개정법률이 전문개정인 경우 종전 부칙도 실효됨이 원칙이나 특별한 사정이 있는 경우 그 효력이 상실되지 않음

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다. 청구취지 및 항소취지 제1심 판결을 취소한다. 피고가 2004. 1. 17. 원고에 대하여 한 1990사업연도 귀속 법인세 1,054,950,494원의 부과처분 중 142,509,166원을 초과하는 부분 및 1990사업연도 귀속 방위세 268,401,178원의 부과처분 중 32,158,485원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문에 첨부된 별지 ‘관계 법령’을 별지와 같이 새로이 첨부하고, 제1심 판결문 5쪽 6줄부터 9쪽 9줄까지 사이에 설시된 이 사건 부과처분의 적법 여부에 대한 판단 부분을 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

• 가. 조세법률주의 위배 여부

(1) 기업공개시의 재평가특례와 관련된 감면규정의 개정경과 구 조세감면규제법은 우량주식의 공급확대를 통해 자본시장이 건전하게 발전할 수 있도록 지원하기 위하여 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가 요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하고자, 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되면서 제56조의2(이하 편의상 ‘종전의 제56조의2’라 한다)를 신설하여 그 제1항에서 “ 증권거래법 제88조 제1항 의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.”고 규정하였는데, 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의 평가차익과는 달리 법인의 소득금액계산상 익금에 산입되지 아니하고, 또한 재평가 이후의 각 사업연도 소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감각상각비나 양도차익 등을 산정하게 된다. 구 조세감면규제법 중 개정법률(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것)은 종전의 제56조의2를 삭제함과 아울러 위 규정에 의하여 이미 재평가를 실시한 법인을 규율하기 위하여 경과규정인 부칙 제23조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)를 두었는데, 제1항은 ‘종전의 제56조의2에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’고, 제2항은 ‘재평가를 한 법인이 제1항의 기간 이내에 재평가를 취소하는 경우에는 각 사업연도소득에 대한 법인세를 재계산하여 재평가를 취소한 날이 속하는 사업연도분 법인세 과세표준신고와 함께 신고ㆍ납부하여야 한다’고 규정하였고, 구 조세감면규제법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정되어 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정되기 전의 것) 제66조는 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 “법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제23조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 기간’이라 함은 5년을 말한다.”고 규정하였다. 그 후 1993. 12. 31. 법률 제4666호 전문 개정되어 1994. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법(이하 ‘전문 개정된 조세감면규제법’이라 한다)은 부칙 제2조에서 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.”는 ‘일반적 적용례’를 두면서도 종전의 제56조의2 내지 이 사건 부칙규정에 대하여는 별도의 경과규정을 두지 아니하였다. 한편, 전문 개정된 조세감면규제법이 시행된 이후에도 구 조세감면규제법 시행령 등은 여전히 이 사건 부칙규정을 모법으로 하여 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’에 대하여 이를 순차적으로 ‘8년’(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 전문 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), ‘10년’(1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령 제109조), ‘11년’(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), ‘13년’(2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조), ‘2003년 12월 31일까지의 기간’(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조)으로 각 연장하는 내용의 규정을 두었다.

(2) 이 사건 부칙규정의 효력 상실 여부 법률의 개정시에 종전 법률 부칙의 경과규정을 개정하거나 삭제하는 명시적인 조치가 없다면 개정 법률에 다시 경과규정을 두지 않았다고 하여도 부칙의 경과규정이 당연히 실효되는 것은 아니지만, 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하므로 종전의 법률 부칙의 경과규정도 실효된다고 보는 것이 원칙이지만 특별한 사정이 있는 경우에는 그 효력이 상실되지 않는다고 보아야 할 것인바(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등 참조), 여기에서 말하는 ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에서 종전의 법률 부칙의 경과규정에 관하여 계속 적용한다는 별도의 규정을 둔 경우뿐만 아니라 그러한 규정을 두지 않았다고 하더라도 종전의 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포함된다고 할 것이고, 이 경우 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어서는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전박적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 부칙규정은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 제56조의2가 삭제되면서 위 규정에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 상장기한에 대하여만 대통령령에 구체적으로 위임하였으므로, 전문 개정된 조세감면규제법에서 이 사건 부칙규정을 계속하여 적용한다는 내용의 경과규정 등을 주지 않더라도 이미 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보아 전문 개정된 조세감면규제법은 이에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 것으로 보이는 점, 전문 개정된 조세감면규제법의 시행으로 인하여 이 사건 부칙규정의 효력이 1994. 1. 1자로 상실되는 것으로 본다면 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시한 법인에 대하여는 사후관리가 불가능하게 되는 법률상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여는 이미 실시한 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고 그 평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나(이 사건 부칙규정 제1항의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면(이 사건 부칙규정 제2항의 실효), 이는 종전의 제56조의2에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 조세공평주의 이념에 반하게 되는 점, 반면에 종전의 제56조의2에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 이 사건 부칙규정을 적용하여 과세를 하더라도 이를 두고 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 헤친다고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부칙규정은 전문 개정된 조세감면규제법의 시행에도 불구하고 실효되지 않았다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2006두19419 판결 참조). 그렇다면 이 사건 부칙규정이 유효하다고 보아 위 부칙규정 및 이를 모법으로 한 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조에 근거한 이 사건 부과처분은 적법하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 결국 이유 없어 이를 받아들이지 아니한다. {한편 원고는, 위 시행령상의 규정으로 인하여 결과적으로 법인세의 부과제척기간이 약 15년 이상 연장되었는바, 이는 납세의무자의 법적 지위를 지나치게 장기간 불안정하게 만들고 그 수단이 비례의 원칙에 현저히 반하므로, 위 시행령상의 규정은 위헌이라는 취지로도 주장하나, 조세법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속한다고 할 것이고(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두13076 판결 등 참조), 종전의 제56조의2 규정의 취지 및 원가주의에 입각하여 법인세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인과의 조세공평주의 원칙에 비추어 보더라도 상장시한을 수차례에 걸쳐 연장하는 것이 현저히 불합리하거나 부당한 것으로는 볼 수 없으므로, 위 주장 역시 이유 없어 받아들이지 아니한다.}

• 나. 제척기간 도과 여부 국세기본법 제26조의2 는 ‘국세부과의 제척기간’이라는 제목으로 그 제1항에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 ‘부과할 수 있는 날’부터 5년간으로 규정하고 있다. 구 법인세법 제9조 제2항, 구 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제5호에 의하면 자산재평가법에 의하지 아니한 자산의 임의평가차익은 당해 법인의 소득을 계산함에 있어 익금에 산입되는 반면, 자산재평가법에 의한 재평가차액은 구 법인세법 제15조 제1항 제5호 에 의하여 익금에 산입되지 않으나 종전의 제56조의2에 따라 자산재평가를 한 법인이 이 사건 부칙규정 제1항 소정의 ‘대통령령이 정하는 기간’인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 경우에는 이 사건 부칙규정 제1항에 의하여 그 자산재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에 따라 비로소 그 재평가차액이 익금에 산입되어야 하는 점, 따라서 과세관청으로서는 위 기간이 도래하기 전까지는 당해 법인이 주식을 상장하지 않고 있다고 하더라도 그 재평가차액을 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하여 당해 사업연도의 법인세를 부과할 수는 없었던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙규정 제1항에 따른 법인세(부가세인 방위세를 포함한다)를 부과할 수 있는날은 2004. 1. 1.로 보아야 한다(위 대법원 2006두 19419 판결 참조). 따라서 2004. 1. 17.에 이루어진 이 사건 부과처분은 5년의 제척기간내에 이루어진 것이어서 적법하다고 할 것이고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없어 받아들이지 아니한다.
• 다. 과세요건 해당 여부 이 사건 부칙규정 제23조 제1항은, ‘… 재평가일로부터 대통령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.’라고만 규정하고 있을 뿐, 주식을 상장하지 아니하는 경우의 전제요건으로 ‘납세자의 귀책사유가 있을 것’을 규정하고 있지는 아니하다. 또한, 가사 납세자의 귀책사유로 인하여 상장을 하지 아니한 경우에 한하여 자산재평가법에 의한 평가로 보지 아니한다고 위 규정을 한정ㆍ해석한다고 하더라도, 갑 제4 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태면, 원고 회사는 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였다가 1993. 6.경 상장요건에 대한 증권감독원의 감리결과 원고 회사의 감사보고서 중 임원의 퇴직급여충당금을 과대 계상하는 등 분식회계 사실이 있음을 지적받은 사실, 그 후 원고 회사는 지적사항 중 일부에 대하여는 외부감사심사위원회에서 그 적정성을 인정받고 위 퇴직급여충당금 문제에 대하여는 이를 수정하는 등으로 1993. 12.경 무렵 상장요건을 갖추었으나, 그 무렵 스스로 주식상장을 철회한 사실을 알 수 있는바, 이러한 점에 비추어 보았을 때, 원고 주장과 같이 정부가 주식시장의 과잉 공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하였다는 등의 사정을 십분 고려하더라도 그러한 사정만을 들어 최종 상장시한인 2003. 12. 31.까지 주식 상장을 하지 못한 데에 원고 자신에게 전혀 귀책사유가 없었다고는 단정할 수 없고, 그 밖에 원고가 아무런 귀책사유 없이 주식을 상장하지 못하였음을 인정할 만한 자료도 없다. 따라서 원고의 위 주장 역시 이유 없어 받아들이지 아니한다.
• 라. 신의칙 위반 여부 앞서 본 바와 같이 조세감면규제법 시행령과 조세특례제한법 시행령이 수회에 걸쳐 개정되면서 주식의 상장기간이 연장된 것은, 기업공개에 따른 주식물량의 과다공급으로 주식시장에 미치는 파급효과를 고려한 측면 외에, 한편으로는 재평가특례 규정에 의하여 자산재평가를 한 법인의 사정 등을 종합적으로 고려한 것으로 보인다. 그러나 상장기간이 수년간 연장된 사정이 있었다 하더라도 이를 두고 장래에 계속적ㆍ항시적으로 상장기간을 연장하겠다거나 기업공개시의 재평가특례규정을 근거로 자산재평가를 한 법인에 대하여 구 조세감면규제법에 따라 법인세를 부과하지 않겠다는 신뢰관계가 원고와 정부 및 피고에게 형성되었다고 할 수는 없다. 따라서 2001. 12. 31. 개정된 조세제한특례법 시행령에서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시한 후 더 이상 상장기간을 연장하지 않았다고 하여 원고가 신의칙 위반을 주장할 수는 없는 것이므로, 위 주장 역시 이유 없어 받아들이지 아니한다.

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 어느 모로 보나 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.