가공세금계산서 수취분에 대하여 제3자와의 실거래로 보아 공사원가 인정 여부

2007.9.12. ○○세무서장이 청구법인에게 한 1999사업연도 법인세 201,227,660원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인(○○종합건설주식회사에서 △△△종합건설주식회사로 법인명을 변경함)은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 409-10번지에서 건설/건축공사업을 영위하는 사업자로, 1999년 제2기 부가가치세 과세기간중 ○○시 ○○구 ○○동 7602-3호 ★★공단 132B-5L호에 소재한 주식회사▣▣▣가구(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 282,824천원의 매입세금계산서 9매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 해당 매입세액을 공제하고 동 매입금액을 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 각각 신고하였다. 청구외법인의 관할세무서인 ◎◎◎세무서장은 자료상 혐의자인 청구외법인에 대한 세무조사결과, 쟁점세금계산서의 공급가액 전액을 실물거래없는 가공세금계산서로 확인하여 처분청에 자료 통보하였다. 처분청은 재정세금계산서를 가공매입으로 보아 매입세액 불공제하고 손금불산입하여 2007.9.12. 청구법인에게 1999년 제2기 부가가치세 77,451,350원 및 1999사업년도 법인세 201,227,660원을 결정⋅고지하였다. 청구법인은 위 부과처분 중 1999사업연도 법인세 201,227,660원의 부과처분에 불복하여 2007.10.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 613-6호에 소재한 △△△△주식회사의 ◎◎공장의 보수 및 보강공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 수주받아 이를 당시 미등록사업자인 청구외 ▣▣▣에게 재하청을 주었고, ▣▣▣가 미등록사업자인 관계로 세금계산서를 교부할수 없게 되자 ▣▣▣로부터 청구외법인에서 발행한 쟁점세금계산서를 교부받아 이를 근거로 공사원가에 반영한 바, 하도급자 ▣▣▣에게 공사를 재하청주고 공사대금을 통장에서 인출하여 실제 공사자 등의 표기없이 지급한 사실이 공사하도급계약서, 대금수수 금융자료, 회계처리내역서 등에 의하여 객관적으로 확인되고 있음에도 불구하고, 쟁점세금계산서를 자료상혐의자로부터 받았다는 사실만으로 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공사원가를 부인함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 △△△△주식회사의 도급공사를 직영할 수 없어 미등록사업자인 청구외 ▣▣▣에게 하도급을 주었다고 주장하고 있으나, 청구법인의 1999년 제2기 확정시 총공급가액은 2,007,122천원으로 당시 △△△△주식회사에 발행한 공사매출 공급가액은 879,300천원이고, ▣▣▣에게 하도급한 금액은 341,000천원이므로 청구법인 직접 공사를 시행한 것으로 판단되고, 하도급 업자라고 주장하는 ▣▣▣는 2001.12.4. 사망하여 공사사실을 확인할 수 없으며, 증거자료로 제출한 법인통장출금내역도 수령자가 ▣▣▣라는 증빙자료를 제출하지 못하고 있고, ▣▣▣에게 지급하였다는 어음도 배서내용이 없어 수령자가 확인되지 않는 등 쟁점세금계산서와 직접적으로 관련된 공사대금으로 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 가공매입으로 보아 매입세액 불공제하고 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 △△△△주식회사로부터 공사도급을 받아 미등록사업자인 ▣▣▣에게 재하청을 주어 실제 공사한 사실이 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득⋅수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 1999년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 해당 매입세액을 공제하고 동 매입금액을 손금산입하여 부가가치세와 법인세를 각각 신고하였고, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공매입으로 보아 매입세액 불공제하고 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 부가가치세 및 법인세를 결정고지한 사실이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 △△△△주식회사로부터 쟁점공사를 수주받아 이를 당시 미등록사업자인 청구외 ▣▣▣에게 재하청을 주었고, ▣▣▣가 미등록사업자인 관계로 세금계산서를 교부할 수 없어 ▣▣▣로부터 청구외법인에서 발행한 쟁점세금계산서를 교부받은 것 뿐이고, 하도급자 ▣▣▣에게 공사를 재하청주고 공사대금을 지급한 사실이 확인 하도급계약서, 대금수수 금융자료, 회계처리내역서 등에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서를 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 공사원가를 부인하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 1999.6.1. △△△△주식회사(대표이사: ◎◎◎)와 체결한 건축공사표준계약서에 의하며, 공사명은 △△△△ 공장 보수 및 보강공사, 공사기간은 착공일 1999.6.10.부터 준공일 1999.10.10.까지 120일간, 공사금액은 407,000,000원(공급대가), 시공자 보증인은 ▣▣▣인 것으로 확인된다 (나) 청구법인이 1999.6.2. ▣▣▣와 체결한 건설공사하도급계약서에 의하면, 발주자는 △△△△주식회사, 하도급공사명은 △△△△ 공장 보수 및 보강공사, 공사기간은 착공일 1999.6.10.부터 준공일 1999.9.30.까지, 공사금액은 341,000,000원(공급대가)인 것으로 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점공사대금 341,000천원을 청구법인 명의의 ××은행계좌(○○○-○○○○○○-○○-○○○)에서 1999.8.2. 16,000천원, 1999,8.5. 256,000천원, 1999.8.28. 46,000천원을 각각 인출하여 하도급업자인 ▣▣▣에게 타행권 대체 및 현금으로 지급한 사실이 청구법인의 지출결의서 및 ▣▣▣의 영수증에 나타나 있고, △△△△주식회사가 발행한 약속어음으로 1999.10.20. 5,000천원, 2000.1.20. 18,000천원을 지급한 사실이 청구업인의 지출결의서 및 약속어음사본에 나타난다. (라)위 (다)의 공사대금지급 관련하여 청구법인이 거래처원장 및 계정별원장에 아래와 같이 회계처리한 것으로 확인된다. 일 자 금 액 회 계 처 리 내 용 1999.08.02 1999.08.05 1999.08.28 1999.09.30 1999.10.30 16,000,000 256,000,000 46,000,000 5,000,000 18,000,000 (차)전도금 16,000 (대)예금 16,000 (차)전도금 256,000 (대)예금 256,000 (차)전도금 46,000 (대)예금 46,000 (차)전도금 5,000 (대)받을어음 5,000 (차)전도금 18,000 (대)받을어음 18,000 계 \341,000,000 (단위: 천원) 또한, 전도금 정산내역을 보면, 1999.9.30. 323,000천원을 차변에 공사원가 323,000천원, 대변에 323,000천원으로, 1999.10.31. 18,000천원을 차변에 공사원가 18,000천원, 대변에 전도금 18,000천원으로 아래와 같이 정산처리한 것으로 확인된다. 일 자 금 액 회 계 처 리 내 용 1999.09.30. 1999.10.31 323,000,000 18,000,000 (차)공사원가 323,000 (대)전도금 323,000 (차)공사원가 18,000 (대)전도금 18,000 \341,000,000 (단위: 천원) (마) △△△△주식회사 대표이사 ○○○은 쟁점공사를 청구법인과 공사도급계약을 체결하고, 실제공사는 하도급자인 ▣▣▣가 청구법인으로부터 재하청을 받아 공사하였고, 공사대금 341,000천원은 청구법인의 주거래은행인 ◎◎은행 계좌(○○○-○○○○○○-○○-○○○)에 송금하였다고 진술한 것으로 2007.8.29. 작성한 거래사실확인서에 나타난다. (바) ▣▣▣(2001.12.4. 사망)의 아들 ◎◎◎은 2007.12.3. ▣▣▣가 건설업에 계속 종사하였고, 쟁점공사는 ▣▣▣의 친구인 △△△△주식회사 임원의 배려로 청구법인이 수주하게 되었으며, 그 대가로 ▣▣▣가 청구법인으로부터 하도급을 받아 공사를 하였다고 진술한 것으로 거래사실확이서에 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점공사와 관련하여 △△△△주식회사 및 ▣▣▣간에 각각 원도급계약 및 하도급계약을 체결한 점, 청구법인이 쟁점공사대금을 청구법인 명의의 계좌에서 인출하여 거래처원장 등 장부에 의하여 회계처리한 점, △△△△주식회사 대표이사 ○○○ 및 ▣▣▣의 아들 ◎◎◎이 쟁점공사를 ▣▣▣가 청구법인으로부터 하청을 받아 실제공사를 하였다고 진술한점, 청구법인이 △△△△주식회사로부터 수주한 공사금액은 407,000천원이고 이를 ▣▣▣에게 재하도급한 금액이 341,000천원으로서 66,000천원이 공사이익을 남긴 것으로 보아 정상거래로 보이는 점, 이 건 관세연도가 1999년도로 법정소멸기간의 경과로 공사대금으로 인출된 금액에 대한 금융증비의 제시가 어려운 점, 청구법인이 공사대금 중 23,000천원은 약속어음으로, 318,000천원은 현금으로 지급하였는 바, 이는 면허대여료만 수수하고 직접 시공하지 아니하는 청구법인과 같은 지방소재 종합건설사 업무특성상 공사 관련자나 이해관계인을 나타내지 아니하고 전액 인출하여 처리한다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있는 점 등에 비추어 ▣▣▣가 쟁점공사를 실제 시공한 것으로 보아 쟁점세금계산서상 매입금액을 1999사업연도의 공사원가로 인정하여 법인소득금액계산상 손금산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.