본.지점간 동일액의 가공세금계산서 발행교부한 것에 대하여 매입세액 공제 여부

【주 문】 원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 을 제1 내지 4호증의 각 1 내지 3, 제4 내지 8호증의 각 1, 2, 제9 내지 12호증의 각 기재와 증인 진ㅇㅇ의 일부증언(뒤에서 믿지 아니하는 부분은 제외)에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제1호증의 기재와 위 증인의 일부증언은 믿지 아니하며, 달리 반증이 없다.

• 가. 원고회사는 주된 사업장인 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 본점(1993. 10. 20. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에서 현재의 소재지로 옮기고 그 자리에 ㅇㅇ지점이 생겼다, 이하 본점이라 한다)외에 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 ㅇㅇ지점(이하 ㅇㅇ지점이라 한다), ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 소재 ㅇㅇ지점을 별개의 사업장으로 가지고 있었으나, 국세청장의 주사업장 총괄납부승인은 얻지 아니하였다.
• 나. ㅇㅇ지점은 1991. 12. 31.부터 1993. 3. 31.까지 사이에 3회에 걸쳐 본점으로 실물 거래없이 공급가액 금3,582,803,297원(1991. 12. 31. 금1,657,746,775원, 1992. 3. 31. 금1,581,106,522원, 1993. 3. 31. 금343,950,000원)에 상당하는 매출세금계산서를 발행교부하고, 본점으로부터 실물거래없이 공급가액 금3,582,803,297원(1992. 1. 4. 금1,657,746,775원, 1992. 4. 1. 금1,581,106,522원, 1993. 4. 1. 금343,950,000원)에 상당하는 매입세금계산서를 교부받아 그에 대한 부가가치세를 신고납부하였다.
• 다. ㅇㅇ지점은 앞서 본 부가가치세를 신고납부함에 있어, ㅇㅇ지점이 본점으로 가공매출세금계산서를 발행교부한 것은 1991년 제2기 확정신고시 금1,657,746,775원을, 1992년 제1기 예정신고시 금1,581,106,522원을, 1993년 제1기 예정신고시 금343,950,000원을 매출과표 및 세액에 더하여 신고하는 한편, 본점에서 ㅇㅇ지점으로 발행교부한 가공매입계산서는 1992년 제1기 예정신고시 금1,657,746,775원, 1992년 제1기 확정신고시 금1,581,106,522원, 1993년 제1기 확정신고시 금343,950,000원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.
• 라. 이에 피고는 본점으로부터 교부받은 매입세액을 매출세액에서 공제함으로써 결과적으로 ㅇㅇ지점이 신고납부한 부가가치세가 과소납부되었다는 이유로, 과세기간을 달리하여 매출신고한 실물거래없는 가공매출금액 및 세액은 매출과세표준 및 세액에서 제외하여 감액결정하되, 과세기간을 달리하여 매입세액공제신고한 가공매입금액에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 불공제하는 한편, 이로 인하여 과소납부한 세액(같은 금액으로 가공매출세금계산서 및 가공매입세금계산서를 발행하여 신고납부하였지만 과세기간의 차이로 인하여 선납부 신고후 다음 과세기간에 후공제되므로 결과적으로 선납부한 금액은 감액결정하고, 후공제분은 불공제로 인하여 과소납부되었다)에 대하여는 부가가치세법(1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제22조 제3항 제2호 의 규정에 의하여 1994. 3. 24. 1992년 제1기 가공매입세액 323,885,329원{예정신고분 165,774,677원(1,657,746,775원 10/100) + 확정신고분 158,110,652원(1,581,106,522원 10/100)}에 대한 신고납부불성실가산세 48,966,000원(165,774,677원 20/100 + 158,110,652원 10/100)과 1993년 제1기 확정 가공매입세액 34,395,000원(343,950,000원 10/100)에 대한 신고납부불성실가산세 3,439,500원(34,395,000원 10/100)을 합한 금52,405,500원을 신고납부불성실가산세로 부과·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

피고는, 이 사건 부과경위와 관계 법령에 비추어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는, 첫째 본점과 ㅇㅇ지점은 동일한 원고회사 소속으로 앞서 본 바와 같이 가공매출금액과 가공매입금액이 같으므로 원고회사 전체로 보아서는 부가가치세를 과소납부하지 아니하였고 신고납부불성실가산세를 사업장별로 적용부과한다는 명문규정이 없음에도 불구하고 피고는 과세기간과 계산서의 형식에만 집착하여 이 사건 처분을 하였으니 이는 위법하고, 둘째 ㅇㅇ지점은 실물거래대로 매출세금계산서와 매입세금계산서를 발행교부할 경우 피고의 세수가 줄어 곤란하다는 피고 소속 세무공무원의 유도에 따라 그에 협조하기 위하여 앞서 본 바와 같이 가공의 매출세금계산서를 발행교부하고 가공의 매입세금계산서를 발행교부받아 그에 따른 부가가치세를 신고납부하였는데도 이제와서 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 신고납부불성실가산세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로서 위법하다는 취지의 주장을 한다.

• 가. 먼저 원고의 첫 번째 주장에 관하여 보건대, 법 제4조 제1항 은 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 제2, 3항은 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부의 승인을 얻어 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다고 규정하고 있으며, 한편 법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것) 제15조 제2항 은 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보되 총괄납부승인을 받은 사업자가 총괄납부를 하는 과세기간내에 반출하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있으므로, 총괄납부의 승인을 받지 아니하는 한 부가가치세는 사업장마다 별도로 계산하여 이를 납부하여야 할 것인 바, ㅇㅇ지점이 본점과는 별개의 사업장이고 총괄납부승인을 받지도 아니하였음은 앞서 본 바와 같으므로, ㅇㅇ지점에 대하여 본점과는 별도로 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 그로 인하여 과소납부한 세액에 대하여 신고납부 불성실가산세를 부과한 이 사건 처분은 정당하다 할 것이고, 따라서 원고의 위 주장은 이유없어 받아들일 수 없다.
• 나. 다음 원고의 두 번째 주장에 관하여 보건대, 피고 소속 세무공무원의 유도로 ㅇㅇ지점이 가공의 매출 및 매입계산서를 발행하였는지 여부에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 갑 제1호증, 을 제6호증의 2의 각 기재와 증인 진ㅇㅇ의 일부증언은 믿지 아니하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없으며, 오히려 위 진ㅇㅇ의 일부증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고회사의 장부마감결과 본점에서는 부가가치세를 납부해야 하는 반면에 ㅇㅇ지점에서는 과다하게 환급을 받아야 하는 것으로 나타나자, 부당환급조사 등을 염려하여 총납부세액에는 변동이 없으나 과세기간별로는 ㅇㅇ지점은 선납부후 다음 과세기간에 공제받고, 본점은 선환급후 다음 과세기간에 납부할 목적으로 두 지점간에 가공세금계산서를 주고 받아 원고 스스로 납부세액을 조정하여 신고한 사실이 인정될 뿐이므로, 원고의 위 주장 역시 이유없어 받아들일 수 없다.

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하다 할 것이므로, 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 주문과 같이 판결한다.

1996. 2. 16.