신축주택취득기간 이후 사용승인을 받았어도 신축주택감면대상에 해당됨

○○세무서장이 2007.9.1. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 59,337,160원은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2001.6.21. 경기도 ○○시 ○○동 813 ○○주공아파트 재건축 주택조합과 조합원 자격으로 분양계약을 체결하여, 2003.12.15. 사용승인을 받은 위 같은 곳 소재 ○○○○○○○아파트 112동 1404호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받아 2006.11.13. 양도하고, 2007.1.29. 처분청에 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정에 근거하여 양도소득세 59,965,003원의 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택의 경우 그 사용승인일이 2003.12.15.로써 자기가 건설한 신축주택의 양도소득세 과세특례요건인 ‘2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(이하 “신축주택취득기간”이라 한다) 내에 사용승인’을 받지 못하였다는 이유로 양도소득세 과세특례규정의 적용을 거부하고, 2007.9.1.청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 59,337,160원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 재건축주택조합 조합원인 청구인이 당해 주택조합으로부터 취득한 주택으로서, 청구인은 조세특례제한법상 신축주택취득기간(2001.5.23.~2003.6.30) 내인 2001.6.21. 당해 주택조합과 조합원 분양계약을 체결하고 계약금 7,140,000원을 납부하였으며, 당해 주택조합은 조합원들에게 분양하고 남은 잔여주택을 위 신축주택취득기간 중 조합원 외의 자와 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 납부 받은 사실(잔여주택 일반분양: 2001.5.29.~5.31)이 있으므로, 비록 쟁점주택이 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 되었다 하더라도 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례규정이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택은 청구인이 조합원의 지위에서 분양받은 것이므로 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 의 규정에 의하여 신축주택취득기간(2001.5.23.~2003.6.30)내에 사용승인을 받았어야 그 양도소득세에 대한 과세특례 규정을 적용 받을 수 있는 바, 위 신축주택취득기간 경과후인 2003.12.15. 사용승인을 받았으므로 양도소득세 과세특례규정의 적용대상이 아니다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○ 조세특례제한법시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

⑤ 법 제99조의3제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택이 첫째, 경기도 ○○시 ○○구에 소재하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니하는 서울, 과천, 5대신도시 지역 외의 지역에 소재하는 사실, 둘째, 양도소득세, 비과세 대상에서 제외되는 고가주택에 해당하지 아니하는 사실, 셋째, 청구인이 신축주택취득기간 내에 조합원분양계약을 체결(2001.6.21)하고 계약금을 납부한 사실, 넷째, 쟁점주택의 사용승인을 신축주택취득기간을 경과하여 받은(2003.12.15) 사실, 다섯째, 재건축조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여주택에 대하여 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자에게 일반 분양(2001.5.29.~5.31)을 한 사실이 있는 점에 대하여는 청구인과 처분청간 다툼이 없다.

(2) 청구인은 재건축주택조합의 조합원으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합과 분양계약을 체결하고 계약금을 납부하였고, 주택조합은 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있으므로, 쟁점주택이 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 되었다 하더라도 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례규정이 적용되어야 한다고 주장하고, 처분청은 청구인이 조합원의 지위에서 쟁점주택을 분양받은 것이므로 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 의 규정에 의하여 신축주택취득기간 내에 사용승인 되었어야 그 양도소득세에 대한 과세특례 규정을 적용받을 수 있으나 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 되었으므로 그 양도소득세 과세특례규정의 적용대상이 아니라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우’라는 제목으로, “2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 ‘신축주택취득기간’이라한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 은 위 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ‘주택조합 등’이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ‘잔여주택’이라 한다)으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택’을, 그 제2호에서 ‘조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한 한다’라고 각 규정하고 있는 바, 위 법 제99조의 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급 분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다 하겠다(대법원 2007두146, 2008.5.29. 외 다수 같은 뜻).

(3) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인이 재건축주택조합의 조합원으로서 취득한 쟁점주택이 신축주택취득기간이후인 2003.12.15. 사용승인 되었다 하더라도, 재건축주택조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간 내인 2001.5.29.부터 2001.5.31. 사이에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 소정의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.