종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정에 관한 시행령 규정은 위법하지 아니함

사 건 20121누5285 경정청구 거부처분 취소의 소 원 고 AA 피 고 CC세무서장 변 론 종 결

2023. 11. 10. 판 결 선 고

2023. 12. 8.

1. 제1심판결 중 예비적 청구에 관한 부분을 취소한다.

2. 원고의 예비적 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

주위적으로, 피고가 2017. 10. 12. 원고에게 한 2016년 귀속 종합부동산세 96,241,009원과 농어촌특별세 19,248,201원의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 예비적으로, 피고가 2019. 2. 22. 원고에게 한 2016년 귀속 종합부동산세 96,241,009원과 농어촌특별세 19,248,201원의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

주문과 같다(제1심 법원은 원고의 주위적 청구를 각하하고, 예비적 청구를 인용하였는데, 피고만이 이에 대하여 항소하였으므로 이 법원의 심판범위는 예비적 청구 부분에 한정된다).

• 가. 피고는 2016. 11. 17. 원고에게 2016년 귀속 종합부동산세 766,277,057원 및 농어촌특별세 153,255,411원을 부과하였고, 원고는 그 무렵 위 각 세금을 납부하였다(종합부동산세와 농어촌특별세를 합하여 이하 ‘종부세등’이라 한다).
• 나. 원고는 2016년 귀속 종부세등에 있어 재산세액 공제방식이 잘못되었음을 주장하며 2017. 9. 28. 피고에게 2016년 종합부동산세 96,241,009원과 농어촌특별세 19,248,201원의 감액경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다. 이에 대하여, 피고는 “2016년 귀속 종부세등 결정처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 이후 제기되었다.”는 이유로 2017. 10. 12. 원고에게 “이 사건 경정청구를 각하한다.”고 통지하였다(이하 ‘종전처분’이라 한다).
• 다. 원고는 종전처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 3. 19. 심판청구 각하결정을 받고, 2018. 6. 12. 이 사건 소를 제기하였다.
• 라. 한편 제1심 법원은 2019. 2. 7. 피고의 종전처분이 대법원 2017두73068 판결에 반하는 것으로 적절한 처분사유가 없는 것으로 보인다는 점을 이유로 들어 “피고는 종전처분을 취소하고, 원고는 이 사건 소를 취하한다.”는 내용으로 조정권고를 하였다.
• 마. 피고는 제1심 법원의 조정권고를 받은 후 2019. 2. 22. 원고의 이 사건 경정청구에 대하여 “ 종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3에 따른 2016년 귀속 종합부동산세 부과처분은 적법하므로 이 사건 경정청구를 기각한다.”는 내용의 재처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 다시 이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 9. 3. 심판청구 각하결정을 받았다.
• 사. 이 사건과 관계된 주요 법령은 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 5, 갑 제3호증의 5, 갑 제4, 7, 8호증, 을 제1호증의 5, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 부동산에 대하여 부과되는 것이므로 이중과세가 문제된다. 구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항은 위와 같은 이중과세 문제를 해결하기 위하여 기 납부한 재산세를 공제하도록 규정하면서, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서 공제 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있다. 그 위임에 따라 구 종합부동산세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29524호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항과 제2항은 위와 같이 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 산식을 규정하고 있는데, 그 규정에 의하면, 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 공정시장가액비율을 곱하여 산출한 세액만을 공제하고 나머지 세액은 공제하지 않게 된다. 따라서 위 시행령규정은 이중과세금지 원칙에 반하고 모법의 위임 범위와 한계를 벗어나 효력이 없으므로, 이 사건 2016년 귀속 종합부동산세 부과처분이 위 시행령 규정에 따른 것이어서 적법하다.”는 이유로 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 판단

1. 관계 법령의 구체적 내용 및 개정 경과

• 가) 관계 법령의 구체적 내용 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항은 주택 등의 과세표준금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 또한 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항에서는 주택 등의 종합부동산세액을 계산할 때 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항과 제2항(이하 통칭하여 ‘이 사건 조항’이라 한다)에서는 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하는 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대한 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(주택 등의 공시가격을 합산한 금액 –종합부동산세 과세기준금액)× 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율] ÷주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하‘이 사건 산식’이라 한다)에 따라 계산한 금액’으로 하도록 규정하고 있다.
• 나) 관계 법령의 개정 경과 이 사건 조항과 관련된 개정 경과 등은 다음과 같다. ⑴ 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법에서부터는 공시가격을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하되, 위와 같은 과세표준에 세율뿐만 아니라 연도별 적용비율도 곱하여 세액을 산출하도록 하였다. 다만 종합부동산세법은 제정 당시부터 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 왔고, 이와 관련하여 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다. ⑵ 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각 각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항과 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항 은 주택과 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항에서는 별도합산과세대상인 토지의 원칙적인 공정시장가액비율도 100분의 80으로 각각 정하고 있다. 또한 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2022. 6. 30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조는 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다. ⑶ 위와 같이 공정시장가액비율 제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘종전 산식’이라 한다)에 의하도록 하였으나, 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 조항에서는 앞서 본 바와 같이 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하고 있다.

2. 이 사건 조항의 무효 여부

• 가) 앞서 본 바와 같이 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관하여 공정시장가액비율 제도가 도입되었고, 재산세와 종합부동산세에 각각 적용되는 공정시장가액비율이 반드시 일치하지는 아니하게 된 결과, 동일한 과세대상 재산이더라도 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역 중 일부에 대하여만 종합부동산세가 과세되고 그와 같이 종합부동산세가 과세되는 부분은 재산세와 중복하여 과세되는 부분과 그렇지 않은 부분으로 나뉘게 되었다. 이에 따라 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부에 의하여 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위가 달라지게 된다.
• 나) 그런데 앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항에서는 주택 등의 ‘과세표준 금액에 대하여’ 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서는 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이러한 구 종합부동산세법 규정의 문언, 체계와 취지 등에 비추어 보면, 위와 같이 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부는 기본적으로 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라고 할 것인데, 구 종합부동산세법은 이를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.
• 다) 그 위임에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 산식에 의하도록 규정하여, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되도록 하였다. 이에 의하면 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분은 고려할 필요가 없으므로(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조), 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 전액이 공제되는 결과에 이르게 된다. 반면 그 후 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하였고, 이에 의하면 개정 전과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 이 사건 조항이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2019두39796 판결참조).

3. 소결론 결국 이 사건 조항이 모법의 위임 범위와 한계를 벗어나 이중과세금지의 원칙에 반하여 무효라고 할 수 없으므로, “이 사건 2016년 귀속분 종합부동산세 부과처분이 이 사건 조항에 따른 것으로 적법하다.”는 이유로 원고의 경정청구를 받아들이지 않은 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 예비적 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 예비적 청구에 관한 부분은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 예비적 청구에 관한 부분을 취소하고 원고의 예비적 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.