기부채납된 행정재산에 대한 사용계약이 존재하지 않으므로 부가가치세 과세대상이 아님

사 건 대구고등법원-2018-누-3449 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.01.31. 판 결 선 고 2020.02.24.

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2014. 11. 18. 원고에 대하여 한 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,813,360원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 당사자의 지위 등

1. 원고는 2001. 4. 2. ○○자원의 개발 등을 목적으로 설립된 시장형 공기업으로서 경북 ○○군에 위치한 BBB발전소 1~6호기 등 발전소를 설치․운영하고 있다.

2. AAA(원래 명칭이 “○○○공단”이고, 2013. 7. 31. 현재와 같이 변경되었다. 이하 ‘공단‘이라고 한다)은 2009. 1. 2. 방사성폐기물 관리법 (이하 ‘방사성폐기물법’이라고 한다)에 따라 설립된 방사성폐기물 관리사업자로서 방사성폐기물을 발생시키는 자(이하 ‘방사성폐기물 발생자’라고 한다)로부터 원자력안전법 제70조 제2항 에 따라 처분이 제한된 방사성폐기물을 인수하여 방사성폐기물의 운반․저장․처리 및 처분하는 것과 이를 위한 모든 활동을 하고 있다.

• 나. 물양장 등 시설공사 경과

1. 원자력안전위원회는 2004년경 방사성폐기물 관리대책 기본방침을 수립하였다. 그 기본방침에 의하면, ① 원자력발전소에서 발생하는 중․저준위 방사성폐기물을 경주시 인근 지역의 방사성폐기물 처분시설에 보관하여 처분하여야 하고, ② 방사성폐기물은 그 처분시설까지 해상으로 운반한다.

2. 이에 원고는 2007. 6. 17. 산업자원부장관(현재 FFF장관, 이하 같다)에게 아래와 같은 중·저준위방사성폐기물 해상수송관련 항만시설 증설계획이 포함된 전원개발사업 실시계획 변경신고를 하였고, 산업자원부장관은 2007. 8. 1. 위 전원개발사업 실시계획 변경신고를 수리하고 이를 고시(산업자원부 고시 제2007-98호)하였다(이하 ‘전원개발사업 변경 실시계획’이라고 한다). “중․저준위 방사성폐기물을 안전하게 해상으로 운반할 수 있도록 BBB원자력발전소 본부[경북 ○○군 ○면 ○○리(이하 ‘CC리’라고만 한다)에 있다]의 전면 해상에 설치되어 있는 물양장(物揚場: 선박이 접안하여 하역하는 접안시설로서 보통 수심이 4.5m 이내인 벽을 의미한다)과 방파제를 증설한다.”

3. 위 전원개발사업 변경 실시계획에 의하면, ① 기존에 설치되어 있던 물양장(이하 ‘기존 물양장’이라고 한다)과 남․북 방파제(이하 ‘기존 방파제’라고 하고, 기존 물양장과 함께 이를 통틀어 ‘기존 시설물’이라고 한다)의 일부를 제거하고, ② 공유수면을 매립하여, ③ 물양장 2,158㎡(이하 ‘신규 물양장’이라고 한다), 남방파제 1,784㎡, 북방파제 3,643㎡(이하 ‘신규 남․북방파제’라고 한다) 등 총면적 7,585㎡의 시설(이하 신규 물양장과 신규 남․북방파제를 통틀어 ‘신규 시설물’이라고 한다)을 증설한다.

4. 원고는 전원개발사업 변경 실시계획에 따라 총공사비 30,038,629,000원을 투입하여 기존 시설물 중 남방파제 140m를 제거한 후 새로이 공유수면을 매립하여 신규 물양장 2,158㎡, 신규 남방파제 1,784㎡, 신규 북방파제 3,643㎡를 설치하였다(이하 위와 같이 매립된 토지를 통틀어 ‘이 사건 매립지’라고 한다).

• 다. DDD의 준공검사 승인 및 이 사건 매립지의 국가로의 귀속

1. DDD는 2011. 3. 28. 원고에게 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률(이하 ‘공유수면법’이라고 한다) 제45조 제2항에 따라 이 사건 매립지에 대한 공유수면 매립공사의 준공검사를 승인하였다(위와 같은 준공검사 승인에 따라 이 사건 매립지는 2011. 4. 14. CC리 1-21 잡종지 2,158㎡, CC리 1-22 제방 3,643㎡, CC리 1-23 제방 1,784㎡로 토지대장에 신규 등록되었다). DDD는 위 준공검사 승인 당시 원고에게 아래와 같은 내용으로 승인조건을 부가하였다. [승인조건]

1. 공유수면법 제49조 의 규정에 의거 준공승인을 받은 매립지에 대하여는 준공승인일로부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없음

2. 공유수면법 제46조 제2항, 같은 법 시행령 제52조, 제53조의 규정에 의거 매립지의 소유권보존등기를 신청할 때에는 신청서에 공유수면 매립공사 준공검사확인증을 첨부하고, ‘이 매립지는 면허관청의 승인을 받지 아니하고는 준공승인일로부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다’는 사항을 기재하여야 하며, 등기공무원은 소유권보존등기를 함에 있어서 직권에 의하여 소유권 행사의 제한에 관한 사항을 부기하여야 함

3. 공유수면매립 업무처리규정 제25조의 규정에 의거 공공용 매립지와 국가가 소유권을 취득하는 매립지에 대하여 하자보수를 보증하기 위한 하자담보 책임기간은 준공승인일로부터 5년으로 함

4. 자연재해 등으로 피해발생 시 피면허자가 부담하여 책임지고 복구하여야 함

5. 공공용의 시설의 유지.관리는 피면허자가 부담함

6. CC리 1-21 잡종지 외 2필지 7,585㎡는 국유로 귀속하고, 국유 귀속에 따른 이전등기는 피면허자 부담으로 필하여야 함

2. 원고는 2013. 2. 18. 국가(소관청 지식경제부, 현재는 FFF이다) 앞으로 이 사건 매립지에 대하여 소유권보존등기를 마쳤다.

• 라. 피고의 부가가치세 부과처분

1. 원고는 공유수면을 매립하여 물양장 등 신규 시설물을 설치한 후 이를 국가에 무상으로 귀속시킨 것이 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제19호에서 정한 ‘국가에 무상으로 공급하는 용역’으로서 부가가치세 면제 대상이라고 보고 2011년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하였다.

2. 이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 국가에 무상으로 귀속시키는 대가로 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였다고 보고, 2014. 11. 18. 원고에게 이 사건 매립지 및 신규 시설물 공사비 전부를 과세표준에 포함시켜 2011년 제1기분 부가가치세 4,991,813,360원(가산세 포함)을 증액하는 내용의 경정결정을 하고 이를 원고에게 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

• 마. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 2. 11. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2016. 12. 9. 그 심판청구가 기각되었다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 21, 37, 38호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2, 10 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 과세대상 거래가 아니다. 전원개발사업자인 원고가 전원개발사업 변경 실시계획에 따라 공유수면을 매립하여 설치한 신규 시설물은 구 전원개발촉진법(2011. 7. 25. 법률 제10911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 따라 국가에 무상으로 귀속되었으므로, 원고는 국가에 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 공급한 것에 해당하고, 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제19호에서 국가에 무상으로 공급하는 용역을 부가가치세 면제 대상으로 정하고 있으므로, 원고가 공유수면을 매립한 후 신규 시설물을 설치하여 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 국가에 무상으로 귀속시킨 것은 부가가치세 과세대상이 아니다. 다만 원고가 국가에 위와 같은 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 공급한 것에 대한 반대급부로 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득하고, 그러한 무상사용권 취득과 국가에 대한 용역 공급 사이에 실질적·경제적 대가관계가 있다면 위와 같은 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역 공급은 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다. 그러나 원고는 국가에 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 공급한 대가로 그에 대한 무상사용권을 취득한 바가 없고, 실제로 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 사용한 바도 없으므로, 원고가 이 사건 매립지 및 신규시설물에 대한 무상사용권을 취득하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2. 납세의무자는 원고가 아니라 공단이다.

2008. 3. 28. 제정된 방사성폐기물관리법은 그 부칙 제4조 제3항에서 ‘공단 설립 전에 원자력발전사업자가 방사성폐기물 관리사업과 관련하여 행한 행위나 원자력발전사업자에 대하여 행하여진 행위는 이를 공단이 행하거나 공단에 대하여 행하여진 행위로 본다’고 규정하고 있다. 그런데 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치는 방사성폐기물 관리사업과 관련하여 행한 행위이므로, 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치와 관하여 행한 원고의 행위는 공단의 행위로 의제된다. 따라서 피고 주장처럼 원고가 이 사건 매립지를 조성한 후 신규 시설물을 설치하여 국가에 무상으로 귀속시키고 그에 대한 대가로 이 사건 매립지 및 신규 시설에 대한 무상사용권을 취득하였다고 하더라도, 그 법령상 원고 지위는 방사성폐기물관리법 부칙 규정에 따라 공단에 귀속되므로, 이 사건 부가가치세 납세의무자는 원고가 아니라 공단이다.

3. 과세표준 산정의 위법 설령 원고가 이 사건 매립지를 조성한 후 신규 시설물 설치하여 국가에 무상으로 귀속시킨 것이 부가가치세 과세대상에 해당하고, 그 납세의무자가 원고라고 하더라도, 다음과 같은 이유로 이 사건 부가가치세 과세표준 산정은 위법하다. 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제48조 제6항은 ‘공유수면 관리 및 매립에 관한 법률에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다’고 규정하고 있다. 위 규정은 매립면허취득자가 전체 매립지에 대한 매립용역을 공급하는 대가로 그중 일부 매립지에 대한 소유권을 취득하는 경우에 적용되는 것이다. 그런데 원고의 매립공사에 의해 조성된 이 사건 매립지 소유권은 전부 국가에 귀속되고 원고는 이 사건 매립지 소유권을 취득한 바가 없으므로, 원고는 이 사건 매립지의 전부 또는 일부에 대한 소유권 취득의 대가로 이 사건 매립지의 매립용역을 공급한 것이 아니다. 따라서 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치에 소요된 총사업비 중 이 사건 매립지 조성에 든 비용은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하고,이 사건 시설물 설치 용역 제공에 소요된 비용만을 부가가치세 과세표준으로 하여야 한다.

4. 가산세 부과의 위법성 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 공급이 부가가치세 면제 대상인지 여부에 관하여 세법해석상 의의(疑意)가 있고, 원고는 회계법인과 정부법무공단의 검토를 받아 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 공급이 부가가치세 면제 대상이라고 판단하였으므로, 원고에게는 이 사건 부가가치세 신고·납세의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다. 따라서 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 의무를 위반한 경우에 부과하는 행정상의 제재인 가산세를 원고에게 부과한 것은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 부가가치세 과세대상 여부에 대한 판단

1. 쟁점 구 전원개발촉진법 제14조 제1항 에 의하면, 전원개발사업자가 전원개발사업의 시행으로 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속된다. 이 사건 매립지 및 신규 시설물은 원고가 전원개발사업의 시행으로 새로 설치한 것이므로, 위 규정에 따라 국가에 원시적으로 소유권이 귀속되는 것이지, 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물의 소유권을 취득하여 기부채납함으로써 비로소 국가에 양도된 것이 아니다. 따라서 이 사건 매립지 및 신규 시설물이 국가에 귀속된 것을 두고 부가가치세의 과세대상인 ‘재화의 공급’에 해당한다고 할 수는 없다. 그러나 원고가 전원개발사업을 시행하면서 그 사업의 일환으로 이 사건 매립지를 조성하여 신규 시설물을 설치함으로써 이를 국가에 귀속시킨 것은 원고가 시행하는 전원개발사업 등의 범위 내에서 이와 관련하여 또는 부수하여 이루어진 매립지 조성 및 시설물 설치 용역을 국가에 공급한 것에 해당한다. 한편 구 부가가치세법 제7조 제2항 은 ‘대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 제12조 제1항 제19호는 국가에 무상으로 공급하는 용역을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있다. 피고는, 원고가 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 국가에 공급하는 대가로 국가로부터 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득하였고, 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 공급과 그에 대한 무상사용권의 취득 사이에 경제적, 실질적 대가관계에 있으므로, 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 공급이 부가가치세 과세대상이 된다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 이에 대해 원고는 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득한 바가 없으므로, 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 공급은 부가가치세 과세대상이 되는 거래가 아니라고 주장한다. 그러므로 이하에서는 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득하였는지에 대해 본다.

2. 무상사용권 취득 여부

• 가) 세금부과처분취소소송에서 과세요건에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다. 앞서 본 바와 같이 구 부가가치세법 제7조 제2항 은 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 거래는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급으로 보지 아니하므로, 원고가 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 국가에 공급하는 대가로 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득하였다는 점은 과세권자인 피고가 입증하여야 한다.
• 나) 제1심법원의 EEE에 대한 사실조회 결과(갑 제50호증과 같다)에 의하면, 이 사건 매립지 및 신규 시설물은 국유재산법 제6조 제2항 제1호 의 공용재산인 사실을 인정할 수 있으므로, 그에 대한 사용권을 취득하기 위해서는, 사용권 취득에 관한 다른 법령상 근거나 계약상의 근거 등이 없는 한 국유재산법 제30조 제1항 에 따른 행정재산 사용허가를 받아야 한다. 그런데 원고가 국유재산법이 정한 방법과 절차에 따라 국유재산법 제30조 제1항 에 따른 중앙관서의 장으로부터의 명시적인 행정재산 사용허가를 받은 적이 없다는 사실에 대해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 피고는 국유재산법 제34조 제1항 제1호 에 의하면, 행정재산으로 할 목적으로 기부를 받은 재산에 대하여 기부자에게 사용허가하는 경우 그 사용료를 면제할 수 있으므로, 이 사건 매립지에 관한 공유수면 매립공사의 준공검사 승인과 동시에 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 암묵적 사용허가가 이루어진 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 원고는 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 국가에 공급한 것 일 뿐, 그 용역 공급의 결과물인 이 사건 매립지 및 신규 시설물 자체를 국가에 기부한 것으로 볼 수 없다. 나아가 국유재산법 제34조 제1항 제1호 의 사용료 면제도 행정재산에 대해 국유재산법 제30조 제1항 에 따른 행정재산 사용허가가 있음을 전제로 하는 것인데, 원고에 대해 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 관한 행정재산 사용허가가 이루어지지 않은 이 사건에서 국유재산법 제34조 제1항 제1호 의 사용료 면제 규정을 근거로 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 암묵적 사용허가가 있었다고 볼 수는 없다. 더구나 국유재산법 제30조 제1항 에 따른 행정재산의 사용허가는 관리청이 공권력을 가진 우월적 지위에서 행하는 행정처분이고(대법원 2001. 6. 15. 선고 99두509 판결 등 참조), 행정처분은 정당한 권한 있는 자가 그 권한 내에서 실현가능한 사항에 관하여 정상적인 의사에 기하여 법정의 일련의 절차와 소정의 형식을 갖추어 행해져야 하고 또 외부에 표시되어야만 유효하게 성립하고 동시에 효력을 발생하는 것인데(대법원 1976. 6. 8. 선고 75누63 판결 등 참조), 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 사용허가에 관한 협의나 절차가 전혀 없었던 이 사건에서 국유재산법 제34조 제1항 제1호 의 사용료 면제 규정만을 근거로 행정재산의 사용허가라는 행정처분이 성립되었다고 볼 수는 없다. 또 피고는, 전원개발촉진법 제2조 제2호 에서는 ‘전원개발사업’이란 전원설비를 설치·개량하는 사업과 설치 중이거나 설치된 전원설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업으로 규정하고 있으므로, 원고는 이 사건 신규 시설물이 포함된 사업구역에 대해 전원개발사업 변경 실시계획을 승인을 받음과 동시에 이 사건 매립지와 신규 시설물에 대한 사용권원을 확보한 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 전원개발촉진법 제2조 제2호 는 전원개발사업의 정의 규정으로서 전원설비의 토지 등을 취득하거나 사용권원을 확보하는 사업이 전원개발사업의 내용에 포함된다는 것에 불과할 뿐, 전원설비의 토지 등 소유권이나 사용권원을 부여하는 근거 규정이 아니므로, 원고에 대한 전원개발사업 변경 실시계획 승인이 있었다고 하여 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 사용권원을 당연히 취득하게 되는 것은 아니다.
• 다) 피고는, 전원개발촉진법 제6조 제1항 제5호 에 의하면 전원개발사업자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받았을 때에는 공유수면법 제8조 에 따른 공유수면의 점용·사용허가, 제17조에 따른 점용·사용실시계획의 승인 또는 신고, 제28조에 따른 공유수면의 매립면허, 제38조에 따른 공유수면매립실시계획의 승인을 받은 것으로 보는데, 원고는 전원개발사업자로서 전원개발촉진법 제5조 에 따라 실시계획의 변경 승인을 받았으므로 공유수면법에 의한 매립면허취득자가 되고, 한편 공유수면법 제48조 제1항 에 의하면 매립면허취득자, 매립지의 소유권을 취득한 자와 그 승계인은 준공검사를 받은 매립지에 대하여 준공검사 전이나 준공검사일부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다고 규정하고 있으므로, 매립면허취득자로 의제되는 원고는 준공일로부터 10년 이내에는 매립지를 사용·수익할 권원이 있다고 주장한다. 공유수면법 제48조 제1항 은 ‘매립면허취득자, 매립지의 소유권을 취득한 자와 그 승계인은 면허를 받은 매립예정지와 매립지 또는 준공검사를 받은 매립지에 대하여 준공검사 전이나 준공검사일부터 10년 이내에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다. 다만, 대통령령으로 정하는 매립목적의 경미한 변경인 경우에는 그러하지 아니하다’고 정하고 있다. 위 규정의 문언에 따르더라도, 위 규정은 매립면허취득자 등은 면허를 받은 매립지예정지 등을 일정 기간에는 매립목적을 변경하여 사용할 수 없음을 규정한 것일 뿐, 그것이 국가 등 타인의 소유로 귀속된 매립지 등에 사용권원을 부여하는 근거 규정은 아니므로, 위 규정에 의해 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득하였다고 볼 수 없다. 또 피고는, 공유수면법 제44조 제1항 은 ‘매립면허취득자는 준공검사 전까지는 매립지를 사용할 수 없고, 다만 매립면허관청으로부터 매립목적 달성에 지장을 주지 아니하는 범위에서 준공검사 전 사용허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있고, 제51조는 ‘매립면허취득자가 소유권을 취득한 매립지의 경우 그 소유권 취득자와 승계인이 준공검사 당시의 매립목적에 맞게 매립지를 사용하는지를 매립면허관청이 확인할 수 있다’고 규정하고 있는데, 위 규정에 의하면 매립면허취득자가 소유권을 취득하지 않고 국가 또는 지방자치단체가 소유권을 취득하는 매립지의 경우에는 소유권자가 아니더라도 매립면허취득자가 준공검사와 동시에 매립지를 사용할 수 있으므로, 원고는 준공검사와 동시에 이 사건 매립지 등을 사용할 권원을 취득하였다고 주장한다. 그러나 공유수면법 제44조 제1항 은 매립지 사용 시기를 정한 것일 뿐, 타인에게 소유권이 귀속된 매립지에 대한 매립면허취득자의 무상사용권을 부여하는 규정이라고 볼 수 없고, 공유수면법 제51조 는 그 문언에 의하더라도, 매립면허관청이 매립면허취득자에게 소유권이 귀속된 매립지에 대하여 그 소유권 취득자가 매립목적에 맞게 매립지를 사용하는지를 확인할 수 있다는 것일 뿐, 이 사건과 같이 국가 소유로 귀속된 매립지에 대한 매립면허취득자의 무상사용권을 부여하는 규정이 아니므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 라) 피고는 이 사건 매립지의 면허관청은 DDD이고, DDD는 승인조건을 부가하여 이 사건 매립지의 준공승인을 하였는데, 그 승인조건 제1호는 준공승인일로부터 10년 내 매립목적을 변경하여 사용할 수 없다는 점을, 제8호는 매립지 토지이용은 도시계획법 및 공유수면법 등에 적법하게 이용하여야 하는 점을 명시함으로써 면허관청이 피면허자인 원고의 매립지 토지사용을 전제하고 있으므로, 이 사건 매립지에 대한 준공검사와 동시에 원고가 이 사건 매립지 등에 대한 무상사용권을 취득하였다고 주장한다. 그러나 위 승인조건은 공유수면매립법 제48조 제1항 등 법령에서 정한 내용을 승인조건으로 부가한 것일 뿐, 국가 등 타인에게 귀속된 매립지의 사용권을 부여한 것으로는 볼 수 없고, 더구나 위 승인조건 어디에도 국가에 귀속된 매립지 등을 원고가 무상으로 사용할 수 있다는 내용은 없다. 또 준공검사 승인권자인 DDD에게 국유재산법상의 공용재산인 이 사건 매립지 등을 원고가 사용할 수 있도록 허가할 권한이 있다고 볼 수도 없다. 따라서 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
• 마) 한편 전원개발촉진법 제6조 제1항 제5호 에 의하면 전원개발사업자가 실시계획의 승인 또는 변경승인을 받았을 때에는 공유수면법 제8조 에 따른 공유수면의 점용·사용허가가 의제되기는 하나, 공유수면은 바다, 바닷가, 하천·호소·구거, 그밖에 공공용으로 사용되는 수면 또는 수류로서 국유인 것을 의미하므로(공유수면법 제2조 제1호), 전원개발촉진법 제6조 제1항 제5호 에 의해 의제되는 공유수면법 제8조 제1항 각 호에 대한 점용·사용허가에 의해 더 이상 공유수면이 아닌 이 사건 매립지 등에 대한 사용권이 부여된다고 볼 수 없고, 설령 이 사건 매립지 등이 공유수면법 제8조 제1항 각 호에 해당한다고 하더라도, 공유수면법 제13조 제1항 에 따라 공유수면관리청은 점용·사용 허가된 공유수면에 대한 점용료 또는 사용료를 징수하여야 하므로, 원고가 이 사건 매립지 등에 대한 사용권을 무상으로 취득하였다고 볼 수도 없다.
• 바) 원고는 2011 사업연도 회계처리를 하면서 이 사건 매립지 및 신규 시설물의 공사비를 손금에 산입하지 않고, ‘건설 중인 자산’ 계정에 있는 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 ‘무형자산’ 계정으로 전기하였고, 피고는 이러한 원고의 회계처리를 근거로 원고가 이 사건 매립지 등에 대한 무상사용권을 취득하였다고 주장한다. 그러나 위와 같은 원고 내부의 회계처리에 의해 국유재산법에서 정한 공용재산인 이 사건 매립지 등에 대한 무상사용권을 원고가 취득하게 되는 것은 아니고, 원고가 위와 같은 회계처리 당시 이 사건 매립지 등을 원고의 자산으로 인식하였다고 하여 달리 볼 것도 아니므로 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.
• 사) 원고는 자신이 운영하는 BBB원자력발전소의 발전시설에 대한 소유권보존등기를 하였는데, 그 발전시설의 부동산등기부 표제부의 ‘소재지번 및 건물번호’란에 이 사건 매립지 지번(CC리 1-21, 1-22, 1-23)이 포함되어 있고, 피고는 이러한 사정을 이 사건 매립지 등에 대한 원고의 무상사용권 취득 근거의 하나로 주장하고 있다. 건물등기부 표제부 소재지번란 등에 이 사건 매립지 지번이 표시되어 있다고 해서 그것이 이 사건 매립지 등에 대한 원고의 무상사용권 취득의 근거가 될 수는 없다. 이 사건 매립지 등의 지상에 건축물이 축조되어 있지 않는 점에 비추어 위 건물등기부 표제부 소재지번란 등에 표시된 이 사건 매립지 지번은 표시정정 대상이 될 여지가 크다.
• 아) 원고와 공단은 2008. 12.경 방사성폐기물 관리사업에 관한 양도·양수계약을 하였는데, 위 양도·양수계약서(을 제3호증) 제10조에는 ‘원고는 공단이 방사성폐기물 운반을 위한 각 원전본부의 물양장 사용에 협조한다’고 기재되어 있다. 피고는, 위 양도·양수계약서에 원고가 공단에 물양장 사용에 협조한다는 내용이 포함된 것은 원고가 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상사용권을 취득하였기 때문이라고 주장한다. 그러나 이 사건 매립지 등에 대한 무상사용권을 부여할 권한이 없는 원고와 공단이 위와 같은 내용을 양도양수계약에 포함시켰다고 해서 그것이 이 사건 매립지 등에 대한 원고의 무상사용권 취득의 근거가 될 수는 없다.
• 자) 갑 제10, 56호증의 기재, 제1심법원 및 이 법원의 FFF에 대한 각 사실조회 결과에 의하면, 이 사건 매립지 소관청인 FFF장관은 피고의 질의에 대해 2014. 10. 29. ‘이 사건 매립지에 대해 원고가 사용허가를 요청한 내역이 없고, 사용허가 및 사용료 징수를 한 바도 없으며, 향후 사용료는 사용허가 요청시 해당 법령에 의거하여 처리하겠다’고 회신하였고, 원고와 FFF는 이 사건 신규 시설물의 사용권이나 사용조건에 대한 협의를 한 사실이 없으며, 이 사건 매립지 및 시설물에 대해 별도의 사용허가 및 사용료를 부과한 사실도 없다. 이처럼 원고와 행정재산인 이 사건 매립지의 소관청인 FFF장관이 이 사건 매립지 및 신규 시설물의 사용에 대한 어떠한 협의 절차도 거친 바 없는 상황에서 원고와 FFF장관 사이에 이 사건 매립지 등에 대한 묵시적 무상 사용허가가 있었다고 보기는 어렵다.
• 차) 피고는, 전원개발촉진법 제14조 제1항 은 ‘전원개발사업자가 전원개발사업의 시행으로 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 전원개발사업의 시행으로 기존의 공공시설에 대체되는 새로운 공공시설을 설치한 경우 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체의 재산은 그 전원개발사업자에게 무상으로 귀속된다’고 규정하고 있고, 공유수면법 제42조 제1항 제1호 는 국유 또는 공유에 속하는 도로·제방 등 공공시설이 매립공사의 시행으로 그 용도가 폐지되는 경우에 있어서 용도가 폐지되는 공공시설을 갈음하여 국가나 지방자치단체의 소유로 되는 공공시설을 새로 설치하는 경우에는 용도가 폐지되는 공공시설을 매립면허취득자에게 양여할 수 있다고 규정하고 있는데, 원고는 국유에 속하는 공공시설인 기존 남방파제 일부를 제거하고 새로운 공공시설인 이 사건 신규 시설물을 설치하여 국가에 귀속시켰으므로, 원고가 설치한 새로운 공공시설인 이 사건 신규 시설물과 용도가 폐지된 공공시설인 기존 남방파제 일부의 교환거래이거나 원고가 신규 시설물을 국가에 귀속시킨 대가로 용도가 폐지된 기존 남방파제 일부를 양여받는 유상거래이므로, 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역 공급은 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다고 주장한다. 살피건대, 전원개발촉진법 제14조 제1항 에서 ‘전원개발사업의 시행으로 기존의 공공시설에 대체되는 새로운 공공시설을 설치한 경우 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체의 재산은 그 전원개발사업자에게 무상으로 귀속된다’는 규정은 용도가 폐지되는 국유 또는 공유재산인 기존 공공시설이 존속하는 것을 전제로 기존의 공공시설에 대체되는 새로운 공공시설을 설치한 전원개발사업자에게 기존 공공시설을 무상으로 귀속시킨다는 의미이다. 이 사건 전원개발사업 변경 실시계획에 따른 공사는 기존 남방파제 일부를 제거하고, 신규 시설물을 설치하는 것으로서 기존의 공공시설은 제거되어 존속하지 아니하므로, 원고가 기존 공공시설인 남방파제 일부를 취득하였다고 할 수 없다 (기존 남방파제 일부의 제거는 원고가 국가에게 공급한 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역의 내용 자체에 포함되어 있다). 또 국가가 공유수면법 제42조 제1항 제1호 에 따라 용도가 폐지되는 공공시설인 기존 공공시설인 남방파제 일부를 원고에게 양여하였다는 사실을 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 이와 다른 전제에서 원고가 설치한 새로운 공공시설인 이 사건 신규 시설물과 용도가 폐지된 공공시설인 기존 남방파제 일부의 교환거래가 있었다거나 원고가 신규 시설물을 국가에 귀속시킨 대가로 용도가 폐지된 기존 남방파제 일부를 양여받는 유상거래라는 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
• 카) 위와 같은 여러 사정을 종합하면, 전원개발촉진법, 공유수면법, 국유재산법 등 관련 법령에 의해 원고에게 이 사건 매립지 등에 대한 무상사용권이 부여되었다고 보기 어렵고, 달리 그와 같은 사실을 인정할 만한 증거가 없다. 원고가 국가 소유 행정재산인 이 사건 매립지 및 신규 시설물을 공물의 일반사용의 범위를 넘어 점용·사용하고 있다고 하더라도, 그러한 행정재산에 대한 점용·사용은 무단 점용·사용에 해당하여 변상금 부과의 대상이 될 뿐이다. 중앙관서의 장 등 관리청이 그러한 점용·사용에 대해 사용허가를 받을 것을 촉구하지 않고, 사용료나 변상금 등 부과처분을 하지 아니하였다고 하여 그러한 사정에 의해 중앙관서의 장 등 관리청이 원고에게 이 사건 매립지 등에 대한 묵시적 무상 사용허가를 하였다고 볼 수도 없다.
• 타) 그렇다면, 원고는 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 국가에 공급하는 대가로 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상 사용권을 취득하였다고 볼 수 없다. 이와 달리 원고가 이 사건 매립지 조성 및 신규 시설물 설치 용역을 국가에 공급하는 대가로 이 사건 매립지 및 신규 시설물에 대한 무상 사용권을 취득하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 대해 살펴볼 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.