비영리법인이 수익사업을 개시하고 고유목적사업에 관련된 매입세액의 공제여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2005.12.27. 지방공기업법 제49조 및 인천시관광공사설립및운영에관한조례에 의하여 설립되고 비영리법인으로 사업자등록을 하였다가, 2006.2.21. 부동산임대업 및 문화관광관련 서비스업을 추가하여 수익사업개시신고를 한 후 2006년 2기 과세기간 중 매출액 1,949,191원에서 세금계산서 공급가액 74,529,922원에 대한 매입세액(이하󰡒쟁점매입세액󰡓이라 한다)을 공제하여 부가가치세 환급신청을 하였다. 처분청은 쟁점매입세액이 비영리법인의 수익사업이 아닌 고유목적사업과 관련된 것으로 보아 불공제하여 2007.1.9. 청구법인에게 2006년 2기 부가가치세 916,650원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.2.6. 이의신청을 거쳐 2007.8.29. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 제공하는 용역은 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 및 같은법 시행규칙 제11조의 5 제1호에서 규정되어 있지 않으므로 청구법인은 부가가치세법 제2조 에 의거 부가가치세 납부의무가 있는 것이고, 청구법인이 관광사업육성과 시민의 삶의 질 향상 및 지역사회발전에 이바지함을 목적으로 하고 있으나 현재 진행 중인 사업을 고유목적사업과 수익사업으로 구별하기 어려우며, 00000 관광공사조례와 정관에 명시적인 배당관련 내용이 없다는 사유만으로 비영리법인으로 볼 수 없고, 비영리법인이라 하더라도 문화관광관련 서비스업이 수익사업의 하나로 되어 있어 명시적으로 진행된 고유목적사업이 없는 상태에서 2006년 2기 매입액이 고유목적사업만을 위해 발생하였다고 보아 쟁점매입세액을 불공제하다면 과세의 형평과 근거과세원칙에 반한 것으로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2005.12.27. 인천광역시가 100% 출자하여 설립된 법인으로 당초 비영리법인에 대한 고유번호를 부여받은 후 2006.2.21. 주업종을 부동산임대업으로, 부업종을 문화관광관련 서비스업으로 하여 수익사업개시신고를 함으로써 과세대상으로 전환하였고, 인천광역시는 2006.11.8. 청구법인에게 부동산 및 주식을 현물출자하고 동 부동산에 인천광역시와 관련된 기관 및 사회단체 18개 이상이 입주해 무상으로 사용하고 있으며, 법인세법상 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것으로 구분하여 별개 회계로 경리하여야 하고, 별도의 수익사업과 관련되지 않은 통상적인 사업영역은 고유목적사업으로 볼 수 있으므로 쟁점매입세액을 불공제함이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세액을 청구법인의 고유목적사업과 관련된 것으로 보아 불공제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제2조 【납세의무자】① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하󰡒사업자󰡓라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자체단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타단체를 포함한다. 같은법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하＂매입세액＂이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 (2) 법인세법 제1조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1.󰡒내국법인󰡓이라 함은 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인을 말한다. 2.󰡒비영리내국법인󰡓이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

• 가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인
• 나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)
• 다. 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하＂법인으로 보는 단체＂라 한다) 같은법 제110조【비영리법인의 수익사업개시신고】비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인에 한한다)이 새로 수익사업(제3조 제2항 제1호 및 제6호에 규정하는 수익사업에 한한다)을 개시한 때에는 그 개시일부터 2월 이내에 다음 각호의 사항을 기재한 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업에 관련된 대차대조표 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지

3. 대표자의 성명과 경영 또는 관리책임자의 성명

같은법 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 같은법 시행령 제156조【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 2005.12.27 0000시 00구 00동 0000-0번지에서 지방공기업법 제49조 와 인천광역시관광공사설립및 운영에관한조례에 의하여 관광을 통한 관광사업 육성과 시민 삶의 질 향상 및 지역사회발전에 이바지하기 위하여 인천광역시가 100% 출자하여 설립되었고, 2005.12.30 처분청으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인에게 교부하는󰡒고유번호증(000-00-00000)󰡓을 받았다가, 2006.2.21. 부동산임대업을 추가한 수익사업개시신고를 하기 위해 사업자등록정정신고서를 제출한 것으로 나타난다.

(2) 이 건 과세관련자료 및 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급신청을 한데 대해 고유목적사업과 관련된 것으로 보아 전액 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였음이 확인되는 한편, 청구법인의 매출액 전액이 인천광역시로부터의 대행사업에 따른 수수료 수입금액이고 인천광역시가 현물 출자한 부동산은 인천광역시 관련기관 및 사회단체가 무상 사용하여 부동산임대수입금액은 없는 것으로 나타난다. ＜부가가치세 신고내역＞ 매출 매입 납부세액 비고 2006.1기 확정 2006.2기 예정 2006.2기 확정 5,526,418 1,949,191 16,498,735 277,067,692 74,529,922 113,482,881 △27,154,120 △6,981,510 △9,698,400 이 건 과세 (단위: 원) * 이 건 과세처분이후 나머지 과세기간에 대해 추가 경정고지함

(3) 청구법인은 실질적으로 현재 진행 중인 사업을 영리성을 가지고 판단할 때 고유목적사업과 수익사업으로 구분하기 어려우며, 고유목적사업의 성격이 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 에서 규정하는 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호와 유사한 공익을 목적으로 하는 사업으로 보기 어렵고, 인천광역시관광공사조례와 정관에 명시적인 배당관련내용이 없다는 사유로 지방공기업법에서 규정한 배당관련 내용을 적용받지 않는다고 할 수 없으므로 쟁점매입세액이 공제대상이라는 주장이다.

(4) 국세통합전산망자료 등에 의하면, 청구법인은 2006년에 새로 수익사업 개시신고를 한 이후 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 고유목적사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하거나 이를 토대로 법인세를 신고하지 아니하였고, 청구법인이 수취한 세금계산서를 보면 일반적인 업무수행에 필요한 사무용품 구입이나 공공요금 등과 관련된 것으로서 과세대상(과세표준)으로 신고한 대행사업에 사용되는 재화나 용역의 공급에 관한 것인지가 불분명하다.

(5) 살피건대, 청구법인은 인천광역시가 관광을 통한 관광사업의 육성과 시민 삶의 질 향상 및 지역사회발전에 이바지함을 목적으로 전액 출자하여 설립하였고, 비영리내국법인으로 사업자등록신청을 한 이후 수익사업인 부동산임대업을 새로 영위하기 위하여 사업자등록정정신고를 하였으나, 이 건 과세처분일 현재 수익사업과 관련한 별개의 회계로 구분하여 경리하거나 신고한 사실이 없음은 물론 청구법인이 매입세액 공제대상으로 신고한 세금계산서의 공급가액도 수익사업에 속한 재화나 용역의 공급인지도 불분명하므로, 처분청이 쟁점매입세액을 청구법인의 고유목적사업과 관련된 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2008년 2월 25일 주심국세심판관 허 종 구