세금계산서를 수취하지 아니하여 공제받지 못한 매입세액을 손금불산입할 수 있는지 여부

• 가. OO지방국세청장은 청구법인에 대하여 법인세 조사를 실시한바, 청구법인이 2003사업연도~2005사업연도 중 일반과세자인 17개 사업체로부터 재화 및 용역으로 공급받고도 세금계산서 등의 증빙을 수취하지 아니하고 대금을 지급한 1,805,666,991원에 대하여 당초 착오로 지급액 전액(공급대가)을 손금추인 하였다가 2007.10.31. 동 금액의 110분의 100에 상당하는 164,151,548원(이하“쟁점금액”이라 한다)을 과다하게 손금추인 한 것으로 보아 손금불산입 하도록 처분청에 통보하였다.
• 나. 처분청은 OO지방국세청장의 과세자료에 의하여 2008.2.1. 청구법인에게 법인세 2003 사업연도 분 38,573,070원, 2004 사업연도 분20,430,00원, 2005 사업연도 분 9,025,290원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.14. 이의신청을 거쳐 2008.8.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 2003사업연도에 OOO김에 지급한 광고선전비 185,240천원과 2004사업연도에 OOOO개발주식회사에 지급한 공사비 68,000천원에 대하여는 당초 계약서상에 부가가치세를 별도로 명시하고도 공급가액만 지급하였고, 2004~2005사업연도에 OO유통 대표 OOO에게 지급한 20,713천원과 OOO무역 대표 문OO에게 지급한 1,000천원은 판매장려금으로서 부가가치세 과세대상거래에 해당되지 아니한다. 또한 2003사업연도~2005사업연도 중 OO송 대표 이OO에게 166,000천원의 상품대금과, OO패션 대표 문OO에게 1,103,972천원, OO사 대표 유OO에게 90,000천원의 임차료를 지급하면서 관행상 부가가치세를 제외한 공급가액으로 지급하였다. 이와 같이, 청구법인이 지출한 매입대금은 관행적으로 부가가치세를 지급하지 않았기 때문에 거래처로부터 세금계산서를 수취하지 못하여 부가가치세가 포함되지 않은 금액임에도, 처분청이 쟁점금액을 부가가치세 매입세액 상당액으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인이 재화나 용역을 공급받을 때 거래징수당한 부가가치세 매입세액은, 부가가치세가 면제되거나 법인세법시행령 제22조 에 해당하는 경우의 세액을 제외하고는 이를 법인의 손금에 산입하지 아니하는 것이다. 청구법인은 몇몇 거래처에 지급한 대금에 대하여 공급가액 상당액만 지급하고 부가가치세를 지급하지 아니하였다거나 판매장려금 등으로 지급하여 쟁점금액을 부가가치세 상당액으로 보아 손금불산입 하는 것은 부당하다고 주장하나, 이를 뒷받침할만한 객관적인 증빙이 없어 청구주장은 신빙성이 없다. 따라서 청구법인이 재화나 용역을 공급받으면서 거래징수 당한 부가가치세로서 세금계산서를 수취하지 아니하여 공제받지 못한 매입세액에 대하여 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액 상당액을 부가가치세 상당액으로 보아 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제21조 【제세공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사 업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다) (2) 법인세법시행령 제19조 【 손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비 는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

5의 2. 특수관계자로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 고정자산 가액이 제89조 제1항 ․ 제2항의 규정에 의한 가액(이하 이 호에서 “시가”라 한다)에 미달하는 경우 다음 각호의 금액에 대하여 제24조 내지 제34조의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비상당액

• 가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이
• 나. 실제 취득가액이 시가에 미달하는 경우에는 실제 취득가액과 장부에 계상한 가액과의 차이

8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 부가가치세법 제17조의 2의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)

17.제1호 내지 제16호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제22조 【부가가치세매입세액의 손금산입 등】① 법 제21조 제1호에서 “기타 대통령령이 정하는 경우의 세액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의 규정에 의한 비영업용소형승용자동차의 유지에 관한 매입세액(제31조 제2항의 규정에 의한 자본적지출에 해당하는 것을 제외한다)

2. 부가가치세법 제17조 제2항 제3호 의 2의 규정에 의한 매입세액

3. 기타 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액으로서 재정경제부령이 정하는 것 (3) 법인세법시행규칙 제11조 【부가가치세매입세액의 손금산입】 영제22조 제1항 제3호의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는 매입세액은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 부가가치세법 제32조 제1항 의 규정에 의한 영수증을 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액

2. 부동산임차인이 부담한 전세금 및 임차보증금에 대한 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 및 OO지방국세청의 조사종결복명서에 의하면, 청구법인은 OO특별시 OO구 OO동 60-23번지에서 1999.5.15.부터 남성의류제조 ․ 도소매업을 영위해 온 법인으로서 직영매장, 임대(수수료)매장 및 임차매장의 3개 유형으로 업체를 운영하는 법인이다. 또한 처분청은 2007.10.31. OO지방국세청장으로부터 청구법인의 2003~2005사업연도 법인세에 대한 당초 조사결정시 청구법인이 OO패션 대표 김OO 등 17개 업체로부터 1,805,666천원 상당의 부가가치세 과세대상 재화 및 용역을 공급받고 세금계산서 등 적법한 증빙을 수취하지 않았는데, 동 거래에 대하여 공급가액기준으로 손금추인 할 것을 공급대가 기준으로 손금추인하여 쟁점금액 상당액을 과다하게 손금추인 하였으니 이를 손금불산입하여 재경정하라는 과세자료를 통보받고 청구법인에게 이 건 법인세를 결정고지하였다.

(2) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구법인의 손금추인액은 당초 경정시 4,899,920,555원이나 재경정시 정정된 손금추인액은 4,735,769,007원으로서 차액은 164,151,548원이며 그 내역은 판매수수료 1,974천원, 임차료 110,399천원, 의류수선비 40천원, 관리비 2,475천원, 광고선전비 22,893천원, 상품 18,006천원, 소모품비 161천원, 원재료비 8,101천원, 잡비 102천원이다.

(3) 청구법인이 관행상 공급가액 상당액은 지급하고 부가가치세는 지급하지 아니하였다고 주장하는 내용을 보면, 먼저, 청구법인이 2003사업연도에 OOOO김에 지급한 광고선전비 185,240,000원과 2004사업연도에 OOOO개발주식회사(대표 박OO)에 지급한 공사비 68,000,000원에 대하여, 청구법인은 계약서에 부가가치세를 별도로 명시하고서도 공급가액 상당액만 지급하였다고 주장하며 제시한 광고대행계약서는 청구법인이 2003.7.24. OOOO김과 약정한 것으로 기재되었으며, 대금의 청구와 지급(제7조)은, 갑(청구법인)이 을(OOOO김)에게 대행의뢰하여 집행된 광고에 대한 광고비와 제작비는 을이 세금계산서를 발행하여 갑에게 지급하고, 을은 광고비와 제작비를 집행 월의 월말 기준으로 갑에게 청구하고, 청구를 받은 갑은 익월 이내에 해당하는 금액을 현금으로 을에게 지급하여야 한다는 내용으로 기재되어 있으며, 계약금액은 명시되지 않고 첨부물로 “견적/거래명세표”가 첨부되어 있는데 이 거래명세표에는 부가가치세 18,524천원은 별도로 기재되어 있고, 청구법인의 날인과 무인이 찍혀 있으며, OOOO김은 싸인과 무인이 찍혀있다. OOOO김의 확인서(2006.11.7.)에는 2003.9.4.~2004.8.31. 기간에 청구법인에게 카리스마 카탈로그를 촬영제작하면서 제작비 185,240천원을 수령하였다는 내용으로 기재되어 있고 인장 날인없이 무인이 찍혀 있다. 한편, 청구법인이 위 지급하지 않았다는 부가가치세를 장부상 부채로 지급한 사실은 찾아 볼 수 없다. 또한, OOOO개발주식회사를 수급인으로 한 계약서는 계약일자는 없고, 청구법인이 OOOO개발주식회사와 에스컬레이트건축공사를 계약금액 54,000천원, 공급가액, 54,000천원은 부가가치세 5,400천원으로 나타나며 청구법인의 대표이사는 김OO이나 계약서에는 김OO로 기재되어 있고 청구법인이 지급하지 않았다는 위 부가가치세를 장부상 부채로 지급한 증거는 찾아 볼 수 없다.

(4) 다음으로, 청구법인은 2004사업연도~2005사업연도에 의류소매업체인 OO유통 대표 전OO에 지급한 20,713,000원과 에이디무역 대표 문OO에게 지급한 1,000,000원은 판매장려금이므로 부가가가치세 과세대상 거래에 해당하지 않는다고 주장하나, 처분청이 국세전산망 등을 조사한 기록에 의하면, 같은 기간 중 OO유통은 청구법인으로부터 물건을 매입한 사실이 없고, OOO무역의 매입액은 654천원에 불과한 바, 청구법인이 지운유통 등에 지급한 금액은 판매장려금인지 청구법인의 의류를 판매대행한 용역의 지급대가인지는 불분명하다.

(5) 또한, 청구법인은 2003사업연도부터 2005사업연도에 OO송 대표 이OO에게 166,000,000원의 상품대금을, 이우패션 대표 문OO에게 1,103,972,000원, OO사 대표 유OO에게 90,000,000원의 임차료를 지급하면서 관행상 부가가치세를 제외한 공급가액으로 지급하였다고 주장하며 제시한 건물임대차계약서(2004.8.1.)에는 청구법인의 대표이사 김OO이 유남희로부터 OO특별시 OO구 OO동 60-27번지 소재 건물을 보증금 없이 월임대료 10,000천원으로 2004.8.1.부터 2005.2.15.까지 임대한 것으로 기재되어 있고 부가가치세의 별도 지급에 대하여는 언급이 없다. 또한 수첩메모사본에는 2004.9.15. 유OO(또는 대리인)가 9월분 10,000천원, 2004.10.15. 10월분 10,000천원, 2004.11.15. 11월분 10,000천원, 2004.12.15. 12월분 10,000천원, 2005.1.17. 1월분 10,000천원, 2005.2.14. 2월분 10,000천원, 2005.3.16. 3월분 10,000천원을 수령한 것으로 기재되어 있다. OO패션 이OO과 2002.7.30. 체결한 것으로 기재된 전세계약서는 청구법인이 2002.7.30.부터 12개월간 이OO으로부터 OO특별시 OO구 OO동 60-27번지 103호 점포를 전세보증금 150,000천원, 월세 40,000천원에 임차하는 내용이고 부가가치세에 대하여는 언급이 없으며, OO패션 이OO의 사실확인서(2006.10. 조사공무원이 징구)에 의하면, 이OO이 2003.1.1.부터 2005.4.30.까지 청구법인에게 OO특별시 OO구 OO동 60-27번지 소재 점포를 임대하고 총임대료 1,144,472천원(공급가액 1,040,429,099원)을 수령하였으나, 부가가치세 신고시 공급가액 40,500천원을 신고하여 차액 999,929,099원을 제세신고 누락하였음을 확인한 것으로 나타난다. (6) 법인세법 제21조 는, 제세공과금 중 부가가치세의 매입세액의 경우 부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 원칙적으로 손금불산입하는 것으로 규정하고 있고, 동조를 위임받은 법인세법시행령 제22조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제11조는, 부가가치세법상 비영업용 소형승용자동차의 유지에 관한 매입액과 접대비 이와 유사한 비용에 지출된 매입세액 및 당해 법인이 부담한 사실이 확인되는 매입세액, 일반과세자 중 영수증교부대상자로부터 교부받은 거래분에 포함된 매입세액으로서 매입세액공제대상이 아닌 금액에 한하여 이를 손금에 산입하도록 규정되어 있다.

(7) 살펴 보건대, 청구법인은, OOOO김 및 OOOO개발주식회사에 광고선전비 또는 공사비용을 지급하면서 부가가치세는 지급하지 않았다고 주장하나, 계약상 명확한 금액이 나타나지 아니하거나 부가가치세에 대하여 장부상 부채로 계상한 사실도 없고, 2004사업연도 ~2005사업연도에 의류소매업체인 지운유통 대표 전OO에게 지급한 20,713,000원과 에이디무역 대표 문OO에게 지급한 1,000,000원은 판매장려금이라고 주장하나, 같은 기간 중 OO유통은 청구법인으로부터 매입액이 없고 OOO무역의 매입액은 654천원에 불과하여 청구법인이 이들에게 지급한 금액이 판매장려금인지 아니면 청구법인의 의류를 판매대행한 용역에 대한 대가인지는 불분명하다. 또한 청구법인은 2003사업연도부터 2005사업연도에 OO송 대표 이OO에게 166,000,000원의 상품대금을 OO패션 대표 문OO에게 1,103,972,000원, OO사 대표 유OO에게 90,000,000원의 임차료를 지급하면서 관행상 부가가치세를 제외한 공급가액으로 지급하였다고 주장하나, 계약상 “부가가치세 별도‘ 등의 약정이 없는 등 위 지금액이 공급가액만인지는 확인되지 아니한다. 덧붙여 청구법인이 제시한 서증들은 상거래와 관련된 법률행위문서인데도 계약일자가 없거나 날인 없이 무인만 찍히거나 심지어 청구법인의 대표이사 이름도 상이한 점 등을 고려하면 위 서증들의 진정성도 신뢰하기에 부족하다. 따라서 청구법인이 제시한 자료만으로 청구법인이 주장하는 거래사실들에 대하여 거래처에 대하여 공급가액만을 지급하고 부가가치세액 상당액은 지급하지 아니하였다는 등의 이유를 들어 쟁점금액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.