법인특별부가세를 부과함에 있어서 법인세법에 특별한 규정이 없는 한 원고 주장과 같이 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호를 원용할 수 있는지 여부

【주 문】 원고의 청구를 기각한다. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이 유】

아래 사실들은 당사자사이에 다툼이 없거나, 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증의 1,2, 갑 제4,5,7호증,을 제1,2,3호증, 원고 대표자 본인신문결과에 의하여 진정성립이 인정되는 갑 제8,9호증의 각 기재, 원고 대표자 본인신문결과, 변론의 전취지에 의하여 인정된다.

• 가. 원고는 ㅇㅇ시에서 추진하는 도시계획사업의 일부인 ㅇㅇㅇ시장의 현대화사업 추진을 주목적으로 1984. 9. 7. 설립된 회사로서 재래식 ㅇㅇㅇ시장을 헐고, ㅇㅇ시로부터 대지 4,300여평을 불하받아 그 자리에 지하 1층, 지상 5층의 상가 및 아파트(지하 1층 및 지상 1,2층은 상가이고, 지상 3,4,5층은 아파트인데, 이하 이 사건 건물이라고 한다.)를 건립하여 1991. 3. 31.경 모두 양도하였다. 그런데 이 사건 건물 중 상가의 양도금액은 12,619,380,069원이고, 아파트의 양도금액은 4,378,199,363원으로서 이 사건 건물의 양도금액 합계액은 금 16,997,579,432원이며, 그 밖에 1990. 6. 30. 경 원고 소유의 토지 317㎡를 금26,000,000원에 양도한 바가 있고, 원고가 1990연도에 ㅇㅇ소방파출소의 공사를 포함한 4개의 공사를 수급받아 시공하고서 지급받은 공사대금 합계액이 금220,732,727원이었다. 그리고 원고는 이 사건 건물의 양도대금 중 금5,600,047,159원을 사립학교법에 의하여 1983. 3. 5. 설립허가를 받은 소외 학교법인 ㅇㅇ학원이 운영하는 ㅇㅇ산업대학의 시설비, 연구비 등으로 기부하였다.
• 나. 여기서 원고는, 1991. 6. 29. 피고에게 (1) 원고법인의 1990. 4. 1.부터 1991. 3. 31.까지의 사업연도의 매출액은 이 사건 건물의 양도대금과 위의 토지 매도대금 및 공사대금 합계액 17,244,312,159원이고, 여기에서 매출원가 등은 물론 위의 기부금을 영업외 비용으로 처리하여 공제하는 등으로 당기의 순이익은 금1,128,820,302원이 되고, 여기에다 익금을 가산한 후 이월결손금을 공제하면 법인세 과세표준금액은 금770,847,150원이니, 원고의 1990연도 법인세는금 248,088,031원이며, (2) 이 사건 건물 중 상가의 양도금액과 토지 317㎡를 양도한 금액의 합계액이 금12,645,380,069원이고, 이들의 취득가액은 금7,766,244,444원이며, 양도비용은 금291,613,196원이니, 양도차익은 금4,587,542,429원이고, 따라서 법인특별부가세는 금1,146,885,607원인 바, 그 중 금694,879,210원을 분납한다고 신고하면서, 법인세액 금 248,088,031원만 자진납부하였다. 그후 원고는 1991. 8. 6.경 피고에게 법인특별부가세는 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호에 해당되어 기부금을 공제하면 전액감면되니, 원고에게 부과될 법인세는 법인특별부가세를 제외한 금248,088,031원만이라고 수정신고하였다.

(3) 그러나, 피고는 원고의 수정신고를 받아들이지 아니하고, 원고가 납부하지 아니한 법인특별부가세에 대하여 1991. 7. 16. 1차로 별지 세액계산서 당초결정란의 기재와 같이 산출한 세액(원고의 당초신고세액에다 무납부가산세를 합한 후에 분납할 세액을 공제한 금액) 금497,207,037원을, 같은해 8. 16. 2차로 같은 세액계산서 경정결정란의 기재와 같이 분납하기로 한 세액(원고가 당초분납신고한 세액에다 무납부가산세를 합한 금액) 금764,367,130원을 각 부과,고지(이하 이 사건 과세처분이라고 한다.)하였다.

피고는, 위와 같은 처분경위와 관계법령에 비추어 이 사건 과세처분은 정당하다고 주장함에 대하여, 원고는, 첫째, 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호 등에 의하면, 내국인이 사립학교법에 의한 사립학교에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금은 당해 과세연도의 소득금액 계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액의 범위 안에서 이를 손금으로 산입한다고 규정되어 있는 바, 이 규정에 의하면, 법인의 부동산 등의 양도로 인한 양도차익에 대하여 부과하는 법인특별부가세를 산정함에 있어서도 그 양도대금을 위와 같이 기부한 경우라면 기부금으로 공제하여야 한다고 해석되며, 이렇게 해석하여야만 법인세에서 기부금을 손비로 처리하는 것과 모순되지 아니하고, 부동산 투기방지와 기업회계를 건전하게 유지하고자 특별부가세를 부과하는 입법취지에 부합되며, 사학재단에 대한 기부행위를 장려하려는 조세감면규제법의 규정취지에도 부합되고, 법인이 부동산을 양도하고 그 양도대금을 기부한 경우와 부동산을 막바로 기부한 경우와의 사이에 세액의 차이를 피할 수 있다 할 것인데도, 이에 반하여 원고가 ㅇㅇ산업대학에 기부한 돈을 전액 과세표준에 포함시켜서 한 이 사건 과세처분은 위법하며, 둘째, 원고가 신축하여 양도한 이 사건 건물 중 상당부분은 주택이고, 법인세법 시행령 제124조의3 제5항 에 의하면, 주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택의 양도에 대하여 특별부가세의 과세대상에서 제외하고 있으니, 주택마저 포함하여 부과한 이 사건 과세처분은 이 점에서도 위법하다고 주장한다. 먼저 원고의 첫째 주장에 관하여 살피건대, 조세감면규제법 제3조 제1항에 의하면, 이 법 국세기본법 및 조약과 다음 각 호(제3호로 법인세를 들고 있다.)의 법률에 의하지 아니하고는 조세특례 및 감면은 할 수 없다고 규정하고, 제2항은, 이 법 국세기본법 및 조약과 제1항 각 호의 법률에 의하여 감면되는 조세에는 당해 법률이나 조약에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는… 법인세법 제59조의2 의 규정에 의한 특별부가세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 이에 의하면, 법인특별부가세를 부과함에 있어서 법인세법에 특별한 규정이 없는 한 원고 주장과 같이 조세감면규제법 제49조 제2항 제6호를 원용하여 기부금을 과세대상에서 제외할 수는 없다고 할 것이고, 토지등 양도에 대한 특별부가세에 대한 부분인 법인세법 제4장의 2에 그와 같은 특별규정은 찾아볼 수 없으니, 위 주장은 이유없다. 다음으로 원고의 둘째 주장에 관하여 살피건대, 위에서 인정한 바와 같이 원고가 이 사건 건물 중 주택(아파트 부분)은 제외하고, 상가부분에 대하여만 양도차익을 산정하여 법인특별부가세를 신고하였고, 이에 터잡아 이 사건 과세처분이 이루어졌으니, 위 주장도 이유없다.

그렇다면, 이 사건 과세처분은 적법하고 원고의 이 사건 청구는 이유없으므로, 이를 기각하며, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1992. 10. 21.