원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용에 공하는 미가공식료품은 부가가치세가 면제됨

사 건 2025누10073 부가가치세부과처분취소 원고, 피항소인 농업회사법인 주식회사 ○○ 피고, 항소인

○○세무서장 원 심 판 결 대구지방법원 2025. 2. 13. 선고 2023구합24779 판결 변 론 종 결

2025. 6. 13. 판 결 선 고

2025. 7. 25.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 농산물의 생산, 유통, 가공, 판매업 등을 영위하는 법인으로, 2017. 5. 17. 주식회사 ○○(변경 전 상호: 주식회사 ○○, 이하 ‘○○’라 한다)와 자기상표부착제품업종 표준하도급계약을 체결하였다.
• 나. 원고는 ○○시 ○○읍 ○○길 ○○에서 제조시설 및 포장시설을 갖추고, 2017년 5월경부터 2020년 6월경까지 사과, 포도, 단감, 방울토마토를 절단한 뒤 갈변 억제를 위해 침지액으로 세척한 후 혼합가스를 주입한 플라스틱(PET) 용기에 담아 미세천공필름으로 밀봉 포장(이하 ’이 사건 컵과일‘이라 한다)하여 ○○에 공급하였다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). 원고는 이 사건 컵과일을 부가가치세 면제대상 재화로 보고 이 사건 거래에 대한 부가가치세를 신고·납부하지 않았다.
• 다. ○○지방국세청장은 2022. 4. 5.부터 2022. 7. 23.까지 ○○에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 거래의 대상인 이 사건 컵과일을 부가가치세 과세대상 재화로 판단하고, 2022. 7. 14. 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 별지1 목록 기재와 같이 원고에게 2022. 7. 22. 2017년 제1기 및 2023. 1. 16. 2017년 제2기부터 2020년 제1기까지의 각 부가가치세(각 가산세 포함)를 경정·고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2022. 10. 14. 및 2023. 4. 6. 조세심판원에 각 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 7. 18. 원고의 청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 사과, 포도, 단감, 방울토마토를 절단한 후 침지액에 세척하여 플라스틱 용기에 담아 ○○에 공급하였는데, 원고가 공급한 이 사건 컵과일은 ‘일시적으로 보존하기 위하여 처리한 과실 및 채소’이거나 ‘신선한 과실 및 채소인 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공한 것’이어서 부가가치세 면제대상에 해당한다. 그럼에도 이와 달리 보아 부가가치세를 과세한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 관계 규정의 내용 부가가치세법 제26조 제1항 제1호 는 ‘가공되지 아니한 식료품(식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것’의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 시행령 제34조 제1항 제4호, 제5호는 ‘법 제26조 제1항 제1호에 따른 가공되지 아니한 식료품(이하 “미가공식료품”이라 한다)은 과실류 또는 채소류로서 가공되지 아니하거나 탈곡·정미·정맥·제분·정육·건조·냉동·염장·포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 한다.’고 규정하고, 제34조 제2항 제1호는 ‘김치, 두부 등 기획재정부령으로 정하는 단순 가공식료품을 미가공식료품에 포함한다.’고 규정하면서, ‘미가공식료품의 범위’에 관하여 필요한 사항을 기획재정부령으로 정하도록 위임하고 있다. 이에 따라 구 부가가치세법 시행규칙(2018. 1. 9. 기획재정부령 제652호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항 [별표 1]은 ‘4. 과실류’에서 ‘⑥ 포도, ⑧ 사과, ⑩ 그 밖의 과실(각 신선한 것으로 한정한다)’ 및 ‘⑫ 일시적으로 보존하기 위하여 처리(예: 이산화유황가스·염수·유황수나 그 밖의 저장용액으로 보존처리)한 과실과 견과류(그 상태로는 식용에 적합하지 않은 것으로 한정한다)’를, ‘5. 채소류’에서 ‘① 토마토, ⑧ 그 밖의 채소(각 신선한 것이나 냉장한 것으로 한정한다)’ 및 ‘⑩ 일시적으로 보존하기 위하여 처리(예: 이산화유황가스·염수·유황수나 그 밖의 저장용액으로 보존처리)한 채소(그 상태로는 식용에 적합하지 않은 것으로 한정한다)’를, ‘12. 그 밖에 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물과 단순가공 식료품‘에서 ’⑤ 데친 채소류·김치·단무지·장아찌·젓갈류·게장·두부·메주·간장·된장·고추장(제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입·병입 또는 이와 유사한 형태로 포장하여 공급하는 것은 제외하되, 단순하게 운반편의를 위하여 일시적으로 관입·병입 등의 포장을 하는 경우를 포함한다)‘를 각 면세하는 미가공식료품으로 분류하고 있다.
• 나. 구체적 판단

1. 위 각 법령의 취지, 문언과 체계에다가 앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 10호증, 을 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 거래에서 공급된 이 사건 컵과일은 신선한 과실이나 채소로서 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공되는 식료품에 해당하는바, 부가가치세법 제26조 제1항 제1호, 부가가치세법 시행령 제34조 제1항 제4호 및 제5호, 구 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항 [별표 1]에 따라 부가가치세 면제대상이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에서 내려진 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 가) 부가가치세법 제26조 제1항 제1호 가 ‘가공되지 아니한 식료품’을 부가가치세 면제대상으로 규정한 것은 일반 국민의 식생활에 필요한 기초적인 식자재에 대한 부가가치세의 부담을 덜어줌으로써 생계의 부담을 줄이고, 물가의 안정을 도모하기 위한 취지이다. 부가가치세법 시행령 제34조 는 미가공식료품을 ‘원생산물을 가공하지 아니하고 식용으로 제공하는 것’(제1항, 이하 ‘순수 미가공식료품’이라 한다) 이외에도 ‘원생산물의 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것’(제1항, 이하 ‘1차 가공식료품’이라 한다)과 ‘김치, 두부 등 기획재정부령으로 정하는 단순 가공식료품’(제2항 제1호) 등도 미가공식료품에 포함되는 것으로 비교적 넓게 규정하면서, 부가가치세 면제대상에 해당하는 미가공식료품의 구체적인 범위를 기획재정부령으로 정하도록 위임하고 있다(제1항 단서, 제2항 제1호). 위와 같이 부가가치세법 시행령 제34조 는 제1항에서 부가가치세법 제26조 제1항 제1호 에서 규정하는 ‘가공되지 아니한 식료품’을 순수 미가공식료품과 1차 가공식료품으로 구체화함으로써 이들을 부가가치세 면제대상으로 규정하는 한편, 제2항 제1호에서 단순 가공식료품을 별도로 미가공식료품의 범위에 추가하고 있는데, 이는 원래 단순 가공식료품이 순수 미가공식료품 본래의 성질이 변하는 정도의 가공을 거친 것이어서 위 제1항이 규정하는 미가공식료품의 개념에서 제외되는 것이지만 미가공식료품을 부가가치세 면제대상으로 규정하는 정책적 취지에 부합할 만한 단순 가공식료품에 대하여는 이를 면세대상으로 추가하기 위한 것으로 이해된다. 이러한 점을 고려하면, 어떠한 품목을 면세대상에 포함시킬 것인지 그리고 개별 품목 중에서 어떠한 요건을 구비한 것을 면세대상으로 인정할 것인지에 대하여 입법재량이 인정된다고 볼 수 있다.

• 나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2000두4378 판결 등 참조). 구 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항 [별표 1] 제12호는 김치나 두부 등 일부 단순 가공식료품의 경우 ‘제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입·병입 또는 이와 유사한 형태로 포장하여 공급하는 것은 제외하되, 단순하게 운반편의를 위하여 일시적으로 관입·병입 등의 포장을 하는 경우를 포함한다’고 규정하고 있어, 제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 단순 가공식료품을 포장하여 공급하는 경우는 부가가치세 면제대상이 아니다. 그러나 제4호 과실류 또는 제5호 채소류의 경우 단순 가공식료품과는 성질을 달리하고, 부가가치세 법령에 위와 같은 내용의 제한규정이 존재하지 않으므로 과실이나 채소를 제조시설을 갖추고 판매목적으로 독립된 거래단위로 관입·병입 또는 이와 유사한 형태로 포장하여 공급한다고 하여 해당 거래가 면세대상이 아닌 것으로 된다고 할 수는 없다.
• 다) 피고의 주장은, 원고가 ‘소독, 절단, 세척, 탈수, 냉각, 포장’의 단계로 이 사건 컵과일을 포장하고 있는데 각 공정마다 상당한 규모 이상의 시설이 필요하고, 포장의 목적, 형태 및 정도, 기능 등을 고려하면 내용물과 포장이 일체를 이루어 상품으로 공급되는 과정에서 내용물 이외에 상당한 정도의 부가가치가 창출되기 때문에 내용물의 단순한 운반 및 보관을 위한 포장으로 볼 수 없으므로, 이 사건 컵과일은 1차 가공식료품이라 할 수 없다는 것이다. 그러나 ① 원고가 위와 같은 공정을 거쳐 사과, 포도, 단감, 방울토마토를 포장한다고 하더라도 사과와 단감은 크기에 따라 등분하여 자르고, 포도와 방울토마토는 꼭지를 분리 제거하는 외에는 그 자체의 성질이나 맛 등이 변하지 않아 미가공 상태의 내용물일 때와 비교하여 별다른 변화가 초래되는 것은 아닌 점, ② 원고가 이 사건 컵과일 포장하는 과정에서 갈변을 방지하고 보존기간을 연장하기 위하여 보유한 특허기술을 이용하여 비타민C와 탄산수소나트륨이 첨가된 침지액으로 과실, 채소를 세척하고 플라스틱 용기에 질소, 산소 및 이산화탄소로 이루어지는 혼합가스를 주입하였으나, 이로 인하여 과실, 채소 본래의 맛이나 향이 변한 것은 아니고, 해당 절단 과실, 채소 본래의 보관기간과 비교하였을 때 이 사건 컵과일의 보관기간이 며칠 정도 다소 늘어나긴 하였지만 일반 가공식품과 달리 본질적인 기간의 변화가 있는 것은 아닌 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 컵과일은 투명한 플라스틱 용기에 미세천공필름으로 밀봉되어 있을 뿐이므로 일반소비자가 이 사건 컵과일을 구매하는 데 있어 그 포장의 상품성이나 심미성 등이 결정적인 영향을 끼치지는 않을 것으로 보여 이 사건 컵과일의 포장으로 인하여 그 내용물 이외에 상당한 정도의 부가가치가 창출되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
• 라) 이처럼 원고가 사과, 포도, 단감, 방울토마토를 소독하고 절단한 다음 이를 침지액으로 세척하고 혼합가스를 주입한 플라스틱 용기에 담아 미세천공필름으로 밀봉포장하여 판매한 이 사건 컵과일은 그 내용물의 운반 및 보관, 판매 등을 위하여 포장된 것인데, 원생산물인 신선한 과실 및 채소 본래의 성질이 변하지 않고 기존과 동일하다는 점에서 1차 가공식료품이라 할 것이므로, 부가가치세법 시행령 제34조 제1항 및 구 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항 [별표 1] ‘4. 과실류’, ‘5. 채소류’에서 규정하고 있는 면세대상에 해당한다.
• 마) 피고는, 이 사건 컵과일은 침지액으로 세척하여 보존처리하고 일반소비자가 바로 식용에 공할 수 있는 정도로 포장된 것이므로 부가가치세 면제대상에 해당하지 아니한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 컵과일은 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공되는 1차 가공식료품에 해당함은 앞서 본 바와 같고, 1차 가공식료품의 경우 단순 가공식료품(구 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항 [별표 1] 제12호)과 달리 포장 방식에 따라 부가가치세 면제 여부가 달라지지 아니하는바, 원고가 원용하는 판례들(대법원 1985. 2. 26. 선고 84누478 판결, 대법원 2020. 11. 12. 자 2020두44428 판결의 원심인 서울고등법원 2020. 6. 26. 선고 2019누54384 판결 등)은 김치, 젓갈류 등 단순 가공식료품에 관한 것으로 사안을 달리하는 이 사건에 적용하기에는 적절하지 않다.

2. 한편 원고는, 구 부가가치세법 시행규칙 제24조 제1항 [별표 1] 제4호, 제5호는 ‘일시적으로 보존하기 위하여 처리(예: 이산화유황가스·염수·유황수나 그 밖의 저장용액으로 보존처리)한 과실과 견과류 및 채소(그 상태로는 식용에 적합하지 않은 것으로 한정한다)’(이하 ‘쟁점 규정’이라 한다)를 면세대상 미가공식료품으로 분류하고 있는데, 이 사건 컵과일은 위와 같이 일시적으로 보존하기 위하여 처리한 과실 및 채소에도 해당하므로 면세대상 미가공식료품이라는 취지로 주장한다. 그러나, 위 쟁점 규정은 그 예시로 들고 있는 바와 같이 이산화유황가스·염수·유황수나 그 밖의 저장용액으로 보존처리한 과실 및 채소를 의미하는바, 그 상태로는 바로 식용에 공할 수 없고 주로 식품공업(잼의 제조나 설탕절임 과실의 조제 등)이나 가공용의 원재료에 사용되는 체리, 딸기, 오렌지, 살구, 양파, 올리브, 버섯 등이 쟁점 규정의 과실 및 채소에 해당할 것으로 보인다. 또한, 이와 같은 과실 및 채소는 일반적으로 캐스크(Cask)통, 배럴(Barrel)통, 라스(Lath)형의 용기에 포장되는 것으로 보인다. 따라서 원고가 이 사건 컵과일을 포장하는 과정에서 과실 등의 갈변을 방지하고 보존기간을 연장하기 위하여 침지액(비타민C와 탄산수소나트륨 포함)을 첨가하고 혼합가스(질소, 산소 및 이산화탄소)를 주입하였다고 하더라도, 이 사건 컵과일이 위 쟁점 규정에 해당하는 면세대상 미가공식료품이라고 볼 수는 없다.

원고의 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한