가공매입에 대하여 부가가치세와 법인세 과세

○○○세무서장이 2007.1.5. 청구법인에게 한 2000년 2기 부가가치세 3,336,900원, 2001년 1기 부가가치세 13,758,000원, 2001년 2기 부가가치세 13,421,690원, 2003년 1기 부가가치세 8,394,730원 및 2000사업연도 법인세 5,042,230원, 2001사업연도 법인세 63,924,970원, 2003사업연도 법인세 19,153,050원의 부과처분 중 2003년 1기 부가가치세 8,394,730원과 2000사업연도 법인세 5,042,230원 및 2003사업연도 법인세 19,153,050원은 이를 취소하고, 2001사업연도 법인세 63,924,970원은 ○○닥트로부터 매입한 공급가액 96,000,000원을 손금에 산입하여 법인세과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 1999.1.29. 개업하여 기계설비공사 등 건설업을 영위하는 법인으로, 2000년 제2기부터 2001년 제2기 기간 중 ○○닥트로부터 공급가액 110,000,000원의 세금계산서 6매(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다) 및 2003년 1기 중 △△산업으로부터 공급가액 50,064,800원의 세금계산서 2매(이하 “쟁점②세금계산서”라 한다) 합계 160,064,800원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 동 매입세액을 공제하고 각사업연도 소득금액 계산시 이를 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물 거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하고 각사업연도 소득금액 계산시 손금불산입하는 등 하여 2007.1.5. 청구법인에게 2000년 2기 부가가치세 3,336,900원, 2001년 1기 부가가치세 13,758,000원, 2001년 2기 부가가치세 13,421,690원, 2003년 1기 부가가치세 8,394,730원 및 2000사업연도 법인세 5,042,230원, 2001사업연도 법인세 63,924,970원, 2003사업연도 법인세 19,153,050원을 각각 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.4.3. 이의신청을 거쳐 2007.7.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) ○○닥트와의 거래(쟁점①세금계산서)에 대하여 청구법인은 기계설비ㆍ가스ㆍ소방ㆍ배관 및 난방공사를 영위하는 법인으로 건물이 신축된 후 기초공사인 기계설비ㆍ배관 및 소방공사는 청구법인이 직접 시공하고 있으나, 닥트공사(건물의 공기정화를 위한 흡배기시설)는 개업 이후 현재까지도 외주를 맡기고 있으며, ○○닥트와의 거래는 ○○공장 신축 설비공사 등 5건의 설비공사를 원도급자인 ○○건설(주) 등으로부터 도급받아 그 중 닥트공사 부분을 ○○닥트에게 하도급을 준 것으로 2000년 사업 초창기 당시만 하더라도 세무지식의 부족과 금융거래가 활성화 되지 않아서 대금지급 증빙을 완벽하게 갖추지 못하였으나 ○○닥트에 대한 공사대금(공급대가 121백만원)은 청구법인의 ○○은행통장에서 인출하여 전액 현금으로 지급하였으며, 청구법인은 이 건 거래당시인 2000년~2001년에는 닥트공사를 ○○닥트 외에는 외주를 준 사실이 없으므로 ○○닥트와 정상적으로 닥트공사 부분을 하도급계약을 체결하고 닥트공사 용역을 공급받고 대금을 결재하였으므로 이 건 과세는 부당하다.

(2) △△산업과의 거래(쟁점②세금계산서)에 대하여 청구법인이 △△산업으로부터 구입한 후렉시블 콘넥타, 후렉시블 죠인트 및 후렌지는 펌프가동에 의한 진동 또는 움직임에 의한 신축을 흡수하여 배관으로 전달을 방지하고 배관의 이탈을 차단하는 역할을 하는 자재로 첨부한 지하 1층 기계실 확대 소화배관 평면도와 같이 후렉시블 콘넥타 등은 청구법인이 영위하는 기계설비공사, 난방ㆍ배관공사 및 소방공사 등에 들어가는 필수적인 자재이며, 동 제품의 매입대금(공급대가 55백만원)은 청구법인의 통장에서 텔레뱅킹으로 28백만원을, 인터넷 뱅킹으로 20백만원을 이체 지급하고 나머지는 현금으로 지급하였으며, △△산업에서도 동 거래 사실을 확인하고 있으므로 쟁점②세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 실지 닥트공사 용역을 ○○닥트 손○○로부터 공급받고 법인통장에서 인출하여 현금으로 수시로 지급하고 매입세금계산서를 수취한 정상적인 매입거래라고 주장하나, 통장 인출액과 금전출납부 지급액이 서로 일치하지 아니하며, 통장 인출금액이 ○○닥트에 지급되었는지가 불분명하고, 세금계산서 수취시기가 대금을 지급하였다는 시기와 상당기간 차이가 있어 서로의 인과 관계가 불분명하며, ○○닥트는 총 매입금액 92백만원을 근거로 이루어진 가공 매출금액이 1,636백만원인 점을 고려할 때 청구법인의 주장에 신빙성이 없으므로 쟁점①세금계산서를 가공의 거래로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 사업상 필요한 자재를 구입한 후 은행계좌를 통해 대부분 이체하고 잔액은 현금지급한 정상거래라고 주장하나, 쟁점②세금계산서의 발행금액과 대금결재금액의 합계금액 55백만원은 유사하나 세금계산서 수취내역과 대금결재 내역이 일치하지 아니하고, 통장 인출금액이 이 건 거래와 관련성 여부가 불분명 할 뿐만 아니라 청구법인이 송금했다는 △△산업의 장○○의 ○○은행 계좌에는 거래내역이 없으며, 송금한 금액도 즉시 출금된 점과 거래상대방은 총 매입액 1,796백만원 중 1,663백만원이 가공매입으로 조사되었으므로 이를 근거로 이루어진 매출 또한 정상거래라고 보기 어려우므로 쟁점②세금계산서를 가공거래로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 ○○닥트로부터 수취한 쟁점①세금계산서와 △△산업으로부터 수취한 쟁점②세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 가공의 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다.(이하 생략)

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, ○○닥트와의 거래(쟁점①세금계산서)에 대하여

(1) 청구법인은 건물이 신축된 후 기초공사인 기계설비ㆍ배관 및 소방공사 등을 영위하는 법인으로, 2000년 1기부터 2001년 2기 중 ○○닥트 대표 손○○으로부터 아래의 쟁점①세금계산서를 수취하여 동 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하는 한편, 2000~2001사업연도 법인세 신고 시 동 금액을 손금에 산입한데 대하여 처분청은 쟁점①세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 처분청의 심리자료에 나타나고, 이에 대하여 청구법인은 ○○닥트와 실제 거래를 하고 대금을 지급하였다고 주장하면서 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. ※ 일자별 세금계산서 발행내역 및 품목(생략) (가) 청구법인은 2000년부터 2001년 기간 중 ○○○ 공장신축 설비공사 등 5건의 설비공사를 ○○종합건설과 ○○건설로부터 원도급을 받아 그 중 닥트공사 부분을 ○○닥트 대표 손○○에게 아래 표와 같이 하도급을 준 사실이 원도급 및 하도급계약서 등에 의거 확인된다. (나) 한편, ○○닥트에 대한 ○○세무서장의 조사내용에 의하면, ○○닥트의 매입거래는 전부 실지거래로 조사되었고, 매출액 중 가공매출이 83%로 조사되었으며, ○○닥트 조사시 청구법인이 소명자료를 제출하였으나 대금결제에 대한 직접적인 금융자료의 제시가 없다하여 자료상 확정자가 아닌 자료상거래혐의자로 처분청에 자료를 파생하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (다) 청구법인이 ○○닥트에게 이 건 닥트공사와 관련하여 공사대금을 청구법인의 예금통장(○○은행)에서 인출하여 아래와 같이 현금으로 지급하고 현금출납부상에 거래처가 ○○닥트로 표기되어 있다. 구 분 현금출납부 내역 통장 인출액 일자 지급액 인출일자 금 액 2000.2기 2000.8.23 2,400,000 2000.8.23 3,110,000 2000.10.5 8,000,000 2000.10.5 8,000,000 2000.10.17 5,000,000

• - 소계 15,400,000 11,110,000 2001.1기 2001.1.12 3,000,000 2001.1.12 3,060,000 2001.1.22 3,000,000 2001.1.22 2,073,000 2001.2.28 14,800,000 2001.2.28 14,800,000 2001.3.15 14,200,000 2001.3.15 14,200,000 2001.4.24 6,000,000 2001.4.24 7,146,000 2001.5.24 2,000,000 2001.5.24 2,000,000 2001.6.7 5,000,000 2001.6.7 5,000,000 2001.6.19 15,000,000 2001.6.19 15,757,000 2001.6.28 3,000,000 2001.6.28 10,300,000 소계 66,000,000 74,336,000 2001.2기 2001.7.6 7,000,000 2001.7.6 13,317,000 2001.7.30 3,000,000 2001.7.30 400,300 2001.8.2 3,000,000 2001.8.2 3,240,000 2001.8.31 12,000,000 2001.8.31 12,820,000 2001.10.15 7,000,000 2001.10.15 8,781,000 2001.10.19 1,500,000 2001.10.19 2,425,000 2001.11.24 3,000,000 2001.11.24 5,670,000 2001.12.5 1,500,000 2001.12.5 2,070,000 2001.12.12 1,600,000

• - 소계 39,600,000 47,723,300 합계 121,000,000 133,169,300 (금액단위: 원) (라) 또한, 청구법인은 2000년부터 2001년까지 이 건 닥트공사를 ○○닥트외에 외주를 준 사실이 없을 뿐만 아니라, 이 건 거래 이후에도 2006년까지 계속하여 ○○닥트(손○○은 2002년 1기부터 2005년 1기까지는 전처 채○○ 명의로 상호를 ○○공조닥트로 사업자등록을 하고, 2005년 1기부터 2006년 1기까지는 처 손○○ 명의로 상호를 ○○공조로 사업자등록을 하여 계속 사업을 영위)에게 닥트공사를 하도급을 주고 공사대금은 계좌이체 등의 방법으로 지급하고 있음이 매입처별세금계산서 합계표, 공사대금 지급내역에 의하여 확인되고, 이에 대하여 처분청으로 부터 위장ㆍ가공 혐의로 과세된 사실이 없다. (마) 한편, 용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때인바, 이 건 ○○닥트에게 하도급을 준 닥트공사가 완료된 때가 언제인지에 대한 객관적인 증빙의 제시가 없어 그 공급시기가 불분명하고 또한 공사대금 지급시기에 공사용역이 완료되었다고 단정 지을 수도 없다 할 것이다.

(2) 위의 사실관계를 모아 볼 때, 이 건 거래의 대금결제에 대한 직접적인 금융자료의 제시는 비록 없으나, 설비공사를 ○○종합건설 등으로부터 원도급 받아 그 중 닥트공사를 ○○닥트에게 하도급을 준 사실, 법인통장에서 인출한 현금으로 공사대금을 지급하고 현금출납부에 거래처가 ○○닥트로 표기되어 있는 점 및 ○○닥트대표 손○○은 이 건 거래 이후에도 계속하여 사업자등록을 처 명의로 바꾸어 청구법인과 닥트공사를 하고 있는 점과 이에 대하여 처분청에서 위장ㆍ가공거래로 과세된 바 없는 점 등으로 보아 청구법인이 이 건 닥트공사를 ○○닥트에게 하도급을 주어 공사를 한 사실이 인정된다. 따라서 처분청이 ○○닥트와의 거래를 가공거래로 보아 쟁점①세금계산서의 매입금액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다고 판단된다. 다만, 이 건 ○○닥트에게 하도급을 준 닥트공사가 완료된 때가 언제인지에 대한 객관적인 증빙의 제시가 없어 그 공급시기가 불분명하고 또한 공사대금 지급시기에 공사용역이 완료되었다고 단정 지을 수 없으므로 쟁점①세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 둘째, △△산업과의 거래(쟁점②세금계산서)에 대하여

(1) 청구법인은 2003년 1기 중 △△산업으로부터 쟁점②세금계산서를 수취하여 동 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하는 한편, 2003사업연도 법인세 신고 시 동 금액을 손금에 산입한데 대하여 처분청은 쟁점②세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세하였음이 처분청의 심리자료에 나타나고, 이에 대하여 청구법인은 △△산업으로부터 수취한 아래의 쟁점②세금계산서는 실제 거래를 하고 매입대금을 지급하였다고 하면서 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. ※ 일자별 세금계산서 발행내역 및 품목(생략) (가) 청구법인이 제시한 지하 1층 기계실 확대 소화배관 평면도에 의하면, 청구법인이 △△산업으로부터 매입한 후렉시블콘넥타 등 자재는 펌프가동에 의한 진동 또는 움직임에 의한 신축을 흡수하여 배관으로 전달을 방지하고 배관의 이탈을 차단하는 역할을 하는 자재로 청구법인이 영위하는 기계설비공사, 난방ㆍ배관공사 및 소방공사 등에 사용되는 자재로 확인된다. (나) ○○○세무서장의 △△산업에 대한 조사내용에 의하면, 2002.2기부터 2003.1기 기간 중 총 매입액 1,769,529천원 중 1,663,166천원이 가공매입으로 조사되었고, 동 기간 매출액 1,972,460천원 중 325,914천원이 가공매출로서 △△산업은 부분자료상으로 조사되었음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (다) 조사당시 청구법인이 실제 거래를 주장하면서 제출한 소명자료에 대하여, ○○○세무서장은 거래사실 증빙으로 제시한 청구법인의 예금계좌(○○은행)에서 2003.7.23. 송금한 28,666천원은 △△산업 장○○의 수협계좌에는 거래내역이 없으며, 2003.10.22. 송금한 20,000천원은 송금당일 출금되는 등 위장가공 혐의가 있다고 하여 자료상거래혐의자료로 처분청에 통보하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (라) 그러나 청구법인이 매입대금을 청구법인의 예금통장(○○은행)에서 2003.7.27. 자 28,666,210원과 2003.10.22.자 20,000,000원을 텔레뱅킹과 인터넷뱅킹으로 △△산업 대표자 장○○의 계좌(○○은행)로 이체 입금한 사실이 금융자료(거래내역확인서 및 통장사본)에 의거 확인(나머지 6백만원은 현금 지급)되는 반면 처분청은 △△산업 장○○ ○○은행 계좌에는 거래내역이 없다고 이 건 심판청구에 대하여 답변을 하였으나 그 부인 근거를 제시하고 못하고 있다.

(2) 위의 사실관계를 모아 볼 때, 청구법인이 △△산업으로부터 매입한 후렉시블콘넥타 등은 청구법인의 기계설비공사 등에 사용되는 필수적인 자재인 점, 청구법인이 매입대금 중 대부분의 금액을 △△산업의 대표자 장○○의 계좌에 입금하여 지급한 사실이 금융자료(거래내역확인서 및 통장사본)에 의하여 확인되는 반면 처분청은 △△산업의 예금계좌에 입금된 사실이 없다는 그 부인 근거를 제시하지 못하고 있는 점 등으로 보아 청구법인이 △△산업으로부터 후렉시불 콘넥타 등을 매입한 사실이 인정된다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점②세금계산서의 매입세액을 불공제하고 동 금액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.