동일 과세기간에 2개의 부동산 양도 시 양도소득세 신고 방법 및 감면 대상 부동산이 있는 경우 감면세액 산정 방법

사 건 2021누4671 양도소득세부과처분취소 등 원 고 AAA 피 고 CCC세무서장 변 론 종 결

2022. 3. 4. 판 결 선 고

2022. 3. 25.

1. 제1심판결 중 가산세 해당 금원의 지급청구 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 90%는 원고가 부담하고, 10%는 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한 2020. 2. 10.자 양도소득세 57,080,110원 및 2020. 3. 2.자 양도소득세 8,927,260원의 각 부과처분을 취소하고, 피고는 원고에게 66,592,440원(가산세 585,070원 포함) 및 이에 대하여 2020. 3. 2.부터 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라(원고는 당심에서, 피고의 2022. 2. 8.자 가산세 585,070원의 직권취소에 따라 가산세 부과처분 취소청구 부분의 항고소송을 취하하되, 그 가산세 해당 금원의 지급청구는 그대로 유지하였다).

• 가. 원고는 2019. 8. 19. DD DD구 DD동 1103-3 구거 475㎡ 및 그 지상 건물 중 각 1/3 지분(이하 ‘이 사건 토지 및 건물’이라 한다)을 양도하고, 2019. 10. 31. 피고에게 양도소득세 예정신고(산출세액 및 납부할 세액 114,160,236원)를 하였는데, 그 양도소득세 중 57,080,118원을 납부하고, 나머지 57,080,118원(이하 ‘이 사건 분할 납부세액’이라 한다)을 2019. 12. 31. 분할납부하기로 하였다.
• 나. 원고는 2019. 12. 13. DD DD군 DD읍 DD리 2151 답 1,944㎡ 중 1/3 지분(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)을 양도하고, 2019. 12. 23. 피고에게 이 사건 농지와 이 사건 토지 및 건물로 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출한후 8년 이상 자경농지 감면규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2020. 3. 2. 위 감면규정에 따른 감면세액을 100,000,000원에서 62,718,860원으로 변경하여 산정한 양도소득세 8,927,260원으로 수정하여 양도소득세 예정신고를 하면서(이하 ‘2020. 3. 2.자 예정신고’라 한다) 위 양도소득세 8,927,260원을 자진납부하였고, 피고로부터 영수증서(납세자용)를 발부받았다(이하 ‘2020. 3. 2.자 발부행위’라 한다).
• 다. 한편 피고는 2020. 2. 10. 원고가 이 사건 분할 납부세액을 납부하지 않자, 이 사건 분할 납부세액 57,080,110원에 그에 대한 납부불성실 가산세 585,070원을 합산한 57,665,180원을 양도소득세로 고지하였다(이하 양도소득세액 고지부분을 ‘2020. 2. 10.자 양도소득세 납세고지’라 하고, 납부불성실가산세액 고지부분을 ‘2020. 2. 10.자 가산세 부과고지’라 하며, 이를 통틀어 ‘2020. 2. 10.자 고지’라 한다).
• 라. 원고는 2020. 3. 20. 피고에게 이 사건 농지에 관한 2020. 3. 2.자 예정신고에 대하여 양도소득금액 합산배제 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 4. 20. 원고에 대하여 위 청구를 거부하는 처분을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 5호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 관계 법령 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 나. 2020. 2. 10.자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분

1. 피고의 본안 전 항변 피고가 2020. 2. 10. 원고에게 한 예정신고 무납부 고지는 조세의 징수를 위한 적법한 징수처분일 뿐, 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수 없다.

2. 판단

• 가) 관련 법리 양도소득세는 신고납세 방식의 조세로서 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없다(대법원 2004. 9. 3. 선고 2003두8180 판결 등 참조). 그 납세의무를 이행하지 아니한다는 이유로 과세관청이 신고된 세액에 납부불성실가산세를 더하여 납세고지를 한 경우 이는 신고에 의하여 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분과 그에 대한 가산세의 부과처분 및 그 징수처분이 혼합된 처분이라고 할 것이다(대법원 1992. 4. 28. 선고 91누13113 판결, 대법원 2014. 2. 13. 선고 2013두19066 판결 등 참조).
• 나) 과세처분 해당 여부 앞서 본 바와 같이, ① 원고가 2019. 8. 19. 이 사건 토지 및 건물을 양도하고 2019. 10. 31. 과세관청에 2019년 귀속 양도소득세 114,160,236원을 신고한 사실, ② 피고가 2020. 2. 10. 원고에 대하여 양도소득세 57,080,110원과 납부불성실가산세 585,070원의 납부를 고지한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 2020. 2. 10.자 고지는 ㉮ 양도소득과세표준의 예정신고에 따라 납세의무가 확정된 양도소득세의 납부 이행을 명하는 징수처분과 ㉯ 그 납부불성실에 따른 가산세의 부과·징수처분이 혼합된 처분이라 할 수 있다. 그 중 ㉮ 부분 양도소득세는 신고납세방식의 세목으로 원고의 예정신고에 따라 납세의무가 확정될 뿐, 피고의 부과처분에 따라 비로소 납세의무가 확정되는 것이 아니다. 따라서 2020. 2. 10.자 양도소득세 납세고지 부분은 이미 확정된 조세채무의 징수를 위하여 피고가 원고에게 조세채무 이행을 청구하거나 명령한 것에 불과할 뿐, 항고소송의 대상이 되는 과세처분이 아니다. 따라서 이 사건 소 중 피고가 2020. 2. 10. 원고에게 한 양도소득세 57,080,110원의 납세고지에 대한 취소청구 부분은, 항고소송의 대상이 되는 과세처분이 아닌 행위를 대상으로 한 것으로 부적법하므로, 이를 지적하는 피고의 본안 전 항변은 이유 있다.
• 다. 2020. 3. 2.자 양도소득세 부과처분 취소청구 부분 앞서 본 바와 같이, 양도소득세는 신고납세방식의 세목으로 원고의 예정신고에 따라 납세의무가 확정될 뿐, 피고의 부과처분에 따라 비로소 납세의무가 확정되는 것이 아니다. 납세의무자의 양도소득세과세표준 예정신고에 대하여 과세관청이 이를 수리하는 경우에도, 그 수리 자체는 단순한 사무적 행위에 불과할 뿐 그로써 조세채무를 확정하는 과세처분에 해당하지 않는다. 이 사건에서, 원고가 2020. 3. 2. 이 사건 농지에 관하여 이 사건 토지 및 건물의 매매차익을 합산하여 예정신고를 한 후 양도소득세 8,927,260원을 자진납부한 이상, 그로써 납세의무가 확정되었을 뿐, 피고의 수리행위에 의하여 비로소 과세처분이 이루어졌다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 피고가 2020. 3. 2. 원고에게 한 양도소득세 8,927,260원의 부과처분에 대한 취소청구 부분은, 항고소송의 대상이 되는 과세처분이 아닌 행위를 대상으로 한 것으로 역시 부적법하다.
• 라. 금원지급청구 부분

1. 관련 법리 행정소송법 제10조 에 의한 관련청구소송의 병합은 본래의 항고소송이 적법할 것을 요건으로 하는 것이어서 본래의 항고소송이 부적법하여 각하되면 그에 병합된 관련 청구도 소송요건을 흠결한 부적합한 것으로 각하되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 2000두697 판결 등 참조).

2. 2020. 2. 10.자 및 2020. 3. 2.자 각 양도소득세 부과처분과 관련된 금원지급청구 부분 앞서 본 바와 같이, 이 사건 소 중 피고가 2020. 2. 10. 원고에게 한 양도소득세 57,080,110원의 부과처분 취소청구 부분 및 2020. 3. 2. 원고에게 한 양도소득세 8,927,260원의 부과처분 취소청구 부분은 모두 부적법하므로, 위 금원의 부당이득반환을 구하기 위하여 위 취소청구에 관련청구로 병합된 합계 66,007,370원(= 57,080,110원 + 8,927,260원)의 금원지급청구 부분도 소송요건을 흠결한 부적법한 것이 된다.

3. 2020. 2. 10.자 가산세 부과고지와 관련된 금원지급청구 부분 금원지급청구 중 나머지 585,070원(= 66,592,440원 – 66,007,370원) 부분은 2020. 2. 10.자 가산세 585,070원의 부과처분이 위법함을 전제로, 이를 취소하고 위 금원의 부당이득반환을 구하는 것으로, 위 취소청구에 관련청구로 병합된 것이다. 그런데 을 제6호증의 기재에 의하면, 피고는 2022. 2. 8. 원고에 대한 2020. 2. 10.자 가산세 부과처분을 직권취소한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 위 가산세 부과처분 취소청구는 이미 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 삼고 있어 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조). 따라서 위와 같이 부적법한 처분취소청구에 관련청구로 병합된 위 585,070원의 금원지급청구 부분도 역시 소송요건을 흠결한 부적법한 것이 된다.

• 마. 예비적 판단(2020. 4. 20.자 경정청구 거부처분 취소의 소로 선해할 경우) 나아가, 원고의 위와 같은 처분취소 청구 부분을, 피고의 2020. 4. 20.자 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 것으로 선해하여 그 청구의 당부에 관하여 본다. 1) 소득세법 제90조 제1항 은, 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에 따른 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는, 제92조 제2항에 따른양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면대상 양도소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에, 이 법 또는 다른 조세에 관한 법률에서 정한 감면율을 곱한 양도소득세 감면액을 양도소득 산출세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 조세특례제한법 제69조 제1항 에서는 8년 이상 자경농지의 경우 그 감면율을 100%로 규정하고 있으므로, 그에 따라 산출되는 이 사건 농지의 감면세액은 62,718,860원[= 총 산출세액 185,806,363원 × {(농지분 소득금액 177,781,228원－ 0) / 전체 양도소득 과세표준 526,681,816원 } × 감면율 100%]이 된다. 이에 대하여 원고는, 소득세법 제90조 제2항 을 적용하여 제95조에 따른 양도소득금액에서 감면대상 양도소득금액을 차감한 후 양도소득과세표준을 계산하는 방식으로 양도소득세를 감면해야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법 제90조 는 양도소득세액 감면과 양도소득금액 감면을 나누어 규정하고 있는데, 같은 조 제1항은 “양도소득금액에 감면대상 양도소득금액이 있을 때에는 양도소득세액 감면 방식으로 감면한다”고 규정하고, 다만 같은 조 제2항은 “조세특례제한법에서 양도소득세의 감면을 양도소득금액 감면 방식으로 규정하는 경우에는 양도소득금액 감면 방식으로 감면한다”고 규정하고 있다. 조세특례제한법 제69조 는 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면은 양도소득세액 감면 방식으로 한다”고 규정하고 있으므로, 원고의 이 사건 양도소득세에 대한 감면은 ‘ 소득세법 제90조 제2항 에 규정된 양도소득금액 감면 방식’으로 할 수 없고, ‘ 소득세법 제90조 제1항 에 규정된 양도소득세액감면 방식’에 따라야 할 뿐이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

2. 한편, 소득세법 제5조 제1항, 제94조, 제107조 제2항에 의하면, 양도소득이 해당 과세기간에 2회 이상 발생하는 경우에는 합산하여 양도소득세를 산정하되, 해당 과세기간에 누진세율 적용자산에 대해 2회 이상 예정신고를 하는 경우에는 이미 신고한 자산의 양도소득금액과 2회 이후 신고하는 자산의 양도소득금액을 합산하고 양도소득 기본공제를 한 후 누진세율을 적용하여 총 세액을 산정하고, 총 세액에서 이미 신고한 예정신고 산출세액을 공제하는 방법으로 2회 이후 신고하는 예정신고 산출세액을 산정한다. 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간이 끝나야 납세의무가 성립하고, 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정된다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두40235 판결 등 참조). 이 사건의 경우, 을 제3호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2020. 3. 2.자 예정신고를 하면서, 이 사건 토지 및 건물과 농지의 각 양도소득금액을 합산한 다음 기본공제를 한 금액을 과세표준으로 삼아 소정의 누진세율을 적용하여 총 세액을 185,806,363원으로 산정하고, 총 세액에서 이미 신고한 2019. 10. 31.자 예정신고 산출세액 114,160,236원과 앞서 본 감면세액 62,718,860원을 공제한 후 원고가 납부할 세액을 8,927,267원(= 185,806,363원 – 114,160,236원 – 62,718,860원)으로 산정한 사실을 알 수 있다. 이와 같은 양도소득세의 세액 산출은 앞서 본 관계 법령의 규정에 따라 이루어진 것이라 할 것이므로, 피고가 2020. 4. 20. 원고의 2020. 3. 2.자 예정신고에 대한 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 이에 대하여 원고는, 2020. 3. 2.자 예정신고가 피고 담당자의 강요에 의해 이루어졌으므로 당연 무효라는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 제출한 증거들만으로는, 그 주장사실을 인정하기에 부족하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 그러므로 이 사건 처분취소 청구 부분을, 피고의 2020. 4. 20.자 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 것으로 선해하여 보더라도, 위 경정청구 거부처분은 적법하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 이 사건 소는 모두 부적법하므로 이를 각하하여야 한다. 제1심판결 중 가산세 해당 금원의 지급청구 부분은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 이를 취소하고 그 부분에 해당하는 이 사건 소를 각하한다. 제1심판결 중 나머지 부분(당심의 심판범위에서 제외된 가산세부과처분취소 청구 부분은 제외)은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 그 부분에 대한 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.