가공세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 ○○(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 매입하는 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하고, 2002.8.9. 쟁점거래처가 발행한 공급가액 5,762,858,182원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 2002.2기 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

○○국세청장이 2006.6월 쟁점세금계산서를 위장가공자료로 통보함에 따라, 처분청은 쟁점세금계산서를 조사하여 ○○ 20백만원을 제외한 5,742,858,182원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 위장거래로 보아 2007.10.3. 청구법인에게 2002.2기분 부가가치세 1,237,585,930원 및 2002.4.1~2003.3.31. 사업연도 법인세 114,857,160원(증빙미수취가산세)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서는 정상 세금계산서로서 조세범처벌법 위반으로 고발되었던 쟁점거래처가 검찰에서 무혐의로 불기소 결정되었고, 쟁점세금계산서가 허위자료라는 쟁점거래처의 대표이사 유○○의 진술내용은 사실이 아니며, 쟁점거래의 사실 여부를 판단함에 있어 중요한 증빙인 계약서가 있고 대금 지급이 청구법인 발행 어음으로 확인됨에도 부수 자료에 불과한 견적서가 없고 검수조서가 부실하게 기재되었다는 이유로 거래 사실을 부인하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점세금계산서는 2005.2.16. 처분청의 요청에 따라 ○○ 과세쟁점심의위원회에서 정상거래로 결정된 세금계산서로서 이를 번복하여 과세하는 것은 중복조사금지의 원칙에 위반된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 검찰이 쟁점거래처를 불기소 결정하였다고 하여 쟁점거래처의 대표이사 유○○국세청장의 세무조사에서 쟁점세금계산서를 가공거래라고 한 진술을 허위라고 보기 어렵고, 청구법인은 다른 업체의 견적서는 제시하면서 정작 중요한 쟁점거래처의 견적서는 제시하지 못하였으며, 검수조서는 담당자 서명이 없고 품명, 수량 등이 형식적으로 기재되었고, 청구법인이 제시한 계약서와 대금지급 자료는 거래를 사실로 위장하기 위한 허위자료로 보이는 한편, 과세쟁점위원회의 결정은 쟁점거래처를 조사하고 내린 결정이 아니며, 유○○은 쟁점거래처의 대표이사로서 중요성이 인정되는 자이고 쟁점세금계산서중 인력기술지원 거래를 인정하면서 쟁점금액을 선별하여 부인하여 신빙성이 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 세무조사시 쟁점거래처의 대표이사 유○○이 쟁점금액의 거래를 부인한 진술은 국세기본법 제81조 의 4의 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하므로 중복조사 금지의 원칙에 위배되지 아니한다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점세금계산서가 쟁점거래처로부터 물품 등을 구입하고 수취한 정당한 세금계산서인지 여부

(2) 이 건 과세처분이 중복조사금지원칙에 위반되는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

(2) 국세기본법(2007.12.31, 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제81조의 4 【세무조사권 남용 금지】

② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1999.11.1. 설립된 소프트웨어 개발·공급업체로서, 2002.5.22. ○○와 물품 및 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하고, 2002.8.9. 물품 등 공급을 완료하여 2002.8.22. 대금 6,510백만원을 수령한 사실이 관련 계약서, 납품인수확인서, 청구법인의 예금통장 사본 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 ○○와의 하드웨어 구매 소프트웨어 사용에 대한 기본계약서 및 보충계약서, 쟁점거래처와의 물품공급계약서, 관련업체 견적서, 견적비교표, 납품확인서, 검수조서, 발행어음 목록 및 사본 등을 증빙으로 제시하며, 쟁점세금계산서가 ○○에 납품할 물품 등을 쟁점거래처로부터 매입하고 수취한 정당한 세금계산서라고 주장하므로 이를 살펴본다.

1. 쟁점거래처의 대표이사 유○○은 2006.7.24. ○○이 실시한 쟁점세금계산서와 관련한 세무조사에서, 쟁점세금계산서의 금액중 인력기술지원 대가 20백만원을 제외한 금액은 실제 거래가 아니며, 쟁점거래처가 ○○(주)(2002.8.13, 950백만원) 및 ○○로부터 받은 세금계산서는 허위이고, 청구법인이 2002.8.26. 쟁점세금계산서의 대금 6,339,144천원을 쟁점거래처로부터 회수하여 ○○에 1,045백만원을 지급하였다고 진술하여 쟁점금액이 사실과 다른 세금계산서임을 확인한 바 있고, 쟁점거래처는 2006.4.10. 성남세무서에 부가가치세 수정신고를 하면서 쟁점금액을 허위매출로 신고한 사실이 확인된다.

2. 청구법인은 다른 업체들의 견적서는 제시하면서 정작 중요한 쟁점거래처의 견적서는 제시하지 못하였으며, 검수조서는 담당자 서명이 없고 품명, 수량 등이 형식적으로 기재되었다.

3. 청구법인이 쟁점금액의 지급증빙으로 제시한 어음 40매(6,339,144천원)는 청구법인이 쟁점거래처를 수취인으로 기재하여 발행한 어음들로서, 발행일(2002.8.26)과 만기일(2002.8.30)이 동일함에도 1,017원부터 1,159,540,910원까지의 금액으로 분할하여 발행한 것으로 볼 때, 쟁점거래처가 거래사실을 인정한 인력기술지원 대가(22백만원)와 동일한 금액의 어음 1매(22백만원)를 제외한 39매의 어음(6,317,144천원)은 쟁점거래처가 아닌 별도의 거래처에 지급하기 위해 발행한 것으로 보인다.

4. 쟁점세금계산서 관련 물품 등은 쟁점거래처가 ○○로부터 매입하였다고 신고하였으나, ○○의 조사결과 쟁점거래처를 포함한 선행단계의 모든 거래가 가공거래로 확정되어 해당 업체들이 관할 세무서에 수정신고하고 해당 세액을 납부한 사실로 볼 때, 청구법인과 쟁점거래처 사이에 작성된 물품공급계약서, 검수조서, 합의서는 실제 거래로 가장하기 위한 허위 자료로 보인다. (다) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 쟁점세금계산서의 공급가액 중 쟁점금액은 쟁점거래처로부터 매입한 거래로 보이지 아니하므로 이에 상당하는 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입한 풀품 등을 쟁점거래처는 ○○으로부터 매입하였다고 주장하였으나, ○○에 대한 법인세 조사시 쟁점거래처와 ○○과의 거래까지 가공거래로 확정하여 자료를 파생하였다. 처분청은 2005년 1월 쟁점거래에 대한 조사에 착수하여, 2005.2.16. ○○에게 쟁점거래가 위장거래에 해당되어 매입세액이 불공제되는 거래인지 여부를 과세쟁점으로 하여 질의하였고, ○○은 2005.2.24. 과세쟁점심의위원회 심의결과 청구법인이 쟁점거래처로부터 교부받은 매입세금계산서는 정상적인 거래에서 발생한 것으로서 매입세액공제가 정당하다는 의견표명을 하여, 처분청은 2005.3.4. 청구법인에게 심의결과를 회신하고 조사를 종결하였다. (나) 이후, 2006.4.10. 쟁점거래처가 쟁점금액 상당액을 허위매출로 수정 신고함에 따라, ○○국세청은 2006년 6월부터 쟁점거래와 관련하여 쟁점거래처를 조사하였고, 2006.7.24. 쟁점거래처의 대표 유○○이 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 진술하기에 이르러, 2006.7.25. 중부지방국세청장이 쟁점거래처를 조세범처벌법 제11조 의 2의 세금계산서 교부의무 위반으로 고발하였음이 확인된다. (다) 그렇다면, 쟁점거래는 비록 처분청이 과세쟁점심의위원회 심의를 거쳐 정상거래라고 통보하였으나, 그 후에 별도의 경로를 통하여 정상거래가 아니라는 쟁점거래처 대표의 진술과 부가가치세 수정신고 등의 새로운 자료가 발생하였던 바, 이는 국세기본법 제81조 의 4에서 규정한 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당되므로, 이 건 처분이 중복조사금지의 원칙에 위반되는 것으로 보이지 아니한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.