피고에게 부가가치세 환급세액을 지급할 공법상 의무가 있는지

사 건 2018누5346 부가세 부당이득반환 원고, 피항소인 AAA, BBB 피고, 항소인 대한민국 제1심 판 결 대구지방법원 2018. 11. 29. 선고 2017구합24624 판결 변 론 종 결

2019. 6. 7. 판 결 선 고

2019. 7. 19.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고들이 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고는 원고들에게 22,209,000원 및 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달일 다음날 부터 다 갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

주문과 같다.

• 가. 원고들은 2016. 5. 25. aa건설산업 주식회사(이하 ‘aa건설’이라고만 한다)와 사이에, 00시 00동 1546 지상에 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)의 신축공사를 1,336,500,000원(공급가 1,215,000,000원, 부가가치세 121,500,000원)에 도 급하기로 하는 내용의 아래와 같은 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였
• 다. 4층 옥상슬라브 타설 시 10% 135,000,000원 외장공사 2층 석공사까지 마무리 시 15% 202,500,000원 외장공사 4층 석공사, 창호공사 마무리 시 15% 202,500,000원 잔금은 준공 후 2개월 이내 30% 405,000,000원
• 나. aa건설은 2016년 제2기의 부가가치세 과세기간 동안 원고들에게 합계 945,000,000원(공급가액) 상당의 토목건축공사 용역을 공급하였다는 내용의 세금계산서 5매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 발행하였다.
• 다. 원고들은 2017. 1. 16. bb세무서장에게 고정자산 매입을 사유로 하여 위 세금 계산서 금액의 10%인 94,500,000원의 환급세액이 있다는 내용으로 부가가치세 확정신 고를 하였다.
• 라. bb세무서는 원고들의 부가가치세 확정신고서를 검토하는 과정에 원고들이 aa 건설에 지급한 공사대금과 수취한 세금계산서의 공급가액에 차이가 있다는 사실을 확인하였고, 이에 원고들은 2017. 2. 7. bb세무서장에게 부가가치세 환급세액이 72,291,000원이라는 내용으로 수정신고를 하였다.
• 마. bb세무서장은 원고들의 위 신고내용을 심사하고 2017. 2. 17. 원고들에게 72,291,000원을 환급하였다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장과 피고의 본안전 항변

• 가. 원고들의 주장 요지 원고들은 aa건설과 도급계약을 체결한 후 공사가 진행되는 과정에서 공사대금의 일부는 미리 지급하기도 하고, 일부는 후에 지급하기도 하는 등 공사 전반적으로 융통 성을 발휘하여 공사대금을 지급하였을 뿐인데, 피고는 세금계산서 발급시기와 대금 지 급시기의 불일치를 이유로 원고들이 정당하게 환급받아야 하는 환급세액인 94,500,000 원 중 72,291,000원만을 환급하였으므로, 피고는 원고들은 원고들에게 나머지 환급세액 22,209,000원(= 94,500,000원 - 72,291,000원)과 그 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
• 나. 피고의 본안전 항변 요지 원고들은 확정된 부가가치세 환급세액의 이행을 구하는 것이 아니라 부가가치세 환급세액의 확정 자체를 다투고 있으므로 행정소송법 제3조 제2호 에 따른 당사자소송 이 아니라 부과처분이나 환급거부처분에 대한 취소소송을 제기하여야 한다. 그런데 원 고들은 국세기본법 제56조 제2항 에서 정한 심사청구 또는 심판청구를 거치지 아니하였 으므로 이 사건 소는 부적법하다.

• 가. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 나. 피고의 본안전 항변에 대한 판단 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무에 대응하는 국가에 대한 납세의무자의 부가가치세 환급세액 지급청구는 행정소송법 제3조 제2호 에 규정된 당사 자소송의 절차에 따라야 한다(대법원 2013. 3. 21. 선고 2011다95564 전원합의체 판결 등 참조). 이 사건 소는, 피고가 원고들에 대하여 부가가치세 환급세액을 지급할 공법상 의무 가 있음을 전제로 그 부가가치세 환급세액의 지급을 구하는 것이므로 행정소송법 제3 조 제2호에서 정한 당사자소송에 해당한다(피고가 원고들에게 부가가치세 환급세액을 지급할 공법상 의무가 있는지 여부는 본안에서 판단할 사항이다). 그런데 당사자소송에 는 행정소송 전에 심사청구나 심판청구 등 전심절차를 거치도록 한 국세기본법 제56조 제2항이 적용되지 아니하므로 피고의 위 본안전 항변은 받아들일 수 없다.
• 다. 본안에 대한 판단 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제22조, 구 국 세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제10조의2에 따르면, 부가가치세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자의 과세표준 및 세액의 신 고에 의해 납부세액과 환급세액이 확정되고, 납세의무자가 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고를 한 경우에는 수정된 과세표준 및 세액에 따라 그 납부세액이나 환급세액이 변경·확정된다. 원고들이 2017. 1. 16. aa세무서장에게 2016년 제2기 부가가치세 환급세액이 94,500,000원이라는 내용으로 부가가치세 확정신고를 하였다가 2017. 2. 7. 부가가치세 환급세액이 72,291,000원이라는 내용으로 수정신고를 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 납세의무자인 원고들에게 지급하여야 하는 2016년 제2기 부가가치세 환급세액은 72,291,000원으로 확정되었다. 한편 피고가 2017. 2. 17. 위와 같이 확정된 환급세액 전부를 원고들에게 지급한 사 실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 원고들이 주장하는 부가가치세 환급세액을 원고 들에게 지급할 공법상 의무가 있다고 볼 수는 없다. 원고들은 장차 부가가치세경정청 구 등을 통하여 수정신고한 환급세액보다 더 많은 환급세액이 발생하는 내용으로 부가 가치세의 과세표준 및 세액의 경정결정을 받을 경우에 비로소 환급청구를 할 수 있다. 따라서 피고가 현재 원고들에게 부가가치세 환급세액을 지급할 의무가 있음을 전제 로 하는 원고들의 주장은 이유 없다.

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 원고들의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 진성철 판사 곽병수 판사 손병원