구 조세감면규제법상 신청서제출의 감면요건 여부

【주 문】 원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

아래사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제2호증의 1,2, 갑제3호증의 1내지 3, 갑제4호증의 1내지 7, 을재1내지 3의 각 호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있고, 달리 이를 좌우할 증거가 없다.

• 가. 원고는 증등교육을 실시함을 목적으로 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전면 개정되기 이전의 것, 이하같다) 제67조의3 제1항 제1호에 의하여 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제받는 법인에 해당한다 할 것인데, 1975. 9. 30. 같은달 29.자 증여를 원인으로 하여 취득한 별지목록기재 각 부동산(이하 이사건 각 부동산이라고 한다)을 1991. 2. 1. 소외 최○○ 등에게 매매대금 도합금822,460,000원에 각 매도하고 같은달 7. 소유권이전등기까지 각 경료하였으나 위 대통령령이 정하는 기간까지 위 양도에 따른 차익에 관하여 위 같은법 같은 조항에 따른 조세감면신청서를 제출하지 아니하였다.
• 나. 이에, 피고는 원고가 이사건 각 부동산을 1992. 2. 7. 양도하였으나 위 소정의 기간내에 조세감면의 신청을 하지 아니한 것으로 인정하고, 1992. 9. 30. 원고에 대하여 이사건 각 부동산의 위 실거래가액에서 그 취득이 수증으로 인하여 취득가액이 분명하지 아니하다 하여 위 가액에다가 양도당시의 기준시가를 취득당시의 기준시가로 나눈 수치를 곱한 가액을 공제한 양도차익 금681,543,676원을 그 과세표준으로 하여 세율25%를 곱한 특별부가세 금170,385,919원과 가산세 금68,495,138원을 합한 도합금 238,881,057원을 원고가 납부할 1992년 10얼 수시분 법인세로 결정, 고지하는 처분(이사건 과세처분이라고 한다)을 하였다.

2. 이사건 과세처분의 적법성 여부

• 가. 쌍방 당사자의 주장 피고는 이사건 과세처분은 위 인정사실과 관계법령에 비추어 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 첫째, 원고가 구 조세감면규제법 제67조의3 및 동법 시행령 소정의 기간내에 조세감면신청서를 제출하지 아니하였다고 하더라도 위 법조항의 취지가 사랍학교법에 의하여 설립된 학교법인의 보호육성이 있으므로, 원고가 그 기본재산인 이사건 각 부동산을 그 목적인 교육사업에 사용할 목적으로 양도하고 그 목적에 따라 사용하였다면 피고로서는 원고에 대하여 적어도 본세인 특별부가세만이라도 감면하여야 할 것임에도 이를 감면하지 아니한 이사건 과세처분은 위법하다는 취지로 주장하고, 둘째, 가사 그렇지 않다고 하더라도 피고로서는 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어 양도가액은 알수 있으나 취득가액을 알 수 없는 경우에는 모두 기준시가에 의한 가액으로 양도차익을 계산하여야 함에도 이사건 처분은 양도가액은 실거래가액으로 취득가액은 기준시가에 의한 가액으로 산정한 위법이 있다고 주장한다.
• 나. 당원의 판단

(1) 구 조세감면규제법에따라 조세를 감면받기 위하여 동법과 동법 시행령 소정의 기간내에 조세감면신청서를 제출하는 것이 그 요건인지의 여부 구 조세감면규제법 제67조의3 제1항은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각 호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하면서 같은항 1호는 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득이라고 규정하고, 같은조 제4항은 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고, 같은법 시행령 55조의3 제4항은 법 제67조의3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있는바, 조세감면의 규정은 조세형평의 원칙상 엄격히 해석하여야 할 것이므로 위 각 법조항의 취지는 법인이 위 법조항에 의한 조세감면을 받기 위하여는 그 정한 기간내에 소정의 조세감면신청서를 그 요건으로 하고 있다 할 것이고, 동 기간내에 위 신청서를 제출하지 아니한 경우에는 조세감면을 받을 수 없다 할 것인데(대법원 1988. 3. 8. 선고, 87누722 판결 참조), 돌이켜 이사건에 비추어 보면, 원고가 조세감면의 요건인 이사건 각 부동산을 양도함으로써 발생한 양도차익가액에 따른 특별부가세감면신청서를 위 법조항에서 정한 기간내에 제출한 사실을 인정할 아무런 증거가 없고, 그밖에 달리 원고의 위 특별부가세를 감면받을 사유가 있다는 점에 관하여 주장, 입증이 없으며, 오히려 원고가 이사건 각 부동산을 양도함으로써 발생한 양도차익가액에 따른 특별부가세감면신청서를 위 법조항에 정한 기간내에 제출하지 아니한 사실은 앞에서본 바와 같으므로(원고가 자인하고 있다) 원고로서는 위 조세감면의 요건을 갖추지 아니하여 위 조세의 감면을 받을 수 없다 할 것이어서 이사건 과세처분은 적법하다 할 것이고, 따라서 위 소정의 기간내에 조세감면신청서를 제출하는 것이 위 소정의 감면요건이 아님을 전제로 한 원고의 이부분 주장은 나머지 점에 관하여 나아가 살필것도 없이 받아들이지 아니한다.

(2) 특별부과세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어 양도가액은 알수 있으나 취득가액을 알 수 없는 경우 그 산정방법 법인세법 제59조의2 제1항 은 특별부가세의 과세표준은 대통령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하면서 같은조 3항은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고, 같은법 시행령 제124조의2 제9항은 법제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중의 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우; 양도가액×취득당시의 기준시가/양도당시의 기준시가 2. 양도가액이 분명하지 아니한 경우; 취득가액 × 양도당시의 기준시가/취득당시의 기준시가 라고 규정하고 있으므로 양도가액은 분명하고 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 그 취득가액을 위 산식에 따른 가액으로 한다 할 것인바, 돌이켜 이사건에 비추어 보면 이사건 각 부동산의 양도가액은 분명하나 그 취득가액에 대하여는 원고가 자료를 제출하지 아니하여 그 가액이 분명하지 아니하다 할 것이고, 앞에서 인용한 각 증거에 의하면, 피고는 이사건 각 부동산의 양도에 따른 원고의 양도차익가액을 계산함에 있어 그 취득가액을 위 산식에 따라 산정하여 과세표준을 정한 사실을 인정할 수 있으므로 이사건 처분은 적법하다 할 것이고, 따라서 이사건의 경우와 같이 이사건 각 부동산의 양도가액은 분명하나 그 취득가액이 분명하지 아니한 경우에도 모두 기준시가에 의한 가액으로 양도차익을 산정하여야 함을 전제로 한 원고의 이부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 앞에서 인정한 각 사실과 관계법령에 비추어 이사건 과세처분은 적법하다 할 것이므로 그것이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유없어 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1994. 4. 22.