매매계약서상 부동산 내역”을 보면, 위치 및 필지에 관계없이 각 필지별로 3.3㎡당 양도한 것으로 확인되는 점, 일반적으로 아파트 지구의 토지 양도는 각 필지별이 아닌, 단위(3.3㎡)당 면적 가액을 기준으로 계약이 체결되고 있는 점으로 보아 양도가액이 불분명하다고 볼 수 없음
매매계약서상 부동산 내역”을 보면, 위치 및 필지에 관계없이 각 필지별로 3.3㎡당 양도한 것으로 확인되는 점, 일반적으로 아파트 지구의 토지 양도는 각 필지별이 아닌, 단위(3.3㎡)당 면적 가액을 기준으로 계약이 체결되고 있는 점으로 보아 양도가액이 불분명하다고 볼 수 없음
○○○세무서장이 2007.1.23. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 1,191,639,210원 부과처분은 이를 취소한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)
2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정)
② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각호별로 당해 자산외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설) (2) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2005. 2. 19. 개정) (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다. (2000. 12. 29. 개정)
소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.
(1) 처분청의 현지확인 조사복명서에 의하면, 쟁점토지의 양도는 법인과의 거래로서 양도가액 163억원에 대하여 매수자인 ○○○을 상대로 확인한 바, 위 거래금액이 확인되고, 청구인은 각 필지별 양도가액을 당초 신고시 면적기준으로 안분계산하여 신고하였으나, 청구인이 쟁점토지를 ○○○에 일괄양도하면서 감정가액이나 기준시가 등 일정한 기준없이 계약당사자 간에 단순히 면적기준에 비례하여 임의로 필지별 양도단가를 산정하는 것은 양도소득금액을 낮추려는 의도로 작성한 것이어서 이를 인정할 수 없으므로 소득세법 제100조 제2항 의 규정에 의하여 양도가액을 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 아래 <표1>과 같이 과세하였다.
(2) 먼저, 쟁점토지 인근지역에 대한 도시계획 설정 및 쟁점토지의 거래과정 등에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지의 인근지역은 2000년 초에 주거지역 내 도시계획이 설정됨에 따라 도시계획선이 표시되었고, 경기일보의 2000.2.12.자 보도내용에 의하면, 남양주시 공고 제2000-49호에 의하여 남양주시 도시계획(재정비)안의 공람공고가 있었음이 확인된다. (나) 2000년 하반기에는 건설회사들이 쟁점토지 인근지역에 소재하는 주거지역 내의 토지를 아파트건설부지로 매입하기 시작하였으며, 청구인이 제출한 건설회사의 매입의향서 등에 의하면, ○○○ 등은 쟁점토지 인근지역의 주거지역을 대상으로 하고, ○○○ 등은 주거지역 아래 쪽을 대상으로 토지를 매입하기 위한 협약서 또는 매입의향서를 토지소유자들에게 제출하였고, 매매가격은 아래 <표2>와 같이 전체토지에 대한 3.3㎡당 가액으로 표기되어 있다. (다) ○○○공사에서 2002년 5월경 쟁점토지 아래 쪽에 대하여 대단위 아파트 조성 계획을 확정하고 아파트건설사업 시행 안내서를 배포함에 따라 쟁점토지 인근지역이 차순위 아파트 건설 예정지로 각광을 받기 시작하였으며, 2002년 9월에는 주식회사○○○과 매매계약을 체결하였는 바, 그 계약내용을 보면, 잔금은 ○○○주식회사에서 지급보증을 하고 매매대금은 필지별 구분없이 전체토지에 대한 대금을 지불하는 것으로 표기되어 있다. 다만, 위 매매계약은 타인 공유지분의 매수불가로 취소되었으며, 청구인은 당초 수령하였던 계약금 및 중도금 합계 46억7,280만원을 ○○○에 반환한 사실이 청구인의 ○○○ 입출금 내역에 의하여 확인된다. (라) 청구인과 쟁점토지의 공유지분자인 ○○○은 쟁점토지 양도일 전에 ○○○주식회사와 매매계약을 체결한 사실이 있는 바, ○○○과 ○○○ 간에 2004년 6월에 작성된 매매계약서에 의하면, 주거지역 전체에 대하여 필지별 구분없이 일괄적으로 3.3㎡당 300만원에 매매계약을 체결하면서 면적이 확정되는 2006년 8월 이후에 변경계약을 체결하기로 약정한 것으로 기재되어 있고, ○○○과 ○○○주식회사 간에 2005년 7월에 작성된 매매계약서에 의하면, 주거지역은 3.3㎡당 210만원에 매매계약을 체결하였는 바, 동 금액이 ○○○의 3.3㎡당 양도가액 300만원보다 낮은 이유는 계약서상에 ○○○ 토지에 대한 권리포기 조건이 들어있기 때문이며, ○○○주식회사는 위 계약으로 아파트건설 대상부지의 1/2을 매수 완료하였고, 청구인의 지분만 매수하면 쟁점토지 전체를 매수할 수 있었던 것으로 나타난다. (마) 또한 ○○○의 사업추진 진행상황을 보면, 매수인은 아파트 사업의 수익성을 획기적으로 높이기 위하여 대상부지의 고도제한 완화(아파트 5층 이하 → 15층 이하)를 2005년 5월경 군부대에 신청하였으나 거부되었다가, 2009.4.28. 협의가 성립된 사실이 ○○○ 회신공문에 의하여 확인되며, ○○○은 ○○○으로부터 아파트건설사업시행 승인을 위하여 토지사용승낙을 받고, ○○○주식회사는 대리인 ○○○을 통하여 2005년 4월에 청구인의 지분에 대하여 조기매입을 시도하였는 바, ○○○은 ○○○과 계약서를 작성(주거지역 매수가액을 3.3㎡당 160만원으로 표기)하여 청구인 측에 제시하면서, 주거지역을 3.3㎡당 165만원에 거래가 성사될 수 있도록 시도했던 것으로 나타난다. (바) 한편, 토지매매계약 체결 및 진행상황을 보면, 청구인은 1/2 공유지분 소유자인 ○○○과 ○○○의 실제 평균매수가격이 3.3㎡당 약 260만원에 이르는 것으로 파악하고, 동 가액보다 약간 윗선에서 매도하는 쪽으로 상호협의를 진행해 오다가 주거지역 내 필지 여부의 구분없이 모든 필지에 대하여 일괄적으로 동일한 가격인 3.3㎡당 265만원에 매도키로 하였고 2006년 4월에 ○○○은 매수의향서를 청구인 측에 제시하였으며, 매수인은 매수대금을 ○○○의 차입금으로 충당하기로 함에 따라, 저축은행은 ○○○주식회사와 아파트 건설도급계약에 근거하여 건설자금을 대출하였으며, ○○○은 2006.8.22. 청구인과 쟁점토지의 양도가액을 3.3㎡당 265만원으로 하여 일괄적으로 매매계약을 체결하고 동시에 저축은행의 차입금으로 매도대금을 일시불로 지급하였음이 확인된다.
(3) 청구인과 매수인 ○○○ 간에 2006.8.22. 체결한 매매계약서 등에 대하여 살펴본다. (가) 청구인과 ○○○이 2006.8.22. 체결한 매매계약서에 의하면, 매매대금은 163억원으로 하고, 필지별 구체적 내역은 별지목록 기재와 같다고 되어 있으며, 별지의 부동산 목록에 의하면 쟁점토지의 필지별 매매단가가 3.3㎡당 265만원으로 계산되며, 매수인은 계약당일 일시불로 전액을 매도인에게 현금(매도인이 지정하는 계좌)으로 지급하고, 현황대로 목적물을 매수하되, 추후 매도인과 매수인은 공부상의 면적과 실제면적이 상이하더라도 매매대금 등의 증감청구를 할 수 없는 것으로 하여 매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 매매대금 163억원을 ○○○으로부터 2006.8.22. 전액 수령하였음을 입증하는 증빙으로 아래 <표3>과 같이 ○○○의 “거래내역 조회서”를 제출하고 있으며, 처분청의 조사복명서에 의하면, 양도가액 163억원에 대하여는 처분청이 ○○○을 상대로 거래금액을 확인하였고, 이에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. (다) 청구인은 쟁점토지 취득일 이후 쟁점토지의 일부 지번에 대하여 아래 <표4>와 같이 개별공시지가 변동내역을 제출하고 있으며, 이와같이 각 필지별로 양도당시 기준시가가 취득당시 기준시가보다 낮은 토지의 경우에는 양도차손이 발생하였고, 이에 대하여 처분청은 당초 국세청 예규(서면4팀-3303, 2006.9.27.)에 따라 취득가액을 환산하는 경우 당해금액은 양도가액을 초과할 수 없는 것으로 보고, 양도차손에 대하여 이를 다른 자산의 양도차익에서 차감하지 아니한다고 보아 양도차익을 산정하였다가, 변경된 재정경제부 예규(재산세제과-1164, 2007.9.28)에 따라 위 국세청 예규는 소득세법제102조 제2항의 규정에 배치되어 부적합하다고 보아 양도차익과 양도차손을 통산하여 경정결정하면서, 당초 과세처분시에는 인정하였던 일괄 양도가액 163억원(3.3㎡당 265만원)을 각 필지별로 상이하다고 보아 기준시가 비율로 각 필지별 양도가액을 안분계산하여 양도소득세를 추가로 경정고지하였는 바, 이 건의 경우와 같이 동일한 과세기간 중에 양도하여 양도차익과 양도차손이 발생하는 경우는 그 양도차손의 발생원인에 관계없이 각각 서로 통산하여 양도소득금액을 산정하여야 하며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.(국심 2007전1031, 2007.10.8. 같은 뜻임)
(4) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 청구인은 쟁점토지를 아파트 건설용지로 3.3㎡당 265만원에 양도하고 163억원을 수령하였으며, “매매계약서상 부동산 내역”을 보면, 위치 및 필지에 관계없이 각 필지별로 3.3㎡당 265만원에 양도한 것으로 확인되는 점, 일반적으로 아파트 지구의 토지 양도는 각 필지별이 아닌, 단위(3.3㎡)당 면적 가액을 기준으로 계약이 체결되고 있는 점, ○○○은 청구인의 지분 뿐만 아니라, 공유자의 지분도 함께 아파트 부지로 매수하면서 필지별 구분없이 매입하였는 바, ○○○의 지분은 3.3㎡당 300만원, ○○○의 지분은 3.3㎡당 210만원에 일괄 거래된 사실이 확인되는 점, 아파트 지구 내의 토지를 건설회사에서 매수하면서 사업지구 내의 토지를 개별 필지별로 가액을 책정하여 거래하는 것은 사회통념에도 맞지 아니하여 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지의 실지양도가액 163억원에 대하여는 다툼이 없는 이 건의 경우, 각 지목별, 필지별로 양도가액이 상이하다고 보고 각 필지별 기준시가로 안분계산한 가액을 각 필지별 실지양도가액으로 보아 과세한 당초처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 각 필지별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 양도가액을 각 필지별 기준시가로 안분계산하여 산정된 양도가액을 기준으로 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.