지정지역내 공익사업용 토지를 실지거래가액으로 예정신고 후 확정신고기한 경과후 기준시가 신고가능 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2002.6.10. 경기도 ○○○ 임야 462㎡ 88/462지분 합계 2필지 1,014㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하였고, 쟁점토지가 ○○○ 택지개발사업에 편입되어 ○○○에 수용됨에 따라, 2006.12.5. ○○○에 쟁점토지를 양도한 다음, 2007.2.28. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 납부를 하였다. 청구인은 확정신고 기한(2007.5.31.) 경과 후인 2007.6.21. 처분청에 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고 납부한 양도소득세액과의 차액 49,069,330원을 환급해달라는 경정청구를 하였다. 처분청은 2007.8.9. 예정신고 및 확정신고한 경우 확정신고기한이 경과한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제85조 과세특례에 관한 내용을 간과하여 실지거래가액으로 과세표준 및 세액을 신고․납부하였는 바, 청구인은 경정청구 기간 내에 경정청구를 하였으므로 경정청구 거부처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 확정신고 기한 후에 경정청구를 하였는 바, 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의하여 예정신고 및 확정신고한 경우 확정신고기한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다.

• 가. 쟁 점 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한 다음, 확정신고기한이 도과한 이후에 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우

○ 조세특례제한법 제85조 (2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것)【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】 거주자가 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조 의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.6.10. 취득한 쟁점토지가 ○○○ 택지개발사업에 편입되어 ○○○에 수용됨에 따라, 2006.12.5. 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 예정신고하였다가, 확정신고기한 경과 후 양도차익을 기준시가로 계산하여 예정신고․납부한 양도소득세액과의 차액 49,069,330원을 환급해달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 예정신고 및 확정신고한 경우 확정신고기한이 경과한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다하여 이를 거부한 사실이 경정청구서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 후, 경정청구 기간 내에 경정청구를 하였으므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도한 경우에도 공익사업용으로 수용(양도)되었다면 조세특례제한법 제85조 본문의 규정에 따라 기준시가로 양도가액 및 취득가액을 산정할 수 있다 할 것이나, 같은 법 단서에서는 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 토지가 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되었다 하더라도 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 한다 할 것인 바, 청구인이 지정지역 내에 소재하는 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 다음, 확정신고기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.