비영리법인의 목적사업이라도 수익사업에 해당할 경우에는 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없음

사 건 2018누4657 법인세부과처분등취소 원 고 한국AA재단 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2019. 3. 8. 판 결 선 고

2019. 4. 12.

1. 제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 및 항 소 취 지

피고가 2016. 11. 7. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 귀속 법인세 5,681,201,650원(가산세 2,125,339,067원 포함), 2012 사업연도 귀속 법인세 3,608,724,840원(가산세 1,184,321,185원 포함), 2013 사업연도 귀속 법인세 5,275,339,790원(가산세 1,450,689,757원 포함), 2014 사업연도 귀속 법인세 4,220,834,120원(가산세 896,819,222원 포함), 2015 사업연도 귀속 법인세 576,761,690원(가산세 79,553,338원 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

주문과 같다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 6호증, 을 제2, 4호증(특별히 표시하지 않는 경우 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

• 가. 원고는 1989. 12. 4. 사립학교의 교육환경을 위한 기금의 조성 및 융자 등에 관한 업무를 합리적으로 운영·관리할 목적으로 한국**재단법(이하 ‘재단법’이라고 한다)에 따라 설립된 비영리 법인이다. 원고는 사학재단법에 따라 사학진흥기금을 설치하여 위 기금을 사학기관을 상대로 사학기관의 재산과 교육용 설비·기자재의 개수·보수 및 확충에 필요한 자금을 융자하는 사업(이하 ‘이 사건 융자사업’이라고 한다)을 영위하고 있다. 원고는 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지의 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업에서 발생한 전년도 이자소득 전부를 준비금으로 설정하여 손금에 산입하여 신고하였다(을 제1호증의 1). 원고는 이와 같이 손금산입한 준비금을 융자사업의 재원으로 편입하여 재융자에 사용해왔다.
• 나. 대구지방국세청은 2016. 5. 2.부터 2016. 6. 3.까지 원고에 대한 정기세무조사를 실시하였고, 그 결과 2016. 7. 26. 원고에게, 이 사건 융자사업은 수익사업에 해당하여 법인세법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조에서 정하는 고유목적사업에 해당되지 않으므로, 원고가 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 모두 부인하여 청구취지 기재와 같은 부과처분을 하겠다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다. 이에 원고는 2016. 8. 26. 국세청에 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청은 2016. 10. 28. 위 청구를 불채택하는 결정을 하였다. 피고는 2016. 11. 7. 원고에 대하여 주문 기재와 같이 2011 내지 2015 사업연도 귀속 법인세 및 가산세 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다. 원고는 이에 불복하여 2017. 2. 6. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 7. 25. 위 청구를 기각하는 결정을 하였다.
• 다. 이 사건 처분에 관계된 법령은 별지 기재와 같다.

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 원고는 사학재단법에 의하여 설립된 비영리법인으로서, 조직과 업무에 관하여는 교육부로부터, 기금의 운용에 관하여는 기획재정부로부터 통제와 감독을 받고 있다. 이 사건 기금은 원고와 구별되는 독립된 공적 재단 또는 그에 준하는 실질을 가지고 있다. 원고는 이 사건 융자사업에서 발생한 이자소득을 이 사건 기금에 지출하였는데 이는 이 사건 기금을 조성하는 사업에 해당하고, 이 사건 기금조성사업은 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제5항 소정의 ‘고유목적사업’에 해당한다. 원고는 이 사건 융자사업에서 발생한 이자소득을 이 사건 기금에 지출하기 위하여 준비금으로 계상하였으니, 위 준비금은 고유목적사업의 준비금으로서 손금에 산입되어야 함에도 불구하고, 이 사건 처분은 위와 같은 손금산입을 부인하였다.
• 나. 그렇지 않더라도 원고는 목적사업의 하나로 이 사건 융자사업을 영위하면서 이 사건 융자사업에 필요한 재원 중 상당 부분을 정부출연금이나 정부차입금에서 조달하고, 자금조달 및 운용 등 중요사항에 대한 의사결정권 및 그로 인한 위험부담이 국가에 귀속되며, 실제로 정부로부터 차입할 때의 조달금리와 사학기관에 융자하는 대출금리를 동일하게 적용하고 있으며, 이 사건 융자사업은 수익을 목적으로 하지 않는 것이고 사업 자체가 수익성을 가지고 있는 것도 아니므로, 이 사건 융자사업은 구 법인세법 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령 제56조 제5항 소정의 ‘고유목적사업’에 해당한다. 원고는 이 사건 융자사업에서 발생한 이자소득을 이 사건 융자사업에 지출하기 위하여 준비금으로 계상하였으니, 위 준비금은 고유목적사업의 준비금으로서 손금에 산입되어야 함에도 불구하고, 이 사건 처분은 위와 같은 손금산입을 부인하였다.

• 가. 관계 법령

1. 구 법인세법 제3조 제3항 에 의하면, 구 법인세법 제3조 제3항 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득은 법인세 과세대상인데, 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산 임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령이 정하는 사업(제1호), 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득 등은 여기에 해당한다. 구 법인세법 제29조 의 규정에 의하면, 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있고(제1항), 고유목적사업의 범위 등은 대통령령으로 정한다(제8항).

2. 구 법인세법 시행령 제56조 에 의하면, 구 법인세법 제29조 제1항 소정의 ‘고유목적사업’이라 함은 ‘비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업’을 의미하고(제5항), 고유목적사업준비금의 손금산입에 관한 법인세법 제29조 제1항 부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 등 제6항 각 호에 기재된 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다(제6항). 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 에 의하면, 구 법인세법 제3조 제3항 제1호 소정의 ‘대통령령이 정하는 수익사업’이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말하고, 다만 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외된다.

3. 통계청장이 구 통계법 제22조 에 의거하여 고시한 구 한국표준산업분류(2007. 12. 28 통계청 고시 제2007-53호로 고시된 것으로 2017. 1. 13. 통계청 고시 제2017-3호로 개정 고시되기 전의 것, 이하 ‘구 한국표준산업분류’라 한다)에 의하면, ‘금융업’(대분류 번호 64)이라 함은 ‘보험 또는 연금목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동’을 말하고, ‘특정 사업용 기금을 조성하여 이를 관리하는 경우’ 금융업에 포함되나 그 사업을 운영하는 경우에는 운영하는 사업의 종류에 따라 각각 분류한다.

• 나. 손금산입 허용 여부의 구체적 기준 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원栯2009. 8. 20.栯선고栯2008두11372栯판결 등 참조). 위 가항 기재 관계 법령을 종합하면, 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당할 경우, 구 법인세법 시행령 제56조 소정의 ‘고유목적사업’에 해당하지 아니하고, 그 경우 그 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없다.

• 가. 피고가 부인한 손금이 이 사건 기금조성사업 준비금인지 여부 구 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의하면, 원고는 고유목적사업에 ‘지출’하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있다. 살피건대, ① 원고는 이 사건 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 이 사건 기금에 편입시킨 후 이 사건 기금을 사학기관에게 대출하는 방식으로 이 사건 융자사업을 수행하였다고 인정되는 점, ② 원고가 자신 소유의 자금을 이 사건 기금에 편입한 것은 위 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 이 사건 기금으로 확정한 것이므로, 이 사건 기금에 편입된 자금은 이 사건 융자사업과 같은 이 사건 기금의 용도에 한하여 지출되는 점, ③ 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금을 사학기관에 대출하기 전에 별도로 이 사건 기금조성사업에 ‘지출’하는 현금거래 또는 금융거래를 하였음을 인정할 만한 증거는 제출되지 않은 점 등을 종합하면, 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 ‘이 사건 기금조성사업에 지출하기 위하여’ 보관된 것이 아니라 ‘이 사건 융자사업에 지출하기 위하여’ 보관된 것이라고 할 것이니, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 2. 가항 기재 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다.
• 나. 이 사건 융자사업 준비금의 손금 산입 여부

1. ‘수입이 발생하는 사업’ 요건 앞서 본 바와 같이 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당할 경우, 구 법인세법 시 행령 제56조 소정의 ‘고유목적사업’에 해당하지 아니하고, 그 경우 그 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없다.

2. 인정사실 당사자 사이에 다툼이 없거나 위 인용증거에 의하면, 아래 사실이 인정된다.

① 원고는 아래와 같이 2011년부터 2015년까지 사학기관을 상대로 계속적, 반복적으로 자금을 융자하는 방법으로 이 사건 융자사업을 하였다.

② 이 사건 융자사업은 2011년부터 2015년까지의 기간 동안 대출금리가 조달금리보다 높아 이익이 발생하였고, 그 결과 이 사건 융자사업에 지출된 비용을 공제한 후에도 이익잉여금이 매년 지속적으로 발생하여 2015년 사업연도말까지 발생한 누적 이익잉여금은 303,636,157,018원에 이른다.

3. 이 사건 융자사업의 성격과 손금산입 허용 여부 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 융자사업은 법인세법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당하므로, 이 사건 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없어 원고의 위 2. 나항 기재 주장 역시 이유 없다.

① 이 사건 융자사업으로부터 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호 소정의 ‘비영업대금(非營業貸金)의 이익’ 또는 제12호의 ‘금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것’에 해당하므로, 그 사업에서 수입이 발생하였다고 봄이 타당하다.

② 원고는 이 사건 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 다시 융자사업을 위한 재원으로 편입하여 운용해왔고 원고가 과세기간 동안 사학기관을 상대로 융자사업을 영위한 방법, 내역, 규모 등에 비추어 보면, 이 사건 융자사업은 ‘보험 또는 연금목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동’으로서 구 한국표준산업분류 중 금융업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다.

③ 원고가 법령이나 정관의 규정에 의하여 공익적 목적을 달성한다거나 관할 관청의 관리·감독을 받아야 하는 사정은, 정부가 원고에 대한 출연자로서의 권리를 행사하는 데에 따른 결과이거나 수익사업과 비수익사업을 불문하고 비영리법인의 공공성을 유지·확보하기 위한 주무관청의 관리감독에 불과하므로 원고가 수행하는 사업이 ‘ 법인세법 시행령 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업‘인지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다.

④ 원고가 2011년도부터 2015년도까지 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업의 이자소득을 고유목적사업준비금 명목으로 손금으로 계상한 점에 비추어 원고 역시 이 사건 융자사업이 ‘수입이 발생하는 사업’에 해당한다고 이해하였던 것으로 보인다. ⑤ 원고가 손금산입의 근거로 들고 있는 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결은, 비영리법인이 융자사업을 하였더라도 대출금리가 조달금리보다 현저히 낮아 매년 이차손실이 발생한 경우에 대한 것이므로, 이차손실이 전혀 발생하지 않은 이 사건의 융자사업과는 사실관계가 다르다.

• 다. 소결 따라서 이 사건 처분이 원고 주장의 준비금에 대하여 손금을 부인하여 이를 과세대상으로 인정한 것은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.