겸용주택을 주택임대사업자등록 없이 부동산임대업으로 등록하면 합산배제 임대주택에 해당함

성남세무서장이 2007.10.119. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합부동산세 13,816,920원 및 농어촌특별세 2,763,380원의 부과처분은 서울특별시 송파구 **동 111-1 소재 다가구 주택(연면적 172.50㎡인 4층 소재 2호를 제외한다)을 종합부동산세법 시행령 제3조 의 규정에 의한 합산배제 임대주택으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2006.12.13. 서울특별시 송파구 **동 111-1 소재 다가구 주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대하여 임대주택 합산배제를 신청하여 2006년 귀속 종합부동산세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 주택임대업으로 사업자등록이 되어 있지 않아 합산배제 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 2007.10.9. 청구인에게 2006년 귀속 종합부동산세 13,816,920원, 농어촌특별세 2,763,380원을 결정고지 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인의 주업은 점포 및 사무실 임대이고 주택임대업은 부종목이라 사업자등록상 주택임대업은 등록하지 않았으나, 주택임대와 관련하여서도 성실하게 세무처리를 하였을 뿐 아니라, 부동산임대업으로 사업자등록이 되어 있어 점포임대 뿐만 아니라 주택임대도 가능한 것이므로 주택임대업을 신고한 것이라 보는 것이 실질과세원칙에 적합할 것인 바, 단순하게 종목을 사업자등록상 추가하지 아니하였다는 이유만으로 합산과세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 시행령의 합산배제 임대주택 요건을 보면 과세기준일 현재 지자체 및 세무서에 임대사업자로 사업자등록을 한 자가 임대하는 주택이라고 명시되어 있으며, 청구인은 2007.8.14. 사업자등록상 주택임대업 업종을 추가한 바, 이 건 과세당시 합산배제 요건을 갖추지 못하였으므로 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택이 종합부동산세상 합산배제 임대주택인지 여부
• 나. 관련법령

○ 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 "주택분 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 "세대원"이라 한다)중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 "주된 주택소유자"라 한다)가 납세의무자가 된다.

○ 종합부동산세법 제8조 【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. <신설 2005.12.31>

1. 임대 주택법 제2조제1호 의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

○ 종합부동산세법시행령 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 임대 주택법 제2조제4호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지 및 제5호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다.

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

② 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령이 정하는 다가구 임대주택"이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 "다가구주택"이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 임대 주택법 시행령 제6조제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수(호수)에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 지방세법 시행령 제140조 의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

○ 지방세법시행령 제140조 【주택의 구분】 건축법 시행령 별표 1의 규정에 의한 다가구주택은 1세대가 독립하여 구분 사용할 수 있도록 구획된 부분을 1구의 주택으로 본다. 이 경우 그 부속토지는 건물 면적의 비율에 따라 각각 안분한 면적을 1구의 부속토지로 본다.

○임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "임대주택"이란 임대 목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

4. "임대사업자"란 국가, 지방자치단체, 대한주택공사, 지방공기업법 제49조 에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다), 제6조에 따라 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제7조에 따라 설립된 임대주택조합을 말한다.

○임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령으로 정하는 호수(호수) 이상의 주택을 임대하려는 자는 특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장·군수·구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

○임대 주택법시행령 제6조 【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】

① 법 제6조제1항에서 "대통령령이 정하는 호수"라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 등기부 등본, 건축물 대장, 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구인은 쟁점주택 소재 건물을 신축하여 1991.6.21. 사용승인을 얻은 것으로 나타나며, 쟁점주택 소재 건물 지층 ~ 2층은 체능계강습소, 소매점, 사무실로 사용되는 근린생활시설이며, 3층 ~ 5층은 각층의 면적과 가구수가 각 210,00㎡ 3가구(3층), 172.50㎡ 2가구(4층), 138.12㎡ 2가구(5층)인 가구주택으로 사용되고 있음이 확인되고, 부가가치세 신고시 공통매입세액 중 면세사업인 쟁점주택임대관련된 매입세액을 불공제하였으며, 종합소득세 신고시는 이를 세금과공과금으로 처리하여 필요경비로 계상한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 청구인의 사업자등록자료에 의하면, 청구인은 대안빌딩이라는 상호로 쟁점주택 소재지에서 1990.9.29.부터 비주거용 건물임대업을 영위하다 2007.8.14. 주택임대를 업종으로 추가하여 이 건 과세처분 과세기준일인 2006.6.1. 현재 주택임대업으로 사업자등록을 하지 않은 것으로 나타나며, 아울러, 청구인은 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자 등록 관련 자료는 제출하지 못하고 있으나 쟁점주택은 다가구주택이어서 전체를 단독주택 1호로 보므로 임대 주택법 및 같은 법 시행령상 단독주택의 경우 2호 이상의 주택을 임대하고자 하는 자만이 할 수 있는 임대사업자등록 신청대상이 아니며, 위 경우에 대하여 종합부동산세법 시행령 제3조 제3은 “주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.” 고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 임대주택임을 주장하고 있어 이를 살펴본다. 가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 임대 주택법 제2조 제1호 에서 규정한 임대주택 또는 다가구 임대주택으로 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 주택은 과세표준 합산대상이 되는 주택 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 에서 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택” 이라고 함은 임대 주택법 제2조 제4호 규정에 따른 임대사업자로 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택, 매입임대주택, 기존임대주택(임대사업자의 지위에서 종합부동산세법 시행일인 2005.1.5. 이 전부터 임대하고 있던 주택)중 일정한 면적 이하, 호수 이상, 공시가격 이하, 임대기간 이상 등의 요건을 충족하고 있는 주택이라고 규정하고 있다. 나) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항에서 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 하고 부가가치세법 규정에 의하여 (과세)사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 (면세)사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니한다(부가가치세법 기본통칙 5-7-2 참고). 다) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항 등을 보면 이미 비주거용건물임대업으로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니한다 하더라도 소득세법상 면세사업자등록을 한 것으로 본다고 해석되는 점, 종합부도산세법시행령 제3조 제3항에서 합산배제 임대주택의 요건으로 주택임대로 사업자등록을 하는 경우라 규정하지 아니하고 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우라고만 규정하고 있는 점, 비주거용건물임대업으로 사업자등록을 하였다 하더라도 주택임대업을 영위하는 것이 가능한 점, 청구인이 동일한 사업장인 전체 건물에서 실제 과세사업인 비거주용건물임대업뿐만 아니라 면세사업인 주택임대업을 함께 영위한 점 등을 감안하면, 과세기준일 현재 쟁점주택 임대업을 업종으로 추가등록하지 아니하였다 하더라도 1990.9.29.부터 비주거용건물임대업을 영위한 것으로 등록한 이상 실질과세의 원칙상 당해 주택은 합산배제 임대주택에 해당한다(국심2007서2589, 2007.10.17. 같은 취지).

• 라) 그러나, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호 의 규정에 의하면 합산배제 임대주택은 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 전용면적이 국민주택규모 이하이고 2005년 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하이며 5년 이상 계속하여 임대하여야 하는 바, 쟁점주택 4층 소재 2호는 등기부등본, 건축물대장, 청구인의 합산배제신청서 등에 의하면 면적이 각 86.25㎡로서 국민주택규모(85㎡)를 초과하고 있는 것으로 나타나므로 이는 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.