직권폐업된 사업자로부터 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서 본 처분의 당부

○○세무서장이 2007.7.6. 청구법인에게 한 2006년 1기 부가가치세 5,249,180원의 부과처분은 청구법인이 2006.1.3. 동양○○ 주식회사로부터 교부받은 매입세금계산서(공급가액 30,000,000원)의 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2005.6.29. ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 소재 2층 목조건물을 구입하여 3층건물로 재건축하면서 2004.1. ○○상사 및 주식회사 동양○○(이하 ○○상사를 포함하여 “청구외법인등”이라 한다)과 도장, 방수, 미장, 방음 등 내장공사 계약을 체결하고, 공사를 완료한 후 2006.3.31. 및 2006.3.3. 청구외법인등으로부터 받은 매입세금계산서 2매 40,307천원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다), 매입세액 4,030천원을 공제대상에 포함하여 2006년 1기 부가가치세 신고하였다.
• 나. 처분청은 2006년 1기 세금계산서합계표 불부합자료에 의하여 쟁점세금계산서는 청구외법인등이 폐업된 후 교부받은 것으로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 2007.7.6. 청구법인에 대하여 2006년 1기 부가가치세 5,249,180원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구법인은 사업장을 재건축하면서 청구외법인등의 사업자등록증을 확인하고 사무실을 확인하여 층별 공사가 완료될 때마다 중간결제를 하였음에도 처분청이 폐업된 사업자와의 거래라는 이유만으로 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인등에 대해 국세청 홈페이지나 세무서에 계속사업유무를 확인했으면 정당한 사업자가 아니었음을 확인할 수 있었음에도 청구외법인등의 사업자등록증 사본을 수취하고 정상적인 사업자로 인정하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제받은 것은 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 직권폐업된 사업자로부터 받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 O 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 O 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2007.5. 처분청 조사공무원이 작성한 2006년 1기 세금계산서 전산불부합자료에 대한 ‘자료처리 보고서’에 의하면 청구외법인등은 각각 2004.12.31. 및 2005.9.30. 폐업된 사업자로서, 청구법인이 폐업자로부터 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 사업장 재건축 공사계약을 체결하면서 청구외법인등의 사업자등록증을 확인하였고, 층별 공사가 완료될 때마다 중간결제를 하였음에도 처분청이 폐업된 사업자와의 거래라는 이유만으로 이 건 과세 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인과 ○○상사와의 도장공사, 옥상우레탄 및 1,2,3층 칸막이공사에 대한 ‘공사 하도급계약서’를 보면, 그 공사기간이 2006.1.1.～2006.1.30.까지 되어 있고, 공사대금 10,307천원(부가가치세 제외)으로 되어 있으며, 청구법인과 동양○○ 주식회사와의 미장 및 방수 내장공사에 대한 ‘공사 하도급계약서’를 보면, 그 공사기간이 2005.12.20.～2006.1.6.까지 되어 있고, 공사대금 30,000천원(부가가치세 제외)으로 되어 있음이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 사업장 재건축과 관련된 공사대금 지급내역을 보면, 청구법인의 ○○은행 통장(계좌번호 000-000000-000)에서 ○○상사에 2006.1.4.～2006.2.22. 사이 9,000천원이 전자금융으로 이체된 사실과 2006.3.13. 현금으로 2,337천원이 출금된 사실이 나타나고, 동양○○ 주식회사 ○○은행 계좌(계좌번호 00000000000)에 2006.1.3. 33,000천원을 현금으로 무통장입금한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 동양○○ 주식회사의 사업자등록증 사본과 대표이사 김○○의 명함 및 거래사실확인서를 제시하고 있으나 ○○상사에 대한 입증자료는 제시하지 않고 있다. (라) 국세통합전산망에 의해 확인된 ○○상사와 동양○○ 주식회사의 사업자등록사항을 보면, ○○상사는 폐업일자를 2004.12.31.로 하여 2005.6.29. 직권폐업된 것으로, 동양○○ 주식회사는 폐업일자를 2004.12.31.로 하여 2006.1.6. 직권폐업 처리된 것으로 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 살피건대, 사업자등록이 말소된 경우에는 세금계산서를 교부할 수 없으므로 사실상 폐업자가 교부한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이나, 청구법인은 ○○상사가 직권폐업처리된 2005.6.29.(폐업일 2004.12.31.)로부터 6월이 지난 2006.1.1.～2006.1.30. 간 도장공사계약을 체결하면서 국세청이 2001년 말부터 홈페이지를 통해 휴․폐업조회 서비스를 개시하고 있었음에도 거래처의 폐업여부를 확인하지 아니한 사실에 비추어 선의의 거래당사자로서 관리책임을 다하였다고 보기 어렵고 이에 대한 다른 반증이 없는 점 등으로 보아 ○○상사로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 한편, 동양○○ 주식회사가 직권폐업처리된 2006.1.6.(폐업일 2004.12.31.) 전인 2005.12.20.～2006.1.6. 간 미장공사계약을 체결하면서 2006.1.3. 대금을 지급하고 그에 따른 세금계산서를 교부받았다면 세금계산서를 수취한 시점까지 국세청 홈페이지를 통하여 동양○○ 주식회사의 폐업여부를 확인하기는 어려운 것으로 보여지고 동양○○ 주식회사의 사업자등록증 사본과 대표이사의 명함을 제시받은 점, 공사대금을 무통장으로 입금한 점 등으로 볼 때 청구법인이 동양○○ 주식회사가 직권폐업된 사실을 알지 못한 책임을 묻기는 어려운 것으로 인정되므로 동양○○ 주식회사로부터 수취한 세금계산서의 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.