종균이 접종된 배지는 부가가치세 환급을 할 수 있는 농 · 임업용 배지에 해당하지 않음

사 건 2018누3739 부가가치세부과처분취소 원고, 항소인 ㅁㅁㅁ 피고, 피항소인 dd세무서장 제1심 판 결 대구지방법원 2018. 6. 22. 선고 2018구합20070판결 변 론 종 결 2020.01.10. 판 결 선 고 2020.02.21.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소 중 가산세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 소를 모두 각하한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송 총비용 중 90%는 원고가 부담하고, 나머지는 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2017. 6. 5. 원고에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 5,514,610원, 2016년 제2기분 부가가치세 6,405,150원의 각 부과처분을 취소한다.

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

• 가. 원고는 2011. 12. 8.부터 ㅁㅁ시에서 ㅁㅁ농원이라는 상호로 표고버섯 재배 및 판매업에 종사하는 사업자이고, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조 제1항 제1호 에 따라 농업경영체로서 농업경영정보를 등록한 사람이다.
• 나. 원고는 2016. 3. 31.부터 그해 12. 5.까지 총 7회에 걸쳐 중국에서 표고버섯 종균이 접종된 배지(이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다) 95,820개를 수입하면서 부산세관장에게 아래 [표 1]과 같은 내용으로 수입신고를 하였다.
• 다. 그리고 원고는 부산세관장에게 위 수입신고와 함께 이 사건 물품의 공급에 따른 부가가치세 합계 11,128,990원을 아래 [표 2] 와 같이 납부하였다.
• 라. 원고는 그 이후인 2016. 6. 29.부터 그해 12. 26.까지 총 4회에 걸쳐 피고에게 다음과 같은 이유로 원고가 이 사건 물품을 수입한 때에 납부한 위 부가가치세액 합계 11,128,990원을 환급하여 달라고 신청하였고, 피고는 그때마다 원고에게 그가 신청한 부가가치세액을 전부 환급하였다. 이 사건 물품은 조세특례제한법 제105조의2 제1항 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정(이하 ‘부가가치세 특례규정’이라고 한다) 제7조 제1호, 그 [별표 5] 제9호에서 규정한 농민이 농업에 사용하기 위하여 직접 수입하는 농·임업용 기자재 중 농·임업용 배지(이하 ‘농업용 배지’라고만 한다)에 해당한다.
• 마. 피고는 2017. 6. 5. 원고에게 이 사건 물품은 조세특례제한법 제105조의2 제1항, 부가가치세 특례규정 제7조 제1호에서 부가가치세 환급대상으로 정하고 있는 농·임업용 기자재에 해당하지 아니한다는 이유로 2016년 제1기분 부가가치세 환급금 5,514,610원(가산세 487,150원 포함), 제2기분 부가가치세 환급금 6,405,150원(가산세 303,620원 포함)을 반환하라고 고지하였다(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라고 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 7. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2017. 11. 23. 그 심판청구가 기각되었다.
• 사. 피고는 이 사건 이 법원에 소송 계속 중이던 2020. 1. 23. 이 사건 당초 처분 중 가산세 부분을 직권으로 취소하였다(이 사건 당초 처분 중 위와 같이 직권 취소되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2, 3, 26호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 직권 취소된 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13 선고 2012두18202 판결 등 참조). 피고가 2020. 1. 23. 이 사건 당초 처분 중 가산세 부분을 직권으로 취소한 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 소 중 위와 같이 직권 취소된 부분에 관한 취소청구를 이미 취소되어 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

• 가. 원고의 주장

1. 절차적 위법사유 피고는 이 사건 처분을 하면서도 원고에게 아무런 사전예고나 통지를 하지 아니하고, 의견 제출의 기회를 부여하지도 않았다. 또한 피고는 원고에게 이 사건 처분의 이유와 근거를 제시하지 않았다. 따라서 이 사건 처분은 행정절차법 제21조, 제23조, 제26조에서 규정한 절차를 위반하여 이루어진 것으로서 위법하다.

2. 실체적 위법사유

• 가) 이 사건 물품은 표고버섯을 재배하기 위하여 그 종균을 접종한 배지(이하 ‘종균접종배지’라고 한다)로서 조세특례제한법 제105조의2 제1항, 부가가치세 특례규정 제7조 제1호 및 그 [별표 5] ‘부가가치세 환급이 적용되는 농·임업용 기자재’ 제9호에서 정한 농업·임업용 배지에 해당한다. 따라서 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정에서 부가가치세 환급대상으로 정한 농업·임업용 배지에 해당하지 않는다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나) 피고를 비롯한 여러 과세관청은 오랫동안 종균접종배지를 부가가치세 특례규정에서 정한 농업·임업용 배지라고 인정하여 이를 수입하여 표고버섯을 재배하는 농민들에게 부가가치세를 환급하여 왔고, 이 사건 처분이 이루어진 후에도 여전히 부가가치세를 환급하고 있다. 따라서 이 사건 처분은 신뢰보호 원칙, 자기구속의 원칙, 평등의 원칙, 소급과세금지 원칙에도 위배되어 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 절차적 위법 주장에 대한 판단

1. 인정사실 을 제7호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실을 인정할 수 있다.

• 가) 피고는 2017. 4. 19. 원고에게 이 사건 처분에 대하여 과세표준 및 세액 산출 내역이 기재된 과세예고통지서를 발송하였고, 원고는 2017. 4. 21. 이를 수령하였다.
• 나) 피고는 위 과세예고통지서에서 종균접종배지는 부가가치세 특례규정에서 정한 농업용 배지에 해당하지 아니하여 부가가치세액 환급대상이 아니고, 그 예상 고지세액은 이 사건 처분으로 반환을 구하는 금액과 거의 같은 11,919,782원(이 사건 당초 처분에 따라 반환을 구한 금액은 11,919,760원이다. 예상 고지세액과 실제 고지세액의 차이는 국고금관리법 제47조 제1항 에 따라 10원 미만의 끝수는 계산하지 아니하였기 때문이다)라고 안내하였다.
• 다) 또한 피고는 원고가 이에 대한 불복이 있을 경우 과세전적부심사청구를 할 수 있다는 내용도 함께 안내하였다.

2. 판단 가) 행정절차법 제3조 제2항 제9호 와 그 시행령 제2조 제5호에 의하면, ① 행정작용의 성질상 행정절차를 거치기 곤란하거나 거칠 필요가 없다고 인정되는 사항과 행정절차에 준하는 절차를 거친 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항에 대하여는 행정절차법을 적용하지 않고, ② 위 대통령령으로 정하는 사항에는 조세관계법령에 의한 조세의 부과·징수에 관한 사항이 포함된다. 따라서 조세특례제한법과 부가가치세법 등 조세관계법령에 근거한 이 사건 처분에 대하여는 행정절차법이 적용되지 않는다.

• 나) 뿐만 아니라 위 인정사실에 의하면, 피고는 원고에게 이 사건 처분을 하기에 앞서 미리 처분하려는 원인이 되는 사실과 처분의 내용, 그 근거와 이유를 통지하였고, 이에 대하여 불복이 있을 경우 과세전적부심사청구를 할 수 있다는 취지로 안내하였다. 따라서 이 사건 처분의 절차에 어떠한 위법이 있다고 할 수가 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
• 라. 이 사건 물품이 부가가치세 환급대상인 농업·임업용 배지에 해당하는지 여부

1. 관련법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 이러한 법리는 국세 환급요건에 관한 규정의 해석에도 그대로 적용된다.

2. 인정사실 다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제5, 8, 10, 30호증 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다.

• 가) 표고버섯 재배방식은 크게 ‘원목재배 방식’과 ‘톱밥재배 방식’으로 나눌 수 있다. 원목재배 방식은 참나무류 원목에 종균을 접종하여 재배하는 것이다. 톱밥재배 방식은 참나무 등의 톱밥(생톱밥 또는 발표톱밥)에 영양원인 미강(쌀겨), 밀기울(밀을 빻아 체로 쳐서 남은 찌꺼지)과 각종 첨가제(석고, 탄산칼슘 등)를 혼합하여 만든 배지에 종균을 접종한 후 일정 기간 배양하여 버섯을 생산하는 방식이다.
• 나) 배지는 톱밥과 영양원 등을 혼합하여 생산하고, 혼합이 완료되면 이를 입봉(봉입)한 후 살균과정(상압살균 또는 고압살균)을 거치게 된다. 그리고 살균이 끝난 배지는 냉각실에 하루 정도 두는 방법으로 냉각과정을 거치고, 이후 배지에 버섯 종균을 접종하고 배양을 시작한다. 배양은 크게 암배양(균사배양) 단계(접종한 종균이 배지에서 생장·증식하는 단계)와 명배양(갈변) 단계(균사배양이 모두 이루어진 배지의 후숙을 위하여 일정한 빛에 노출시켜 배양하는 단계)로 나누어진다. 갈변이 약 40%~60% 진행된 배지를 재배사로 이동하여 비닐개봉작업을 한 후 살수, 뒤집기 등 버섯발생작업을 하여 버섯을 발생시키고, 버섯이 성장하면 이를 수확한다. 톱밥재배 방식에 의한 버섯 재배과정을 요약하면 아래 [표 3]과 같다.

① 배지재료혼합 → ② 배지입봉 → ③ 살균/냉각 → ④ 종균 접종 → ⑤ 균사배상 → ⑥ 갈변 숙성 → ⑦ 버섯발생작업(살수, 침수 또는 침봉을 이용한 수분공급, 뒤집기 등) → ⑧ 버섯발 생 → ⑨ 수확 [표 3] 배지의 생산 과정

• 다) 이 사건 물품은 위 버섯재배과정 중 배양(균사배양)과 갈변 단계를 거친 상태(종균 접종 후 약 100일 지난 상태로, 통상 배양단계는 60일 내외, 갈변단계는 약 40~50일 정도 소요된다)에서 선박을 통해 국내로 수입된 것으로서 국내에 들어온 후 봄철에는 평균 5일, 겨울철에는 평균 10일 이내에 버섯이 발생된다.
• 라) 정부는 2018. 1. 8. 부가가치세 특례규정 일부개정령안을 기획재정부 공고 제2018-10호 입법예고하였다. 그 개정 내용에는 부가가치세법 특례규정 [별표 5] 제9호 중 “(양액·버섯 재배용에 한정한다)”를 “[양액·버섯 재배용(버섯 종균이 접종된 배지를 포함한다)에 한정한다]”로 개정하는 것이 포함되어 있었다. 그러나 위 개정령안은 품종개발을 통한 국산 종균 경쟁력제고 등 버섯산업 정책방향에 배치된다는 반대의견 등으로 인해 실제 개정으로 이어지지 않았다.

3. 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거 및 을 제12, 14호증의 각 기재, 이 법원의 기획재정부에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 물품은 조세특례제한법 제105조의2 제1항, 부가가치세 특례규정 제7조 제1호 [별표 5] 제9호에서 정한 부가가치세 환급대상인 농업·임업용 배지에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

① 부가가치세 특례규정은 ‘배지’에 대하여 아무런 정의 규정을 두고 있지 않다. 그 밖에 관련 관세법령을 비롯한 다른 법령에서도 ‘배지’의 정의에 관하여 언급하고 있는 규정을 찾을 수 없다. 이처럼 법령에서 쓰인 용어에 대하여 별도의 정의 규정이 없는 경우에는 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미에 따라야 한다(대법원 2017. 12. 21. 선고 2015도8335 전원합의체 판결 참조). 국립국어원 표준국어대사전은 배지를 ‘식물이나 세균, 배양 세포 따위를 기르는 데 필요한 영양소가 들어있는 액체나 고체’라고 정의하고 있다. 위와 같은 배지의 사전적 의미에 따르면, 배지는 식물이나 세균 등을 기르는 데 필요한 도구나 재료를 뜻하는 것으로서 재배나 배양 대상인 식물, 세균 자체와는 구별되고, 식물이나 세균을 재배 또는 배양 중인 상태와도 구별된다.

② 이 사건 물품은 참나무 등의 톱밥에 영양원인 미강, 밀기울과 각종 첨가제를 혼합하여 만든 배지에 버섯 종균을 접종한 후 살균 및 냉각과정을 거쳐 약 100일 동안 표고버섯 재배의 중요 과정인 배양과 갈변숙성 단계를 거친 것으로서 표고버섯 또는 그 종균을 기르는 데 필요한 영양수과 들어있는 고체 상태로서의 배지와는 그 성상이 확연하게 다르다.

③ 앞서 본 바와 같이 정부는 2018. 1. 8. 부가가치세법 특례규정 [별표 5] 제9호 중 “(양액·버섯 재배용에 한정한다)”를 “[양액·버섯 재배용(버섯 종균이 접종된 배지를 포함한다)에 한정한다]”로 개정하는 내용의 개정령안을 입법예고한 바 있는데, 그 개정이유는 버섯 종균이 접종된 배지를 부가가치세 환급 대상에 포함시킴으로써 부가가치세 환급 대상 농업용 기자재의 범위를 확대하기 위한 것이었다(위 개정령안이 실제 개정으로 이어지지 않았음은 앞서 본 바와 같다). 위와 같은 개정령안의 내용과 개정이유에 따르더라도, 부가가치세 특례규정 별표 5 제9호의 ‘농·임업용 배지’에 버섯 종균이 접종된 배지는 포함되지 않음이 분명하고, 그렇게 해석하는 것이 입법자 의사에도 부합한다. 더구나 이 사건 물품은 단순히 배지에 종균이 접종된 상태의 것이 아니라 버섯 재배의 중요과정인 배양과 갈변 단계까지 거친 것이다.

④ 원고는 표고버섯 배지의 경우 종균이 접종되지 않는 상태의 배지가 실제로 유통되는 경우는 없다고 주장하면서 이를 근거로 부가가치세 특례규정 [별표 5] 제9호의 ‘농·임업용 배지’에 버섯 종균이 접종된 배지는 포함된다고 주장한다. 그러나 부가가치세 특례규정 [별표 5] 제9호에서 정한 ‘버섯 재배용 농업·임업용 배지’가 표고버섯 재배용 배지에 한정되는 것은 아닐 뿐만 아니라을 제14호증의 기재에 의하면, 종균이 접종되지 않은 상태의 배지가 유통되고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 위 주장은 옳지 않다.

• 마. 신뢰보호원칙 등 주장에 대한 판단

1. 관련 법리 행정상 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였다는 점이 전제되어야 한다(대법원 1998. 5. 8. 선고 98두4061 판결 등 참조). 그리고 평등의 원칙은 본질적으로 같은 것을 자의적으로 다르게 취급함을 금지하는 것이고, 위법한 행정처분이 수차례 걸쳐 반복적으로 행하여졌다 하더라도 그러한 처분이 위법한 것인 때에는 행정청에 대하여 자기구속력을 갖게 된다고 할 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2008두13132 판결 등 참조). 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제18조 제3항 이 정한 비과세 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고, 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요하며, 같은 법 제18조 제3항 규정에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다. 한편 소급과세금지원칙이라 함은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 것이다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결, 대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 등 참조).

2. 판단

• 가) 피고가 부가가치세 특례규정 [별표 5] 제9호의 ‘농업·임업용 배지’에 배지에 버섯 종균을 접종하였거나 배양과 갈변단계를 거친 상태의 것도 포함된다는 공적인 견해를 표명하였다는 사실을 인정할 증거가 없고, 갑 제6, 7, 12, 22, 23, 31호증의 기재만으로는, 피고가 이 사건 물품과 같이 배지에 종균을 접종한 후 배양과 갈변과정을 거친 상태의 물품은 부가가치세 특례규정에서 정한 환급대상이 아님을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 환급한다는 의사가 있었다거나, 위와 같은 물품에 대해서도 부가가치세를 환급하는 관행이 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다는 점을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 오히려을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 과세관청은 2005. 11. 2. 버섯 종균을 접종한 배지는 부가가치세 환급대상인 ‘농업용 배지’에 해당하지 않는다는 질의회신을 한 이래 같은 입장을 유지하고 있는 사실이 인정될 뿐이다. 따라서 이 사건 처분이 신뢰보호원칙이나 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

3. 원고 주장처럼 피고가 이 사건 처분이 있기 전에 종균이 접종된 배지를 부가가치세 특례규정에서 정한 농업·임업용 배지라고 인정하여 원고를 비롯한 일부 납세자에게 부가가치세를 환급하였고, 그러한 환급이 반복된 사실이 있다고 하더라도, 그 환급은 환급요건을 갖추지 못한 거래에 대한 것으로서 위법한 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 그러한 환급처분이 행정청에 대하여 자기구속력을 갖게 된다거나, 이 사건 처분이 평등의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

• 바. 소결론 이 사건 물품이 부가가치세 특례규정에서 정한 환급대상이 아님에도 불구하고 잘못된 환급이 이루어졌음을 이유로, 피고가 그 부가가치세 환급결정을 취소하고 그 환급금의 반환을 고지한 이 사건 처분은 적법하다.

이 사건 소 중 직권 취소된 가산세 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 모두 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 이를 취소하고, 위와 같이 이 사건 소 중 일부를 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.