쟁점건물의 공급은 매매계약에 따른 양도에 해당하고 사업을 영위하다가 그 사업을 양도하면서 쟁점건물을 공급한 것으로 볼 수 없어, 쟁점건물의 공급이 부가가치세법에서 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도에 해당한다고 볼 수 없음
쟁점건물의 공급은 매매계약에 따른 양도에 해당하고 사업을 영위하다가 그 사업을 양도하면서 쟁점건물을 공급한 것으로 볼 수 없어, 쟁점건물의 공급이 부가가치세법에서 정한 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도에 해당한다고 볼 수 없음
사 건 2024누12123 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인
○○ 주식회사 피고, 피항소인
○○세무서장 제1심 판 결 대구지방법원 2024. 9. 12. 선고 2023구합20548 판결 변 론 종 결
2025. 5. 23. 판 결 선 고
2025. 7. 11.
1. 원고의 항소를 기각한다.
3. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 4. 12. 원고에게 한 2021년 제1기 귀속 부가가치세 5,140,607,060원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
1. 원고는 ◯◯와 사이에 2020. 6. 29. 원고가 ◯◯에 이 사건 부동산을 매도하고, 원고 외 ◯◯◯◯◯의 나머지 구분소유자들의 구분소유건물(이하 ‘기타 구분소유건물’이라 한다)에 관하여 향후 취득할 매수인지위를 양도하기로 합의하고, 아래와 같은 내용의 양해각서(갑 제2호증, 이하 ‘이 사건 양해각서’라 한다)를 작성하였다. <양해각서 내용 생략>
2. 원고는 ◯◯와 사이에 2020. 10. 12. 아래와 같이 원고가 ◯◯에 이 사건 부동산을 매도하고(이 사건 매매계약), 기타 구분소유건물 매수인지위를 이전하는 내용의 부동산매매계약을 체결하였다. <부동산매매계약 내용 생략>
3. ◯◯는 2021. 6. 30. 이 사건 부동산에 관하여 2021. 6. 28. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 같은 날 ◯◯신탁 주식회사(이하 ‘◯◯신탁’이라 한다) 앞으로 신탁등기를 마쳐주었다. 이 사건 건물은 2022. 7. 21. 멸실되어 2022. 8. 2. 등기기록이 폐쇄되었다.
4. ◯◯는 2021. 6. 30. ◯◯광역시 ◯구청장에게 이 사건 부동산의 매매대금 885억 원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고․납부하였다.
1. 관련 규정 및 법리 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 는 ‘사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것’은 부가가치세 과세대상인 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제23조 는 위 ‘사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것’을 ‘사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것’이라고 규정하고 있다. 부가가치세법이 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하여 비과세대상으로 정하고 있는 취지는, 부가가치세의 과세대상이 되는 재화나 용역의 공급행위라고 하더라도 공급의 대상인 재화나 용역이 부가가치세의 성질상 재화나 용역으로 볼 수 없거나 그 공급의 내용이 부적당한 경우에는 이를 비과세대상으로 하는 것인데, 사업의 양도는 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만 아니라 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유하는 데 있는 것이므로, 여기에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도는 사업장별로 사업용 재산을 비롯한 물적․인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하고, 그 사업은 인적․물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하며, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2004. 12. 10. 선고 2004두10593 판결 등 참조).
2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거, 갑 제1, 3, 6, 7, 8, 10, 29, 30, 31, 34, 35, 36, 45 내지 55호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 건물의 공급은 이 사건 매매계약에 따른 건물 양도에 해당하고, 원고가 이 사건 사업을 영위하다가 그 사업을 ◯◯에 양도하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 건물의 공급이 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 에서 정한 ‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도’에 해당한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
① 원고가 2020. 10. 12. ◯◯와 체결한 계약은 표제가 ‘부동산매매계약’으로, ㉠ ‘본건 매매 거래’라 칭하는 원고가 신탁계약을 통해 소유하고 있는 이 사건 부동산에 관한 이 사건 매매계약과 ㉡ 원고가 이 사건 부동산을 제외한 기타 구분소유건물의 소유자들과 체결한 매매계약의 매수인지위를 ◯◯에게 이전하는 것을 목적으로 하는 ‘본건 매수인지위 이전 거래’를 내용으로 하고 있을 뿐이다. 위 부동산 매매계약에는 원고가 영위하고 있는 이 사건 사업의 사업용 재산을 비롯한 물적․인적 시설 및 권리의무, 추후 원고 명의로 취득할 인․허가 등을 포괄적으로 양도한다는 취지의 기재가 존재하지 않는다. 이는 이 사건 매매계약 이전에 체결된 이 사건 양해각서도 마찬가지이다.
② 이 사건 양해각서 제2조에는 ‘원고가 ◯◯◯◯◯ 상가의 기타 구분소유자 5분의 4 이상과 매매계약을 체결할 것, 원고가 ◯◯와 사이에 임대차종료 및 임차목적물 명도에 관한 합의서를 작성할 것’을 본 계약 체결을 위한 선행조건으로 정하고 있고, 제6조 제3항에는 ‘원고와 ◯◯는 이 사건 양해각서 체결 이후 신속히 ◯◯의 철거 및 신축 개발 사업에 관한 인허가를 상호 협의하여 진행하기로 하고, 인허가 진행에 필요한 비용은 ◯◯의 부담으로 한다.‘고 정하고 있다. 원고가 2020. 7. 29. ◯◯와 사이에 이 사건 건물 중 ◯◯ 임차목적물에 대한 인도에 관한 합의를 하고, 기타 구분소유자들과 2020년 8월경 매매계약을 체결하고 2020년 11월경 토지사용승낙서를 받으며, 2020. 12. 1. ◯◯청으로부터 역사문화환경 보존지역 내 행위조건부 허가를 받고, 2021. 2. 10. 주택건설사업계획 승인을 위한 건축위원회 심의를 신청하며, 2021. 5. 7. 원고, ◯◯, ◯◯신탁을 공동건축주로 하여 건축허가를 신청한 것은 이 사건 양해각서 제2조에 따른 본 계약 체결을 위한 선행조건의 이행 내지 제6조 제3항에 따른 협조의무의 이행으로 이루어진 것으로 봄이 타당하다.
③ ◯◯는 ◯◯ ◯구 ◯◯동 ◯◯-◯ 외 2필지 지상에 공동주택, 업무시설, 판매시설 등을 신축하여 분양하는 사업을 시행하기로 하고, 원고와 사이에 이 사건 양해각서를 작성하고 이 사건 매매계약 등을 체결하며, ◯◯ 책임 취득 부분 구분소유권을 취득하여 사업부지 확보를 하는 한편, 위 사업에 관하여 2020. 9. 18. 교통영향평가 용역계약, 2020. 11. 15. 건축설계계약, 2020. 11. 18. ◯◯ 주식회사, 주식회사 ◯◯과 위 사업에 관한 자금관리 대리사무계약, 2021. 6. 29. ◯◯신탁과 이 사건 부동산 신탁계약, 2021. 6. 29. ◯◯ 주식회사, 주식회사 ◯◯, 대주단과 사업 및 대출약정을 각 체결하였다. ◯◯는 2021. 6. 30. ◯◯시 ◯구청장에게 이 사건 부동산의 매매대금 885억 원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고․납부한 사실은 앞서 본 바와 같다. 이와 같은 사정을 종합하면, ◯◯가 추진한 위 사업은 원고의 주상복합 개발사업과 별개의 사업이라고 봄이 타당하다.
④ 원고는 ◯◯에 먼저 사업부지를 매도하고 관련 인허가 절차가 마무리될 무렵 사업권 양도계약을 체결하여 이 사건 사업 일체를 양도하였으므로, 이 사건 매매계약은 사업 양도의 일부에 해당한다는 취지로 주장한다. 원고가 ◯◯와 사이에 2021. 6. 23. ‘기진행된 사업권 일체’를 매각금액 45억 원(부가가치세 포함)에 양도하는 내용의 사업권 양도․양수계약(갑 제52호증, 이하 ‘사업권 양도계약’이라 한다)을 체결한 사실은 인정된다. 그런데 ㉠ 사업권 양도계약의 양수도대상 자산은 ‘사업부지: ◯◯ 중구 ◯◯동 1-15 일원 토지조서, 사업권: 인허가 관련 일체 권리․의무’라고만 되어 있어 위 사업권이 이 사건 매매계약과 유기적으로 결합되었음을 인정하기에 부족한 점, ㉡ 사업권 양도계약 제2조 제3항에 의하면 ‘건축허가접수상 사업주체 명의 및 사업주체로서 부담하는 일체의 권리․의무, 기타 기진행한 인․허가 및 사업권’을 원고의 사업권으로 정하고 있는데, 이러한 사업권은 앞서 본 바와 같이 이 사건 양해각서 제6조 제3항에 따른 협조의무의 이행에 따라 취득한 것으로 보이는 점, ㉢ ◯◯는 2021. 6. 30. 원고에게 이 사건 매매계약에 따라 잔금을 지급하고 이 사건 부동산의 소유권을 취득하고 취득세 등 신고까지 마쳐 이 사건 매매계약을 종결한 점, ㉣ 원고는 2021. 9. 30. ◯◯로부터 45억 원을 지급받고, 그 무렵 건축관계자(건축주) 변경 동의서를 작성한 점, ㉤ 원고는 2022. 2. 25. ◯◯시 ◯구청장으로부터 건축주를 원고와 ◯◯, ◯◯신탁으로 한 건축허가를 받고, 2022. 3. 7. 건축주를 ◯◯신탁으로 변경하는 건축관계자 변경신고 수리를 받은 뒤인 2022. 3. 31. ◯◯에 사업권 양도계약 관련 세금계산서를 발급하고, 2022. 7. 25. 피고에게 2022년 제1기 부가가치세 확정신고를 하면서 위 사업권 양도에 따른 매출세액 409,090,910원을 신고한 점 등에 비추어 보면, 사업권 양도계약은 이 사건 매매계약과 별개로 건축허가 등 특정 재화의 양도에 대한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
1. 이 사건 건물의 양도가 ‘재화의 공급’에 해당하는지
① 이 사건 매매계약에 이 사건 건물이 매매대상으로 특정되어 있는 이상, 원고와 ◯◯ 사이에 이 사건 건물을 매매의 목적물로 삼겠다는 의사가 합치되었다고 할 것이다. 이 사건 매매계약에 앞선 이 사건 양해각서에도 이 사건 건물을 거래의 목적물로 하고 있고, 현상 그대로(as-is basis) 매매하기로 하였다.
② 원고는 이 사건 매매계약에 따른 잔금을 지급받음과 동시에 이 사건 부동산에 관하여 ◯◯ 명의로 소유권이전등기를 마쳐주고, 잔금 지급일 당시 현상대로 이 사건 부동산을 ◯◯에 인도하였다. 이후 ◯◯와 부동산신탁계약을 체결한 ◯◯신탁이 2021. 8. 25. 이 사건 건물을 포함한 ◯◯의 건축물 해체 허가를 받는 등 ◯◯ 측에서 이 사건 건물의 철거에 관한 행정적 의무를 부담하였다. 이와 같이 이 사건 매매계약상 잔금 지급일 당시 이 사건 건물이 철거되었거나 멸실신고 및 멸실등기가 이루어져서 매수인에게 인도와 소유권이전등기를 경료해 줄 대상이 존재하지 않았다고 볼 수 없는 이상 건물 즉, 재화의 공급이 이루어지지 않았다고 볼 수는 없다.
③ 비록 ◯◯가 이 사건 부동산을 매수한 이후 이 사건 건물을 포함한 ◯◯ 전체를 철거하고 그 부지에 새로운 건물을 건축할 계획이었다고 하더라도, 이는 어디까지나 이 사건 매매계약에 의하여 이 사건 건물이 ◯◯에 공급되고 난 이후의 ◯◯의 의사에 따라 달라질 수 있는 사정에 불과하므로, 이 사건 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 있어 고려되어야 할 요소라고 보기 어렵다.
2. 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 적용 여부
① 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다. 따라서 국세기본법 제14조 제2항 의 실질과세원칙에 비추어, 구 부가가치세법 제29조 제9항 의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’라 함은, 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아님이 명백하거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.
② 이 사건 건물은 2007년에 신축되어 원고가 이를 양도할 때까지 14년밖에 지나지 않은 건물이다. 원고는 ◯◯와 사이에 이 사건 건물 중 제541호, 제601호, 제701호, 제801호, 제901호에 관하여 보증금은 80억 원, 차임은 연간 누적 유료관람객수를 기준으로 순매출액의 10~18%로 한 임대차계약을 체결하고, ◯◯ 앞으로 이 사건 건물의 소유권이전등기를 마쳐주기 전까지도 임차보증금을 보유하는 등 임대수익을 얻고 있었다. 이 사건 건물 일부에 관하여 2016년 9월경 임차보증금 35억 7,000만 원, 차임 월 1억 4,000만 원, 임차권자 ◯◯ 주식회사로 된 임차권설정등기가 마쳐졌다가 2021. 6. 30. 말소되었다. 원고는 이 사건 매매계약 제1.1조에 따라 이 사건 부동산에 관하여 허용된 부담을 제외한 일체의 부담이 없는 상태로 이 사건 부동산을 매도하여야 하고, 2021. 6. 28.자 매매계약서에 따르더라도 이 사건 부동산에 설정된 저당권, 임차권 등 소유권의 행사를 제한하는 제한물권 등을 말소하여야 하므로, 당시 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이었다고 볼 수는 없고, 오히려 이 사건 매매계약의 매매대금에는 원고가 이 사건 건물의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 위와 같은 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보아야 한다.
③ 원고의 2019. 12. 31. 현재 재무상태표에는 유형자산인 이 사건 건물의 가액이 ‘41,616,507,932원‘으로 기재되어 있다. 위 가액은 부가가치세법령에 따라 안분계산 된 이 사건 건물의 공급가액 38,180,315,805원보다 크며, 2021. 6. 28.자 매매계약서에 기재된 이 사건 건물의 가액 0원과 현저한 차이가 있다.
④ ◯◯의 입장에서 보더라도, 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처분권을 취득하여야만 한다. 이러한 이유로 이 사건 매매계약에서도 이 사건 건물이 목적물로 명시되었고, ◯◯는 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 자기의 책임으로 이 사건 건물을 철거하였다. 따라서 ◯◯ 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다고 볼 수 있다.
⑤ 이 사건 매매계약 제1.2조에는 이 사건 토지와 이 사건 건물의 거래가액을 구분하지 않고 이 사건 부동산의 매매대금을 ‘부가가치세 제외하고 780억 원으로 한다’고 되어 있고(2021. 6. 2. 위 매매대금이 ‘부가가치세를 제외하고 885억 원’으로 변경되었음은 앞서 본 바와 같다), 제1.6조에는 ‘매도인은 종결일에 제1.2조에 의한 부가가치세에 관한 세금계산서를 매수인에게 제공하여야 하고, 매수인은 부가가치세 전액을 종결일에 매도인에게 지급해야 한다.’다고 되어 있다.
⑥ 앞서 본 여러 사정을 종합하면, 이 사건 부동산 거래는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.
⑦ 한편 2021. 6. 28.자 매매계약서에 따라 원고와 ◯◯ 사이에 이 사건 건물의 매매대금은 없는 것으로 한다는 점에 대하여 의사합치가 있었다고 하더라도, 원고가 ◯◯에 이 사건 부동산을 일괄하여 매도하였고, 그 매매대금 885억 원을 기준시가로 안분계산할 경우 이 사건 건물의 공급가액은 38,180,315,805원인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 구분한 이 사건 건물의 실지거래가액 0원은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당한다.
⑧ 이 사건 처분 이후에 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어, ‘다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.’고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어, ‘법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 제1호로 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’를, 제2호로 ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’를 각 규정하였다. 그런데 부가가치세법 부칙(2021. 12. 8.) 제1조, 제7조에 따르면 위와 같이 신설된 각 규정은 2022. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되고, 이러한 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 신설된 각 규정이 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수도 없으므로, 2021년 6월경에 이루어진 이 사건 건물의 공급에 위와 같이 신설된 각 규정이 적용된다고 할 수도 없다.
3. 소결론 이 사건 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 및 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 이 사건 부동산 전체 가액을 이 사건 건물 및 이 사건 토지의 기준시가로 안분계산한 액수로 해야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
① 이 사건 매매계약 및 2021. 6. 28.자 매매계약서에는 이 사건 부동산의 매매대금이 885억 원으로 명시되어 있다.
② 이 사건 매매계약은 이 사건 부동산에 관한 매매계약 부분을 ‘제1조 본건 매매거래’로, 기타 구분소유건물에 관한 매매계약에 따른 매수인의 지위를 이전하는 부분을 ‘제2조 본건 매수인지위 이전 거래’로 각 구분하여 계약조건을 규정하고 있는데, 원고가 이 사건 부동산 매매대금 증감의 근거로 들고 있는 이 사건 매매계약 제2.5조는 ‘기타 구분소유건물 매매대금 등이 합계 270억 원을 초과하는 경우 그 초과금액을 원고가 ◯◯에게, 미달하는 경우에는 그 차액을 ◯◯가 원고에게 각 지급한다’고만 규정하고 있을 뿐, 초과 또는 미달금액만큼 이 사건 부동산 매매대금에서 차감 또는 증액한다고 규정되어 있지는 않다.
③ 이 사건 매매계약 제1.5조에서 ◯◯가 ◯◯ 관리단, ◯◯에게 합의금을 지급하는 경우에는 이를 이 사건 부동산 매매대금에서 감액, 상계할 수 있다고 정하고 있을 뿐 다른 감액 예정 사유를 정하고 있지 않다.
④ ◯◯는 기타 구분소유건물의 매매대금 등으로 58억 2,400만 원이 초과지출되었으므로, 이 사건 부동산의 취득세 등에 대한 과세표준은 이 사건 부동산 매매대금에서 위 초과 지출금액을 공제한 나머지 826억 7,600만 원(=885억 원–58억 2,400만 원)이 되어야 한다고 주장하며 ◯◯시 ◯구청장을 상대로 ◯◯지방법원 20◯◯구합◯◯◯◯호로 취득세등경정거부처분취소의 소를 제기하였으나, 위 법원은 ◯◯의 주장을 배척하고 청구를 기각하였다. 이에 대하여 ◯◯가 항소, 상고하였으나 항소, 상고 역시 모두 기각되었다(◯◯고등법원 20◯◯누◯◯◯◯, 대법원 20◯◯두◯◯◯◯).
원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.