개별공시지가가 없어 감정가액으로 양도가액을 산정하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1994.10.14. 취득한 ○○광역시 ○○구 ○○동 725-3 답 5,202㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 2001.5.2. 토지구획정리사업법에 의하여 같은 구 ○○지구 ○○블럭 1롯트 3,079.584㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)로 환지받은 후, 2002.5.11. 쟁점토지를 양도하고 종전토지의 2001.1.1.기준 개별공시지가(고시일자 2001.6.30.)인 ㎡당 99,700원을 적용하여 2002.7.12. 및 2002.9.30. 2회에 걸쳐 양도소득세 131,953,560원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 국세심판원이 종전토지 등이 포함된 ○○시 ○○구 ○○지구 등 일대 7개 토지구획정리사업지구를 하나의 사업지구로 보아 단계적으로 개발하는 대규모 개발사업지구에 해당한다고 결정함(국심 2001중370, 2001.6.8.)에 따라 쟁점토지가 주거지역에 편입된 날(1998.6.12.)부터 3년이 지나서 양도하였으나 대규모 개발사업지구에 편입된 농지이고, 2002.5.22. 청구인이 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 51과 같은 곳 51-2 소재 농지를 취득하여 농지의 대토에 의한 비과세 양도소득에 해당한다고 보아 2003.4.21. 비과세 결정(환급세액 144,119,740원)하였다.
• 다. 그 후 국세심판원은 위 원당지구를 포함한 7개 사업지구는 각각 독립된 사업지구로서 대규모 개발사업지구에 해당되지 않는다고 변경 결정하였고(국심 2004중55, 2004.11.16. 합동회의 외), 대법원도 국세심판원 결정과 같은 취지로 판결(대법원 2006두17888, 2007.1.25.)함에 따라, 처분청은 쟁점토지에 대하여 비과세 결정을 취소하고 쟁점토지에 대하여 2001.5.2. 환지예정지 지정으로 토지의 지목 등이 현저히 달라져 종전토지의 개별공시지가를 적용하는 것이 불합리한 경우로서 개별공시지가가 없는 토지에 해당한다고 보아 2 이상의 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가한 ㎡당 319,000원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 적용하여 양도가액을 982,387,296원으로 결정하여 2007.9.6. 청구인에게 2002년 귀속 양도소득세 288,453,990원을 결정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지에 대한 매매계약시 농지의 대토는 비과세에 해당한다고 하기에 계약조건이 만족스럽지 아니하였으나 과세와 비교할 때 크게 손해가 나지 아니하여 공공사업에 협조한다는 차원에서 매매계약을 체결하고 양도하였으며, 처분청도 쟁점토지의 양도에 대해 양도소득 비과세로 결정하고 기납부한 세액을 환급까지 하였는데, 그 이후 대법원 판결 등을 이유로 소급하여 기 결정한 사항을 번복하고 이 건 양도소득세를 고지하는 것은 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙에 반할 뿐만 아니라 불복청구를 한 자는 비과세로 인정하고 똑같은 사안에 대해 불복절차를 거치지 아니한 자에 대하여만 결정을 번복한 것은 국세행정의 형평성에 반하는 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다. 청구인은 쟁점토지에 대해 종전토지의 개별공시지가를 적용하여 기준시가로 적법하게 양도소득세를 신고하였고 처분청도 당초 신고한 기준시가를 인정하여 비과세로 결정하였음에도 불구하고 이 건 과세처분 때는 종전토지의 기준시가가 불합리하다 하여 당초 적용한 기준시가를 부인하고 환지 후 평가한 쟁점감정가액을 적용하여 양도가액을 결정한 것은 소급과세금지원칙에 반하여 부당하다
• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 양도는 농지의 대토에 의한 비과세 양도소득에 해당하지 아니하므로 처분청이 기 비과세결정을 하였다 하더라도 이를 양도소득세 비과세 결정의 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려워 이 건 처분은 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙 등에 반하는 처분으로 볼 수 없다. 또한, 환지예정지로 지정된 토지를 양도한 경우 그 양도가액은 환지예정지에 대하여 양도당시 공시된 개별공시지가 및 면적에 의하여야 할 것이나 양도일 현재 공시된 개별공시지가가 없는 경우에는 세법상 평가한 가액에 의하는 것인 바, 개별공시지가가 없는 환지예정지 토지에 대하여 처분청이 2개의 감정평가기관의 감정가액의 평균액으로 산출한 금액으로 양도가액을 결정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점토지에 대한 이 건 과세처분이 국세기본법상 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙에 위배되는지 여부

② 환지예정지인 쟁점토지의 양도에 대해 개별공시지가가 없어 토지소재지 관할 세무서장이 2개 감정평가기관에 의뢰하여 평가한 감정가액으로 양도가액을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법시행령 제153조 【농지의 비과세】

② 법 제89조 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우

④ 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 동 각항에 규정된 농지에서 제외되는 농지는 다음 각호와 같다.

1. 양도일 현재 특별시․광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도․농복합형태의 시의 읍․면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 되는 농지를 제외한다.

• 가. 사업지역내의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 당해 농지에 대하여 환지처분이전에 농지 외의 토지로 환지예정지의 지정이 있는 경우로서 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (3) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토 지 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. (4) 소득세법시행령 제164조 【토지․건물의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 토지와 지목․이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정평가기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정평가기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.

2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지

3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지

4. 개별공시지가의 결정․고시가 누락된 토지(국․공유지를 포함한다) (5) 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. (6) 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석․적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득․수익․재산․행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 우리 심판원은 쟁점토지 소재지인 ○○지구 등을 포함한 7개 토지구획정리사업지구를 하나의 사업지구로 보고 단계적으로 개발하는 대규모 사업지구에 해당한다고 결정하였다가(국심 2001중370, 2006.6.8.), 국세심판관 합동회의에서 위 7개 사업지구는 각각 독립된 사업지구로서 대규모 개발사업지구에 해당되지 않는다고 변경 결정하였으며(국심 2004중55, 2004.11.16. 합동회의), 이에 대하여 대법원도 대규모 개발사업지구에 해당하지 아니한다고 판결하였다(대법원 2006두17888, 2007.1.25.) (나) 이 건 과세 경위(과정)를 살펴보면, 청구인은 2002.5.11. 환지예정지인 쟁점토지를 양도하고 종전토지의 기준시가(2001년 개별공시지가 ㎡당 99,700원)를 적용하여 양도소득세 131,953,560원을 신고·납부하였고, 2003.4.21. 처분청은 당초 우리 심판원이 쟁점토지 소재지의 농지 등에 대해 대규모 개발사업지구에 편입된 농지로 결정함에 따라 쟁점토지에 대하여 양도소득 비과세 결정(환급)하였다가, 그 후 국세심판관 합동회의 및 대법원에서 동 지구에 대해 대규모 개발사업지구에 해당하지 아니한다고 결정함에 따라 당초 비과세 결정을 취소하면서, 쟁점토지가 환지예정지로 지목 등이 현저히 달라지고 개별공시지가가 고시되지 아니하였다 하여 2개 감정평가기관의 감정가액으로 평가한 쟁점감정가액(㎡당 319,000원)을 적용하여 산정한 금액인 982,397,296원을 양도가액으로 결정하여 이 건 양도소득세를 결정고지하였다.

(2) 먼저, 이 건 과세처분이 국세기본법상 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙에 위배되는지 본다. (가) 청구인은 처분청이 당초 국세심판원의 결정에 따라 대규모 개발사업지구에 편입된 농지에 해당한다고 보아 비과세 결정하였다가, 그 후 국세심판원 및 대법원이 동 토지의 소재지를 대규모 개발사업지구에 해당하지 아니한다고 결정을 번복함에 따라 비과세 결정을 번복하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 국세기본법상 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙에 위배되는 위법·부당한 처분이라고 주장한다. (나) 그러나, 국세심판관 합동회의와 관련된 법원의 판결에 의하면, 검단지역 등 7개 지역 토지구획 정리사업지구 내에서의 토지 양도 중 8년 이상 자경한 농지에 대하여 적법하게 감면요건을 갖춘 것으로 판단하여 과세하다가 2003년 10월 경부터 감면요건을 갖추지 못한 것으로 해석을 변경하여 청구인에게 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있으나 청구인의 경우 이와 같은 법 해석의 변경이 있기 전에 과세요건이 종결된 상태였다는 점에 관하여 이를 인정할 증거가 없어 이 사건 처분이 소급하여 과세된 것이라고 할 수 없고(서울고등법원 2005누26573, 2006.10.18. 같은 뜻임), 우리 심판원이 이 사건 토지 외에 다른 토지에 관하여 위 7개 지구 토지구획정리사업과 관련하여 8년 이상의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 인정한 바 있더라도 이를 들어 청구인에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 감면하겠다는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려우므로 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다고 볼 수 없다(인천지방법원 2005구합580, 2005.9.22. 같은 뜻임)고 판결하였다. 따라서, 이 건 과세처분이 국세기본법상 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙에 반한다고 볼 수 없으므로 이 부분에 대한 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점토지의 양도가액 산정시 종전토지에 대한 2001.1.1. 현재의 개별공시지가를 적용할 것인지, 아니면 소재지 관할 세무서장이 2개의 감정평가기관에 평가를 의뢰하여 산정한 감정가액을 적용할 것인지 이에 대하여 본다. (가) 농지이던 종전토지에 대해 청구인이 환지예정지인 쟁점토지로 환지받기로 한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 양도당시 종전토지의 개별공시지가는 고시되었으나 쟁점토지의 개별공시지가는 고시되지 아니한 사실에 대하여 다툼이 없다. (나) 청구인은 처분청이 당초 청구인이 신고한 기준시가(2001.1.1. 기준 종전토지의 개별공시지가)를 인정하여 비과세로 결정하였다가, 동 결정을 번복하고 과세하면서 쟁점토지의 감정가액으로 양도가액을 산정하여 과세하는 것은 소급과세금지 원칙에 반하여 부당하다고 주장한다. (다) 그러나, 어떤 토지에 대하여 환지예정지로 지정되면 그 소유자는 종전토지에 대한 사용수익권을 잃고 환지예정지를 소유자와 동일하게 사용수익할 권리를 취득하며, 환지가 확정되면 환지예정지의 토지소유권을 종전토지에 갈음하여 취득하게 되는 것으로 환지예정지가 지정된 상태에서 이를 매매의 목적물로 삼을 때에는 일반적으로 종전토지의 위치와 평수는 고려의 대상이 되지 아니하고 환지예정지의 위치와 평수에 의하여 그 매매가격이 결정되는 것이 보통인 만큼, 양도차익 산출을 위하여 취득시 또는 양도시의 기준시가를 평가함에 있어서도 종전토지를 기준으로 할 것이 아니라 환지예정지를 기준으로 하여야 할 것이다(대법원90누1410. 1990.7.10.). (라) 또한, 종전토지와 쟁점토지는 그 면적·위치 및 지목이 서로 다르고, 품위 또는 정황 등이 서로 달라 경제적·물리적으로 동일한 토지로 볼 수 없으므로 쟁점토지의 양도에 대하여 종전토지에 대하여 고시되어 있던 개별공시지가를 적용하는 것은 타당하다고 보기 어렵다(대법원88누11346, 1989.10.13. 같은 뜻임). (마) 환지예정지로 지정된 토지의 양도시 기준시가는 양도일 현재 고시되어 시행되는 개별공시지가를 적용하되, 당해 토지의 개별공시지가가 없는 경우에는 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목의 단서 규정 및 소득세법시행령 제164조 제1항 의 규정에 의하여 평가한 가액을 기준시가로 적용하는 것인 바(국심 2004전648, 2004.8.10. 같은 뜻임), 쟁점토지의 경우 환지예정지 지정을 전·후하여 토지의 형상이나 면적 등이 달라졌고, 양도당시 환지예정지에 대한 개별공시지가가 고시되어 있지 아니하므로 소재지 관할 세무서장이 2개의 감정평가기관에 평가를 의뢰하여 산정한 감정가액을 양도시의 기준시가로 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.