부품제조기계를 미화 금1,700,000달러에 수입하기로 약정하고, 1994. 12. 1. 주식회사 ○○은행에 신용장을 개설한 다음 1995. 1. 6. 미화 금340,000달러, 그 해 2. 10. 미화 금680,000달러, 위 기계가 도착한 그 해 12. 6. 미화 금680,000달러를 각 지급하고 1996. 2.경 위 기계를 위 공장에 설치·사용하여 온 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는바, 앞에서 본 관련법령이 전환전사업의 사업용자산의 양도일로부터 3년 이내에 전환사업을 위한 공장을 준공하고 그 사업용자산을 취득하여 그 사업을 개시하도록 규정한 취지는 전환전사업의 사업용자산의 양도가액을 전환사업에 신속하게 투자하도록 권장함과 아울러 그 투자 여부와 금액의 확인을 용이하게 하자는 데에 있는 점과 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고는 전환전사업자산 양도일로부터 3년 이내에 전환사업인 자동차부품제조업을 개시하였을 뿐만 아니라 위 기계 역시 위 양도일로부터 3년이 경과하기 전에 주문하고 그 계약금까지 지급하였으나 위 기계의 제작 및 운반에 많은 시간이 소요되어 그 설치가 1년 남짓 지연되었던 점 등을 종합하여 보면, 위 기계의 수입대금은 사업용자산가액비율을 산정하여 감면세액을 산출함에 있어 이를 취득가액에 포함시키는 것이 상당하다고 할 것이고, 한편 미국달러화의 매입환율은 1995. 1. 6.에는 1달러당 한화 금801.44원, 그 해 2. 10.에는 1달러당 한화 금802.66원, 그 해 12. 6.에는 1달러당 한화 금781.24원이어서 원고가 지급한 위 기계대금을 한화로 환산하면 금1,349,541,600원{(340,000달러 × 801.44원/달러) ＋ (680,000달러 × 802.66원/달러) ＋(680,000달러 × 781.24원/달러)이 되므로, 이 부분에 관한 원고의 주장은 위 금1,349,541,600원 범위 내에서 이유가 있다(다만 원고는 위 기계의 수입과 관련하여 통관료로 금300,000,000원을 지급하였다고 주장하나 이를 인정할 만한 아무런 증거가 없다.). 따라서 원고가 전환전사업의 사업용자산의 양도가액 금8,300,000,000원 중 전환사업의 사업용자산의 취득가액은 금7,404,387,597원(금6,054,845,997원 ＋ 금1,349,541,600원)이되고, 이를 토대로 하여 원고가 납부하여야 할 전환전사업자산의 양도에 따른 1992 사업연도 귀속 특별부가세의 본세와 가산세를 산출하면 별지 세액계산서의 당원인정란 기재와 같이 금287,657,650원이 된다.

(5) 그러므로 이 사건 과세처분 중 금287,657,650원 부분은 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유가 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유가 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제92조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 1. 22.