종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2007.7.24. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합부동산세 2,549,180원의 환급경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

청구인은 2006.12.15. 2006년 귀속 종합부동산세를 신고하고 납부세액 4,055,130원을 납부하였다가 2007.5.7. 청구인이 소유한 ○○ 건물(지하 1층․지상 5층이고 이하"전체주택"이라 한다)의 4층과 5층 다가구주택(합계 6가구이고 합계면적은 377.55㎡이며 이하"쟁점주택"이라 한다)이 종합부동산세의 과세표준에서 합산배제하는 임대주택에 해당하는 것으로 보아 종합부동산세의 납부세액을 1,505,950원으 로 산정하여 초과납부한 세액 2,549,180원을 환급하여야 한다는 내용으로 경정청 구를 제기하였다. 처분청은 청구인이 종합부동산세 과세기준일(2006.6.1.) 현재 사업자등록증상에 쟁 점주택에 대한 임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니하다가 2006.12.15. 등록하였다 하여 2007.7.24. 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.9.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 종합부동산세법이 시행되기 전인 1999.6.14. 전체주택을 취득한 뒤 쟁점 주택에서 주택 임대업을 영위하고 있는 점, 소득세법 제168조 제2항 에 부가가치세 법 규정에 의하여 사업자 등록한 사업자는 당해 사업에 관하여 소득세법의 규정에 의 하여 사업자 등록한 것으로 본다고 규정하고 있는 점, 부가가치세 과세사업과 면 세사업을 겸영 하고 있는 사업자의 경우 부가가치세 과세사업자로 사업자등록증을 교부받아야 하 기 때문에 면세사업자등록번호를 동시에 교부받을 수는 없는 점, 이미 과세사업 자로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택 임대업을 부업종으로 추가 등록하라는 규 정은 협력의무를 나타내는 훈시적 규정이지 필수규정이 아니라고 보는 것이 타 당한 점, 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 제3호 에서 규정하는 기존임대주택 은 임대사업자의 지위에서 종합부동산세법이 공포․시행되는 2005.1.5. 이전부터 임 대하였던 임대주택에 대하여 신뢰보호차원에서 기득권을 보장하는 것인 점 등을 감안하면, 기존임대주택에 해당하는 쟁점주택은 종합부동산세 과세표준 합산배제요 건을 충족한 것으로 보아야 함에도 단지 청구인이 과세기준일 현재 주택 임대업을 부업종으로 추가하여 등록하지 아니하였다는 형식적 이유로 당해 주택을 합산배제 임대주택으로 인정하지 아니하고 정당하게 제기한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은법 시행령 제3조 제1항에서 임대 주택법 제2조 제4호 에 규정하는 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택은 종합부동산세 과세표준에서 합산배제한다고 규정하고 있는 만큼, 과세기준일이 경과한 2006.12.15. 사업자등록증에 쟁점주택에 대한 임대업을 부업종으로 추가한 만큼 당해 주택은 합산배제 임대주택에 해당하므로 당해 주택을 과세표준 합산배제하여야 한다는 취지로 제기한 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 과세기준일 현재 사업자등록증상 부동산 임대업을 부업종으로 추가 등록하였으나 주택 임대업을 부업종으로 등록하지 아니하였다고 하여 임대주택인 쟁점주택을 합 산배제 임대주택으로 인정하지 아니하고 그와 다른 취지로 제기한 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 종합부동산세법

○ 제7조【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대 상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하"주택분 과세기준금액"이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하"세대원"이라 한다)중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하"주된 주택소유자"라 한다)가 납세의무자가 된다.

○ 제8조【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합 산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경 우에는 영으로 본다.

② 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1.임대주택법제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다 가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

○ 종합부동산세법시행령 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제8조 제2항 제1호에서"대통령령이 정하는 주택"이라 함은임대주택법제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자(이하"임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현 재소득세법제168조 또는법인세법제111조의 규정에 따른 사업자등록(이 하 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어 느 하나에 해당하는 주택(이하"합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 1.임대주택법제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요 건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 2.임대주택법제2조 제3호의 규정에 의한 매입임대주택으로서 다음 각목의 요 건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택 가.주택법제2조 제3호의 규정에 의한 국민주택(이하"국민주택"이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최 초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격 3억원 이하일 것
• 나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

② 법 제8조 제2항 제1호에서"대통령령이 정하는 다가구 임대주택"이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령별표 1 제1 호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서"다가구주택"이라 한다) 또는 다 가구주택과 그밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서임대 주 택법시행령제6조 제1항의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임 대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. 임대주택법

○ 임대 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. 1."임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다. 2."건설임대주택"이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택 4."임대사업자"라 함은 국가․지방자치단체․대한주택공사․ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하"지방공사"라 한다)․제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

○ 제6조【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장․군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

○ 임대 주택법시행령 제6조 【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】

① 법 제6조 제1항에서"대통령령이 정하는 호수"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2007.1.31. 제출한 사업장현황신고서, 건축물관리대장, 국세통합전산 망 사업자세적변경이력조회 등을 보면 청구인이 1986.5.1.부터"○○"라는 상호로 사업자등록을 하고 1999.6.14. 전체주택을 취득하여 사업장을 이전한 뒤 2000.3.31. 전체주택 사업자등록증상 상가임대업(업종코드 701201, 1층부터 3층까지)을 부업 종으로 추가하면서 2006.12.15. 부업종으로 주택 임대업(업종코드 701102)을 추가로 등록한 사실 및 전체주택의 용도와 사업자 등록한 현 황이〈표 1〉과 같은 사실 등이 확인되고, 부가가치세과세표준증명 및 2006년 귀 속 종합소득세 확정신고서(조정 후 총수입금액명세서 첨부)에는 청구인이 2001년 제1 기부터 2006년 제2기까지〈표 2〉와 같이 과세사업(제조업, 부동산 임대업)과 면 세사업(주택 임대업)의 수입금액을 신고한 사실 및 쟁점주택 임대업에서 발생하는 수입금액(9,800,000원)을 신 고한 사실 등이 나타나는 한편, 청구인이 1999.6.14. 매입한 뒤 임대하고 있는 쟁 점주택은 2005.1.5.(종합부동산세법 시행일)부터 임대하고 있던 임대주택으로서 전용면적이 국민주택규모 이하이고 2005년 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하이 며 5년 이상 계속하여 임대하는 주택에 해당되는 것이고, 청구인은 2006.12.15. 종합부동산세 신고당시 쟁점주택을 과세표준 합산대상으로 신고하며 세액을 납부하였다가 2007.5.7. 당해 주택이 합산배제 임대주택에 해당한 다는 내용으로 경정청구를 제기한 사실이 종합부동산세 과세표준 및 세액 경정청구서에 기재되어 있다. (2) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 임대 주택법 제2조 제1호 에서 규정한 임대주택 또는 다가구 임대주택으로 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안 하 여 대통령령으로 정하는 주택은 과세표준 합산대상이 되는 주택 범위에 포함되 지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 에서 법 제8조 제2항 제1호에서"대통령령이 정하는 주택"이라고 함은 임대 주택법 제2조 제4호 규정에 따른 임대사업자로 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택, 매입임대주택, 기존임대주택(임대사업자의 지위에서 종합부동산세법 시행일인 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 주택) 중 일정한 면적 이하, 호수 이상, 공시가격 이하, 임대기간 이상 등의 요건을 충족하고 있는 주택이라고 규정하고 있다.

(3) 한편, 소득세법 제168조 제1항 과 제2항에서 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 하고 부가가치세법 규정에 의하여 (과세)사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 (면세)사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 부 가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니한다(부가가치세법기본통칙 5-7-2 참고). (4) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항 등을 보면 이미 부동산 임대업으로 사업자 등 록이 되어 있는 경우 주택 임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니한다 하더라 도 소득세법상 면세사업자등록을 한 것으로 본다고 해석되는 점, 종합부동산세법시행령 제3조 제3항 에서 합산배제 임대주택의 요건으로 주택임대로 사업자등록을 하는 경우라 규정하지 아니하고 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우라고만 규정하고 있는 점, 부동산(상가) 임대업으로 사업자등록을 하였다 하더라도 주택 임대업을 영위하는 것이 가능한 점, 청구인이 동일한 사업장인 전체주택에서 실제 과세사업인 상가 임대업 뿐만 아니라 면세사업인 주택 임대업을 함께 영위한 점, 청구인이 부가가치세 및 종합소득세 확정신고당시 주택 임대업에서 발생하는 수입금액을 합산하여 신고한 점 등을 감안하면, 과세기준일 현재 쟁점주택 임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니하였다 하더라도 2000.3.31. 이미 부동산(상가) 임대업을 부업종으로 추가등록한 이상 실질과세의 원칙상 당해 주택은 합산배제 임대주택에 해당한다.

(5) 그렇다면, 청구인이 쟁점주택이 합산배제 임대주택임에도 착오로 합산신고하여 초과납부한 종합부동산세를 환급하여야 한다는 내용으로 제기한 정당한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다