토지분양권에 대한 계산서 미발행 가산세 부과의 적정성

사 건 2019누4890 법인세부과처분취소 원 고 AAAAA 주식회사 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결

2020. 11. 27. 판 결 선 고

2021. 1. 22.

1. 제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 0. 0. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세(계산서미발급가산세) 65,871,960원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 5, 6, 7호증, 을 제2, 3호증(특별히 표시하지 않는 경우 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

• 가. 원고는 2006. 0. 0. 부동산매매 임대업 및 알선업, 부동산 투자 및 개발업, 부동산 분양대행업 등을 사업목적으로 하여 설립된 법인이다.
• 나. 대구도시공사는 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(2011. 4. 12. 법률 제10580호로 개정되어 2011.10. 13. 시행된 것) 제9조에 따라 시행권자로 지정받아 대구ㆍ경북경제자유구역 ○○○○지구 개발사업을 시행하였다.
• 다. 원고는 2015. 0. 0. 대구도시공사로부터 위 사업구역 내 상업시설용지인 대구 ○○구 ○○동 00-0(00B 0L) 707㎡를 대금 4,705,140,000원에 분양받아 계약금 및 중도금으로 합계 3,293,598,000원을 납부한 후 2016. 0. 0. CCC에게 위 토지의 분양권(이하 ‘이 사건 분양권’이라 한다)을 3,293,598,000원에 양도하였는데, 당시 위 분양권 공급에 관하여 계산서를 작성ㆍ발급하지는 않았다.
• 라. DD지방국세청장은 이 사건 분양권의 공급이 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조 제1항에 정해진 ‘재화의 공급’에 해당하여 계산서를 작성ㆍ발급하여야 하는데도 불구하고 원고가 이를 이행하지 않았다고 보아 피고에게 계산서미발급가산세에 관한 과세자료를 통보하였다. 이에 피고는 2018. 4. 2. 원고에게 법인세법 제76조 제9항 제4호 가목에 따라 2016 사업연도 법인세(계산서미발급가산세) 65,871,960원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2018. 0. 0. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 0. 0. 원고의 심판청구를 기각하였다.
• 바. 이 사건 처분에 관계되는 법령은 별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 계산서 작성ㆍ발급의무의 부존재 법인세법 제121조 제4항, 같은 법 시행령 제164조 제3항은 ‘토지 및 건축물의 공급’을 계산서 작성ㆍ발급 대상에서 제외하고 있고, 토지의 분양권은 토지와 기본적 성질이 동일하므로, 이 사건 분양권의 공급 역시 계산서 작성ㆍ발급 대상이 아니라고 보야야 한다. 나아가 관련 법인세법 규정이 계산서 작성ㆍ발급 대상에서 토지 및 건축물공급을 제외시킨 취지는 토지나 건축물의 경우 과세행정의 작동원리(메커니즘)에 의하여 거래자료가 전부 수집되고 있어 별도로 계산서 작성ㆍ발급을 강제할 필요가 없기 때문인데, 원고가 이 사건 분양권의 매매계약서에 부동산등기 특별조치법 제3조 에 따른 검인을 받음으로써 토지에서와 마찬가지로 거래자료가 과세관청에 제출되어 있으므로 별도의 계산서 작성ㆍ발급이 필요하지 않다. 그런데도 피고는 이 사건 분양권의 공급이 토지나 건축물의 공급과는 다르고 이 사건 분양권에 대하여 여전히 계산서 작성ㆍ발급이 요구된다고 오해하여 원고에게 계산서미발급가산세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 가산세 감면사유의 존재 이 사건 분양권의 공급이 계산서 작성ㆍ발급 대상에 포함되고 계산서 작성ㆍ발급의 필요성이 인정된다 하더라도, 토지분양권을 공급하는 경우가 계산서 작성ㆍ발급 대상인지 여부가 명확하지 않아 세법해석상 의의가 있었던 점, 원고는 이 사건 분양권의 공급에 관하여 부가가치세 및 법인세를 신고ㆍ납부하였고 달리 조세를 회피하거나 포탈할 의도가 전혀 없었던 점, 이미 분양계약서 및 분양권매매계약서에 대구ㆍ경북경제자유구역청장의 검인을 받는 등 관련 조치를 취한 점 등에 비추어, 원고에게는 국세기본법 제48조 제1항 제2호 에 따라 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있었다. 그런데도 불구하고 피고가 원고에게 계산서미발급가산세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 가. 계산서 작성ㆍ발급의무와 계산서미발급가산세 법인세법 제121조 제1항 에 의하면, 법인이 재화나 용역을 공급하는 때에는 대통령 령으로 정하는 바에 따라 계산서나 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 발급하고, 특히 계산서는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서를 발급하여야 하며, 법인세법 제76조 제9항 제4호 가목에 의하면, 이에 위반하여 계산서등을 교부하지 아니한 때에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산세로 징수한다. 세법상 ‘재화’라 함은 일반적으로 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 의미하고, ‘용역’이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 의미한다(부가가치세법 제1조 참조). 법인세법이 위와 같이 계산서미발급가산세를 규정한 입법목적은 이러한 재화와 용역을 공급하는 자와 이를 공급받는 거래상대방의 관계에서 볼 때 일방 당사자의 공급가액은 곧 그 거래상대방의 지급비용에 해당하기 때문에 그 거래내용을 상호 대조함으로써 근거과세를 확립하고 과세표준을 양성화하고자 하는 데에 있다(대법원 2006. 10. 13. 선고 2003두12820 판결).
• 나. 토지나 건축물 공급의 경우

1. 헌법재판소와 대법원은 계산서미발급가산세에 관한 구 법인세법(1998. 12. 28.법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제14조 제14항 구 법인세법 (2001. 12. 3.1법률 제6558호로 개정되기 전의 것) 제76조 제9항(이하 통틀어 ‘구 법인세법 규정’이라한다)의 적용과 관련하여 토지 및 건축물에 대하여는 다음과 같이 허용될 수 없다는 판단을 한 바 있다. 『 법인이 ‘재화’의 하나로서 토지나 건축물을 공급하는 경우에 과세관청은 부동산등기법이나 부동산등기특별조치법에 의하여 등기소나 검인관청으로부터 거래자료를 송부받아 그 거래내용을 파악하고 관리할 수 있는 방도를 법적으로 확보하고 있고, 토지나 건축물에 대하여는 법인이 따로 계산서를 교부하지 아니하더라도 이미 과세행정의 메카니즘에 의하여 거래자료가 전부 수집되고 있으므로, 법인으로 하여금 계산서등을 교부하거나 매출처별합계표를 제출하도록 강제할 필요가 없다. 그런데도 불구하고, 그 불이행에 대한 가산세의 제재를 가하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 허용될 수 없으므로(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2002헌바80 등 결정 참조), 법인세법 제121조 제1항 이 규정하는 ‘재화’에 토지나 건축물은 포함되지 않는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2006. 10. 13. 선고 2003두12820 판결). 』

2. 한편, 구 법인세법 규정이 2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되어 법인세법 제121조 제4항 은 된 법인세법 제121조 제4항 은 ‘부동산을 매각하는 경우 등 계산서등을 발급하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정함으로써 토지 및 건축물을 공급하는 경우에는 계산서의 작성ㆍ발급의무를 면제하고 있다.

• 다. 토지 분양권의 공급과 계산서미발급가산세 법인세법은 토지나 건축물의 공급과 달리 토지 분양권의 공급에 있어서는 제121조 제4항과 법인세법 시행령 제164조 제3항 과 같은 명시적 계산서 작성ㆍ발급의무 면제규정을 두고 있지 않다. 그러나 다음과 같은 사정을 종합하면, 부동산 공급에 있어서와 마찬가지로 토지분양권을 공급하는 경우에도 거래 자료가 과세행정의 메카니즘에 의하여 전부 수집되므로 법인으로 하여금 계산서를 발급하도록 의무지울 필요성이 없거나 크지 않다. 따라서 그 불이행에 대하여 가산세의 제재를 가하는 것은 과잉금지의 원칙에 위배되어 허용될 수 없으므로, 법인세법 제121조 제1항 이 규정하는 ‘재화’에 토지 분양권은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다. 1) 부동산등기특별조치법 제3조 제1항, 부동산등기특별조치법에 따른 대법원규칙제1조 제2항에 의하면, 계약을 원인으로 토지 및 건축물에 대하여 소유권이전등기신청을 할 때에는 계약서 원본을 제출하여 검인을 받아 등기소에 제출하여야 하고, 부동산등기법 제63조, 부동산등기규칙 제44조에 의하면, 등기를 신청하는 경우 취득세나 등록면허세 등 등기와 관련하여 납부하여야 할 세액 및 과세표준액을 신청정보의 내용으로 등기소에 제공하여야 하고, 소유권보존등기나 소유권이전등기를 한 등기관은 그사실을 부동산 소재지 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 부동산등기특별조치법 제3조 제3항 에 의하면, 계약서 등에 검인을 한 시장 등은 계약서 등의 사본을 부동산 소재지를 관할하는 세무서장에게 송부하여야 한다. 나아가 부동산등기특별조치법 제4조, 제9조 제1호에 의하면, 부동산의 소유권을 이전받을 것을 내용으로 제2조 제1항 각호의 계약을 체결한 자가 그 부동산에 대하여 다시 제3자와 소유권이전을 내용으로 하는 계약이나 제3자에게 계약당사자의 지위를 이전하는 계약을 체결하고자 할 때에는 먼저 체결된 계약의 계약서에 제3조의 규정에 의한 검인을 받아야 하고, 이를 위반한 경우 1년 이하의 징역이나 3천만 원 이하의 벌금을 받게 된다. 위 등기 관련 법령에 의하면 토지 분양권의 공급에 관하여도 사실상 계약서 검인이 강제되며, 과세관청은 등기소나 검인관청으로부터 최종적인 거래자료를 송부받아 그 거래내용을 파악하고 관리할 수 있다.

2. 구 법인세법 제121조 제4항, 법인세법 시행령 제164조 제3항 은, 토지나 건축물과 같이 부동산을 매각하는 경우에는 계산서등 발급을 요구하는 것이 적합하지 않다고 보아 계산서 작성ㆍ발급에 관한 의무규정을 적용하지 않도록 명시적으로 예외를 두고있다. [법인세 법령에서 토지 분양권에 관하여는 이러한 예외규정을 두고 있지 않지만, 이로 인하여 토지 분양권 공급에 대한 계산서미발급가산세 부과가 당연히 정당화된다고 볼 것은 아니다. 대법원 역시 위 예외규정이 신설되기 전의 구 법인세법 규정이 적용되는 사건에서 ‘토지 및 건축물의 공급’은 법인세법 제121조 제1항 에 정해진 ‘재화의공급’에 해당하지 않는다고 해석한 바 있다(위 대법원 2006. 10. 13. 선고 2003두12820판결 참조).]

3. 과세요건에 대한 증명은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이고 법인세법 제121조 제1항 의 계산서 작성ㆍ발급의무는 과세관청에 대한 국민의 협력의무를 규정한 것에 불과하다. 따라서 이를 함부로 확대해석하여 그 불이행에 따른 제재를 부과하는 것은 국민의 재산권을 침해하는 것이거나 과도한 부담이 될 수 있다.

4. 납세자에 대하여는 과세 근거 자료인 등기관련 자료가 과세관청에 제공된다는 사실만으로도 성실신고를 담보할 수 있고, 과세관청으로서도 등기소를 통하여 제출받은 자료를 이용하여 신고의 성실성을 확인할 수 있으므로, 토지 분양권 공급에 대하여 계산서 작성ㆍ발급의무를 부정하는 것이 근거과세 확립이나 과세표준 양성화에 어긋난다고 볼 수 없다. 원고 역시 이 사건 분양권 공급과 관련하여 2017. 0. 0. 부가가치세확정신고를 하면서 이 사건 분양권 매매금액을 면세사업수입금액으로 신고하였고, 2017. 0. 0.법인세 신고를 하면서 이 사건 분양권 매매계약으로 인한 매출액을 전액 익금산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

5. 원고는 이 사건 분양권 거래를 위해 분양자인 대구도시공사의 입회 아래 분양토지 명의변경계약을 작성하고 이 사건 분양권 매매계약을 체결하였으며, 곧바로 대구ㆍ경북경제자유구역청장으로부터 부동산등기특별조치법 제3조 에 따른 검인을 받았다.

6. 피고는 토지 분양권 거래의 경우 계약서 사본 등이 과세관청에 접수되기는 하지만 전산으로 관리되고 있지 않아 정리 없이 사용하기 어렵고 통보과정에 누락이 발생하더라도 이를 체계적으로 검증ㆍ확인할 수 없다고 주장하나, 전산관리 미흡이나 정보체계 미비는 과세관청의 책임사유에 불과하고, 통보과정의 누락은 예외적 현상인 데에다 토지나 건축물에 있어서도 마찬가지로 발생할 가능성이 있으므로, 이를 들어 토지분양권 거래에 있어 계산서미발급가산세를 부과하는 것이 정당화될 수 없다. 7)부동산 거래신고에 관한 법률(2014. 1. 28. 제정 법률 제12376호, 2014. 7.29. 시행) 제2조, 제3조 제1항은 ‘토지 또는 건축물’ 외에 ‘ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가로 취득한 입주자로 선정된 지위’ 및 ‘ 주택법 제15조 에 따른 사업계획승인을 받아 건설ㆍ공급하는 주택의 입주자의 지위’를 거래신고 대상으로 하였고, 그 후 대체법률로 제정된부동산 거래신고 등에 관한 법률(2016. 1.19. 제정 법률 제13797호, 2017. 1. 20. 시행) 제3조 제1항 제2호, 제3호는 거래신고대상을 같은 법 시행령 제3조 제3항에 정해진 7개 법률에 의하여 사업시행인가를 받은 입주권, 분양권 등에까지 확대하였으므로, 토지 분양권의 공급에 관하여 과세자료 노출을 위해 별도로 계산서 발급을 요구할 필요성은 더욱 줄어든다.

• 라. 소결론 이 사건 분양권은 토지 분양권으로서 법인세법 제121조 제1항 에 정해진 ‘재화’에 포함되지 않는데도 불구하고 피고는 이 사건 분양권이 위 ‘재화’에 포함된다고 오해한 나머지 원고가 이 사건 분양권을 이영태에게 공급하고도 법인세법 제121조 제1항 에 따른 계산서를 발급하지 않았다는 이유로 원고에게 계산서미발급가산세를 부과하였으므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다(가산세 감면사유에 관한 원고 주장에 대하여는 나아가 판단하지 않기로 한다).

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 한다.