1. 과세처분의 경위
아래 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 성립에 다툼 없는 갑 제1호증의 1,2,3, 갑 제2,3,8호증의 각 1,2, 갑 제4호증의 1 내지 4, 을 제1호증의 1내지 5, 을 제2호증의 1 내지 4, 을 제4,5,6호증의 각 1,2,3, 원본의 존재와 성립에 다툼이 없는 을제3호증의 1,2의 각 기재, 변론의 전취지에 의하여 인정된다.
- 가. 원고회사는 1974.5.2. 설립되어 가전되어 가전제품용 트란스 등의 전자제품 제조업을 영위하여 왔는데, 원고회사의 임원이던 소외 김ㅇㅇ, 한ㅇㅇ(김ㅇㅇ은 1977.2.9. 입사한 후 그해 4.18.경 상무이사, 1987.7.1. 대표이사가 되었고, 그해 10.23.경 사임하였다가 1988.11.15.경 다시 대표이사가 되었으며, 1990.5.24. 다시 사임하였고, 한ㅇㅇ은 1975.6.18. 입사한 후 1977.4.18.경 상무이사, 그해 11.18. 부사장이 되었다가, 1990.5.24. 해임되었다.)은 소외 백ㅇㅇ 1976.5.경 소외 한국ㅇㅇ 주식회사(이하 소외회사라 한다.)에 상무이사로 입사하여, 1982.8.경 전무이사가 되었으며, 1986.6.30.경 퇴사한 후, 그해 7.1.경 소외 ㅇㅇ정밀주식회사의 대표이사가 되었다.)와, 내국신용장(1ocal L/C)을 허위로 작성, 행사하는 방법으로 원고회사의 자금을 부당하게 인출하여 임의로 사용하기로 공무하여, 1984.1.19.경 김ㅇㅇ이 부하 직원에게 지시하여 백ㅇㅇ가 보내온 백지의 물품매도확인서(Offer sheet)의 소정기재란을 기재한 후 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점 외환계에 가서 그 물품매도확인서, 은행 소정의 내국신용장 발행신청서, 양도담보증서, 내국신용장용 약속어음을 첨부하여 내국신용장 개설신청을 하게 하여, 위 은행에서 소외회사로부터 원자재인 철심(core) 7,883Kg을 금10,022,919원에 매수한다는 내용의 내국신용장을 발부받고, 원고회사가 소외회사로부터 철심 7,883Kg을 매수하여 수령한 사실이 없음에도 그 물건을 수령하였다는 취지의 허위내용의 내국신용장 물품수령서를 작성하여 위 내국 신용장과 함께 백ㅇㅇ에게 전달하고, 백ㅇㅇ는 소외회사가 원고회사에 철심 7,883㎏을 판매한 사실이 없음에도 그러한 것처럼 허위로 소외회사 발행의 세금계산서를 작성하고, 이를 앞서 본 바와 같이 전달받은 내국신용장, 내국신용장 물품수령서와 함께 ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점에 제시하여 금10,022,919원을 지급 받아 김ㅇㅇ에게 송금한 것을 비롯하여, 1989.9.5.경까지 모두 62회에 걸쳐 합계 2,094,877,71Kg의 철심을 거래한 것처럼 위장하여 그 대금 합계 금 1,535,347,523원 상당의 이익을 취하고, 원고회사에 그 금액 상당의 손해를 가하였다는 범죄사실로 기소되어, 1990.3.20. 1심인 대구지방법원에서, 그해 7.18. 2심인 대구고등법원에서 각 유죄판결을 선고받았고, 한ㅇㅇ이 상고하였으나 대법원이 그해 10.12. 상고를 기각하여 소외인들의 유죄판결이 확정되었다.
- 나. 이에 피고는, (1) 원고회사에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하기로 하여, 1990.3.16. 원고회사의 1984년도 가공매입분인 철심 313,808,71Kg(대금 266,452,204원)에 대한 법인소득금액 계산시 손금불산입하여 별지 세액산출내역서 중 경정결정란의 기재와 같이 산출한 법인세 금173,147,440원과 그 방위세 금18,922,290원을 부과, 고지하였고, (2) 그날 법인세법시행령(1984.12.31. 대통령 제11579호로 개정되기 전의 것, 이하 구 법인세법 시행령이라 한다.) 제94조의2 제1항 제1호 나.목에 의거하여 원고회사가 김ㅇㅇ, 한ㅇㅇ, 백ㅇㅇ에게 각 금88,817,400원(266,452,204원 3)식을 상여한 것으로 본다는 소득금액 변동 통지를 하였으나, 원고회사가 소외인들에 대한 1984년 귀속 원천징수분 갑종 근로소득세(이하 갑근세라 한다.)와 그 방위세를 자진납부하지 아니하였다는 이유로, 그해 6.1. 갑근세 금90,817,552원과 그 방위세 금16,664,160원을 부과, 고지하는 한편, 위 소득금액 변동에 따른 지급조서 미제출에 대한 가산세로서 1990년 귀속분으로 법인세 금7,993,560원을 아울러, 부과, 고지(이하 이 사건 과세처분이라 한다.)하였다.
- 다. 그후 피고는 백ㅇㅇ가 실제로 이익을 취한 것이 없다고 인정하여 그에 대한 1984년 귀속 원천징수분 갑근세를 취소하고, 그 대신에 그의 이득분 금88,817,400원의 1/2씩을 김ㅇㅇ, 한ㅇㅇ의 이득분에 추가 합산하여 1991.1.16. 원고회사에 대하여 갑근세 금53,734,526원과 그 방위세 금9,769,914원을 증액고지하였으나, 이에 따라 행정심판단계에서 재무부 국세심판소가 1992.1.6. 증액부과처분을 취소함에 따라, 피고도 그달 16. 증액부과처분을 취소하여, 결국 이 사건 과세처분만 남게되었다.