원고의 직계존속이 자경한 토지를 증여받았다고 볼 수 없어 사업용 토지로 인정할 수 없음

사건 2025누10254 양도소득세부과처분취소 원고 A 피고 B세무서장 원심판결

2025. 10. 2. 변론종결

2026. 1. 23. 판결선고

2026. 2. 6.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 20

○○.

○○.

○○. 원고에게 한 양도소득세 00,000,000원의 부과처분을 취소한다.

1. 제1심판결의 인용 이 법원의 판결이유는 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조한 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

• 가. 원고 주장

1. 원고는 이 사건 토지를 농지원부에 등재한 20

○○.

○○.

○○.부터 위 토지 양도 시까지 8년 이상 자경하여 구 조세특례제한법 제69조 에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하였음에도, 이 사건 토지에 대하여 위 양도소득세 감면 규정을 적용하지 않고 비사업용 토지에 해당한다고 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2. 원고의 직계존속 C이 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하여 오다가 원고에게 증여하였다. 따라서 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의 2호에 따른 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않아야 함에도 이를 비사업용 토지로 보아 중과세한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

• 나. 제1주장에 관한 판단

1. 관련 규정

○ 구 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따라 자경농지에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 농지 소재지의 거주자가 그 소유농지에서 8년 이상 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였을 것이 요구된다. 한편, 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 은 ‘법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다’라고 규정하고, 같은 조 제14항 제1호는 ‘제4항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다’라고 규정하고 있다.

○ 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목에 의하면, ‘토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’는 비사업용 토지에 해당한다. 이 때 “대통령령으로 정하는 기간”이란 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에 의하면 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ‘① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 모두에 해당하는 기간을 말한다. 구 소득세법 시행령 제168조의8 제2항 은 ‘소유자가 경작하지 아니하는 농지란 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따른 자경을 하는 농지를 제외한 농지로서, 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항 을 준용한다’고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 원고가 20

○○.

○○.

○○. 이 사건 토지를 취득하였다가 20

○○.

○○.

○○. 양도한 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제11호증의 기재에 의하면, 원고의 2011년부터 2022년까지의 귀속 급여총액이 각 3,700만 원 이상(2011년 귀속 급여총액 00,000,000 원, 2012년 귀속 급여총액 00,000,000 원, 2013년 귀속 급여총액 00,000,000 원, 2 014년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2015년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2016년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2017년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2018년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2019년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2020년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2021년 귀속 급여총액 00,000,000원, 2022년 귀속 급여총액 00,000,000원)인 사실이 인정된다. 결국 위 각 과세기간은 경작기간에서 제외되어야 하므로, 원고는 이 사건 토지에 관하여 자경 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 타당하고, 양도소득세 감면 규정 적용을 배제하고, 이 사건 토지를 비사업용 토지에 해당한다고 보아 비사업용 토지의 세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 다. 제2주장에 관한 판단

1. 관련 법리

○ 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1의2호는 ‘직계존속 또는 배우자가 8년 이상 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다’고 규정하고 있다.

○ 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 증명책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이나(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893판결 등 참조), 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이어서 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 증명책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 등 참조). 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 과세요건사실 중 ‘원고가 자경한 토지가 아니다’라는 부분은 ‘자경하였다’라는 적극사실과 달리 ‘자경하지 않았다’라는 소극사실을 직접 입증한다는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 그 증명 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 위 인정사실 및 앞서 든 증거, 갑 제11 내지 17, 28 내지 40, 54호증, 을 제5, 6호증의 각 기재, 제1심 증인 D의 일부 증언에 변론 전체를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정을 종합하여 보면, 이 사건 토지는 원고의 직계존속 C이 8년 이상 직접 경작한 농지로서 원고에게 증여한 토지에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① C은 아래와 같은

○○ 시 E, F 소재 농지를 취득하여 1975년부터 1995년까지 사이에 소유권보존등기 내지 소유권이전등기를 마쳤다. 순번 부동산의 표시 비고 1

○○ 시 E 답

○○ ㎡ 20

○○.

○○.

○○. 원고가 취득 2

○○ 시 E 답

○○ ㎡ 3

○○ 시 E 답

○○ ㎡ 4

○○ 시 E 전

○○ ㎡ 5

○○ 시 E 전

○○ ㎡ 6

○○ 시 E 전

○○ ㎡ 7

○○ 시 E 전

○○ ㎡ 8

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 9

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 10

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 11

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 12

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 13

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 14

○○ 시 E 답

○○평 20

○○.

○○.

○○. G가 취득 15

○○ 시 E 답

○○평 16

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 17

○○ 시 F 답

○○ ㎡ 18

○○ 시 F 답

○○평 19

○○ 시 F 답

○○평 20

○○ 시 F 답

○○평 21

○○ 시 E 답

○○ ㎡ 22

○○ 시 E 답

○○ ㎡ 23

○○ 시 E 답

○○ ㎡

② 원고는 20

○○.

○○.

○○. C으로부터 이 사건 토지를 포함한 13필지 토지(위 표 순번 1 내지 13 토지)의 소유권이전등기를 경료받음에 있어 그 취득원인을 ‘20

○○.

○○.

○○. 매매’로 표시하였고, 20

○○.

○○.

○○. 피고에게 양도소득세 신고를 할 당시에도 원고와 C 사이에 작성된 위 13필지 토지에 관한 20

○○.

○○.

○○.자 매매계약서의 총 매매대금 0억 0,000만 원을 기준시가로 안분한 금액을 이 사건 토지의 취득가액으로 한 사실을 인정할 수 있을 뿐, 원고가 이 사건 토지를 C으로부터 증여받았음을 인정할 자료가 없다.

③ C은 20

○○.

○○.

○○. 피고에게 위 13필지의 토지 양도에 따른 양도소득세 신고·납부를 하면서 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하지 않았고, 20

○○.

○○.

○○.에야 원고가 이 사건 토지를 자경하는 것으로 농지원부가 작성되었다.

④ 원고는 C이 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 8년 이상 자경하였다는 사실을 입증하기 위해 경작사실확인서(갑 제41호증의 1 내지 3)를 제출하였으나, 위 경작사실확인서는 부동문자로 C이 8년 이상 자경하였다는 내용이 기재되어 있고, 인우보증인들의 신분증이나 인감증명서도 첨부되지 않은 채 인우보증인들의 생년월일과 이름 정도가 수기로 기재되어 있을 뿐인바, 위 인우보증인들이 원고나 C과 어떤 관계인지 이 사건 토지 소재지에 거주하는지조차 알 수 없는 등 위 기재만으로는 C이 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였다고 인정하기 부족하다.

⑤ C은 생년월일 생략 생으로 이 사건 토지를 원고에게 양도할 당시에는 76세의 고령인 점, C은 이 사건 토지를 비롯하여 약 21,000㎡에 이르는 농지를 소유하였는데, 원고는 C이 위와 같은 넓은 면적의 농지를 경작하는 과정에서 필요했을 종자, 비료, 농약 등의 구입내역, 수확물의 판매내역 등에 관한 자료를 전혀 제출하지 않고 있는 점에다가, C이 위 농지를 혼자 경작하기 힘들다며 부탁하기에 함께 경작하고 C으로부터 수확물의 일부를 받았다는 취지의 제1심 증인 D(생년월일 생략 생)의 일부 증언과 사실확인서의 기재 내용을 더하여 보면, C이 이 사건 토지에서 8년 이상 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 C의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하여 이 사건 토지를 직접 경작하였다고 보기 어렵고, 이에 반하는 제1심 증인 D의 일부 증언은 이를 믿지 아니 한다.

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.