보상금 중 휴업보상금을 제외한 학원시설물 이전비는 임대업자의 소유로 볼 수 있는지

○○세무서장이 2007.7.23. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 145,755,250원 및 2007.8.9. 청구법인에게 한 대표자 상여처분에 따른 2003년귀속 갑종근로소득세 128,287,980원의 부과처분은, 청구법인이 ○○공사로부터 2003.6.10. 수령한 시설물 이전비 265,500,000원은 익금산입과 대표자 상여처분에서 제외하여 법인세 과세표준과세액을 경정한다.

(주)○○자동차운전전문학원(청구법인의 변경전 상호)이 ‘03.6.10. ○○공사로부터 학원사업장인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○의 휴업보상 99,000,000원 및 시설물 이전비 265,500,000원 합계 364,500,000원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 수령하고 이를 익금에 산입하지 아니하고 2003사업연도 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점보상금을 익금에 산입하여 2007.7.23. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 145,755,250원과 2007.8.9. 청구법인에게 대표자 상여처분에 따른 2003년 귀속 갑종근로소득세 128,287,980원을 각각 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.10.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표이사인 이○○ 개인이 1999.11.1. (주)○○자동차운전전문학원 대표이사 김정○과 김순○이 자동차운전학원의 영업에 사용 중이던 토지, 건물, 기타 학원 시설물 일체를 2,700백만원에 매입한 후 (주)○○자동차운전전문학원에게 건물, 토지, 기타 학원시설 일체를 800백만원에 임대하고 부동산임대업으로 사업자등록을 하여 부가가치세 등 제세를 신고 납부하였으므로 쟁점보상금 중 청구법인의 영업손실에 대한 휴업손실 보상금 99,000,000원을 제외한 시설물 이전비 265,500,000원은 자동차학원시설의 소유자인 이** 개인에게 보상될 금액이므로 265,500,000원에 대하여 법인세 및 갑종근로소득세를 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

(2) 또한 청구법인의 대표이사 이○○는 보상금 수령시 법인에 대한 영업이익 보상금과 개인에 대한 시설감손액을 구분하여 보상받았어야 하나 정부 단체인 ○○공사가 하는 일이라 이를 믿고 구분 없이 보상을 받았던 것이고, 보상금은 국세청의 소득세 예규(제도 46011-10591, 2001.4.13)에 의해 이전시설이 불가능한 경계석 등에 대한 대체취득 보상금은 고정자산의 양도차익으로 보아 총수입금액에 산입하지 않아도 된다고 하여 소득세도 신고하지 않았던 것이므로 이 건 시설물 이전비는 개인 이○○에게 귀속되므로 시설물 이전비에 대하여 청구법인에게 한 과세처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 ‘99.11월 청구법인의 대표자인 이○○가 학원을 인수할 당시 매매계약서상 학원시설을 본인 개인 명의로 취득했다고 주장하나, ’99년 법인 결산서상 설비자산으로 계상되어 있고, 유형자산감가상각비명세서에도 설비자산 등에 대해 감가상각을 해온 사실이 확인되고, ○○공사가 작성한 ｢보상금 내역서｣ 상에는 학원 부대시설 일체에 대해 (주)○○자동차학원을 소유자로 하여 휴업보상 및 이전보상금을 산출하고, 실제 지급도 (주)○○자동차학원 명의로 보상금이 지급되었음이 확인되므로 쟁점보상금의 귀속을 청구법인으로 보아 익금산입하여 이 건 법인세 등을 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 수령한 쟁점보상금 중 휴업보상금을 제외한 학원시설물 이전비 상당액에 청구법인의 대표이사 이○○ 개인에게 귀속되는 것으로 보아 익금산입에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 O 법인세법 제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득·수익등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다 O 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2000.12.29, 2003.12.30>

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 O 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. O 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조제12항 의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 2003.6.10. ○○공사로부터 자동차운전학원 사업장인 쟁점사업장의 휴업보상금 99,000,000원과 학원 시설물 이전비 265,500,000원을 수령한데 대해 이를 익금에 산입하여 청구법인에게 이 건 법인세와 대표자 상여처분에 따른 근로소득세를 고지한데 대하여 청구법인은 쟁점보상금 중 휴업보상금을 제외한 학원시설물 이전비는 청구법인의 귀속이 아니라 대표이사 이○○의 귀속이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 영위하던 학원사업장은 ○○시 고시 제 2000-○○호로 개발계획 승인 고시되어 ○○택지개발지구내로 편입되어 이전대상임이 ○○공사 ○○사업단장의 수용확인서(2002.7.2 발급)에 의하여 확인되고, 쟁점사업장의 수용으로 청구법인 명의로 쟁점보상금을 2003.6.10. 수령한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 서로 다툼이 없다. (나) 청구법인의 대표이사 이○○와 ‘김순○’ 및 ‘(주)○○자동차전문학원 김○○’사이에 체결된 부동산매매계약서에 의하면, 이○○는 이 건 자동차운전학원의 부지 3필지와 지상건물 3동 및 위 본건 부동산 지상의 자동차운전전문학원 관련 운영권 및 시설일체를 ‘99.1.1. 김순○외 1인으로부터 2,700백만원에 취득한 것으로 나타나고, 매매계약서상 ’본 건 부동산의 토지 및 건물은 개인으로 이전하며, 학원의 법인은 매수인이 주식을 양수함으로서 법인을 이전하여 ○○자동차학원 상호를 그대로 사용하기로 한다고 약정되어 있고, 학원내의 모든 차량 및 집기비품은 매매대금에 포함하여 매수인이 승계한다.‘고 되어 있으며, 청구법인의 주주는 대표이사 이**가 99.98%를 소유하고 있음이 확인된다. (다) 청구법인의 대표이사 이○○는 자동차학원 사업장의 부지와 건물 및 학원시설 일체를 ‘99.11월 취득한 후 청구법인에게 임대하고, ’99.11.15.을 개업일자로 하여 부동산임대업으로 사업자등록을 하여 부가가치세 및 종합소득세를 계속하여 신고하여 오다가 학원 사업장이 수용되자 ‘02.12.31. 폐업한 사실이 ○○세무서장이 ’08.1.7 발급한 폐업사실증명과 부가가치세 과세표준증명 및 소득금액증명에 나타나고, 청구법인의 ‘99년~’01사업연도 장부상에도 임대보증금이 800백만원으로 계상되어 있는 점으로 보아 청구법인이 이○○로부터 이 건 학원시설 일체를 임차하여 자동차운전학원을 영위한 것으로 보인다. (라) 한편, 청구법인은 건물부속 설비(학원,조경)에 대해 ‘99년 법인 결산서상 설비장치(600백만원)로 자산 계상하여 감가상각을 하였으나 동 학원시설은 이○○가 취득하기 전에 전 소유자 김순○이 학원사업장에 토목시설공사를 하였고 그 후 이○○가 취득하여 청구법인에게 임대한 사실이 확인되는 바, 청구법인이 감가상각을 하였다는 사실만으로 학원시설을 청구법인의 소유자산으로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (마) 당심에서 ○○공사 실무자에게 확인한 바에 의하면, 영업손실에 대한 보상으로 휴업보상비는 영업자에게 보상이 이루어지고, 소유권이전등기가 가능한 토지나 건물은 그 소유자에게 보상이 이루어지며, 이 건 학원시설물과 같이 소유권이전등기 사항이 아닌 시설물에 대한 이전비 보상은 시설물의 소유자 또는 시설물 설치자에게 보상이 이루어지는 것이지 임차인에게 보상하는 것이 아니라고 답하고 있고, ○○공사 ○○지역본부장이 당심에 회신한 공문에 의하면, 이 건 이전보상비는 관련법에 의거 적법하게 보상이 이루어졌다고 하면서도 법인세 등 국세관련 사항은 청구인이 제출한 증빙자료에 의거 사실판단 할 사항이라고 회신하고 있다.

(2) 위의 사실관계를 종합해 볼 때, 이 건 학원시설 부지를 포함하여 건물과 학원시설물 일체를 이○○가 취득하여 청구법인에게 임대한 것으로 인정되므로 영업자인 청구법인의 영업손실에 대한 휴업보상금을 제외한 학원시설에 대한 이전비의 귀속자는 이○○ 개인으로 봄이 상당하다고 판단되므로 처분청이 쟁점보상금 전부를 청구법인의 귀속으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 국세심판관회의 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.