1. 이사건 과세처분의 경위
아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1내지 4호증, 을제1호증의 1,2, 을제2호증의 1내지 3, 을제3호증의 1내지 15, 을제4호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 달리 위 인정을 좌우할 증거가 없다.
- 가. 원고는 1980. 5. 27. 소외 ○○시로부터 원고의 점포신축을 위하여 ○○시 ○○동 ○○번지 대2,907평방미터(이하 이사건 대지라고 한다)를 매수하여 1981. 2. 3. 원고 명의의 소유권이전등기를 경료한 다음, 1990. 11. 21. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 소정의 절차와 방법에 따라 소외 나라(소관철 노동부)에게 이사건 대지를 매도하여 동일 소외 나라 명의의 이전등기를 경료하고, 당해년도 법인세 신고기간에 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4185호로 개정되기 이전의 것, 이하 구 조세감면규제법이라고 한다) 제57조 제1항 제1호, 제60조 제1항에 따라 이사건 대지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 특별부가세 금236,077,894원의 조세감면신청을 하였다.
- 나. 이에 대하여, 피고는 원고의 이사건 대지에 관한 위 매매가 위 특례법 소정의 절차와 방법에 따른 것이 아니고, 가사 위 특례법 소정의 절차와 방법에 따른 것이라고 하더라도 이사건 대지가 위 양도당시 토지초과이득세법의 규정에 의한 토지초과이득세의 과세대상이 되는 토지에 해당되므로 구 조세감면규제법 제66조의3, 같은법 시행규칙(1991. 3. 13. 재무부령 제1850호로 개정되기 이전의 것, 이하 구 시행규칙이라고 한다) 제20조의6의 규정에 의하여 특별부가세의 감면이 배제된다고 하여 1992. 10. 16. 원고에 대하여 법인세법의 관계법령에 따라 이사건 대지의 양도에 따른 양도차익에 대한 위 특별부가세와 가산세를 포함하여 1990년도 귀속분 법인세 금290,092,510원을 부과, 고지(이하 이사건 과세처분이라고 한다)하였다.