약국을 단독사업자로 본 과세처분에 대하여 공동사업자로 운영했다는 주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2004. 8. 2. 청구외 곽○○ 소유의 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 0000번지에 소재하는 상가 건물 1층 42평(이하 “쟁점 1건물”이라 한다)를 보증금 3억원, 월 임차료 12백만원으로 임차하는 것으로 임대차계약을 체결하고 2004. 9.24. 동 소재지에서 “○○○ ○○○ ○ ․ ○○○”라는 상호로 건강기능식품 소매업을 개업한 후 2004.10.15. 쟁점 1건물 중 36평(이하 “쟁점 2건물”이라 한다)을 청구인과 김○○이 공동으로 운영하는 “○○○ ○○○ ○○”(“쟁점사업”이라 한다)에 보증금 5억원에 전대하고, 2005.3.15. 쟁점1건물 중 3평(이하 “쟁점3건물”이라 한다)를 구○○에게 보증금 5천만원에 전대하는 것으로 부동산전대계약을 체결하였다. 이후 청구인이 건물주 곽○○에게 임차료를 지급하고 2004년 2기 12백만원, 2005년 1기부터 2006년 2기까지 각 기별로 72백만원씩 합계 3억원 상당의 세금계산서(“이하 쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구인이 쟁점사업을 김○○과 공동으로 운영한 것이 아니라 단독으로 운영한 것으로 보고 쟁점세금계산서 관련 매입세액 중 쟁점사업에 해당하는 매입세액을 부가가치세과세 및 면세(조제)사업으로 안분계산한 후 면세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2007.11.2. 청구인에게 부가가치세 2004년 2기 978,130원, 2005년 1기 7,158,830원, 2005년 2기 6,100,850원, 2006년 1기 6,761,560원, 합계 20,999,370원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 청구외 김○○은 각각 90%(청구인 4억 5천만원) 및 10%(김○○ 5천만원)씩 지분을 투자하여 쟁점사업을 공동사업하기로 하고, 청구인이 임차한 쟁점 1건물 중 쟁점 2건물을 김○○외 1인의 공동사업용으로 전대하였음에도 처분청은 청구인이 쟁점사업을 단독으로 운영하는 것으로 보아 쟁점사업장에 해당하는 임차료를 양약판매수입액과 양약조제수입액으로 안분계산하여 조제수입액(면세)에 대응하는 임차료에 상당하는 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 약사인 청구인이 4억 5천만원을 투자하고 김○○이 5천만원을 투자하여 공동사업을 운영하기로 하면서 청구인이 공동사업자에게 쟁점 2건물을 임대보증 5억원에 전대하였으므로 결국 청구인이 부담한 전대보증금(4억 5천만원)으로 임대보증금 3억을 충당한 것이 되며, 심판청구일까지 동업자계약서 ․ 실질투자내역 ․ 투자금의 사용처 현황 ․ 공동사업소득분배내역 등을 제시하지 아니하고, 청구인이 공동사업자인 김○○에게 공동사업소득에 관계없이 매월 150만원씩 지급하고 있는 사실로 보아 청구인이 쟁점사업을 단독으로 운영한 것으로 보이고, 청구인이 건물주 산부인과 의사 곽○○와 쟁점건물을 임차하는 것으로 임대차계약을 체결하여 직접 약국을 개업하는 경우 약사법상 “담합행위”문제가 발생하므로 이를 피하기 위하여 청구인이 공동사업자에게 쟁점건물을 전대하고 공동사업자가 쟁점사업을 공동으로 운영하는 형식을 취한 것으로 보이므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점사업장(약국)을 단독 운영한 것으로 보아 쟁점사업장이 사용한 면적에 상당하는 임차료중 쟁점사업장의 조제수입(부가가치세 면세)부분의 임차료에 대한 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 4.제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ------------ 총공급가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 김○○과 쟁점사업을 공동으로 운영하였음에도 처분청이 쟁점사업을 청구인이 단독운영하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 청구인은 2004.9.22. 쟁점 1건물 내에서 건강기능식품을 소매하는 “행복이 열리는 샾 ․ 아이비”를 개업하는 것으로 사업자등록하였으나, 2004.10.15. 김○○이 쟁점사업장을 행복이 열리는 약국으로 사업자등록한 후 2005.1.3. 청구인과 공동사업자로 사업자등록을 정정한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 건물주 곽○○로부터 쟁점1건물을 임대보증금 3억원, 월 임차료 12백만원에 임차하여 그 중 쟁점 2건물을 양약소매업을 공동으로 운영하는 청구인 및 김○○에게 임대보증금 5억원에 전대하고, 쟁점 3건물을 유아용품 도소매업자 구○○에게 보증금 5천만원에 전대하였으며, 청구인이 나머지를 건강기능식품 소매업으로 사용하고 있는 것으로 부동산임대차계약서, 부동산전대계약서 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구인은 김○○이 청구인에게 전대료 5억원을 지급하지 아니하여 전대계약이 이행되지 아니하였으며 보증금 5억원 중 50백만원만 투자비명목으로 청구인에게 지급하였고, 청구인은 김○○에게 투자비의 일정부문의 이익금을 품위유지비로 매월 150만원씩 현금으로 지불하였다는 확인서를 처분청에 제출한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(5) 건물주 곽○○는 산부인과 의사로 쟁점 1건물이 속한 건물 내에서 산부인과 병원을 개원하고 있는 바, 곽○○가 산부인과 병원을 개원하고 있는 쟁점 1건물 내에서 다른 사업자가 사업을 운영함이 없이 즉, 상권이 형성되지 아니한 상태에서 청구인만이 약사로서 부동산임대차계약을 체결하여 약국을 개설하는 경우 약사법상 약국의 병원건물 내 입점으로 “담합행위”에 해당되나, 병원건물 내에서 다수의 사업자가 임차하여 사업을 영위하는 상태는 “담합행위”에 해당하지 아니하므로 처분청은 청구인이 형식상으로 전대계약서를 작성하여 공동으로 쟁점사업장을 영위한 것처럼 하였을 뿐 실제로는 청구인이 단독으로 쟁점사업을 운영하였다는 의견이다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구인은 쟁점사업을 김○○과 공동으로 운영하였다고 주장하면서도 심판청구일까지 공동사업에 따른 동업자계약서 ․ 공동 투자액 명세 ․ 투자금의 사용처 ․ 투자금의 조달 내역 ․ 공동사업이익의 정산 및 분배에 대한 자료를 제시하지 아니하는 점, 청구인이 김○○에게 공동투자에 대한 분배금이 아니라 일정금액을 지급하고 있는 점 등을 미루어 보면 쟁점사업은 사회통념상 청구인이 단독으로 운영하였다고 보여져 공동사업을 운영하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. 따라서, 처분청이 쟁점사업장에 대한 임대료를 과 ․ 면세 안분계산하여 면세분 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.