조특법상 중소기업범위 판단시 부칙 경과조치 적용

원고, 항소인 유한회사 ○○공업 피고, 피항소인 경주세무서장

1.원고의 항소를 기각한다. 2.항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2008.11.11.원고에 대하여 한 2006년도 및 2007년도 법인세 경정청구 거부 처분을 각 취소한다.

1.처분의 경위

• 가. 원고는 ○○시 ○○읍 ○○리 12-16에서 일반 프라스틱성형품 제조 및 판매업 등을 목적으로 하는 회사이고, 2006.12.1.주주변동으로 인해 자산총액이 5천억 원을 초과하는 외국법인 □□W가 원고의 발행주식 100%를 소유하게 되었는데, 2006사업연도 및 2007사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 조세특례제한법(이하‘조특법’이라고 한다)제26조에서 규정한 중소기업에 대한 임시투자세액공제를 적용하였다.
• 나. 원고는 2008.4.7.피고에게 “2005.12.27.대통령령 제19189호로 개정된 중소기업기본법 시행령(이하‘중기법 개정령’이라고 한다)제3조가 ‘자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 30/100 이상을 소유하는 기업은 중소기업에 해당되지 않는다.’로 개정되었으나, 중기법 개정령 부칙 제2항에 ‘종전규정에 의한 중소기업은 영 시행일 이후 3년간 중소기업에 해당한다.’는 경과조치가 있으므로, 원고는 2008.12.27.까지는 중소기업에 해당하고, 이에 따라 2006사업연도 및 2007사업연도 법인세에 대하여 조특법 제7조에서 규정한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여야 한다.”고 주장하면서 2006사업연도 법인세 96,459,495원 및 2007사업연도 법인세 112,727,281원을 과다하게 납부하였으니 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 피고는 2008.11.11.원고에게‘중기법 개정령 시행일 이후에 자산총액이 5천억 원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에는 중기법 개정령 부칙의 유예기간 적용을 받지 않는다.’는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009.1.4.조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009.4.28.원고의 심판청구를 기각하였다. [인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1,2, 갑 제3,4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지. 2.이 사건 처분의 적법 여부
• 가. 원고의 주장 (1)중기법 개정령 부칙 제2항의 경과규정은 개정령이 시행됨으로 인하여 이전에는 중소기업으로 인정받았을 기업이 향후에 중소기업에서 배제되는 모든 경우에 적용된다고 보아야 하므로, 개정령 시행 이후에 새로이 중소기업에서 배제된 원고에게도 경과규정이 적용된다 할 것인데, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다. (2)중소기업청은 전자민원 공식답변에서 ‘중기법 개정령의 시행당시에 중소기업에 해당하는 기업이 개정령의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 된 경우뿐만 아니라 개정령 시행 이후에 설립된 법인도 동일하게 적용된다.’고 해석하였고, 재정경제부 조세특례정책과는 ‘자산총액 5천억 원 이상이 비상장법인이 발행주식의 30% 이상을 소유하고 있는 기업은 중기법 개정령 시행일부터 3년간 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 해당한다.’고 공적인 견해를 표명(재조예-281호, 2007.4.26.)한 바 있으므로, 위 공적견해표명을 신뢰한 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 신의성실 및 조세관행존중의 원칙에 위반되어 위법하다. (3)회사의 사업연도가 종결되기 전에 조특법에 다른 중소기업에서 배제되는 경우가 발생한다 하더라도 중소기업으로 운영되던 당시까지 발생한 소득에 대해서는 중소기업에 대한 감면규정이 조건 없이 적용되어야 하므로 전 과세연도에 발생한 소득에 대하여 중소기업에 대한 감면규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 (1)중기법 개정령 부칙 제2항의 경과규정 적용 여부 (가)조특법 제7조 제1항에 의하면, 중소기업 중 감면업종(제조업 등)을 영위하는 기업에 대하여는 2008.12.31.이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다는 ‘중소기업에 대한 특별세액감면’에 관한 사항을 규정하면서, 조특법 시행령 제2조 제1항에서 그 중소기업의 범위를 제조업 등을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서‘상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 중기법 시행령의 규모기준 이내이고, 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호의 규정에 적합할 것’의 요건을 갖춘 기업을 말한다고 규정하고 있고, 중기법 개정령의 규모기준은 제조업의 경우 ‘상시근로자수 300인 미만 또는 자본금 80억 원 이하’이며, 중기법 개정령 제3조 제2호에 의한 실질적 독립성의 기준은 ‘자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아니고, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 의 규정에 의한 상호출자 제한기업 집단에 속하지 아니하는 회사일 것’이라고 규정하면서, 중기법 개정령 부칙 제2항에서 ‘이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간을 이를 중소기업으로 본다.’고 규정하고 있다. 한편, 2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 구 중기법 시행령 제3조 제2호에서는 소유 및 경영의 실질적인 독립성의 기준으로 ‘ 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 자산총액이 5천억 원 이상인 법인이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’이라고 규정하고 있다. (나)앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 당초 최AA 외 6인이 소유하고 있는 중소기업이었는데, 206.12.1.주자가 변동되어 자산총액이 5천억 원 이상인 외국법인 □□W가 원고가 발행한 주식 100%를 소유하게 된 사실, 원고의 2006사업연도의 상시근로자수는 118명, 자본금 10억 원이고, 2007사업연도의 상시근로자수는 134명, 자본금 10억 원이 됨으로써 중기법 개정령이 규정한 중소기업 요건을 충족하지 못하게 된 사실을 인정할 수 있다. (다)원고가 중기법 개정령 부칙 제2항의 경과규정이 적용되는 경우에 해당하는지에 관하여 실피건대, 부칙의 경과조치는 시행령 개정으로 인한 제도변경 등으로 인해 예상하지 못한 불이익을 방지하기 위하여 기존 법령에 의해 혜택을 누리고 있었던 기업들에 대하여 기업경영의 안정성을 보장하고자 일정기간 적용시한을 연기하여 기한의 이익을 주는 제도라는 점, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하면 중소기업이 실질적 독립성이 없는 기업으로 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 경과규정은 중기법 개정령 시행 당시 중소기업에 해당하는 기업이 다른 요건의 변동 없이 오직 개정령의 시행만으로 인하여 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에만 적용되는 것이고, 원고의 경우처럼 중기법 개정령 시행 이후에 자산총액 5천억 원 아상의 외국법인이 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하게 되어 실질적 독립성의 요건에 변동이 생김으로써 새로이 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우에는 위 경과규정이 적용되지 않으며, 요건 변동 당시 시행되는 중기법 개정령이 기준에 의함이 타당하므로, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다. (2)신의성실 및 조세관행존중의 원칙 위반 여부 (가)앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 중소기업청이 2008.4.23.전자 질의응답 민원에서 ‘부칙 규정은 중기법 개정령의 시행 당시에 중소기업에 해당 하는 기업이 개정령의 시행으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우뿐만 아니라 개정령 시행 이후에 설립된 법인도 동일하게 적용 된다.’고 답변한 사실, 재정경제부 조세특례정책과는 2007.4.26.경 조특법상 중소기업범위 판단시 중기법 시행령 부칙 경과규정을 적용하여 동 법인이 중소기업에 해당한다고 볼 것인지 여부에 대한 질의에서 ‘자산총액 5천억 원 이상인 비상장법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있는 기업은 중기법 개정령 시행일부터 3년간 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 규정에 해당한다.’고 회신한 사실을 인정할 수 있다. (나)그러나 중소기업청의 전자민원에 대한 답변을 과세관청의 공적인 견해표명이라고 볼 수는 없고, 재정경제부 조세특례정책과의 회신은 조특법상 중소기업범위 판단시 중기법 개정령 부칙 경과규정에 의해 중소기업으로 보는 기업은 동 기간 동안 조특법상 중소기업에 해당하는 것으로 본다고 해석할 것일 뿐, 원고의 경우처럼 중기법 개정령 시행 이후에 자산총액이 5천억 원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에도 조특법상 중소기업에 해당하는 것으로 본다는 견해를 표명한 것은 아니라고 보이므로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였음을 전제로 하는 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다. (3)206.11.30.까지 소득에 대한 중소기업특별세액 감면 여부 (가)조특법 제7조 제1항 소정의 중소기업에 대한 특별세액감면제도는 경쟁력이 취약한 국내 중소기업의 보호․육성을 위하여 한시적으로나마 소득세 및 법인세를 감면하여 줌으로써 중소기업의 재무구조 개선 및 설비투자 등이 원활하게 이루어질 수 있도록 지원하기 위한 것으로서 감면받은 세액 상당액을 같은 법 소정의 용도에 사용할 것을 전제로 한 조세특례제도인 점 등에 비추어 볼 때, 중소기업을 영위하는 내국인이 같은 법 제7조 소정의 특별세액감면을 적용받기 위해서는 적어도 감면적용의 대상이 되는 과세기간 종료일 당시 당해 사업을 영위하고 있을 것을 요하고(대법원 2006.1.13.선고 2005두685 판결 참조), 조특법이 정하는 중소기업에 해당하기 위한 종업원수는 당해 과세연도 종료일 현재를 기준으로, 자본금은 과세연도 말일을 기준으로 작성된 대차대조표 금액으로 판정하도록 각 규정되어 있다. (나)원고는 중소기업 상태에 있던 2006.11.30.까지 소득에 대하여 중소기업특별세액 감면을 하여야 한다고 주장하나, 위와 같은 중소기업에 대한 특별세액 감면제도의 취지 및 조특법 시행령 제2조 제2항 유예기간 규정의 취지에 비추어 보면, 중소기업에 대한 특별세액 감면 적용의 대상이 되는 과세기간 종료일 당시 법이 정하는 중소기업일 것을 요한다 할 것이므로, 원고의 위 주장 역시 이유 없다. 3.결 론 제1심 판결은 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 기각한다.