종중원들이 8년 이상 자경하지 않은 것으로 보아 8년자경 감면배제한 처분

○○세무서장이 2007.10.19. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 ○○○○ ○○ 소유농지인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 전 4,912㎡, 같은리 ○○-○ 전 194㎡ 및 같은리 ○○○-○번지 전 764㎡를 8년 이상 자경한 농지로 보아 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인이 ○○○○ ○○종중 소유농지인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 전 4,912㎡, 같은 리 ○○-○번지 전 194㎡ 및 같은 리 ○○○-○번지 전 794㎡(이하 󰡒쟁점농지󰡓라 한다)를 2006.3.9. ○○○○공사에 양도하고 양도소득세 231,907,860원을 신고납부한 후, 2007.5.31쟁점농지는 8년 이상 자경농지에 해당하므로 납부한 양도소득세 중 100,000,000원(조세특례제한법상 과세기간별 양도소득세 감면한도금액)을 환급하여 달라고 경정청구를 하였다. 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 처리기한인 2월 이내에 통지를 하지 아니하였고, 2007.10.19. 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실이 확인되지 아니한 것으로 하여 청구인에게 양도소득세를 환급할 수 없다는 경정청구 거부통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점농지는 대대로 내려오는 ○○○○ ○○종중 소유농지로 1965년 당시 종중이 미등록상태이므로 소유권등기를 할 수 없어 중중일을 맡아보던 청구외 안○○ 명의로 등기를 하고 있다가 1984.8.12 법률 제4502호의 부동산등기특별조치법에 따라 1975.6.20. 증여를 원인으로 하여 종중명의로 소유권이전등기를 하였으며, 쟁점농지는 종중의 운영 및 시제 등의 경비를 마련하기 위하여 청구외 안○○, 안○○ 등 종중원들이 계속하여 농사를 짓다가 양도하였음에도 불구하고 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점농지를 8년 이상 보유한 사실은 확인되나 쟁점농지를 종중원중 누가 어디에 거주하면서, 언제까지 자경하였는지 등에 대한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하므로 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종중농지를 농지소재지에 거주하는 종중원들이 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 감면하여 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 󰡒농업법인󰡓이라 한다)에 2010년 12월31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세･감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 ･상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 󰡒주거지역등󰡓이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득세에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② ･③ (생략) 제133조 【양도소득세 감면의 종합한도】

① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 갑면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 󰡒농지감면한도액󰡓이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

○ 조세특례제한법시행령(2006.12.30. 대통령령 제19811호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 󰡒농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자󰡓라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 ○○○○공사 (이하 이 조에서 󰡒○○○○공사󰡓라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년 ]이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시･군･구(자치구인 구를 말한다. 이하 이항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시･군･구안의 지역

② (생략)

③ 법 제69조 제1항 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금󰡓이라 함은 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도시행규정 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 토지󰡓라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 ○○○○공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년)이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시･광역시(광역시에 있는 군을 제외한다)또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도･농복합형태의 시의 읍･면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역･상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발 사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역･상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지를 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑥ ~⑪ (생략)

⑫ 법 제69조 제1항에서 󰡒직접 경작󰡓이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지가 ○○○○○○종중 소유인 사실과 양도당시 농지인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 쟁점농지는 대대로 내려오는 ○○○○○○종중 소유 농지로 안○○등 종중원들이 계속하여 농사를 짓다가 양도하였음에도 불구하고 8년 이상 자경농지의 양도소득세 감면을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하면서 쟁점농지 등기부등본, ○○○○○○종중 족보 및 안○○ 등 주민등록표, 사실확인서, ○○예금통장 사본 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 쟁점농지의 등기부등본을 살펴보면, 1964.12.10. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 안○○, 같은 리 ○○○번지 안○○ 및 안○○ 명의로 소유권보존등기되어 있다가, 1994.12.28. 부동산특별조치법에 의하여 1975.10.20. 증여를 원인으로 하여 공유자전원의 지분이 ○○○○○○공파 ○○리 종중(대표자 안○○)으로 소유권이 이전된 것으로 되어 있고, ○○○○○○종중 족보 및 안○○ 등 주민등록표에는 안○○, 안○○ 및 안○○이 종중원으로 등재되어 있으며, 안○○(1939년생, ○○○○○○종중 대표자)은 1968.10.15.부터 쟁점농지 양도일(2006.3.9.) 이후인 2006.10.25.까지 쟁점농지의 소재지인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지에, 안○○(1937년생)은 1968.10.15.부터 2000.9.12사망시까지 쟁점농지의 소재지인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 산 ○○○-○번지에, 안○○(1924년생)은 1968.10.15부터 쟁점농지양도일 (2006.3.9) 이후인 2006.10.11.까지 쟁점농지의 소재지인 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○-○번지에 각각 거주한 것으로 되어 있다. 또한, ○○○○○○종중 대표 안○○ 및 종중원 안○○, 안○○등이 연서하여 작성한 사실확인서에는 쟁점농지는 ○○안씨 ○○리 종중 소유농지로 1950년대부터 1980년대 중반까지는 종중대표 안○○의 책임 하에, 1980년대 후반부터 양도일까지는 종중대표 안○○의 책임하에 관리 및 경작이 이루어졌고, 경작물은 종중운영 및 금초(禁草), 시제 등을 위한 경비로 사용하였다는 사실확인서와 함께 안○○의 농협계좌를 제출하고 있으며, 쟁점농지의 양도대금이 종중대표 안○○의 ○○계좌(번호 ○○○○○○-○○-○○○○○○)에 2006.2.7. 70,000,000원 2006.3.14, 1,689,175,332원이 각각 입금된 후, 2006.4.24. ○○○○종중농협계좌(번호 ○○○○○○-○○-○○○○○○)로 이체되어 관리되고 있는 사실이 안○○ 및 ○○○○ 종중 명의 통장사본에 의하여 확인된다.

(3) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 청구인이 쟁점농지의 자경여부에 대한 객관적인 증빙서류를 제출하지 아니하였다 하여 8년 이상 자경하지 아니한 것으로 판단하여 양도소득세를 감면하여 달라는 경정청구를 거부하는 처분을 하였으나, ○○○○○○종중 대표 안○○을 비롯하여 종중원, 안○○, 안○○등이 자손대대로 쟁점농지의 소재지에서 거주하고 있고, 문중대표인 청구인의 통장사본에 쟁점농지로부터의 소출 및 수입, 종중운영 및 금초, 시제 등을 위한 경비로 사용된 것으로 보이는 금액의 입･출금 내역이 기재되어 있으며, 쟁점농지의 양도대금도 종중대표 안○○의 농협계좌에서 ○○○○ 종중 명의의 농협계좌로 이체되어 관리되고 있는 점 등으로 보아 ○○○○ 종중대표 안○○ 및 종중원 안○○, 안○○ 등이 쟁점농지를 8년 이상 자경한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점농지를 청구인이 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세를 감면하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.