3주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도하여 일시적 2주택이 된 상황에서 비과세요건인 ‘보유기간 2년’은 중간 처분 주택의 양도일부터 기산함

사 건 2024누11892 양도소득세경정거부처분취소 원고, 항소인 이AA 피고, 피항소인

○○세무서장 제1심 판 결 대구지방법원 2023구합24908 변 론 종 결

2024. 11. 8. 판 결 선 고

2024. 12. 6.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2021년 예정신고에 대한 양도소득세 xxx,xxx,xxx 원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 8. 25. 대구 서구 ○○○○○○○길 ○○-○에 있는 3층 주택(이하 ’이 사건 1주택‘이라 한다)에 관하여 2015. 8. 24. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2020. 11. 30. 대구 북구 ○○-○길 ○○에 있는 ○○○○아파트 제○○동 ○○○호(이하 ’이 사건 2주택‘이라 한다)에 관하여 2020. 9. 23. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2021. 4. 28. 배우자인 □□□과 함께 대구 북구 ○○○ xx 에 있는 ○○○○타운 xxxx 호(이하 ’이 사건 3주택‘이라 한다)의 각 2분의 1 지분에 관하여 2021. 3. 10. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다가, 2021. 8. 20. 위 지분을 양도하였다.
• 다. 원고는 2021. 10. 29. 이 사건 1주택을 xxx,xxx,xxx 원에 양도하였고, 2021. 12. 29. 피고에게 이 사건 1주택의 양도소득에 일반세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 xxx,xxx,xxx 원으로 계산한 양도소득세 과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하였으며, 이후 이 사건 1주택의 양도소득세 합계 xxx,xxx,xxx 원(= 2021. 12. 31. 납부 xx,xxx,xxx 원 + 2022. 2. 28. 납부 xx,xxx,xxx 원)을 납부하였다.
• 라. 원고는 2022. 12. 19. 이 사건 1주택 처분 당시 원고가 ’1세대 일시적 2주택‘ 상태였으므로 이 사건 1주택의 양도에 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 규정이 적용된다고 주장하며, 피고에게 위 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 2.2. ’ 원고는 3주택 상태에서 1주택 처분일로부터 2년 내에 이 사건 1주택을 처분함으로써 최종 1주택 상태에서 2년 이상 보유요건을 충족하지 못하였다‘는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 2. 9. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 8. 10. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장 요지

1. 처분사유 부존재 주장 원고는 이 사건 1주택을 취득한 날인 2015. 8. 25.부터 1년 이상이 지난 뒤인 2020. 11. 30. 이 사건 2주택을 취득하였고, 이 사건 2주택을 취득한 날부터 3년 이내인 2021. 10. 29. 이 사건 1주택을 처분하였으므로, 이는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항 제1호에서 말하는 ’1세대 일시적 2주택 상태에서 종전 주택을 양도하는 경우‘에 해당하여, 1세대 1주택의 비과세 특례 규정인 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 이 적용된다. 한편 ’1세대 일시적 2주택‘의 경우 위 시행령 제154조 제1항이 규정하는 비과세요건인 ’보유기간 2년‘은 같은 조 제5항에 따라 해당 주택의 취득시점부터 기산하여야 하고, 원고는 이 사건 1주택의 처분 당시 이 사건 1주택을 그 취득시점인 2015. 8. 25.부터 2년 이상 보유하였으므로, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따라 이 사건 1주택의 양도소득에 대하여 비과세요건을 충족하였다. 그런데 피고는 비과세요건인 위 2년의 보유기간을 이 사건 1주택의 취득일이 아닌 이 사건 3주택의 양도일부터 기산한 결과 이 사건 1주택의 양도소득이 비과세요건을 갖추지 못하였다고 판단하였으므로, 이 사건 처분은 처분사유가 부존재하여 위법하다.

2. 신뢰보호의 원칙 위반 주장 1세대 3주택 이상 보유자가 도중에 일부 주택을 처분하여 2주택을 보유하게 되었고 남아있는 주택의 양도에 관하여 ’1세대 일시적 2주택‘ 요건을 충족하는 경우 비과세요건인 ’보유기간 2년‘이 언제부터 기산되는지에 관하여, 기획재정부 등 과세관청은 2021. 11. 2. 이전까지 ’해당 주택의 취득시점부터 기산된다.‘는 취지의 유권해석을 해온바, 이는 공적인 견해표명에 해당하므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 처분사유 부존재 주장에 관한 판단

• 가) 관련 법리 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).
• 나) 이 사건 쟁점 주택의 양도가 비과세요건을 충족하였는지 여부 ⑴ 원고가 이 사건 1주택, 이 사건 2주택, 이 사건 3주택을 순차로 취득하여 3주택 보유자가 되었다가, 이 사건 3주택을 양도하여 2주택 보유자로 있던 중 이 사건 1주택을 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살피면, 이 사건 1주택의 양도에 대해서는 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례를 규정한 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호가 적용되는 경우라고 볼 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.

① 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(소득세법 제4조 제1항 제3호), 예외적으로정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(소득세법 제89조), 특히 원고가 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전 주택 처분에 대하여 양도소득세를 부과하지 않은 소득세법 등 관련 법령의 각 규정은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.

② 이 사건의 경우와 같이 1세대가 주택을 상속, 동거봉양, 혼인 등의 사유가 아닌 신축이나 매매, 증여 등의 계약으로 취득함으로써 2주택 이상을 보유한 경우에 관한 양도소득 비과세 특례를 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에 따르면, 국내에 1주택(종전 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 종전 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다(이른바 ‘1세대 일시적 2주택’). 이와 같은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 의 문언과 그 내용에 의하면 이른바 ’1세대 일시적 2주택‘에 대한 양도소득 비과세 특례는 1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고와 같이 3개의 주택을 보유한 1세대가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2개의 주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다.

③ 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에서는, 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ’ 소득세법 제95조 제4항 에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(구 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주 택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다‘고 정하고 있다. 이처럼 위 양도소득 비과세 특례 적용요건으로서 보유기간 계산에 관한 규정 또한 구 소득세법 시행령 제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우(즉 1+1=2)만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(즉 3-1=2)를 상정하고 있지는 않다.

④ 위와 같이 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항에서, 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일 정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 해당 법 규정의 입법 목적이나 제도의 취지에 비추어 보면, 원고와 같이 3주택을 보유하다가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로서 1세대 2주택이 된 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 보아야 한다. 즉, 원고의 주장 취지처럼 3주택 중 1개의 주택이 처분된 시점을 기준으로 하여 그때부터 새롭게 비과세대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 되어 위와 같은 입법 목적이나 제도의 취지와도 부합하지 않는다. ⑵ 나아가 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 먼저 처분하여 2주택이 된 상태에서 추가로 1주택을 처분할 경우 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호에 따라 구 소득세법 제154조 제1항 을 적용한다고 하더라도, 구 소득세법 제154조 제5항 단서 규정의 문언과 취지에 비추어, 2년 이상 보유기간의 기산점은 3주택을 보유한 1세대가 1주택을 먼저 처분하여 2주택자가 된 시점(남아 있는 ’일시적 2주택‘을 제외한 나머지 주택을 처분한 시점), 즉 이 사건 1주택의 취득일이 아니라 이 사건 3주택의 처분일로 봄이 체계적 해석에 부합한다. ⑶ 따라서 이 사건 1주택의 양도가 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 1세대 1주택 비과세요건을 충족되지 않았음을 이유로 하는 이 사건 처분은 정당하고, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 신뢰보호의 원칙 위반 주장에 관한 판단

• 가) 관련 법리 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 이를 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).
• 나) 인정 사실 갑 제1, 8호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래 사실이 인정된다. ⑴ 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”는 내용의 제154조 제5항 단서 규정(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)을 신설하였고, 위 개정규정은 2021. 1. 1. 시행되었다. ⑵ 기획재정부는 2020. 2. 18. ’3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전인 2020. 12.경 1주택을 양도한 후 2021년 이후에 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 이를 ‘해당 주택 취득일’로 봄이 타당하다는 취지로 답변하였다(기획재정부 재산세제과-194, 이하 ‘종전 기획재정부 질의회신’라 한다). ⑶ 국세청은 2021. 3. 24., 2021. 4. 12., 2021. 6. 30. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 종전 기획재정부 질의회신을 참고하라는 취지로 답변하였다(이하 통틀어 ‘종전 국세청 질의회신’이라 한다). ⑷ 기획재정부는 2021. 11. 2. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 해당 주택 취득일로 봄이 타당하다는 취지로, ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후 1주택을 양도하고 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’에 관하여는 이를 직전 주택 양도일로 봄이 타당하다는 취지로 회신하였다(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.).
• 다) 판단 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 이 사건 1주택의 보유기간 기산일을 이 사건 3주택의 양도일로 보고 이 사건 처분을 한 것이 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

① 종전 기획재정부 질의회신은 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이전’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이어서, 이 사건 단서 규정 시행 이후에 이 사건 1주택을 양도한 원고의 경우와는 사안이 다르다.

② 종전 국세청 질의회신은 원고의 경우와 같이 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이후’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이기는 하나, 원고의 경우와는 사안을 달리하는 종전 기획재정부 질의회신을 단순히 인용한 데 불과하다. 이는 ‘이 사건 단서 규정의 시행’이라는 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것으로 볼 여지가 있다. 여기에다가 앞서 본 바와 같이 관련 법령의 문언상 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우는 이른바‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례 적용대상이 아닌 점, 원고가 이 사건 1주택을 양도할 무렵 소득세법 시행령은 다주택자에 대한 양도소득 비과세 적용요건을 강화하는 방향으로 개정되었고, 특히 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 개정이유에서 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 “주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시한 점, 이 사건 단서 규정을 원고 주장과 같이 해석할 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 ‘1세대 일시적 2주택’ 비과세 특례를 악용하는 것이 가능해지고, 이는 비교적 쉽게 예상할 수 있는 점 등을 보태어 보면, 종전 국세청 질의회신에 의하여 원고에게 비과세 혜택을 받으리라는 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여되었다고 보기 어렵거나, 원고가 종전 국세청 질의회신이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수 없다.

③ 그 밖에 합법성의 원칙을 희생하여서라도 원고의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정도 보이지 아니한다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.