공유수면매립사업으로 인한 어업권의 취득가액 인정여부 및 취득시기

○○○세무서장이 2007.○.○. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 113,068,080원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○광역시의 ○○신도시 공유수면매립사업(이하 “이 사건 매립사업”이라 한다)으로 인하여 기존의 어업권(조개채취)을 상실하게 되었다. 청구인은 1997.4.1. 위 어업권의 상실 대가로 이 사건 매립사업지역내의 일정 토지를 특별공급 받기로 ○○광역시와 약정을 체결하였다. 청구인은 2005.○.○ 분양추첨을 통하여 “○○어민생활대책용지” 168.1636㎡(약 50평으로, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 추첨에 의하여 배정받았다. 이에 따라, 청구인은 2005.○.○. ○○광역시 어업권(조개채취)을 상실한 대가로 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○○○○-○ 번지 소재 쟁점토지에 대하여 특별공급 가액(토지매립원가의 125%만 부담)에 해당하는 금 70,816,860원에 토지공급계약(이하 “쟁점토지공급계약”이라 한다)을 체결하고 계약금 7,000,000원을 납입하였다. 청구인은 2005.○.○○. 위 계약금을 납입한 상태에서 청구외 ○○○ 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에게 위 쟁점토지를 300,000,000원에 양도하는 계약을 체결하고, 2005.○○.○. 위 대금 300,000,000원을 수령하였으며, 같은날 청구외법인 명의로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 경료되었다. 청구인은 2006.○.○○. 쟁점토지의 취득가액을 426,294,000원(감정가액에 상당하는 가액)으로, 양도가액을 370,816,860원으로 하여 양도차익과 납부세액이 없는 것으로 하여 처분청에 2005년 귀속 양도소득세 확정신고를 하였다. 처분청은 위 쟁점토지의 취득일을 분양추첨일인 2005.○.○○.자로 보고, 쟁점토지의 취득가액을 70,816,860원으로, 양도가액을 370,816,860원으로, 양도차익을 300,000,000원으로 산정하여 2007. ○. ○. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 174,558,125원을 부과처분(이하 “당초 부과처분”이라 한다) 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.○.○○. 이의신청을 제기하였고, 이에 대하여 ○○○지방청장은 공유수면 매립시 어민생활대책 약정에 따라 취득한 쟁점토지에 대한 수분양권의 취득시기를 청구인이 약정서를 작성한 1997.○.○.자로, 이에 따른 취득가액을 0원(취득가액 = 보상가액 = 0원)로 하고, 양도가액을 300,000,000원으로 하여 2007.8.3. 당초 부과처분세액 174,558,125원에서 61,490,045원을 감액한 113,068,080원을 결정통지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.○○.○○. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 먼저 취득시기에 대하여 보면, 처분청의 의견과 같이 수분양권의 양도를 권리의 양도로 본다고 하더라도 사업시행자가 이주대책에 관한 구체적인 계획을 수립하여 이를 해당자에게 통지 내지 공고한 후, 이주자가 수분양권을 취득하기를 희망하여 이주대책에 정한 절차에 따라 사업시행자에게 이주대책대상자 선정신청을 하고 사업시행자가 이를 받아들여 이주대책대상자로 확인․결정하여야만 비로소 구체적인 수분양권이 발생하게 된다고 할 터인데 사업시행자인 ○○광역시가 어민생활대책용지공급공고를 한 것은 2004.○○.○○.이며 이주대책신청자가 신청을 하여 ○○광역시가 개별적으로 대상자를 인정하여 계약을 체결한 것은 2005.○.○○.자 이므로 이 시점에서 청구인은 쟁점토지에 대하여 구체적인 권리(처분청의 표현에 의하면 수분양권이나 이는 부동산을 취득할 수 있는 권리임)를 취득하였다고 볼 것이다. 쟁점토지의 취득시기(또는 수분양권의 취득시기)를 1997.○.○.로 보는 것은 아무런 구체적인 약정(위치, 면적, 가격 등)이 없는 단순한 공법상의 권리를 확인해 준 것에 불과한 것을 토지 또는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 취득으로 의제하는 것으로 이는 부당하다. 따라서, 쟁점토지의 취득시기는 청구인이 ○○광역시와 쟁점토지공급계약을 체결하여 구체적인 처분권(1회에 한하여 전매할 수 있는 권리)이 발생한 2005.○.○.로 보는 것이 타당하다. 다음으로 취득가액에 대하여 보면, 소득세법에 의하면 자산의 취득에 소요된 실지거래가액은 필요경비로 계상하도록 되어 있고, 재정경제부 예규에 의하면 공유수면매립사업으로 사업시행자로부터 분양받은 토지의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액은 분양받은 가액이나, 당해 분양받은 가액이 분양당시의 시가보다 낮은 가액이고 그 분양받은 가액과 시가와의 차액이 어업권의 상실대가임을 확인할 수 있는 경우에는 분양받은 가액 외에 분양가액과 시가와의 차액도 취득가액에 포함되는 것으로 보고 있다. 어업권상실로 인한 대가로서 분양권을 취득한다면 교환에 의하여 취득하는 것으로서 그러한 경우 보상가액 상당액은, 교환당시의 그 취득자산의 시가(실지거래가액) 또는 실지거래가액이 없는 경우에는 감정평가법인의 감정평가가액에 의하여 산정되는 것이 적법한데 청구인은 수십년동안 생계유지수단으로 영위하던 어업을 이 사건 매립공사 때문에 전적으로 타의에 의하여 그만둘 수 밖에 없게 되었고 그 결과 삶의 터전을 잃는 대가로 이 사건 토지를 취득한 것이므로 청구인이 취득한 토지의 대가, 즉 취득가액은 청구인이 잃은 삶의 터전에 대한 대가이고 이는 결국 청구인이 취득한 토지의 가액과 같다고 할 것이다. 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지를 어업권의 상실의 대가로 어민에게 실질적인 이익이 될 수 있도록 시가보다 저렴한 가격으로 특별공급 받기로 되어 있었고, 쟁점토지의 취득가액은 어업권의 상실대가에 따른 교환으로 취득하였으며, 그 취득가액은 실지거래가액이 없으므로 감정평가법인의 평균액인 426,260,250원이라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 먼저 취득시기에 대하여 보면, 부동산의 분양계약을 체결한 자가 당해 계약에 관한 모든 권리를 양도한 경우에 그 권리에 대한 취득시기는 당해 부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날이므로, ○○광역시와 약정서를 작성한 1997.○.○.부터 쟁점토지에 대한 특별분양권을 취득할 수 있는 권리가 발생하였다 할 것이므로 쟁점토지의 매매계약에 따른 매매계약일 등을 취득시기로 보아야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다. 다음으로 취득가액에 대하여 보면, 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 청구인에게 부여된 쟁점토지에 대한 분양권은 공유수면매립에 따른 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법 등 법률적인 보상금 지급의 근거가 없이 ○○광역시에서 어민들의 전업대책 및 생활보상의 일환으로 부여된 것이어서 그에 대한 취득가액이 지급되었다고 볼 수 없으며, 그 후 이주자택지분양권의 양수인이 그 권리에 기하여 ○○천광역시와의 사이에 구체적으로 특정된 택지에 대하여 개별적인 매매계약을 체결하고 그 대금을 지급하였더라도 특별한 사정이 없는 한 이러한 대금은 이주자택지분양권의 취득가액에 포함되는 것은 아니라 할 것이다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지에 대한 취득시기 및 분양받은 가액과 시가(감정가액)와의 차액이 어업권의 상실대가임을 확인할 수 있는 경우에 분양받은 가액 외에 분양가액과 시가(감정가액)와의 차액을 취득가액에 포함할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) ①양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. (이하 생략) 제96조 (양도가액) ①제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

1. 제89조제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제1항제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우 제97조 (양도소득의 필요경비계산) ①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 제114조 (양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑤제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 취득 및 양도한 경위에 대하여 살펴보면 아래와 같다. (가) ○○광역시장은 1990.11.12. /○○신도시를 건설하기 위하여 사업시행자로서 당시 ○○부장관으로부터 공유수면 매립면허 승인을 받았다. (나) ○○광역시장은 1997.3.경 청구인을 포함한 영세어민들의 전업대책 마련을 위해 이 사건 매립사업 지역 내에 1인당 약 50평의 ○○어민생활대책용지를 공급하는 계약을 체결하기로 약정하였다. (다) 청구인은 1997.4.1. ○○광역시장과 이 사건 어민생활대책용지를 특별공급 받기로 하는 개별 약정을 체결하였다. (라) ○○광역시장은 2004.5.경 매립 준공하였고, 2004.7. ○○광역시장 명의로 쟁점토지 등에 대하여 소유권보존등기를 경료하였다. (마) ○○광역시장과 어민대표는 2004.12.10. 토지공급에 대하여 당초 약정을 변경하는 것과 위치배정방법 등에 대하여 결정 합의하였다. (바) ○○광역시장은 2004.12.27. ○○신도시 어민생활대책용지 공급공고를 하였고, 2005.3.12. 희망토지 배정신청에 따라 배정 추첨을 하였다. (사) ○○광역시장은 2005.5.31. 청구인과 쟁점토지공급계약을 체결하였다.

(2) 청구인과 ○○광역시장간에 1997.4.1.자 체결한 약정서의 주요 내용을 살펴보면 아래와 같다. (가) 토지공급의 목적은 영세어민들의 실질적인 혜택이 될 수 있는 전업대책을 마련키 위해 토지를 특별 공급함을 목적으로 한다. (나) 토지공급대상자(제1조)는 ○도, ○○, ○○, ○○어촌계원으로 1990.11.12. 공유수면 매립면허 승인일 이전부터 사업지구내에서 어업으로 생계를 유지하는 가구를 대상으로 한다. (다) 토지의 감정시기 및 공급조건(제2조)과 관련하여서는 감정가격 결정시기는 상세계획 확정 후 단위지구(공구별) 신시가지 조성사업 공정진도가 80%시점을 기준으로 하고, 공급가격은 감정가격의 80%로 하되, 이 가격이 조성원가의 125%를 상회할 경우에는 조성원가의 125%에 해당되는 감정가격 비율의 가격으로 한다. 또한, 대금의 납부는 계약체결일로부터 10년 무이자 균등분할 상환하며, 계약체결시 계약금으로서 토지대금의 10%를 납부하도록 하되, 계약은 토지이용가능시점에 체결하도록 한다. (라) 가격결정(제4조)은 어민에게 실질적인 이익이 되도록(일반분양가보다 보다 저렴한 가격) 협조하여야 한다. (마) 계약의 방법 및 시기(제5조)와 관련하여서는 토지 공급계약의 방법은 공급가격 확정 후 제1조에서 정한 어촌계별 계원명단에 의거 개인별 수의계약으로 한다. (바) 토지의 사용승락 및 소유권이전(제6조)과 관련하여서는 제5조에 정한 토지공급 수의계약 체결 후 분할상환금 1회 납입시점부터 인천광역시는 토지의 사용을 승낙하여야 하고, 공급토지의 소유권이전등기는 ○○광역시의 명의로 보존등기 후 최초계약자 명의로 하여야 하며 대금완납이 선행되어야 한다. (사) 개인별 공급토지의 위치 확정(제7조)과 관련하여 ○○광역시는 어민들에게 공급할 토지를 공구별로 면적을 확정하여, 약정체결 후 2년 이내 또는 상세계획 확정 직후에 어민 대표에게 통보하며, 개인별 공급토지의 위치 확정방법은 협의체의 결정에 따라 공정한 추첨에 의하도록 한다.

(3) 쟁점토지공급계약(2005.5.31.자)의 주요 내용을 살펴보면 아래와 같음을 확인할 수 있다. (가) 토지의 면적 및 소재지는 ○○광역시 ○○구 ○○동 1035-1 소재 7,399㎡중 1/44(쟁점토지의 면적인 168.1636㎡에 해당)로 한다. (나) 매매대금(제2조)은 금 70,816,860원(매립원가의 125%상당액)으로 한다. (다) ○○광역시장은 청구인으로부터 매매대금 전액을 수납한 후 목적토지의 소유권을 이전하기로 한다(제6조). (라) 명의변경 특약과 관련하여 대금 완납전 최초계약자의 신청이 있을 경우 1회에 한하여 계약자의 명의를 변경할 수 있다.

(4) ○○감정평가법인은 2005.10.14. 쟁점토지에 대하여 일반거래목적으로 398,515,500원(㎡당 2,370,000원)으로 평가(평가기준일 2005.9.29.)하였고, ○○벌감정평가법인은 2006.3.27. 쟁점토지에 대하여 일반거래목적으로 454,005,000원(㎡당 2,700,000원)으로 평가(평가기준일 2005.9.29.)한 사실을 확인할 수 있다(두 감정평가법인의 감정가액의 평균은 426,260,250원이다).

(5) 쟁점토지에 대한 감정평가법인의 평가가액 외 쟁점토지 인근의 토지에 대한 평가 사례를 살펴보면, 유사한 이용가치를 지닌 인근토지(○○동 991-50 외 8필지)의 가격수준이 이용가치의 차이(대로변 인접성 등)에 따라 담보목적으로 산출된 가액이 대략 ㎡당 2,300,000원에서 3,600,000원 내외인 것으로 확인되어 쟁점토지에 대한 평가가액이 사회통념에 벗어나는 과다한 평가가액이 아님을 알 수 있다. <인근지내/○○ 본건과 유사한 토지의 평가 사례> 소재지 지목 용도지역 감정평가가액(㎡,원) 가격시점 평가목적 비고

○○ 동 991-50 대 준주거지역 2,700,000 2004.08 담보 태평양감정

○○ 동 991-48 대 준주거지역 2,300,000 2004.03 담보 태평양감정

○○ 동 991-45 대 준주거지역 2,350,000 2003.11 담보 태평양감정

○○ 동 991-7 대 준주거지역 2,400,000 2004.03 담보 태평양감정

○○ 동 991-6 대 준주거지역 3,000,000 2005.08 담보 대일에셋감정

○○ 동 1023-4 대 준주거지역 2,280,000 2005.11 담보 대화감정

○○ 동 991-73 대 준주거지역 3,300,000 2004.10 담보 태평양감정

○○ 동 991-72 대 준주거지역 3,600,000 2004.12 담보 프라임감정

○○ 동 991-60 대 준주거지역 2,500,000 2004.12 담보 프라임감정

(6) 위와 같은 사실관계 하에 먼저 취득시기와 관련하여 살펴보면, 처분청은 이주대책자 분양권의 취득시기는 이주자택지분양권을 최초로 부여받은 자는 이주대책대상자 확인ㆍ결정시에 그 권리를 취득하는 것이고(대법원 1994.5.24. 선고 92다35783 판결 참조), 이주자가 수분양권을 취득하기를 희망하여 이주대책에 정한 절차에 따라 사업시행자에게 이주대책대상자 선정신청을 하고 사업시행자가 이를 받아들여 이주대책대상자로 확인․결정하여야만 비로소 구체적인 수분양권이 발생하게 됨을 근거로 하여 /인천광역시장/과 청구인간에 약정을 체결한 1997.4.1.부터 부동산을 분양받을 수 있는 구체적인 권리가 확정되었다고 보고, 이 날을 쟁점토지에 대한 취득시기로 보았다. 그러나, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 손실보상에 관한 법률(이하 “공특법”이라 한다)에 의하면 사업시행자와 토지소유자 등과의 협의(또는 재결)가 성립되어 이를 사업시행자의 신청에 의하여 확인하는 절차를 거치기 위하여서는 협의가 성립된 계약서를 첨부하여 토지의 소재지ㆍ지번ㆍ지목 및 면적 등이 구체적으로 확정된 협의성립확인신청서를 제출하여야 함을 알 수 있다(공특법 제29조, 동법 시행령 제13조). 즉, 공특법상 이주대책대상자 확인․결정시라 함은 토지의 소재지·지번·지목 및 면적 등에 대하여 구체적으로 협의가 성립된 계약서를 토지수용위원회에 제출하여 이를 확인받은 경우(또는 공증을 받은 공증계약서를 토지수용위원회가 수리한 때)라 할 것이다(공특법 제29조, 동법 시행령 제13조 및 대법원 1994.5.24. 선고 92다35783 판결 참조). 그런데, 처분청이 이주대책대상자 확인․결정시로 본 1997.4.1.자 약정서의 내용을 살펴보면, 토지의 공급계약은 토지이용가능시점에 체결하도록 되어 있고, 가격 또한 일반분양가보다 저렴한 가격으로 공급한다고 되어 있을 뿐이며, 개인별 공급토지의 위치도 공정한 추첨에 의하여 결정한다고만 되어 있고 공급되는 토지에 대한 가격, 소재지·지번·지목 및 면적 등에 대하여 구체적으로 아무런 내용도 확인 되어 있지 아니함을 알 수 있다. 따라서, 처분청이 이주대책대상자 확인․결정시점을 1997.4.1.자로 보아 쟁점토지의 취득시기를 결정한 것은 잘못된 것으로 보이고, 적어도 어업권(관행 어업권)을 가진 청구인이 생활보상의 일환으로 쟁점토지에 대하여 분양권(부동산을 취득할 수 있는 권리)을 취득한 날은 쟁점토지공급계약일(2005.5.31.)이라고 보는 것이 보다 합리적이라고 판단된다. 다음으로, 쟁점토지의 취득가액에 대하여 살펴보면, 거주자가 소득세법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도함에 따라 발생하는 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제되는 취득가액은 당해 자산을 취득하기 위해 소요된 실지거래가액이고, 공유수면매립사업으로 사업시행자로부터 분양받은 토지의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액은 분양받은 가액이나, 당해 분양받은 가액이 분양당시의 시가보다 낮은 가액이고 그 분양받은 가액과 시가와의 차액이 어업권의 상실대가임을 확인할 수 있는 경우에는 분양받은 가액 외에 분양가액과 시가와의 차액도 취득가액에 포함하는 것이 타당해 보이므로/(재정경제부 재산세제과-111, 2006.1.27. 참조)/, 쟁점토지의 취득가액은 분양받은 가액 70,816,860원과 시가(2개 감정평가법인의 감정가액 평균가액) 금 426,260,250원과의 차액인 355,443,390원(어업권의 상실대가에 해당하는 가액이라 할 것이다)을 합한 가액(426,260,250원)이라고 판단되고, 이는 인근 토지의 감정평가가액을 감안할 때 과도한 금액이 아님을 알 수 있다. 이에 대하여 처분청은 “위 이주자택지분양권은 공특법 등이 정하는 바에 따라 수립·시행한 이주대책에 의하여 이 사건 주택 등의 양도대가와는 별도로 제공되는 것이어서, 그에 대한 취득가액이 지급되었다고 볼 수 없으며, 소외 공사와의 사이에 구체적으로 특정된 택지에 대하여 개별적인 매매계약을 체결하고 그 대금을 지급하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 이러한 대금은 이주자택지분양권의 취득가액에 포함되는 것은 아니라고 할 것이다”라고 보았으나, 이 건의 경우에 있어서는 주택의 양도의 경우에 있어서와 같이 주택의 양도(주택의 양도시에 취득가액이 산정됨)와는 별도로 생활보상의 차원에서 수분양권을 제공하는 것이 아니라 어업권의 상실 대가로 쟁점토지를 특별공급 받기로 한 것이고, 어업권의 양도와 쟁점토지의 양도가 별개로 분리되어 있지 아니한 점에서 근본적으로 차이가 있다고 할 것이므로 처분청과 같이 쟁점토지의 취득가액을 0원으로 계상하는 것은 쟁점토지에 대한 분양권(처분청은 이에 대하여 이주자택지분양권이라고 표현하고 있다)의 취득가액을 0원으로 계상한 것일 뿐만 아니라 동 권리에 화체되어 있는 어업권의 가치도 0원으로 계상한 것이어서 이는 부당하다 하겠다.

(7) 따라서, 청구인이 쟁점토지 또는 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리를 취득한 시기는 토지의 가격, 면적, 위치 등이 구체적으로 확인, 결정된 2005.5.31.자라 할 것이고, 이에 대한 취득가액은 분양가액과 어업권의 상실대가를 합한 쟁점토지에 대한 시가인 426,260,250원이라고 할 것이므로 처분청이 쟁점토지를 취득할 수 있는 권리의 취득시기를 1997.4.1.자로, 이에 따른 취득가액을 0원 보아 과세한 처분은 잘못으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.