경정이 있을 것을 미리 알고 수정 신고한 경우 유보 소득처분이 정당한지 여부

심판청구를 기각 합니다

청구법인은 2001.1.16부터 ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○번지에 소재하면서 건설업을 영위하는 사업체로서, 2003.2기 과세기간중 개인사업자인 강○○(이하“청구외사업체”라 한다)으로부터 공급대가 133,002,100원에 상당하는 가공매입세금계산서(이하“쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여, 쟁점세금계산서상의 공급가액 120,911,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2003사업연도 법인세 신고시 손금산입 하였다. 한편, 청구법인은 2005.6.24.자로 2003사업연도 법인세 신고분을 기존예규 (재경부 법인 46012-164, 2002.10.16)에 따라 수정신고를 하면서 쟁점금액을 익금산입ㆍ유보로 소득처분 하였다. 이에 대해, 처분청은 새로운 예규(법인-1244,2005.6.13)에 근거하여 청구법인의 위 수정신고를 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고’한 것으로 보아 유보처분을 부인하고 쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분한 후 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인이 원천세 수정신고를 하지 않자 2007.5.1 근로소득세 35,389,010원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.7.14. 이의신청을 거쳐, 2007.10.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점금액이 2003년 귀속이므로, 법인세법시행령 제106조 제4항 및 관련예규(재경부 법인 46012-164, 2002.10.16)의 규정과 같이 청구법인의 대표이사가 스스로 쟁점금액을 회사에 입금하고 법인세 수정신고하면서 쟁점금액을 유보로 소득처분 하였음에도, 처분청이 청구법인에게 세무조사 통지를 한 사실도 없이 이를 부인하고 상여로 소득처분하여 근로소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점금액이 2003년 귀속이므로, 2003.12.30. 삭제되기전인 법인세법시행령 제106조 제4항 의 규정을 적용하여 유보로 소득처분한 수정신고내용이 정당하다고 주장하나, 쟁점금액에 대한 수정신고는 처분청이 2005.6.30. 발송한 ‘과세자료 해명 안내문’을 받고 한 것이며, 2005.2.19. 신설된 법인세법시행령 제106조 제4항 단서 규정 및 부칙 제7조 【소득처분에 관한 적용례】의 규정에 비추어 볼 때, 청구법인의 수정신고는 처분청의 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고’한 경우에 해당된다. 따라서, 처분청이 청구법인의 수정신고 시 유보로 소득처분 한 것을 부인하고 대표이사 상여로 소득처분 하여 소득금액변동통지를 한 후 원천세 결정고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청으로부터 “과세자료 해명 안내문”을 받고 수정신고 한 경우가 “경정이 있을 것을 미리알고 수정신고”한 경우에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

② (삭제, 1994. 12.22.)

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제106조 【소득처분】 제4항 연혁

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고 기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000.12.29 신설)

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001.12.31 단서개정)

④ 삭제 <2003.12.30>

④ 내국법인이 국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.2.19 신설)

○ 법인세법 시행령 부칙 <제18706호, 2005.2.19> 제7조(소득처분에 관한 적용례) 제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고 하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 사실관계 (가) 청구법인은 자료상으로 고발된 청구외사업자로부터 2003년 2기 과세기간 중 쟁점금액 상당의 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제하고, 2003사업연도 법인세 신고시 손금에 산입하였으나, 2005.6.24. 이미 신고된 2003년도분 부가가치세 및 법인세를 수정신고하면서 그에 따른 추가로 납부할 세액을 납부한 사실이 국세통합시스템 및 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 청구외사업자로부터 수취한 쟁점금액이 가공매입세금계산서인 사실이 확인되자 대표이사 정○○이 청구법인의 기업은행 예금통장으로 2005.6.21. 90,000천원, 2005.6.22. 43,002천원을 입금하였고, 청구법인은 2003사업연도 법인세 수정신고시 쟁점금액을 익급산입하여 유보로 소득처분 하였다. (다) 청구법인이 유보로 소득처분 한 것에 대해, 처분청은 청구법인이 2005.6.3 처분청으로부터 과세자료 해명 안내문을 통보받은 후에 2005.6.24. 수정신고 하였으므로 ‘ 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서’의 규정에 의거 ‘경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고’한 경우에 해당 되는 것으로 보아 수정신고에 대한 법인세 과세표준 및 세액결정시 쟁점금액을 대표이사 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 원천세 수정신고를 하지 않자 처분청이 청구법인의 대표이사에게 근로소득세 35,389천원을 고지결정한 사실이 확인된다. (라) 청구법인은 쟁점금액이 2003년 귀속이므로 법인세법 시행령 제106조 제4항 (2003.12.30 삭제되기 전 규정) 및 관련예규와 같이 대표이사가 쟁점금액을 청구법인에 입금하고 법인세를 수정신고하면서 유보로 소득처분한 것은 정당하다고 주장하는 바, 관련법령의 연혁을 보면, 법인세법시행령 제106조 제4항 이 2000.12.29 신설되었고, 단서 조항이 2001.12.31. 개정되었다가 2003.12.30. 제4항이 완전 삭제되었으며 다시 2005.2.19. 제4항(내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출 된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다)이 신설되면서, 부칙 제7조(소득처분에 관한 적용례)에서 “제106조 제4항의 개정규정은 이영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다. ⑵ 판단 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때, 법인세법 시행령 제106조 제4항 단서규정에 의하면, ‘세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출 된 금액을 익금산입 하는 경우에는 그러하지 아니하다’ 라고 규정하고 있고 관련 예규에서도 ‘법인이 거래처 확인조사를 받은 후 또는 법인이 관할 세무서장으로부터 가공매입 자료에 대한 과세 자료 소명안내문을 송달받은 후 그 가공매입자료금액 상당액을 회수하고 동 금액을 손금불산입 하여 수정신고 하는 경우 법인세법시행령 제106조 제4항 단서규정에 의해 동 금액을 사내유보로 처분할 수 없고 소득처분을 상여로 한다’고 해석하고 있으며 처분청이 2005.6.3 청구법인에게 ‘과세자료 해명 안내문“을 발송하였음을 볼 때, 청구법인의 수정신고는 법인세법시행령 제106조 제4항 단서규정의 ’경정이 있을 것을 미리 안 경우‘ 에 해당한다고 할 것이므로, 처분청이 쟁점금액을 청구법인의 대표이사에게 상여로 소득처분 하여 소득금액변동통지하고 근로소득세를 결정고지한 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.