쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것도 아닌 바, 처분청의 조사자료만으로는 쟁점거래가 실물거래 없는 가공거래라고 단정하기 어려움.
쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것도 아닌 바, 처분청의 조사자료만으로는 쟁점거래가 실물거래 없는 가공거래라고 단정하기 어려움.
○○세무서장이 2007.10.8. 청구인에게 한 1999.1기분 부가가치세 13,650,170원 및 2000.1기분 부가가치세 11,236,500원의 부과처분은 이를 취소한다.
청구인은 1992.9.21～2002.3.31. 기간중 ○○시 ○○구 ○○동 1277-6에서 전자기기 시험연구 서비스업체인 ○○○○를 운영하던 사업자로서 1999.1기 및 2000.1기중 ○○통신(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 50,650천원 및 45,000천원 합계 95,650천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하였다.
○○세무서장이 2005.11.1. 쟁점거래처에 대한 자료상 조사시 청구인에게 쟁점세금계산서에 대한 소명을 요구한 후, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공세금계산서라고 통보함에 따라 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여, 2007.10.8. 청구인에게 1999.1기분 부가가치세 13,650,170원 및 2000.1기분 부가가치세 11,236,500원 합계 24,886,670원을 경정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.13. 심판청구를 제기하였다.
① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제85조의 3 【장부등의 비치 및 보존】
① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.
(1) 청구인은 1999.1기 및 2000.1기에 쟁점거래처로부터 50,650천원 및 45,000천원의 세금계산서를 각각 수취하고 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였으나, ○○세무서장이 쟁점세금계산서를 가공혐의 자료로 통보하여 처분청이 이 건 과세하였다.
(2) 처분청이 제출한 조사복명서, 고발서 등의 자료에 의하면, (가) ○○세무서장은 2006.6~12월 기간중 쟁점거래처를 조사하여, 쟁점거래처의 1999.1기~2002.2기의 총매출 11,519백만원 중 33%인 3,856백만원이 가공거래이고, 총매입 12,769백만원중 28%인 3,616백만원이 가공거래로서, 2007.2.27. 쟁점거래처의 대표자 최
○○ 을 자료상 행위자로 고발하였다. (나) ○○세무서장은 쟁점거래처의 매출처중 ○○주식회사 등을 위 자료상 고발시 범죄일람표에 포함하고 관할세무서에 자료상 확정자료로 통보하였으나, 청구인 등에 대해서는 소명되지 않았거나 소액이라는 이유로 가공혐의 자료로 통보하였고, 쟁점거래처의 대표이사 최○○은 1999년부터 2001.10월경까지 실제로는 영업사원으로 근무하였고 그 당시의 합계표에서 △△△△와 □□□□을 제외한 업체와는 실거래하였다고 진술하였다. (다) 청구인은 2005.11.1. 조사관서로부터 쟁점세금계산서 수취경위 조회서를 받아, 전자파장해검정시험 자료 등을 제출하였으나 조사관서의 인정을 받지 못하였고, 이후 처분청에 전자파적합시험서류, 매출매입장, 쟁점거래처의 인터넷 인증현황 검색결과, 계좌입출금내역 등을 제출하였으나 적정한 증빙으로 인정받지 못하였다.
(3) 청구인은 2007.10.8.자 이 건 과세처분이 국세기본법상 장부보존기간 및 부과제척기간 5년을 경과하여 위법․부당한 처분이라고 주장하므로 이를 살펴본다. (가) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 의하면, 납세자가 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제받는 경우’에는 10년의 국세부과제척기간을 적용하도록 하고 있는 바, 납세자가 자료상으로부터 가공의 자료를 수취하여 관련 매입세액을 공제받은 경우에는 ‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제받는 경우’에 해당되어 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당할 것이며, 아울러, 과세관청의 조사 등에 의하여 재화나 용역을 공급받은 사업자가 자료상 행위를 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자와의 매입거래가 가공거래가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 매입거래에 따른 세금계산서를 수취하여 관련매입세액을 공제한 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠다. (나) 국세기본법 제85조 의 3 제2항은 납세자가 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보존기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 세금계산서를 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는 등 당해 세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다. (다) 이 건의 경우, 쟁점거래처가 자료상 행위를 한 혐의로 관할 경찰서에 고발된 것은 사실이나, 쟁점세금계산서는 조사관서의 고발대상에서 제외된 것으로 나타나고, 그 조사시점은 2005.11.1.로서 이 건 1999.1기 및 2000.1기 부가가치세의 일반적인 부과제척기간 및 장부와 증빙자료의 보존기간 5년(2004.7.25. 및 2005.7.25)이 이미 경과된 시점이며, 조사관서나 처분청이 쟁점거래처나 청구인으로부터 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발행되었음을 시인하는 내용의 확인서를 받거나 금융자료 등 쟁점세금계산서가 가공자료임을 확신하기에 충분한 정도의 자료를 확보하여 과세한 것도 아닌 바, 이와 같은 경우에는 처분청의 조사자료만으로는 쟁점거래가 실물거래 없는 가공거래라고 단정하기 어려운 것으로 보인다.
(4) 따라서, 처분청이 쟁점거래를 실물거래가 없는 가공거래로 보아 청구인에게 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.