자산재평가세 환급가산금의 기산일이 언제인지 여부

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지

피고가 2006. 6. 9. 원고에 대하여 한 111,231,200원의 환급가산금부과처분을 취소한다(당심에서의 처분변경에 따라 원고는 청구취지를 감축하였다).

주문과 같다.

• 가. 원고는 섬유표백염색가공업 등을 하는 회사로서, 1990. 10. 1. 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2 제1항 본문에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시한 후 1990. 11. 24. 피고에게 자산재평가신고를 하였고, 피고는 1990. 12. 8. 원고에게 자산재평가차액 3,043,633,212원(이하 ‘이 사건 재평가차액’이라 한다)에 대한 자산재평가세 91,308,996원(이하 이 사건 재평가세‘라 한다)을 부과하는 처분(이하 ’이 사건 재평가세부과처분‘이라 한다)을 하였고, 원고는 이 사건 재평가세 중 46,308,990원은 1990. 11. 24.에, 나머지 45,000,000원은 1991. 11. 29.에 납부하였다.
• 나. 위와 같이 이 사건 재평가세가 부과되자, 원고는 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하여 이 사건 재평가차액을 익금에 산입하지 아니한 채 1990사업연도 법인세를 신고‧납부(이하 ‘이 사건 법인세 신고납부’라 한다)하였다.
• 다. 그런데 기업공개시 자산재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령이 별지와 같이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31. 까지로 연장되었음에도 불구하고 원고는 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였고(이하 ‘주식미상장’이라 한다), 이에 피고는 원고가 상장기한 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 않아 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 단서, 구 조세감면규제법 부칙(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조에 따라 이미 행한 위 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하는 결과 이 사건 재평가차액이 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차액이라는 이유로 위 재평가차액을 원고의 1990사업연도의 익금에 산입하여, 2004. 1. 17. 원고에 대하여 1990사업연도 귀속 법인세 2,441,433,240원(과소신고가산세 및 미납부가산세 1,528,991,920원 포함) 및 방위세 283,502,330원(가산세 47,259,645원 포함)을 경정‧고지(이하 ‘이 사건 환급금’이라 한다)과 그 중 46,308,990원에 대하여는 1990. 11. 25.부터, 45,000,000원에 대하여는 1991. 11. 30.부터 각 2004. 1. 27.까지의 기간에 해당하는 국세환급가산금 111,538,000원(이하 ‘당초의 환급가산금’이라 한다)을 원고에게 지급하였다.
• 라. 이에 원고는 이 사건 법인세 경정처분에 불복하여 국세심판원에 취소심판청구를 제기하였는데, 국세심판원은 2005. 5. 4. 가산세부과처분 부분을 취소하고, 본세부과처분 부분에 대한 심판청구는 기각하였다.
• 마. 위와 같이 이 사건 법인세 경정처분 중 가산세부과처분 부분이 취소되자, 피고는 원고에 대한 당초의 환급가산금이 차오에 의하여 지급된 것으로서 환수되어야 한다고 판단하고, 2006. 6. 9. 원고에 대하여 당초의 환급가산금 111,538,000원의 환수처분을 하였다.
• 바. 위 환수처분의 취소를 구하는 이 사건 소송이 당심에 계속되던 중, 피고는 이 사건 환급금에 대한 가산금의 기산종료일이 2004. 1. 27.이 아니라 2003. 12. 31.이라는 이유로 그 기간에 해단하는 환급가산금 306,800원을 감액하기로 하고, 2008. 10. 23. 당초의 환수금액 111,538,000원을 111,231,200원(111,538,000 - 306,800, 이하 ‘이 사건 환급가산금’이라 한다)으로 감액하는 처분을 하였다(2006. 6. 9.자 당초의 환수처분 중 감액되고 남은 111,231,000원의 환수처분을 아래에서는 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4호증, 을 제1 내지 5호증, 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자의 주장 ⑴ 피고의 주장 피고는 다음과 같은 이유에서 이 사건 처분은 관련법령에 따른 것으로 적법하다고 주장한다. ㈎ 이 사건 재평가세는 구 조세감면규제법 제5조의2에 따라 적법하게 납부한 세금으로서 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 부과가 취소된 경우에 해당하지 않는다. ㈏ 이 사건 재평가차액에 대하여 감면된 법인세 등을 과세하면서 동시에 기납부한 이 사건 재평가세를 환급하는 경우 법인세와 재평가세는 서로 밀접한 관련이 있으므로, 그 법인세에 대하여 가산세를 징수하지 아니하는 기간에 대하여는 환급가산금도 발생하지 않는다. ⑵ 원고의 주장 원고는 다음과 같은 이유에서 이 사건 처분은 법적 근거도 없이 국세기본법 제52조 제1호 에 정면으로 위반되는 것이므로 위법하다고 주장한다. ㈎ 이 사건 재평가세의 경우 당초에는 법률상 원인이 존재하였으나 그 후에 법률상 원인을 흠결하게 되어 피고가 2004. 1. 17. 이 사건 재평가세부과처분을 직권으로 취소하였는바, 이 사건 재평가세의 납부는 ‘초과납부’에 해당하므로 국세기본법 제52조 제1호 에 따라 그 납부일 다음날부터 국세환급가산금을 지급하여야 한다. ㈏ 가산세와 환급가산금은 그 법적 성질 및 제도의 취지가 판이하게 다른 것이므로 이 사건 법인세 경정처분에 의하여 경정된 법인세 등에 대한 가산세 부담 여부를 이 사건 재평가세부과처분의 취소에 따른 환급가산금에 견련시킬 법률상 근거나 당위성이 없다. ㈐ 국세기본법 제52조 제1호 의 적용에 있어서 납부 당시 위법사유가 존재하는지, 납부 이후에 발생한 후발적 사유로 인해 그 과세처분이 취소되었는지 불문하는 것이고, 설사 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 위법한 납부에 대한 취소의 경우에만 적용된다고 하더라도, 이 사건은 원고의 주식미상장으로 인하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니하게 되는 결과 당초 재평가세의 납부 자체가 소급적으로 위법하게 되는 후발적 경정사유가 발생한 것이므로, 여전히 국세기본법 제52조 제1호가 적용괴어야 한다. ㈑ 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 국세환급금을 지급할 경우 그 법률개정일 다음날로부터 환급가산금을 가산하여야 하는 국세기본법 제52조 제5호 는 국가가 기존의 법률이 부당하다는 반성적 고려에 의하여 기존에 납부된 세액을 돌려주고자 스스로 법률을 개정한 경우의 환급금 계산에 관한 규정이므로 이 사건 재평가세의 환급에는 적용될 수 없다.
• 나. 관계 법령 국세기본법 제51조 (국세환급금의 충당과 환급) 국세기본법 제52조 (국세환급가산금) 국세기본법 시행령 제30조 (국세환급가산금의 결정) 조세감면규제법 제56조의2 (기업공개시의 재평가특례) 조세감면규제법 시행령 제66조 (기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 조세감면규제법 시행령 제109조 (기업공개시 자산재평가에 관한 특례) 자산재평가법 제4조 (재평가일) 자산재평가법 제8조 (재평가차액) 자산재평가법 제9조 (납세의무자) 자산재평가법 제12조 (과세표준) 자산재평가법 제17조 (재평가액등의 결정) 자산재평가법 제18조 (재평가액등의 결정의 효력) 자산재평가법 제38조 (재평가의 제한) 증권거래법 제88조 (유가증권의 상장) 법인세법 제15조 (익금불산입)
• 다. 판단 ⑴ 국세환급금이란 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 ‘부당이득’에 해당하는 것으로서, 환급금에 국세기본법 제52조 에서 정한 기간 동안의 소정의 비율을 곱하여 산정되는 환급가산금은 부당이득에 대한 이자라고 할 것이므로, 환급가산금은 환급금과 별개의 독립한 것이 아니라 환급금 채권ㆍ채무에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고001다60767 판결 등 참조). 한편, 국세기본법 제51조 제1항, 제52조 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의하면 세무서장은 납세의무자가 국세, 가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 오납액, 초과납부액 또는 환급세액이 있는 때에는 즉시 이를 국세환급금으로 결정하여야하고, 아울러 법정기산일과 이율에 따른 국세환급금을 결정하여 국세환급금을 충당 또는 환급할 때에 이에 가산하도록 되어 있다. 위에서 오납액이라 함은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연무효잉에도 불구하고 납부 또는 징수된 세액을 마하고, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, 환급세액은 적법하게 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말하므로, 오납액과 초과납부액 및 환급세액은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당한다. 그러므로 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 오납액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수 시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되며, 환급세액의 경우에는 각 개별 세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것이다. 그리고 환급가산금은 위 각 국세환급금이 확정되면 그 환급금액에 대하여 국세기본법 제52조 및 같은 법 시행령 제30조 제2항에서 정한 기산일과 이율에 따라 당연히 확정된다(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체 판결 참조). ⑵ 이 사건에 관하여 보건대, ① 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 ‘부당이득’에 해당하고, 환급가산금은 부당이득반환채무에 대한 법정이자의 성격을 가지는 점, ② 오납액과 초과납부액은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 부존재 또는 당연무효이거나 당초부터 위법사유가 존재하여 취소 또는 경정될 운명에 처해 있는 신고 또는 부과처분에 기초하여 납부된 세액이어서 과세관청이 오납액과 초과납부액을 보유하는 것에 대하여 납부 당시부터 법률상 원인이 없다고 보아야하므로 이를 환급함에 있어서는 납부일 이후의 법정이자를 지급하는 것이 부당이득반환의 법리에 부합한다고 할 것이나, 납부의 기초가 된 처분 등에 관하여 당초에는 위법사유가 전혀 없었으나 신고 또는 부과처분 이후에 사정이 변경됨에 따라 당초의 신고 또는 부과처분의 효력이 그대로 유지될 수 없어 그 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정되는 경우에는 과세관청이 그 납부세액을 보유하는 것에 대하여 납부 당시부터 법률상 원인이 없다고 보기는 어려운 점, ③ 국세기본법 제52조 제1호 에서 열거하고 있는 ‘착오납부ㆍ이중납부 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금’이란 같은 법 제51조 제1항 소정의 오납액이나 초과납부액에 해당하는 환급금을 예시한 것으로 보이는데, 앞서 본 바와 같이 납부의 기초가 된 처분 등이 나중에 경정 또는 취소된 경우에도 처분 당시부터 위법사유가 존재하는 경우와 처분 당시에는 위법사유가 전혀 없었으나 사정의 변경에 의하여 취소 또는 경정되는 경우가 있고 위 두 가지의 경우는 납부세액의 보유 원인을 달리하므로, 같은 법 제52조 제1호에서 ‘납부의 기초가 된 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 당초부터 위법사유가 있어 경정되거나 취소됨으로 인한 국세환급금’을 의미하는 것이고 당초에는 위법사유가 없었으나 후발적으로 사정이 변경됨에 따라 당초의 신고 또는 부과처분을 경정 또는 취소한 경우까지 의미하는 것은 아니라고 해석함이 상당한 점(같은 법 제52조 제3, 5호에서 적법하게 납부된 후 국세의 감면이나 법률이 개정된 경우에는 환급가산금의 기산일을 감면 결정일이나 개정 법률의 시행일로 정하고 있는 점에 미루어 볼 때, 같은 법 제52조 제1호에서 열거하고 있는 환급금은 납부의 기초가 된 신고 또는 부과처분에 위법사유가 있는 것을 전제로 하고 있다고 볼 수 있다), ④ 자산재평가법에 의한 이 사건 재평가세부과처분은 구 조세감면규제법 제56조의2 제1항 본문의 규정에 근거한 것으로서 적법한 부과처분이었으나, 원고 스스로 조세감면규제법 및 그 시행령 등 관련법령의 개정에 따른 유예기간인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니함에 따라, 이 사건 자산재평가는 구 조세감면규제법 제56조의 2 제1항 단서에 의하여 자산재평가법에 의한 재평가로 볼 수 없게 됨으로써{여기서 “이미 행한 재평가를 자산개평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다”는 의미는 재평가 주체인 법인이 한 자산재평가 행위 자체가 없었던 것으로 되는 것은 아니고, 더구나 그에 터잡아서 한 회계처리와 세무신고의 효력 등이 부인되거나 재평가 전 장부가액으로 당연히 환원된다는 것이 아니다(대법원 1994. 3. 8. 선고 93누18112 판결 참조). 따라서 자산재평가에 따라 형성된 기존의 법률관계에는 변동이 없는 것이 원칙이지만, 자산재평가법에 의한 재평가를 전제로 형성된 법률관계에는 영향을 미치게 되어 그 법률효과가 변동된다} 자산재평가법에 의한 재평가임을 전제로 이루어진 이 사건 재평가세부과처분의 효력이 더 이상 유지될 수 없게 되었을 뿐이고, 이 사건 재평가세부과처분에 있어서 주식미상장의 법적 성격은 민법상 해제조건이고, 해제조건 있는 법률행위는 조건이 성취한 때로부터 그 효력을 잃게 되는 점(민법 제147조 제2항 참조)을 고려할 때, 이 사건 재평가세부과처분에 따른 조세채권ㆍ채무관계는 주식미상장이라는 해제조건이 성취됨으로써 ‘그 때부터’ 효력을 잃게 되었다고 할 것이고, 따라서 피고가 이 사건 재평가세의 납부일 다음날부터 조건 성취 직전까지 이 사건 재평가세액을 보유하는 것이 법률상 원인이 없다고 볼 수는 없고, 다만 주식미상장이라는 해제조건의 성취로 인하여 그 때부터 법률상 원인이 없게 되는 것에 불과하므로, 이 사건 재평가세부과처분이 처분 당시로 소급하여 위법하게 된다고 볼 수는 없는 점, ⑤ 피고가 이 사건 재평가세부과처분을 직권취소한 것은 그 처분이 당초부터 위법한 것이어서 그 오류를 바로 잡는다는 반성적 고려에서 이루어진 것이 아니라, 주식미상장이라는 후발적 사유가 발생하여 과세관청으로서는 재평가차액의 익금산입에 따른 법인세를 경정하기 위하여 이와 양립할 수 없는 이 사건 재평가세부과처분의 효력을 상실시킬 수밖에 없고, 이와 같은 사정의 변경에 따라 과세처분의 효력을 재조정할 수밖에 없는 불가피한 측면에서 이루어진 점, ⑥ 자산재평가차액에 대하여 부과되는 자산재평가세와 법인세는 그 법적 성격과 부과근거가 전혀 다른 것이기는 하지만, 모두 자산재평가차액의 발생이라는 과세요건 사실을 기초로 하고 있고 다만 주식미상장이라는 해제조건의 성취 여부에 따라 자산재평가차액에 대한 법적 평가가 달라져서 당초에는 자산재평가법에 따라 적법하였던 자산재평가세부과처분이 해제조건의 성취로 말미암아 효력이 소멸하는 대신 법인세법의 규정에 따라 법인세가 부과되게 된 것이므로, 주식미상장이라는 후발적 사유의 발생을 법률의 개정과 동일시 할 수는 없으나, 후발적 사유의 발생으로 말미암아 자산재평가차액에 대하여 적용할 법률이 달라지는 사정을 고려할 때, 국세기본법 제52조 제5호 소정의 ‘적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금’과 유사한 점, ⑦ 자산재평가세와 법인세가 그 과세요건과 적용 법률을 달리하지만, 자산재평가차액을 과세대상으로 하는 점에 있어서는 과세의 기초가 동일하고 해제조건의 성취 여부에 따라 그 적용법조와 과세표준 및 세액이 달라지는 것이며, 과세관청으로서는 주식미상장이라는 해제조건이 성취되기 전에는 기존의 적법한 자산재평가세부과처분을 직권으로 취소하고 법인세를 부과할 수는 없고, 해제조건이 성취되어 당초의 자산재평가세부과처분을 취소하고 새로이 법인세를 부과하는 것은 형식에 있어서는 전혀 별개의 처분이나 실질에 있어서는 처분의 동일성이 인정되는 과세처분의 증액경정과 유사하므로, 해제조건의 성취로 인하여 부과하는 법인세에 대하여 조건성취 이전의 기간에 상응하는 가산세를 부과하지 못하는 이상, 취소되는 자산재평가세부과처분에 기초하여 납부한 세액을 환급함에 있어서도 조건 성취 이전의 기간에 상응하는 환급가산금을 지금하지 아니하는 것이 형평의 원칙에 부합하는 점 등을 종합하면, 이 사건 환급금에 대하여는 해제조건이 성취되어 이 사건 재평가세부과처분의 효력이 상실된 날인 2003. 12. 31.까지는 환급가산금이 발생하지 아니하고 그 다음날인 2004. 1. 1.부터 환급가산금이 발생한다고 봄이 상당하다. ⑶ 소결 따라서, 피고가 이 사건 환급금에 대하여 이 사건 재평가세액의 납부일 다음날부터 2003. 12. 31.까지의 기간 동안에 환급가산금이 발생한 것으로 보아 원고에게 이 사건 환급가산금을 환급한 것은 착오에 기한 것이라고 할 것이므로, 이 사건 환급가산금 상당액을 환수하기 위한 조치로서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 한 원고의 청구는 이유 없다 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.