이 사건 관련 합의서, 거래사실 확인서 및 감정가액 등으로 보아 이 사건 처분은 위법함

사 건 2018누3357 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 AAA 피고, 피항소인

○○○세무서장 외1 제1심 판 결 대구지방법원 2018. 5. 16. 선고 2017구합20820 변 론 종 결

2018. 10. 19. 판 결 선 고

2018. 11. 9.

1. 제1심판결 중 피고들에 대한 부분을 취소한다.

○○○ 세무서장이 2016. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년 귀속 양도소득세

○○○○○○ 원의 부과처분과 피고

○○ 세무서장이 2016. 8. 1. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세

○○○○○○ 원의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 및 항소취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2004. 2. 19.부터 2009. 5. 18.까지 ○○시 ○○읍 ○○리(이하 ‘○○리’라고만 한다) ○○-○에서 ‘○○유업’이라는 상호로 식용유지 제조업에 종사하던 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2004. 3. 3. 부동산 임의경매절차에서 별지1 목록 기재 부동산(○○리○○-○ 공장용지 ○○㎡ 및 그 지상 공장건물, 이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)과 부속 기계설비(DHA, EPA, 밀배아유, 오타코사놀 정제 플랜트)를 대금 ○억 ○○만 원에 매수·취득하였다.
• 다. 원고는 2009. 4. 23. BBB에게 이 사건 부동산과 부속 기계설비를 양도한 후, 피고 ○○○세무서장에게 그 양도가액을 ○억 ○○만 원으로 산정하여 2009년 귀속 양도소득세 ○○○○원을 신고·납부하였다. 또한 원고는 BBB에게 이 사건 부동산의 공급에 따른 공급가액 ○○○○원의 세금계산서와 부속 기계설비의 공급에 따른 공급가액 ○○○○원의 세금계산서를 각 발급하고, 이를 근거로 피고 ○○세무서장에게 2009년 제1기 부가가치세 ○○○○원을 신고·납부하였다.
• 라. BBB는 2013. 8. 14. ○○○○협동조합에 이 사건 부동산을 매매대금 ○○억 ○○ 만 원에 양도하였다. 그런데 BBB는 피고 ○○○세무서장에게 원고의 양도소득세 신고 와 달리 이 사건 부동산의 취득가액을 ○○○○원으로 산정하여 양도소득세 ○○○○원을 신고·납부하였다.
• 마. 피고 ○○○세무서장은 2016. 5. 23.부터 그해 6. 10.까지 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 실지조사를 하였다. 그 결과 원고가 BBB에게 아래 [표1]과 같이 이 사건 부동산을 ○○○○원에 양도하였음에도 그 양도가액을 ○○○○원으로 산정하여 ○○○○원만큼 과소 신고하였다고 판단하였다.
• 바. 이에 따라 피고 ○○○세무서장은 원고의 2009년 귀속 양도소득세를 ○○○○원으로 경정결정하고, 2016. 8. 1. 원고에게 위 ○○○○원에서 이미 납부한 세액○○○○원을 차감한 ○○○○원을 납부하라고 고지하였다.
• 사. 또한 피고 ○○○세무서장은 원고가 BBB에게 이 사건 부동산 중 공장건물 및 부속 기계설비를 공급하면서 위 [표1]과 같이 상속세 및 증여세법 제61조 에 따라 평가·안분하여 산정한 부가가치세 과세표준을 ○○○○원 만큼 과소 신고하였다고 판단하고, 피고 ○○세무서장에게 위 실지조사 결과를 통보하였다.
• 아. 이에 따라 피고 ○○세무서장은 원고의 2009년 제1기 부가가치세를 ○○○○원으로 경정결정하고, 2016. 8. 1. 원고에게 위 ○○○○원에서 이미 납부한 세액 ○○○○원을 차감한 ○○○○원을 납부하라고 고지하였다(이하 위 바항의 양도소득세 부과처분과 부가가치세 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).
• 자. 원고는 2016. 10. 28. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 12. 27. 그 심판청구가 기각되었다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 9, 14호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 가 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 원고는 2009. 4. 23. BBB에게 이 사건 부동산과 부속 기계설비를 대금 ○억 ○○만 원에 양도하고, 동시에 자신이 경영하는 ○○유업 주식회사[이하 ‘○○유업(주)’라고 한다]가 소유한 ○○리 ○○-○번지의 ‘착유 플랜트(Plant) 설비’를 대금 ○○억 ○○만 원에 함께 양도하였다. 그런데 BBB가 원고에게 이 사건 부동산을 담보로 은행대출을 더 많이 받기 위해서는 그 매매대금을 부풀린 이중계약서가 필요하다고 부탁하였다. 이에 따라 원고는 BBB에게 이 사건 부동산의 매매대금은 ○○억 원으로, 부속 기계설비의 매매대금은 ○억원으로 각 기재된 두 장의 매매계약서를 거짓으로 작성해주었다. 그리하여 BBB는 피고 ○○○세무서장에게 위와 같이 거짓으로 작성한 각 매매계약서를 제출하여 이 사건 부동산에 대한 양도소득세를 신고·납부하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 피고 ○○○세무서장, ○○세무서장이 BBB의 거짓 신고를 기초로 이 사건 부동산의 양도가액과 공장건물의 공급가액을 잘못 산정하여 이루어진 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정 사실

• 가) ○○유업(주)는 2005. 1. 24. 부동산 임의경매 절차에서 이 사건 부동산과 바로 연접한 ○○리 ○○-○ 공장용지 ○○○○㎡와 그 지상 공장건물 ○○○○㎡ 및 기계설비(착유 플랜트 설비와 정제 플랜트 설비 등)를 대금 ○○○○원에 매수·취득하였다. 위 경매절차에서 평가된 전체 기계설비의 감정가액은 ○○○○원인데(토지, 건물, 기계설비 전체의 총 감정가액은 ○○○○원이다), 그 중 착유 플랜트 설비의 감정가액은 ○○○○원이고, 정제 플랜트 설비의 감정가액은 ○○○○원이었다.
• 나) 원고와 CCC은 2008. 4. 28. 이 사건 부동산 및 ○○리 ○○-○ 공장에 있는 ○○유업(주) 소유의 위 기계설비의 매매와 관련하여 아래와 같은 내용의 합의서(가계약서)를 작성하였다.
• 다) 위와 같은 가계약 후 CCC은 자금 사정이 여의치 않아 위 계약을 포기하였고, DDD(CCC과 함께 이 사건 부동산과 기계설비를 매수하려고 하였던 사람이다)은 BBB를 새로운 매수인으로 원고에게 소개하였다. 이에 따라 원고와 BBB 사이에 이 사건 부동산과 부속 기계설비에 관한 매매계약이 체결되었다.
• 라) 원고와 BBB는 이 사건 부동산과 부속 기계설비의 매매와 관련하여 총 5개의 계약서를 작성하였다. 각 매매계약서의 주요 내용은 아래 [표 2]와 같다.
• 마) BBB는 2009. 2. 18.부터 2009. 11.경까지 원고에게 이 사건 부동산 등의 매매대금으로 합계 ○○억 원을 지급하였다. 그 구체적인 지급내역은 아래 [표 3]과 같다.
• 바) BBB는 2009. 4. 23. 원고로부터 이 사건 부동산과 부속 기계설비를 취득하면서 그 매매대금을 마련하기 위하여 같은 날 ○○은행 ○○동 지점에서 자금을 대출받았다. 당시 원고는 ○○은행에 대출신청서류로 이 사건 부동산의 매매대금을 ○○억 원으로 기재한 매매계약서(을 제3호증의 3)를 제출하였다. 당시 위 대출을 위하여 ○○은행의 의뢰로 이루어진 감정평가(가격시점: 2009. 2. 23.)에서 이 사건 부동산의 감정가액은 ○○○○원으로, 이 사건 부동산에 있는 초임계 플랜트 설비의 감정가액은○○○○원으로, 착유 플랜트 설비의 감정가액은 ○○○○원으로 각 평가되었다.
• 사) 피고 ○○○세무서장은 세무조사 과정에서 BBB가 원고에게 위와 같이 매매대금으로 지급한 금액 중 수표 지급액 ○억 ○○○○만원 에 대하여 금융거래정보 조회를 하였다. 그런데 그 수표의 뒷면 배서인은 EEE, FFF, GGG, HHH, III 등이다
• 아) BBB는 2013. 8. 1. ○○○○협동조합에 이 사건 부동산을 대금 ○○억 ○○○○만원[공장건물: ○억 ○○○○만 원(부가가치세별도), 공장용지: ○억 ○○○○만 원]에 매도하였다. 이에 따라 BBB는 피고 ○○○세무서장에게 양도소득세를 신고하면서 이 사건 부동산의 매매대금을 ○○억 원으로 기재한 부동산매매계약서(을가 제2호증의 2 중 1면)와 이 사건 부동산에 설치된 호마유 생산설비 일체의 매매대금을 ○억 원으로 기재한 매매계약서(을가 제2호증의 2 중 2면)를 각 제출하였다.
• 자) 이 사건 부동산 및 기계설비에 대하여 소득세법 시행령 제166조, 상속세 및 증여세법 제61조 에 따라 2009년 양도일 기준으로 평가한 가액은 아래 [표 4]와 같다. 【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 5, 9호증, 을가 제1, 2, 3, 5, 7, 9, 10호증의각 기재, 제1심법원의 주식회사 ○○은행, 주식회사 ○○은행에 대한 각 금융거래정보제출명령에 따른 금융거래정보회신 결과, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부동산의 양도가액에 대하여 피고는 세무조사 과정에서 이 사건 부동산의 매매대금이 ○○억 원이라는 BBB의 진술과 그가 제출한 매매계약서(을가 제2호증의2)를 근거로 이 사건 부동산의 양도가액이 ○○억 원이라고 판단하였다. 반면에 원고는, 매매계약서는 대출을 위하여 거짓으로 작성한 것이고, 이 사건 부동산 및 그 부속 기계설비(당초 ○○리 ○○-○번지 공장에 있던 기계설비를 말한다)의 대금이 ○억 ○○○○만 원으로 기재된 매매계약서(갑 제9호증)가 진정한 것이라고 주장한다. 따라서 이 사건의 쟁점은 위 두 매매계약서 중 어느 것이 이 사건 부동산과 그 부속 기계설비에 관한 진정한 매매계약서인지 여부인데, 앞서 본 사실과 갑 제7, 11, 15, 16호증의 각 기재와 제1심 증인 DDD의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 및 그 부속 기계설비의 매매대금이 ○억 ○○○○만 원으로 기재된 매매계약서(갑 제9호증)가 진정한 매매계약서라고 봄이 타당하다.

① 원고는 2008. 4.경부터 CCC과 이 사건 부동산과 기계설비의 매매에 관한 거래를 진행하다가 CCC의 자금 사정으로 계약이 성사되지 않자 DDD의 소개로 BBB와 매매계약을 체결하게 되었다. 그런데 CCC과의 매매계약 진행 당시에는 이 사건 부동산의 대금을 ○억 원, ○○유업(주) 소유인 추출 및 분쇄시설(착유 플랜트 설비)의 대금을 ○억 원으로 정하였고, 이는 증인 DDD의 증언과 CCC이 작성한 합의서(갑 제5호증), 거래사실확인서(갑 제8호증)에 의해 뒷받침된다.

② BBB와 DDD은 2009. 4. 22. 아래와 같은 내용의 각서(갑 제7호증)를 작성하여 원고에게 주었다. BBB는 제1심에서 위 각서 중 ‘별첨 계약 준한 사항은 CCC씨가 한 것으로 승계한다’라는 문구는, 당시 자신은 CCC이 이 사건 부동산을 ○○억 원, 기계설비 일체를 ○억 원에 매수하려고 한 것으로 알고 있었기 때문에 원고와 CCC 사이의 계약 내용 그대로 승계한다는 의미에서 작성된 것이라고 증언하였다. 그러나 앞서 본 바와 같이 CCC, DDD 모두 원고와 CCC은 이 사건 부동산의 대금을 ○억 원, ○○유업(주) 소유인 기계설비의 대금을 ○억 원으로 정하였다고 진술하고 있다. 특히 위 각서의 각서인 중의 한 명인 DDD은 위 각서 작성 당시 별첨 서류인 CCC이 작성한 합의서(갑 제5호증), 즉 이 사건 부동산의 대금은 ○억 원, ○○유업(주) 소유인 기계설비의 대금은 ○억 원이라고 기재된 합의서를 BBB도 보았다고 증언하였다. 이처럼 CCC과 이 사건 부동산의 대금을 8억 원, ○○유업(주) 소유이던 기계설비의 대금을 ○억 원을 정하여 매매를 진행하던 원고가 BBB와 매매계약을 체결하면서는 이 사건 부동산의 대금을 ○○억 원, ○○유업(주) 소유이던 기계설비의 대금을 1억 원으로 정한다는 것은 쉽게 납득하기 어렵다.

③ BBB가 진정한 매매계약서라고 주장하는 2장의 매매계약서(이 사건 부동산의 대금이 ○○억 원으로 기재된 매매계약서와 기계설비의 대금이 ○억 원으로 기재된 매매계 약서)의 작성일자는 2009. 1. 7.이다. 그런데 같은 날 BBB는 아래와 같은 내용의 확인서(갑 제11호증)를 작성하여 원고에게 주었다. BBB는 이 확인서 중 ‘계약서 3매’는 은행대출용으로 작성한 매매대금 ○○억 원의 매매계약서(을가 제3호증의 2)의 매도인용, 매수인용, 공인중개사용을 뜻하는 것이라고 주장하였다. 그러나 은행대출을 받기 위해 거짓으로 매매계약서를 작성하면서 매도인용, 매수인용, 공인중개사용 3매를 작성한다는 것은 이례적이다. 위 확인서 내용에서도 나타나는 바와 같이 은행 대출신청 후 폐기하기로 한 매매계약서를 굳이 3매를 작성할 이유는 없다. 위 확인서에 기재된 ‘계약서 3매’는 BBB가 진정한 계약서라고 주장하는 2매의 계약서와 매매대금 ○○억 원으로 기재된 매매계약서를 뜻하는 것으로 봄이 타당하다.

④ BBB는 2009. 4. 23. 이 사건 매매계약에 따른 대금으로 ○억 원을 원고의 계좌로 송금하였고, 원고는 그 중 ○○○○만 원을 다시 BBB의 계좌로 반환하였다. 이처럼 ○억 원을 송금받은 원고가 그 중 ○○○○만 원을 BBB에게 반환한 것은 원고 소유인 이 사건 부동산의 대금(이 사건 부동산에 설치되어 있던 원고 소유의 기계설비 대금 포함)은 ○억 ○○○○만 원이었기 때문으로 보인다. BBB는 제1심에서 위와 같이 ○○○○만 원을 반환받은 경위에 관하여, 당시 자신이 돈이 쪼들린다고 하니까 나중에 갚으라고 하면서 주었다고 증언하였다. 그런데 BBB의 계좌거래내역(을가 제7호증의 3)에 따르면, 원고가 BBB의 계좌로 ○○○○만 원을 송금한 시각은 2009. 4. 23. 15:17:19이고, 같은 날 15:49:11 BBB는 자신의 계좌에서 ○○○○만 원권 자기앞수표 9매를 포함하여 ○억 ○○○○만 원을 인출하였고, 위 자기앞수표 9매는 이 사건 매매계약의 대금으로 원고에게 지급되었음을 알 수 있다. BBB가 ○○○○만 원을 반환받은 후 곧바로 자신의 계좌에서 인출한 돈 중 ○억 ○○○○만 원을 대금으로 지급한 점에 비추어 보면, ○○○○만 원을 받환받은 경위에 관한 BBB의 위 증언은 믿기 어렵다.

⑤ ○○은행의 의뢰로 작성된 감정평가서에 따르면, 2009. 2. 23.을 가격시점으로 한 이 사건 부동산의 감정평가액은 ○○○○원이고, 이는 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 매매대금인 ○억 ○○○○만 원과는 다소 큰 차이가 있기는 하다. 그러나 이 사건 부동산에 설치되어 있던 기계설비의 감정평가액은 ○○○○원으로서 BBB가 주장하는 이 사건 부동산에 설치되어 기계설비 일체[○○유업(주) 소유로서 당초 ○○리 ○○-○ 공장에 있던 것을 이 사건 부동산으로 이전 설치한 착유 플랜트 설비뿐만 아니라 원고 소유로서 당초부터 이 사건 부동산에 설치되어 있던 기계설비까지 포함된 것이다]의 대금 ○억 원과 많은 차이가 있다.

⑥ ○○은행의 의뢰로 2009. 2. 23.을 가격시점으로 하여 평가한 이 사건 부동산의 감정가액은 ○○○○원이고, 이 사건 부동산의 부속설비와 착유 플랜트 설비 등 기계기구에 대한 감정평가액은 ○○○○원으로 그 합계액이 ○○○○원이다. 이 사건 부동산과 그 부속 기계설비 및 착유 플랜트 설비 등 전체의 매매대금은 ○○억 원으로서 위 감정평가액 합계의 약 ○○% 상당인데, 이 사건 부동산의 감정평가액인 ○○○○원의 ○○%에 해당하는 금액은 ○○○○원이고, 기계기구의 감정평가액인 ○○○○원의 ○○%에 해당하는 금액은 ○○○○원으로서 원고가 주장하는 이 사건 부동산의 매매대금 ○억 ○○만 원, 기계설비의 매매대금 ○억 ○○○○만 원과는 큰 차이가 없는 반면에, BBB가 주장하는 이 사건 부동산의 매매대금 ○○억 원, 기계설비의 매매대금 ○억 원과는 많은 차이가 난다.

⑦ JJJ는 CCC의 의뢰로 2008. 5.경부터 ○○리 ○○-○ 공장에 있던 착유 플랜트 설비를 이 사건 부동산으로 이전, 설치하는 작업을 하던 중 원고와 CCC 사이의 매매가 성사되지 못함에 따라 작업을 중단하였다가 원고와 BBB의 매매계약이 진행됨에 따라 다시 이전, 설치작업을 진행하여 2009. 1. 20.경 그 작업을 완료하였다. BBB는 2009. 1. 20. JJJ에게 위 이전, 설치작업에 대가로 ○○만 원을 지급하였다. BBB가 주장하는 것처럼 이 사건 부동산에 설치되어 있던 기계설비와 ○○리 ○○-○ 공장에서 이 사건 부동산으로 이전, 설치한 기계설비 모두의 대금이 ○억 원이라면, ○○리 ○○-○ 공장에서 이 사건 부동산으로 이전, 설치한 기계설비의 가치와 비교하여 이전, 설치에 든 비용이 지나치게 많다[피고의 조사에 따르면, ○○유업(주) 소유인 착유 플랜트 설비(추출, 분쇄시설)의 2008년 기말 장부가액은 ○○○○원이고, 이 사건 부동산에 설치되어 있던 기계설비의 2008년 기말 장부가액 ○○○○원을 정률법에 따라 정상적인 감가상각을 하였을 경우 그 가액은 ○○○○원이라는 것인데, 위와 같은 장부가액에 따라 BBB가 주장하는 기계설비 일체의 대금 1억 원 중 착유 플랜트 설비가 차지하는 가액을 계산하면 ○○○○원이 된다.

○○○○원 정도의 가치를 가지는 기계설비를 이전하기 위하여 들이는 비용으로 ○○ 만 원은 지나치게 많다].

⑧ 피고는, 원고가 BBB에게 착유 플랜트 설비를 ○억 ○○○○만 원에 양도한 것이 사실이라면, 그 양도가액은 소유자인 ○○유업(주)에 귀속되고, 법인장부에도 고정자산의 양도가액으로 기재되어야 하는데, ○○유업(주)는 법인세를 신고하면서 착유 플랜트 설비 등 고정자산을 처분한 사실이 있다고 신고하지 아니하였다는 점을 이 사건 부동산의 양도가액이 ○○억 원이라는 사실의 근거 중 하나로 들고 있다. 그러나 위와 같은 사정은 이 사건 부동산의 양도가액이나 착유 플랜트 설비의 양도가액이 얼마인지와는 무관한 것이다. 착유 플랜트의 양도가액이 얼마이든지 간에 자산을 처분하였다면 그 양도가액은 ○○유업(주)에 귀속되고, 법인장부에도 고정자산의 양도가액으로 기재되어야 하며, 법인세 신고 시 고정자산을 처분한 사실이 있다고 신고하여야 하므로, 위와 같은 사정이 이 사건 부동산이나 착유 플랜트 설비의 양도가액을 밝히는 근거가 될 수는 없다.

3. 소결론 따라서 원고가 BBB에게 이 사건 부동산을 ○○억 원에, 기계설비 일체를 ○억원에 양도하였음을 전제로 이 사건 양도소득세와 부가가치세의 과세표준 및 세액을 결정한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고들에 대한 부분을 취소하고, 이 사건 각 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.